View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3331_high_1 (Length: 765)

Name: NF3331_high_1
Description: NF3331
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3331_high_1
NF3331_high_1
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (10-748)||(54792058-54792797)
chr4 (10-748)||(52284725-52285468)
chr4 (10-386)||(54776707-54777086)
chr4 (402-748)||(54776326-54776676)
chr4 (212-374)||(800173-800339)
chr4 (10-129)||(799906-800031)
chr4 (407-474)||(800343-800410)
chr4 (673-748)||(800578-800653)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 748
Target Start/End: Original strand, 54792058 - 54792797
Alignment:
Q  10 ggagcagagatctaaataagcgtgaggtactaactgatcaagagaggcagaaactggaagaggacaagaagaaggtatatattgcatttttcaattagta 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54792058 ggagcagagatctaaataagcgtgaggtactaactgatcaagagaggcagaaactggaagaggacaagaagaaggtatatattgcatttttcaattagta 54792157  T
Q  110 tttgcacattttaaatatttattgttgctggtcataactcatacgttcttatctaccattgtccgtgcaaaaaattagacctgtctttgtcgatggtaac 209  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54792158 tttgcacattttaaatattttttgttgctggtcataactcatacgttcttatctaccattgtccttgcaaaaaattagacctgtctttgtcgatggtaac 54792257  T
Q  210 cgatgtccttggttgctcttgatttgcataacaaagtactttattttgatcctattgactccctttaagtgaattccaacttttattggccttccaccat 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  54792258 cgatgtccttggttgctcttgatttgcgtaacaaagtactttattttgatcctattgactccctttaagtgaatcccaacttttattggccttccaccat 54792357  T
Q  310 ctgctaattggaccgagagtctatatgccaatagcttttgattattgtgaggaaatatcaatgtatactatatatattggtttta-nnnnnnnacaaata 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||        |||||||    
T  54792358 ctgctaattggaccgagagtctatatgccaatagcttttgattattgtgaggaaatatcaatgtatactatatata-tggttttattttttttacaaata 54792456  T
Q  409 tatggttttagttttaactacctcatttatgtcaaaatttcgttataaagatttgtagtttcatatgatctatgaaatattagtgcgca-tttttcattt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54792457 tatggttttagttttaactacctcatttatgtcgaaatttcgttataaagatttgtagtttcatatgatctatgaaatattagtgcgcattttttcattt 54792556  T
Q  508 gaaaaatcatcctcnnnnnnnggattaaaaaatcatctttcaaaatccataaaaaaccacatctgcccgatgtgtttctttcatcccactctctaatctc 607  Q
    ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  54792557 gaaaaatcatcctctttttttggattaaaaaatcatctttcaaaatccataaaaaaccacatctgcccgatgtgtttctttcatcccactttctaatctc 54792656  T
Q  608 tacttgcttgatgtgcctcaagactttaaaatcatcagcatgtatgtgtacttcctcaagattcaaatattacttctttgtccttctagaaagactcgag 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54792657 tacttgcttgatgtgcctcaagactttaaaatcatcagcatgtatgtgtacttcctcaagattcaaatattacttctttgtccttctagaaagactcgag 54792756  T
Q  708 gaacgaatcactcttgttggcttcaaaggagcagaagatag 748  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54792757 gaacgaatcactcttgttggcttcaaaggagcagaagatag 54792797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 748
Target Start/End: Original strand, 52284725 - 52285468
Alignment:
Q  10 ggagcagagatctaaataagcgtgaggtactaactgatcaagagaggcagaaactggaagaggacaagaagaaggta---tatattgcatttttcaatta 106  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||    
T  52284725 ggagcagagatctgaataaacgtgaggtactaactgatcaagagaggcagaaactggaagaggacaagaagaaggtaacatatattacatttttcaatta 52284824  T
Q  107 gtatttgcacattttaaatatttattgttgctggtcataactcatacgttcttatctaccattgtccgtgcaaaaaattagacctgtctttgtcgatggt 206  Q
     ||| ||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52284825 atatatgcccatattaaatattttttgttgctgatcatat-------gttcttatctaccattgtccttgcaaaaaattagacccgtctttgtcgatggt 52284917  T
Q  207 a----accgatgtccttggttgctcttgatttgcataacaaagtactttattttgatcctattgactccctttaagtgaattccaacttttattggcctt 302  Q
         ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  52284918 ctgctactaatgtccttggttgctcttgatttgcataacaaagtgctttattttgatcctattgactccctttaagtgaatcccaacttttattggcctt 52285017  T
Q  303 ccaccatctgctaattggaccgagagtctatatgccaatagcttttgattattgtgaggaaatatcaatgtatactatatatattggtttta-nnnnnnn 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||            
T  52285018 ccaccatctgctaattggaccgagagtctatatgccaatagcttttgattattgtgaggaaatatcaatgtatactatatata-tggttttatttttttt 52285116  T
Q  402 acaaatatatggttttagttttaactacctcatttatgtcaaaatttcgttataaagatttgtagtttcatatgatctatgaaatattagt--gcgcatt 499  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||  |||  ||    
T  52285117 acaaatatatggttctagttttaactacctcatttatgtcgaaatttcattataaagatttgcagtttcatatggtatatgaaatattagtaagcgattt 52285216  T
Q  500 tttcatttgaaaaatcatc--ctcnnnnnnnggattaaaaaatcatctttcaaaatccataaaaaaccacatctgcccgatgtg-tttctttcatcccac 596  Q
    | |||||||||||||||||   |        ||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||| |||||||||    
T  52285217 tgtcatttgaaaaatcatcttttttttttttggattgaaaattaatcttttaaaatccataaaaaaccacatctcctagatgtgctttctgtcatcccac 52285316  T
Q  597 tctctaatctctacttgcttgatgtgcctcaagactttaaaatcatcagcatgtatgtgtacttcctcaagattcaaatattacttctttgtccttctag 696  Q
    | |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52285317 tttctaatctttacttgtttgatgtgccttaagactttaaaatcatcagccttcatgtgtgcttccacaagattcaaatattacttctttgtccttctag 52285416  T
Q  697 aaagactcgaggaacgaatcactcttgttggcttcaaaggagcagaagatag 748  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52285417 aaagactcgaggaacgaatcactcttgttggcttcaaaggagcagaagatag 52285468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 10 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 54777086 - 54776707
Alignment:
Q  10 ggagcagagatctaaataagcgtgaggtactaactgatcaagagaggcagaaactggaagaggacaagaagaaggtatatattgcatttttcaattagta 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54777086 ggagcagagatctaaataagcgtgaggtactaactgatcaagagagacagaaactggaagaggacaagaagaaggtatatattgcatttttcaattagta 54776987  T
Q  110 tttgcacattttaaatatttattgttgctggtcataactcatacgttcttatctaccattgtccgtgcaaaaaattagacctgtctttgtcgatggta-- 207  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||      
T  54776986 tttgcacattttaaatattttttgttgctggtcataactcatacattcttatctaccattgtccttgctaaaaattagacctgtctttgtcgatggtatc 54776887  T
Q  208 --accgatgtccttggttgctcttgatttgcataacaaagtactttattttgatcctattgactccctttaagtgaattccaacttttattggccttcca 305  Q
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  54776886 ctaccaatgtccttggttgctcttgatctgcataacaaagtgctttattttgatcctattgact-cctttaagtgaatcccaacttttattggccttcca 54776788  T
Q  306 ccatctgctaattggaccgagagtctatatgccaatagcttttgattattgtgaggaaatatcaatgtatactatatatat 386  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54776787 ccatctactaattggactgagagtctatatgccaaaagcttttgattattgtgaggaaatatcaatgtatactatatatat 54776707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 402 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 54776676 - 54776326
Alignment:
Q  402 acaaatatatggttttagttttaactacctcatttatgtcaaaatttcgttataaagatttgtagtttcatatgatctatgaaatattagtgcgcatttt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  54776676 acaaatatatggttttagttttaactacctcatttatgtcgaaattttgttataaagatttgtagtttcatatgatctatgaaatattagtgtgcatttt 54776577  T
Q  502 t-catttgaaaaatcatcctcnnnnnnn--ggattaaaaaatcatctttcaaaatccataaaaaaccacatctgcccgatgtgttt-ctttcatcccact 597  Q
    | |||||||||||| |||||          |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  54776576 ttcatttgaaaaataatcctttatttttttggattaaaaattcatctttcaaaatccataaaaaaccacatctgcctgatgtgttttctttcatcccact 54776477  T
Q  598 ctctaatctctacttgcttgatgtgcctcaagactttaaaatcatcagcatgtatgtgtacttcctcaagattcaaatattacttctttgtccttctaga 697  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54776476 ttctaatctctacttgcttgatgtgcctcaagacttaaaattttttagcatgtatgtgtacttcctcaagattcaaatattacttctttgtccttctaga 54776377  T
Q  698 aagactcgaggaacgaatcactcttgttggcttcaaaggagcagaagatag 748  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  54776376 aagactcgaggaacgagtcactcttattggcttcaaaggagcagaatatag 54776326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 212 - 374
Target Start/End: Original strand, 800173 - 800339
Alignment:
Q  212 atgtccttggttgctcttgatttgcataacaaa-gtactttattttgatcctattgactccctttaagtgaattccaacttttattggccttccaccatc 310  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||    |    
T  800173 atgtccttggttgctcttgatttgaataaaaaaagtgctttattttgatcctattgactctctttaagtgaatcccaactttaattggccttccatagcc 800272  T
Q  311 tgctaattggaccgaga---gtctatatgccaatagcttttgattattgtgaggaaatatcaatgta 374  Q
      |||||||| || |||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  800273 cactaattggtcccagagtcgtctatatgccaaaagcttttgattattgtgaggaaatatcaatgta 800339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 129
Target Start/End: Original strand, 799906 - 800031
Alignment:
Q  10 ggagcagagatctaaataagcgtgaggtactaactgatcaagagaggcagaaactggaagaggacaagaagaaggta---tatattgcattttt---caa 103  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||| |||||||   |||    
T  799906 ggagcagagaccttaataagcgtgaggtactaactgatcaagagaggcagaaactagaagaggacaagaagaaggtaatgtatattacattttttggcaa 800005  T
Q  104 ttagtatttgcacattttaaatattt 129  Q
    | ||||| ||| ||||||||||||||    
T  800006 tcagtatatgcccattttaaatattt 800031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 407 - 474
Target Start/End: Original strand, 800343 - 800410
Alignment:
Q  407 tatatggttttagttttaactacctcatttatgtcaaaatttcgttataaagatttgtagtttcatat 474  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  800343 tatatggttttagttttaaatacctcatttatgttgaaattttgttataaagatttgtattttcatat 800410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 673 - 748
Target Start/End: Original strand, 800578 - 800653
Alignment:
Q  673 aatattacttctttgtccttctagaaagactcgaggaacgaatcactcttgttggcttcaaaggagcagaagatag 748  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||  ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||    
T  800578 aatattatttctttgtccttctagaaagacgtaaggaatcaatcactccagttggcctcaaaggagcagaagatag 800653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University