View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3309_low_20 (Length: 255)

Name: NF3309_low_20
Description: NF3309
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3309_low_20
NF3309_low_20
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (11-240)||(4688223-4688452)
chr8 (17-240)||(4725493-4725716)
chr8 (17-240)||(4680595-4680818)
chr8 (17-231)||(4714061-4714275)
chr8 (17-239)||(4914169-4914391)
chr8 (11-240)||(4702719-4702948)
chr8 (17-240)||(4995522-4995745)
chr8 (17-240)||(4777213-4777436)
chr8 (18-184)||(21440281-21440447)
chr8 (21-234)||(4876010-4876223)
chr8 (17-178)||(10445976-10446137)
chr8 (80-240)||(4905053-4905213)
chr8 (19-166)||(4735967-4736114)
chr8 (57-240)||(4745004-4745187)
chr8 (17-184)||(4891070-4891237)
chr8 (22-175)||(4925962-4926115)
chr8 (21-86)||(4905875-4905940)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 11 - 240
Target Start/End: Original strand, 4688223 - 4688452
Alignment:
Q  11 agaacctgtgaggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatgga 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4688223 agaacatgtgaggagttttcctagtggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatgga 4688322  T
Q  111 aactatgatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaacca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4688323 aactatgatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaacca 4688422  T
Q  211 gtgagatcatttacactccatcacaagatt 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4688423 gtgagatcatttacactccatcacaagatt 4688452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 240
Target Start/End: Original strand, 4725493 - 4725716
Alignment:
Q  17 tgtgaggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactat 116  Q
    |||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  4725493 tgtgagaagctttccaagtggagtgagaaattgttacaaaataaatataacaagtggtactaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactat 4725592  T
Q  117 gatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgaga 216  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| | |||| ||||||||||||    
T  4725593 gatgatctaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgaga 4725692  T
Q  217 tcatttacactccatcacaagatt 240  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  4725693 tcatttacactccatcactagatt 4725716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 240
Target Start/End: Original strand, 4680595 - 4680818
Alignment:
Q  17 tgtgaggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactat 116  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| | || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  4680595 tgtgaggagctttcccagtggagtgaaaaattgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactac 4680694  T
Q  117 gatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgaga 216  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||  ||||    
T  4680695 gatgatttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggaga 4680794  T
Q  217 tcatttacactccatcacaagatt 240  Q
    |||| ||||||||||||| |||||    
T  4680795 tcatatacactccatcactagatt 4680818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 231
Target Start/End: Original strand, 4714061 - 4714275
Alignment:
Q  17 tgtgaggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactat 116  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  4714061 tgtgaggagctttccaagtggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacaagtggtattaaatatttaatcagatcttctttctattacggaaactat 4714160  T
Q  117 gatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgaga 216  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||| |||| ||  ||||||||    
T  4714161 gatgatttaaatgagccaccagaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagttaactaatatatcacacatcacagacagtgaga 4714260  T
Q  217 tcatttacactccat 231  Q
    |||| ||||||||||    
T  4714261 tcatatacactccat 4714275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 4914391 - 4914169
Alignment:
Q  17 tgtgaggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  4914391 tgtgaggagttttcctagtggagttagaaactgttacagaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaatcagagcttctttttattatggaaactat 4914292  T
Q  117 gatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgaga 216  Q
    ||| || ||||  | |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||  |||| ||  ||  ||||    
T  4914291 gataatctaaatcaaccaccagaatttgatctacattttggagctaatgtttgggaaacagtaaagttcactaatgtatcaggcatcacactcaaggaga 4914192  T
Q  217 tcatttacactccatcacaagat 239  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  4914191 tcatatacactccatcacaagat 4914169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 11 - 240
Target Start/End: Original strand, 4702719 - 4702948
Alignment:
Q  11 agaacctgtgaggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatgga 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||     
T  4702719 agaacatgtgaggagttttcctaatggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagctactttctattatggt 4702818  T
Q  111 aactatgatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaacca 210  Q
    ||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| || ||| | |||  ||||||| || ||   |    
T  4702819 aactatgatgatttaaatgatcccccagaatttgatcttcattttggacctaatgtctgggatacagtgaacttccccaatgcatcactcgtcacattta 4702918  T
Q  211 gtgagatcatttacactccatcacaagatt 240  Q
      |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4702919 tggagatcatttacactccatcactagatt 4702948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 240
Target Start/End: Original strand, 4995522 - 4995745
Alignment:
Q  17 tgtgaggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactat 116  Q
    ||||||||| ||||| | |||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  4995522 tgtgaggagctttccaattggaatgagaaactgttacagaataaatgtagcaagtggtactaaatatttaatcagagcatctttctattatggtaactat 4995621  T
Q  117 gatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgaga 216  Q
    ||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| | | | |||||| |||| ||  ||||||||    
T  4995622 gataatctaaacaagccaccagaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagttcgccagtctatcacacatcacagacagtgaga 4995721  T
Q  217 tcatttacactccatcacaagatt 240  Q
    |||| ||||||||||||| |||||    
T  4995722 tcatatacactccatcactagatt 4995745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 4777436 - 4777213
Alignment:
Q  17 tgtgaggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactat 116  Q
    |||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  4777436 tgtgagaagctttccaagtggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacatctggtactaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactat 4777337  T
Q  117 gatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgaga 216  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| | |||  |||||  ||   |  || |||||    
T  4777336 gatgatttaaatgaccctccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtgaagttccccaatgcatcacgtatgagattcaatgaga 4777237  T
Q  217 tcatttacactccatcacaagatt 240  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  4777236 tcatttacagtccatcacaagatt 4777213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 21440447 - 21440281
Alignment:
Q  18 gtgaggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactatg 117  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21440447 gtgaggagctttccaagtggagtgagaaactgttacaaaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaataagagcttctttctattatggaaactatg 21440348  T
Q  118 atgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagtt 184  Q
    || || |||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  21440347 ataatctaaatgaaccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtgtgggatacagtgaagtt 21440281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 21 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4876223 - 4876010
Alignment:
Q  21 aggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactatgatg 120  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||  |  |||| | ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  4876223 aggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattcaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgata 4876124  T
Q  121 atttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgagatcat 220  Q
    || |||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||| ||  ||||||||    
T  4876123 atctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcat 4876024  T
Q  221 ttacactccatcac 234  Q
     |||||||||||||    
T  4876023 atacactccatcac 4876010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 178
Target Start/End: Original strand, 10445976 - 10446137
Alignment:
Q  17 tgtgaggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactat 116  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  10445976 tgtgaggagctttcctagtggagtgagaaattgttacagaataaatgttacaagtggtattcaatatttaatcagagtttctttctattatggaaactat 10446075  T
Q  117 gatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagt 178  Q
    ||| || |||| ||  ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  10446076 gataatctaaatgaaacaccacagtttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagt 10446137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 80 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 4905213 - 4905053
Alignment:
Q  80 atatttaatcagagcgtctttctattatggaaactatgatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagta 179  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||| || |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  4905213 atatttaattagagctactttctattatggtaattatgatgatttaaatgaccctccacaatttgatcttcattttggagcaaatgtttgggatacagta 4905114  T
Q  180 aagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgagatcatttacactccatcacaagatt 240  Q
    |||||||||| |  ||||||||   ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4905113 aagttcacaattgcatcactcactacaatcaaggagatcatttacactccatcacaagatt 4905053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 166
Target Start/End: Original strand, 4735967 - 4736114
Alignment:
Q  19 tgaggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactatga 118  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||   |||||||| ||||||    
T  4735967 tgaggagctttccaagtggagtgagaaattgttacaaaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaatcagagctacttttctttatggaagctatga 4736066  T
Q  119 tgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgt 166  Q
    || |||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4736067 tggtttagacaagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgt 4736114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 57 - 240
Target Start/End: Original strand, 4745004 - 4745187
Alignment:
Q  57 ataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactatgatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttg 156  Q
    |||| |||||||||||  | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||||||||||||||||    
T  4745004 ataagtgtaacaagtggaaatatatatttaatcagagcttctttctattatggaaactatgataatctaaatcaaccaccacaatttgatcttcattttg 4745103  T
Q  157 gcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgagatcatttacactccatcacaagatt 240  Q
    | |||||||| |||||||| || || ||| | ||| ||||| ||| | |||| || |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4745104 gtgctaatgtgtgggatacggtgaatttccccaatgtatcagtcaccacaacaagggagatcatttacactccatcactagatt 4745187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 4891237 - 4891070
Alignment:
Q  17 tgtgaggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactat 116  Q
    |||||| || ||||| |||||||||| ||| |||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| | |||||   |||||||||||||    
T  4891237 tgtgagaagctttccaagtggagtgagaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactat 4891138  T
Q  117 gatgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagtt 184  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  4891137 gataatctaaacaagccaccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagtt 4891070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 22 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 4926115 - 4925962
Alignment:
Q  22 ggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactatgatga 121  Q
    |||| ||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||  |  | |  | ||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||| |    
T  4926115 ggagctttccaagtggagttagaaactgttacagaataaatgtaaacatgggtgttcaatatttaatcagagctactttcctttatggaaactatgataa 4926016  T
Q  122 tttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatac 175  Q
    | |||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  4926015 tataaatgaaccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatac 4925962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 4905940 - 4905875
Alignment:
Q  21 aggagttttcctagtggagtgacaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatattta 86  Q
    ||||| ||||||||||||||   ||||||||||| | || |||||||||||| |||||||||||||    
T  4905940 aggagctttcctagtggagtaggaaattgttacaaagtatatgtaacaagtggtactaaatattta 4905875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University