View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3319_high_17 (Length: 280)

Name: NF3319_high_17
Description: NF3319
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3319_high_17
NF3319_high_17
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (17-280)||(27713845-27714108)
chr3 (21-262)||(27698009-27698250)
chr3 (46-270)||(26409023-26409247)
chr3 (57-272)||(27746681-27746905)
chr3 (57-207)||(27727155-27727314)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 17 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 27714108 - 27713845
Alignment:
Q  17 aacaatttgctctctccacgcaggcatcaatggcttcaacacaaaaggaatgaagaagccgataatcttatattttatgtgtataacaaatgcaacaatg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27714108 aacaatttgctctctccacgcaggcatcaatggcttcaacacaaaaggaacgaagaagccgataatcttatattttatgtgtataacaaatgcaacaatg 27714009  T
Q  117 gtggccttgtgaatgttaggattgcaacacaacatttttgtggtaatgtgtttaggaaactgttttttaatacaaggtactttggaaaaggtatggagga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27714008 gtggccttgtgaatgttaggattgcaacacaacatttttgtggtaatgtgtttaggaaactgttttttaatacaaggtactttggaaaaggtatggagga 27713909  T
Q  217 tggagggccaggtcttgatgaaattgaacatgttgatgctgttttcacattgcttaaccatgtt 280  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27713908 tggagggccaggtcttgaggaaattgaacatgttgatgctgttttcacattgcttaaccatgtt 27713845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 21 - 262
Target Start/End: Original strand, 27698009 - 27698250
Alignment:
Q  21 atttgctctctccacgcaggcatcaatggcttcaacacaaaaggaatgaagaagccgataatcttatattttatgtgtataacaaatgcaacaatggtgg 120  Q
    ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  27698009 atttgttctcttcacgaaggcatcaatggcttcaagataaaaggaacgaagaagccgacaatcttatgttttacgtgtacaacaaatgcaacaatggtgg 27698108  T
Q  121 ccttgtgaatgttaggattgcaacacaacatttttgtggtaatgtgtttaggaaactgttttttaatacaaggtactttggaaaaggtatggaggatgga 220  Q
    ||| |||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27698109 cctggtgaatgtaaggattgctactcaacattattgtggtaatgtgtataggaaattgttttttaacacaaggtactttggaaaaggtatgaaggatgga 27698208  T
Q  221 gggccaggtcttgatgaaattgaacatgttgatgctgttttc 262  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||    
T  27698209 gggcctggtcttgaggaagttgaacatgttgatgctgctttc 27698250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 46 - 270
Target Start/End: Original strand, 26409023 - 26409247
Alignment:
Q  46 atggcttcaacacaaaaggaatgaagaagccgataatcttatattttatgtgtataacaaatgcaacaatggtggccttgtgaatgttaggattgcaaca 145  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||  ||||  ||    
T  26409023 atggcttcaagacaaaaggaacgaagaagccgataatcttatcttttatgtatacaacaaatgcaacaatggtgatcttgtgagtgttagacttgcttca 26409122  T
Q  146 caacatttttgtggtaatgtgtttaggaaactgttttttaatacaaggtactttggaaaaggtatggaggatggagggccaggtcttgatgaaattgaac 245  Q
    ||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  26409123 caacattattgcggtaatgtgtataggaaaatgtattttaatacaaggtactttggaaagggtatgaaggatggagggcctggtcttgaggaaattgagc 26409222  T
Q  246 atgttgatgctgttttcacattgct 270  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||    
T  26409223 atgttgatgctgcttttacattgct 26409247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 57 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 27746905 - 27746681
Alignment:
Q  57 acaaaaggaatgaagaagccgataatcttatattttatgtgtataacaaatgcaacaatgg---------tggccttgtgaatgttaggattgcaacaca 147  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  | || |||||||| || ||||||||||| ||||          ||| |||||||||||||||||||  |||      
T  27746905 acaaaaggaatgaagaagctgataacataatgttttatgtctacaacaaatgcaaaaatgcgaatgataatggtcttgtgaatgttaggattgttacaag 27746806  T
Q  148 acatttttgtggtaatgtgtttaggaaactgttttttaatacaaggtactttggaaaaggtatggaggatggagggccaggtcttgatgaaattgaacat 247  Q
     |||| |||| ||||| || | |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| |   | |||||||| || ||| | || ||| ||||||||    
T  27746805 gcattattgttgtaatttgatgaggaaattggtttttaatacaaggtactttggagaaggaagtaatgatggaggtcctggtttggaggaagttgaacat 27746706  T
Q  248 gttgatgctgttttcacattgctta 272  Q
    || |||||| |||||||||||||||    
T  27746705 gtagatgctattttcacattgctta 27746681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 57 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 27727314 - 27727155
Alignment:
Q  57 acaaaaggaatgaagaagccgataatcttatattttatgtgtataacaaatgcaacaatg---------gtggccttgtgaatgttaggattgcaacaca 147  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||| || ||||||||||| ||||          ||| |||||||||||||||||||  |||      
T  27727314 acaaaaggaatgaagaagctgataatataatgttttatgtctacaacaaatgcaaaaatgcgaatgataatggtcttgtgaatgttaggattgttacaag 27727215  T
Q  148 acatttttgtggtaatgtgtttaggaaactgttttttaatacaaggtactttggaaaagg 207  Q
     |||| |||| ||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27727214 gcattattgttgtaatttgatgaagaaattgatttttaatacaaggtactttggagaagg 27727155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University