View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3321-Insertion-2 (Length: 863)
Name: NF3321-Insertion-2
Description: NF3321
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3321-Insertion-2 |
 | |
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| [»] chr8 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 800; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 800; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 10404134 - 10403280
Alignment:
| Q |
8 |
actaattcatgggatgaccctttttacctataccaatattgctcaagcaatagaacagcatccaatacttcctttcaatttgacctcacaaccctcctct |
107 |
Q |
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| T |
10404134 |
actaattcatgggatgaccctttttacctataccaatattgctcaagcaatagaacagcatccaatacttcctttcaatttgacctcacaaccctcctct |
10404035 |
T |
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| Q |
108 |
cttccttatcatccaatgctacaaccaacacacaattttacaacacaacattcattggaaacaacccttctgacacaatctatggtatgttcttatgtag |
207 |
Q |
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| T |
10404034 |
cttccttatcatccaatgctacaaccaacacacaattttacaacacaacattcattggaaacaacccttctgacacaatctatggtatgttcttatgtag |
10403935 |
T |
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| Q |
208 |
gggtgatgttccctctcaactttgtcaacaatgtatagtaaatgcaacacaaagactttccttagaatgttctttgtcaaaagaaggcgttgtttggtat |
307 |
Q |
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| T |
10403934 |
gggtgatgttccctctcaactttgtcaacaatgtatagtaaatgcaacacaaagactttccttagaatgttctttgtcaaaagaaggtgttgtttggtat |
10403835 |
T |
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| Q |
308 |
gatgaatgtatggtttggtattccacaaccttggcaacaacatcaactagtttttacttgttgaatacaaataaagtctcaaacacacaaaatttcatga |
407 |
Q |
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| T |
10403834 |
gatgaatgtatggtttggtattccacaaccttggcagcaacatcaactagtttttacttgttgaatacaaataaagtctcaaacacacaaaatttcatga |
10403735 |
T |
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| Q |
408 |
gtttattgttttctacaatgaacaaaacttcaaatgaagcagcttttggtgacaaaaaatatgcatcaaaagaagtaactatatcaaaatttcaaaccct |
507 |
Q |
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| T |
10403734 |
gtttattgttttctacaatgaacaaaacctcaaatgaagcagcttttggtgacaaaaaatatgcatctaatgaaataactatatcaaaatttcaaaccct |
10403635 |
T |
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| Q |
508 |
ttattgtttagctcaatgtacaccaaatttattaccacatgattgtagaacttgcctaagtggattgatagagaaacttccattgtgttgtgaaggaaga |
607 |
Q |
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| T |
10403634 |
ttattgtttagctcaatgcacaccaaatttgtcaccacatgattgtagaacttgtctaagtggattgatagagaaacttccattgtgttgtgaaggaaga |
10403535 |
T |
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| Q |
608 |
gttggagggagagttctgaatccaagttgtaatattaggtatgaattttaccctttttatctatccaatagcattggttcatcaatagatactacatcac |
707 |
Q |
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10403534 |
gttggagggagagttctgaatccaagttgtaatattaggtatgaattttaccctttttatctatccaatagtattggttcatcaatagatactacatcac |
10403435 |
T |
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| Q |
708 |
aacaaattctacttccacaaacaaaaacttcagaacaccctttttacctttcacacaattgttcaagtaataacaaaaccttcacttttaacaacacttt |
807 |
Q |
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| T |
10403434 |
aacaaattctacttccacaaacaaaaacttcagaacaccctttttacctttcacacaattgttcaagtaataacaaaaccttcacttttaacaacacttt |
10403335 |
T |
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| Q |
808 |
caaagttcaccttacaacccttttttcttacctggtcttctaatgccactaaaagc |
863 |
Q |
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10403334 |
caaagttcaccttacaacccttttttctta-cttgtcttctaatgccactaaaagc |
10403280 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 862
Target Start/End: Original strand, 20230750 - 20231636
Alignment:
| Q |
8 |
actaattcatgggatgaccctttttacctataccaatattgctcaagcaatagaacagcatccaatacttcctttcaatttgacctcacaaccctcctct |
107 |
Q |
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| T |
20230750 |
actaattcatgggatgacccttttttcctataccaatattgctcaagcaaccgaacatcagcctatacttcattccaatttgatctcaccaccctcctct |
20230849 |
T |
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| Q |
108 |
cttccttatcatccaatgctacaa------ccaacacacaattttacaacacaacattcattggaaacaacccttctgacacaatctatggtatgttctt |
201 |
Q |
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| T |
20230850 |
cttccttatcatccaaagccacaaaaaacacaaacacacaattctacaacacaacattcattggaaacaatccttcagacacaatctatggcatgttctt |
20230949 |
T |
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| Q |
202 |
atgtaggggtgatgttccctctcaactttgtcaacaatgtatagtaaatgcaacacaaagactttccttagaatgttctttgtcaaaagaaggcgttgtt |
301 |
Q |
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| T |
20230950 |
atgtagggatgatgttccctctcaactttgtcaacaatgtatactaaatgcaacacaaagactttccttgcaatgttctttgtctaaagaaggtattgtt |
20231049 |
T |
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| Q |
302 |
tggtatgatgaatgtatggtttggtattccacaaccttg---------------gcaacaacatcaactagtttttacttgttgaatacaaataaagtct |
386 |
Q |
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| T |
20231050 |
tggtacaatgaatgtatggtttggtattcgacaacctttattttctccacggttgcaaggacaacacctacttttaacttgttgaatactgacaaagtcg |
20231149 |
T |
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| Q |
387 |
caaacacacaaaatttcatgagtttattgttttctacaatgaacaaaacttcaaatgaagcagcttttggtgacaaaaaatatgcatcaaaagaagtaac |
486 |
Q |
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| T |
20231150 |
caaacccgaaaagtttcatgagtttattgttttctacaatgaacaaaactgcagatgaagcagcttttggtgacaaaaaatttgcatcaaatgcaataac |
20231249 |
T |
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| Q |
487 |
tatatcaaaatttcaaaccctttattgtttagctcaatgtacaccaaatttattaccacatgattgtagaacttgcctaagtggattgatagagaaactt |
586 |
Q |
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| T |
20231250 |
tatatcgaaatttcaaaccctttattgtttagttcaatgcacaccaaatttgtcaccacatgaatgtagaagttgtctaagtggattgatagaggaactt |
20231349 |
T |
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| Q |
587 |
ccattgtgttgtgaaggaagagttggagggagagttctgaatccaagttgtaatattaggtatgaattttaccctttttatctatccaatagcattggtt |
686 |
Q |
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| T |
20231350 |
ccagtgtgttgtgaaggaagagttggaggaagagttctaaatccaagttgtaatattaggtatgaattctaccctttttatatctc---ttctaatggtt |
20231446 |
T |
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| Q |
687 |
catcaatagatactacatcacaacaaattctacttccacaaacaaaaact---------------------tcagaacaccctttttacctttcacacaa |
765 |
Q |
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| T |
20231447 |
catcaa---atccttcatcacaacaaattatacttccccaaacaaaaaatttagatgctgattcaactatttcagaacaccctttttacctttcacacaa |
20231543 |
T |
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| Q |
766 |
ttgttcaagtaataacaaaaccttcacttttaacaacactttcaaagttcaccttacaacccttttttcttacctggtcttctaatgccactaaaag |
862 |
Q |
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20231544 |
ttgttc---tagtaacaaaaccttcacttttagtaacactttcaagaaacaccttacaacccttttttcctacat-gtcttctaatgccactaaaag |
20231636 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 862
Target Start/End: Original strand, 22124734 - 22125620
Alignment:
| Q |
8 |
actaattcatgggatgaccctttttacctataccaatattgctcaagcaatagaacagcatccaatacttcctttcaatttgacctcacaaccctcctct |
107 |
Q |
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22124734 |
actaattcatgggatgacccttttttcctataccaatattgctcaagcaaccgaacatcagcctatacttcattccaatttgatctcaccaccctcctct |
22124833 |
T |
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| Q |
108 |
cttccttatcatccaatgctacaa------ccaacacacaattttacaacacaacattcattggaaacaacccttctgacacaatctatggtatgttctt |
201 |
Q |
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22124834 |
cttccttatcatccaaagccacaaaaaacacaaacacacaattctacaacacaacattcattggaaacaatccttcagacacaatctatggcatgttctt |
22124933 |
T |
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202 |
atgtaggggtgatgttccctctcaactttgtcaacaatgtatagtaaatgcaacacaaagactttccttagaatgttctttgtcaaaagaaggcgttgtt |
301 |
Q |
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atgtagggatgatgttccctctcaactttgtcaacaatgtatactaaatgcaacacaaagactttccttgcaatgttctttgtctaaagaaggtattgtt |
22125033 |
T |
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| Q |
302 |
tggtatgatgaatgtatggtttggtattccacaaccttg---------------gcaacaacatcaactagtttttacttgttgaatacaaataaagtct |
386 |
Q |
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| T |
22125034 |
tggtacaatgaatgtatggtttggtattcgacaacctttattttctccacggttgcaaggacaacacctacttttaacttgttgaatactgacaaagtcg |
22125133 |
T |
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| Q |
387 |
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486 |
Q |
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caaacccgaaaagtttcatgagtttattgttttctacaatgaacaaaactgcagatgaagcagcttttggtgacaaaaaatttgcatcaaatgcaataac |
22125233 |
T |
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| Q |
487 |
tatatcaaaatttcaaaccctttattgtttagctcaatgtacaccaaatttattaccacatgattgtagaacttgcctaagtggattgatagagaaactt |
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Q |
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tatatcgaaatttcaaaccctttattgtttagttcaatgcacaccaaatttgtcaccacatgaatgtagaagttgtctaagtggattgatagaggaactt |
22125333 |
T |
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ccattgtgttgtgaaggaagagttggagggagagttctgaatccaagttgtaatattaggtatgaattttaccctttttatctatccaatagcattggtt |
686 |
Q |
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ccagtgtgttgtgaaggaagagttggaggaagagttctaaatccaagttgtaatattaggtatgaattctaccctttttatatctc---ttctaatggtt |
22125430 |
T |
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| Q |
687 |
catcaatagatactacatcacaacaaattctacttccacaaacaaaaact---------------------tcagaacaccctttttacctttcacacaa |
765 |
Q |
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22125431 |
catcaa---atccttcatcacaacaaattatacttccccaaacaaaaaatttagatgctgattcaactatttcagaacaccctttttacctttcacacaa |
22125527 |
T |
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| Q |
766 |
ttgttcaagtaataacaaaaccttcacttttaacaacactttcaaagttcaccttacaacccttttttcttacctggtcttctaatgccactaaaag |
862 |
Q |
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| T |
22125528 |
ttgttc---tagtaacaaaaccttcacttttagtaacactttcaagaaacaccttacaacccttttttcctacat-gtcttctaatgccactaaaag |
22125620 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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