View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3313_high_1 (Length: 858)

Name: NF3313_high_1
Description: NF3313
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3313_high_1
NF3313_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-843)||(33161447-33162296)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 33162296 - 33161447
Alignment:
Q  1 ggaaggggataggcagtgggaaatttggtggtgccgccggacggcaacggcggcgagggagaggctcgcagccttttaggaggagtctttgagagagaat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33162296 ggaaggggataggctgtgggaaatttggtggtgccgccggacggcaacggcggcgagggagaggctcgcagccttttaggaggagtctttgagagagaat 33162197  T
Q  101 ctcgtcgtctggacatgatccattaacgtcgtaggacatgaaactgcggatatcgtcgggaaatagggtacatgcactgccggcgggagggtggacggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33162196 ctcgtcgtctggacatgatccattaacgtcgtaggacatgaagctgcggatatcgtcgggaaatagggtacatgcactgccggcgggagggtggacggtg 33162097  T
Q  201 tcagagttgaagtttcggttgaaaccgagtgggagtttttgtggtgacgtagaagcaaagaattctggtgggaggttactgtcgccggcgctgtcttcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  33162096 tcagagttgaagtttcggttgaaaccgagtgggagtttttgtggtgacgtagaagcaaagaattccggtgggaggtaaccgtcgccggcgctgtcttcag 33161997  T
Q  301 cggcggtggctgtggc------ggtggttgtgaaatttggtgtacacgtggaggaatggtaagttgaggaaagaaagagtgttatgaggtttgtgaataa 394  Q
    ||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33161996 cggcggtggctgtggctgtggcggtggttgtgaaatttggtgtacacgtggaggaatggtaagttgaggaaagaaagagtgttatgaggtttgtgaataa 33161897  T
Q  395 aaggagggaaatgaagagtaaattggtggttagggtttttggattagggttaatattagaacccatgttacaaaa-taggaatgtgtttattggtttgtt 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33161896 aaggagggaaatgaagagtaaattggtggttagggtttttggattagggttaatattagaacccatgttacaaaaataggaatgtgtttattggtttgtt 33161797  T
Q  494 atagattgattttgagtttgattatggttactaagcttcgaaggtagccatttttatgtgaagattttaagcattttcttattaagttattgtcaagtgt 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33161796 atagattgattttgagtttgattatggttactaagcttcgaaggtagccatttttatgtgaagattttaagcattttcttattaagttattgtcaagtgt 33161697  T
Q  594 taaggattcctttggtatagtattatattgtgtgctaagcactaactggaggtagatcatgatgagttttgacttataatgtgttttatagaaagtcgac 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33161696 taaggattcctttggtatagtattatattgtgtgctaagcactaagtggaggtagatcatgatgagttttgacttataatgtgttttatagaaagtcaac 33161597  T
Q  694 agtttgaccaagattttccacttgttatgctctttcgtttcggtcttgaggtgatggtggaagttttataagccttgaagaatattgggaagtgtttgtt 793  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33161596 agtttgaccaagattttccacttgttatgctctttcgtttcggtcttgaggtgatggtggaagttttataagccttgaagaatattgggaagtgtttgtt 33161497  T
Q  794 atgcaataagaattagcattttattatattgtttgtaggattgcaaattg 843  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33161496 atgcaataagaattagcattttattatattgtttgtaggattggaaattg 33161447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University