View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3331_low_7 (Length: 326)

Name: NF3331_low_7
Description: NF3331
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3331_low_7
NF3331_low_7
[»] chr8 (21 HSPs)
chr8 (27-314)||(27190660-27190947)
chr8 (8-246)||(28846491-28846726)
chr8 (8-314)||(13152393-13152699)
chr8 (15-314)||(14446710-14447008)
chr8 (17-314)||(24333593-24333893)
chr8 (101-314)||(9256355-9256565)
chr8 (139-314)||(30791457-30791632)
chr8 (139-285)||(16532659-16532805)
chr8 (139-285)||(21958513-21958659)
chr8 (202-309)||(32372022-32372129)
chr8 (177-314)||(10014434-10014571)
chr8 (202-314)||(32342880-32342992)
chr8 (202-314)||(32355367-32355479)
chr8 (202-314)||(32359486-32359598)
chr8 (160-314)||(10467786-10467927)
chr8 (207-314)||(40146009-40146116)
chr8 (204-310)||(34228232-34228338)
chr8 (8-62)||(9256291-9256345)
chr8 (155-235)||(42446935-42447015)
chr8 (209-304)||(2826315-2826407)
chr8 (261-314)||(42447048-42447101)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (8-314)||(31944486-31944792)
chr4 (112-314)||(4325387-4325587)
chr4 (139-314)||(53693033-53693208)
chr4 (139-314)||(12211225-12211400)
chr4 (139-268)||(27364884-27365013)
chr4 (188-314)||(3074419-3074545)
chr4 (139-317)||(42843708-42843889)
chr4 (139-239)||(55464734-55464834)
chr4 (202-314)||(8897925-8898037)
chr4 (223-314)||(1147584-1147675)
chr4 (202-314)||(10632643-10632757)
chr4 (15-68)||(51379518-51379571)
chr4 (25-73)||(24104671-24104719)
chr4 (202-289)||(3240298-3240385)
chr4 (243-314)||(25182878-25182949)
chr4 (55-116)||(24104598-24104659)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (8-313)||(12180525-12180830)
chr6 (9-314)||(11970831-11971135)
chr6 (122-282)||(25340429-25340589)
chr6 (145-314)||(25599159-25599331)
chr6 (139-314)||(24074413-24074588)
chr6 (177-296)||(3050902-3051021)
chr6 (139-314)||(32441973-32442145)
chr6 (191-284)||(30621226-30621318)
chr6 (188-284)||(1296559-1296655)
chr6 (26-68)||(8035493-8035535)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (8-314)||(9636992-9637297)
chr1 (8-314)||(30559004-30559310)
chr1 (8-314)||(14498768-14499073)
chr1 (8-314)||(48606611-48606917)
chr1 (98-314)||(52753819-52754032)
chr1 (123-296)||(25017371-25017544)
chr1 (123-314)||(40864718-40864909)
chr1 (122-310)||(32379859-32380043)
chr1 (163-283)||(35949008-35949128)
chr1 (139-295)||(26272947-26273103)
chr1 (139-281)||(21973820-21973962)
chr1 (164-314)||(30054847-30054997)
chr1 (139-239)||(17127440-17127540)
chr1 (8-118)||(30054735-30054845)
chr1 (205-314)||(17874845-17874954)
chr1 (8-67)||(52754030-52754089)
chr1 (240-313)||(11843899-11843972)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (8-314)||(3856875-3857181)
chr3 (8-308)||(51261849-51262149)
chr3 (33-276)||(15667868-15668111)
chr3 (139-295)||(43137128-43137283)
chr3 (139-285)||(31989030-31989176)
chr3 (139-285)||(53710399-53710545)
chr3 (139-285)||(24908421-24908567)
chr3 (139-311)||(37381871-37382043)
chr3 (209-314)||(24988812-24988917)
chr3 (202-314)||(22934798-22934910)
chr3 (157-226)||(43585836-43585905)
chr3 (253-313)||(51408609-51408669)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (16-314)||(12539452-12539749)
chr2 (8-295)||(34317491-34317772)
chr2 (142-314)||(35649659-35649831)
chr2 (139-311)||(33453190-33453362)
chr2 (139-311)||(19951833-19952005)
chr2 (139-281)||(22483550-22483692)
chr2 (139-281)||(34526353-34526495)
chr2 (139-281)||(22464671-22464813)
chr2 (167-262)||(13308745-13308840)
chr2 (211-310)||(7886661-7886758)
chr2 (202-282)||(18425992-18426072)
chr2 (202-314)||(26656340-26656452)
chr2 (223-285)||(31392485-31392547)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (8-311)||(3055351-3055655)
chr5 (8-314)||(8785653-8785958)
chr5 (10-314)||(27168802-27169098)
chr5 (10-314)||(11852587-11852891)
chr5 (83-314)||(23244569-23244800)
chr5 (142-282)||(1280382-1280522)
chr5 (163-314)||(203875-204026)
chr5 (139-281)||(26540687-26540829)
chr5 (156-314)||(22712898-22713048)
chr5 (157-285)||(22541905-22542033)
chr5 (188-314)||(2228965-2229091)
chr5 (202-285)||(19518970-19519053)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (15-314)||(9230278-9230577)
chr7 (89-314)||(23179885-23180109)
chr7 (8-245)||(43727866-43728103)
chr7 (139-314)||(26493713-26493888)
chr7 (139-313)||(27387306-27387480)
chr7 (114-309)||(8638590-8638786)
chr7 (139-285)||(19399979-19400125)
chr7 (139-314)||(45197645-45197819)
chr7 (139-313)||(38575289-38575463)
chr7 (10-154)||(25024455-25024599)
chr7 (85-178)||(23804633-23804726)
chr7 (24-143)||(24276397-24276517)
chr7 (10-137)||(5287940-5288067)
chr7 (148-311)||(18375416-18375577)
chr7 (205-311)||(14088815-14088921)
chr7 (205-311)||(14398833-14398939)
chr7 (205-311)||(25491636-25491742)
chr7 (211-314)||(25024596-25024699)
chr7 (234-294)||(9557784-9557844)
chr7 (262-310)||(26782317-26782365)
[»] scaffold0178 (1 HSPs)
scaffold0178 (8-314)||(17610-17916)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (139-314)||(134853-135028)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (51-295)||(435366-435617)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (139-314)||(259919-260094)
[»] scaffold0168 (1 HSPs)
scaffold0168 (139-281)||(15815-15957)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (139-285)||(214189-214335)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (139-281)||(197106-197248)
[»] scaffold0198 (1 HSPs)
scaffold0198 (172-285)||(1430-1543)
[»] scaffold0726 (1 HSPs)
scaffold0726 (209-314)||(954-1059)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 21)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 27 - 314
Target Start/End: Original strand, 27190660 - 27190947
Alignment:
Q  27 gtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatcttataagcccgcgagaa 126  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27190660 gtgcaccaaagctattaccaacatcaacaaaagttggaagtccaccagttgtcaagccatgtcaacaagctagtaaaataatcttataagcccgcgagaa 27190759  T
Q  127 agaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatatta 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27190760 agaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatatta 27190859  T
Q  227 ctcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||    
T  27190860 ctcgaatattcaccgcaaagatgtctcagaaaggacatttacctcctaattttatttagtacactattggcaagttatgtttcatctc 27190947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 8 - 246
Target Start/End: Original strand, 28846491 - 28846726
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28846491 ggatcttcaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagttgccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 28846590  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | || | ||||||||||||||||||||    
T  28846591 tcttataagtccgtgagaaagaattgttaccaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgat---gtacatcgagcgggagatattcaagtca 28846687  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaag 246  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28846688 cttgatgatgttgatattattcgaacattcaccgcaaag 28846726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 13152699 - 13152393
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| ||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||  ||| || |||||| |||||||||||||||    
T  13152699 ggatcttcaataatagagggtgcaccaaagctattaccaacatcaacaaaagttggaagtacaccagttatcaagccatgtcaaaaagctagtaaaataa 13152600  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||    
T  13152599 tcttataagcccgtgagaaagaattgttaccaacatgatcaacgctgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacatcgagcgggagatattcaagtca 13152500  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtt 307  Q
     |||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||    
T  13152499 tttgatgatgttggtattattccaacattcatcgcaaagaggtctcggaaagggcatttacctcctaattttatttagcacactattgacaagttatgtt 13152400  T
Q  308 tcatctc 314  Q
    |||||||    
T  13152399 tcatctc 13152393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 314
Target Start/End: Original strand, 14446710 - 14447008
Alignment:
Q  15 caacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatcttata 114  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||   |||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14446710 caacaatattgggtacaccaaagctattaccaacatcaacaaaagttggaagtccaccagtagtcaagtcctgtcaataagctagtaaaataatcttata 14446809  T
Q  115 agcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatg 214  Q
    || | |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||    
T  14446810 agtctgcgagaaagaattgttacca-caagatcaacgatttgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccaagagagagatattcaagtcacttgatg 14446908  T
Q  215 atgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||| || |||||||||||||||| ||| |||||||  ||||  |||||||||    
T  14446909 atgttgatattattctaacattcactgcaaagaggtctcggaaaggacattcacctcctaattttatttagcacactattgatcggttacatttcatctc 14447008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 314
Target Start/End: Original strand, 24333593 - 24333893
Alignment:
Q  17 acaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatcttataag 116  Q
    |||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||  |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24333593 acaatagcaggtgcaccaaaactattaccaacatcaataaaagttggaagtccaccggttgtcaagtcttgtcaataagctagtaaaataatcttataag 24333692  T
Q  117 cccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgat 216  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24333693 cccgtgagaaagaattgttaccaacaagatcaacgatgtatgattcaatgactttatgatatgttacactgagcgggagatattcaagtcacttgatgat 24333792  T
Q  217 gttgatattactcgaac---attcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatct 313  Q
    ||| |||||| ||||||   ||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||| || | ||||||||||| ||| ||||||   ||||||||||||||    
T  24333793 gttaatattattcgaacattattcaccacaaagaggtctcggaaagagaatttacctcatgattttatttagcacactattgaccggttatgtttcatct 24333892  T
Q  314 c 314  Q
    |    
T  24333893 c 24333893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 101 - 314
Target Start/End: Original strand, 9256355 - 9256565
Alignment:
Q  101 aaaataatcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatatt 200  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||   || || | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||    
T  9256355 aaaataatcttataagcacgtgagaaagaatt---accaatatgatcaatgatgtgtggtttaatgacttgatgatatgttacatcgagcgggagatatt 9256451  T
Q  201 caagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||  ||| | ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||    
T  9256452 caagtcacttgatgatgttgatataattcgaacattcatcgcaaagaggtctcgcaaatgacatttacctcctaattttatttagcacactattgacaag 9256551  T
Q  301 ttatgtttcatctc 314  Q
    ||||||||||||||    
T  9256552 ttatgtttcatctc 9256565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 139 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 30791632 - 30791457
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  30791632 aacaagatcaagaatgagtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgacattgatattattcgaacattca 30791533  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  |||||| | ||||| |||||||||    
T  30791532 ccgcaaagaggtctcggaaagggcatttaccacctaattttatttagcacgctattgacaggttatatttcatctc 30791457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 139 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 16532805 - 16532659
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  16532805 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttataccaagtgagagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcaaacattca 16532706  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttag 285  Q
    |||||||||  | || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16532705 ccgcaaagagatatcggaaagggcatttacctcctaattttatttag 16532659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 139 - 285
Target Start/End: Original strand, 21958513 - 21958659
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  21958513 aacaagatcaacaatatgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcaggagatattcgagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattaa 21958612  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttag 285  Q
    |   ||||| ||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  21958613 ctcaaaagaggtcgcggaaagggaatttacctcctaattttatttag 21958659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 202 - 309
Target Start/End: Original strand, 32372022 - 32372129
Alignment:
Q  202 aagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| || ||    
T  32372022 aagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattcaccgcaaagaggtctcaaaaaggtcatttacctcctaattttatttagcacactattggtaggt 32372121  T
Q  302 tatgtttc 309  Q
    ||| ||||    
T  32372122 tatatttc 32372129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 177 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 10014571 - 10014434
Alignment:
Q  177 atgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaat 276  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||  | |  |||||||||||||| |||||||    
T  10014571 atgttacaccgagcggaagatattcatgtcacttgatgatgttgatattattcaaacattcaccggaaagagattttggaaagggcatttacctcctaat 10014472  T
Q  277 tttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    ||||||||| |||||||||| |  |||| |||||||||    
T  10014471 tttatttagcacattattgacatattatatttcatctc 10014434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 202 - 314
Target Start/End: Original strand, 32342880 - 32342992
Alignment:
Q  202 aagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||  |||| || ||    
T  32342880 aagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattcactgcaaaaaggtctcaaaaaggtcatttacctcctaattttatttagcacaccattggtatgt 32342979  T
Q  302 tatgtttcatctc 314  Q
    ||| |||||||||    
T  32342980 tatatttcatctc 32342992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 202 - 314
Target Start/End: Original strand, 32355367 - 32355479
Alignment:
Q  202 aagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||  |||| || ||    
T  32355367 aagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattcactgcaaaaaggtctcaaaaaggtcatttacctcctaattttatttagcacaccattggtatgt 32355466  T
Q  302 tatgtttcatctc 314  Q
    ||| |||||||||    
T  32355467 tatatttcatctc 32355479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 202 - 314
Target Start/End: Original strand, 32359486 - 32359598
Alignment:
Q  202 aagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||  |    
T  32359486 aagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattcactgcaaagaggtctcaaaaatgtcatttacctcctaattttatttagcacactattggtagat 32359585  T
Q  302 tatgtttcatctc 314  Q
    ||| |||||||||    
T  32359586 tatatttcatctc 32359598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 160 - 314
Target Start/End: Original strand, 10467786 - 10467927
Alignment:
Q  160 ttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaag 259  Q
    |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||             || |||||    
T  10467786 ttcaatgacttgatgatatgttacatcgagcgggagataatcaagtcatttgatgatgttgatattattcgaacatgca-------------tcggaaag 10467872  T
Q  260 ggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    || |||||| || ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  10467873 ggtatttacctcataattttatttagcacaatattgacaagttatgtttcatctc 10467927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 207 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 40146116 - 40146009
Alignment:
Q  207 acttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgt 306  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||| |||||  |  ||||||    
T  40146116 acttgatgatgttgatattattcgaacattcacaacaaagaggtctcggaaatggcatctacctcctaattttatttagcacactattggcagattatgt 40146017  T
Q  307 ttcatctc 314  Q
    ||||||||    
T  40146016 ttcatctc 40146009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 204 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 34228338 - 34228232
Alignment:
Q  204 gtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagtta 303  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||  ||||  |||||||| |||| ||||||||||  |||||||||| | ||||    
T  34228338 gtcacttgatgatgttgatattattcgaacatttaccacaaagaggtcttggaaattgcatttacctcctcattttatttatcacattattgacatgtta 34228239  T
Q  304 tgtttca 310  Q
    | |||||    
T  34228238 tatttca 34228232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 8 - 62
Target Start/End: Original strand, 9256291 - 9256345
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttg 62  Q
    |||||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9256291 ggatcttcaacgatagcgggtgcaccaaagctattaccaacatcaacaaaagttg 9256345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 155 - 235
Target Start/End: Original strand, 42446935 - 42447015
Alignment:
Q  155 tgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacat 235  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||    
T  42446935 tgtggttgaatgacgtgattatatgttacatcgagcggaagatattcaagtcacttgatgacgtttatattatttgaacat 42447015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 209 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 2826407 - 2826315
Alignment:
Q  209 ttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttat 304  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || || | | |||||||||    |||||||||||||| ||| ||| |||| |||||    
T  2826407 ttgataatgttgatattattcgaacattcaccgcaaagaggtatcggcatgggcattta---tctaattttatttagcacactatggatatgttat 2826315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 261 - 314
Target Start/End: Original strand, 42447048 - 42447101
Alignment:
Q  261 gcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||| || ||| ||||||| |||||||||    
T  42447048 gcatttacctcctaattttatttagcacactaatgacaagttatatttcatctc 42447101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Original strand, 31944486 - 31944792
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||| ||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  31944486 ggatcttcaacaatagcgggtgcatgaaagctattaccaacattaacaaaagttggaagtccaccagttatcaagccctgccaataagctagtaaaataa 31944585  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||||    
T  31944586 tcttataagctcgtgagaaagaattgttaccaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagtgtgagatattcaagtca 31944685  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtt 307  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  31944686 cttgatgatgttgatattattcgaacattcaccgcaaagaggtctcggaaagggcatttacctcctaattttatttagtacactattgacaagttatgtt 31944785  T
Q  308 tcatctc 314  Q
    |||||||    
T  31944786 tcatctc 31944792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 112 - 314
Target Start/End: Original strand, 4325387 - 4325587
Alignment:
Q  112 ataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttg 211  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||  ||||||    
T  4325387 ataagcccgtaagaaagaat-gttaccaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagtgggagataatcaacccacttg 4325485  T
Q  212 atgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcat 311  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||| |||    
T  4325486 atgatgttgatattatttgaacattcacagcaga-atgtctcagaaagggcaattacctcctaattttatttagcacactattgacaggttatgttgcat 4325584  T
Q  312 ctc 314  Q
    |||    
T  4325585 ctc 4325587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 139 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 53693208 - 53693033
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  53693208 aacatgatcaacggtgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacatcgagcgggagataatcaaggcacttgatgatgttgatattattcgaacattca 53693109  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
     |||||||| ||||| ||||||||||| || || |||||| |||||| ||| |||||  |||||||||||||||||    
T  53693108 tcgcaaagaggtctcggaaagggcattcacctcttaatttcatttagcacactattggcaagttatgtttcatctc 53693033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 139 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 12211400 - 12211225
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12211400 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgaacaggagatattcaagtcatttgatgatgttgatattattcgaacattca 12211301  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
       ||| || |||||  ||| | ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||    
T  12211300 tttcaatgaggtctcgaaaatgacatttacctcctaattttatttagcacactattggtaggttatatttcatctc 12211225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 139 - 268
Target Start/End: Original strand, 27364884 - 27365013
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27364884 aacaagatcaacagtgtgtggttaaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattca 27364983  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttac 268  Q
    ||| ||||| |||||  |||||||||||||    
T  27364984 ccgaaaagaggtctcgaaaagggcatttac 27365013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 188 - 314
Target Start/End: Original strand, 3074419 - 3074545
Alignment:
Q  188 agcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagta 287  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  3074419 agcgggagataatcaagtcacttgatgatgttgatattatttgaacattcatcgcaaagaggtctcaggaagggcatttatctcctaattttatttagca 3074518  T
Q  288 cattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    || |||||  |||||||||||||||||    
T  3074519 cactattggcaagttatgtttcatctc 3074545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 139 - 317
Target Start/End: Original strand, 42843708 - 42843889
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||  |   || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42843708 aacaagatcaacaatgtgtggtttaatgagttgatgatatgttatattgagtgagagatattcaagtcacttgatgatgttgatattaatcgaacattca 42843807  T
Q  239 ccgcaaagatg---tctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctcact 317  Q
    || |||||| |   |||| |  |||||||| || |||||||||||||||| || |||||| | |||||| ||||||||||||    
T  42843808 ccacaaagaggaggtctcggggagggcattgacatcctaattttatttagcacgttattggtgagttatatttcatctcact 42843889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 139 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 55464834 - 55464734
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  55464834 aacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagaaaatcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattca 55464735  T
Q  239 c 239  Q
    |    
T  55464734 c 55464734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 202 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 8898037 - 8897925
Alignment:
Q  202 aagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagt 301  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||||| | | ||||| ||  |    
T  8898037 aagtcactggatgatgttgatattattcgagcattcaccgcaaagaggtctcagaaagactatttacctcctaattttatttagcaaactattggtagtt 8897938  T
Q  302 tatgtttcatctc 314  Q
    ||| |||||||||    
T  8897937 tatatttcatctc 8897925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 314
Target Start/End: Original strand, 1147584 - 1147675
Alignment:
Q  223 attactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    |||| |||||||||||  ||||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||||| ||||  ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  1147584 attattcgaacattcattgcaaagaggtctcggaaagagtatttacctcctaattttctttaaaacactattgacaagttatgtttcatctc 1147675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 202 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 10632757 - 10632643
Alignment:
Q  202 aagtcacttgatgatgttgatattactcgaacatt--caccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataa 299  Q
    |||||||||||||||||| || ||| |||||||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||||| |||||||||||||| | ||| ||||| ||     
T  10632757 aagtcacttgatgatgttaatgttattcgaacattttcaccgcaaagaagtctcggaaatatcatttacctcctaattttattttgcacactattggtag 10632658  T
Q  300 gttatgtttcatctc 314  Q
     |||| |||||||||    
T  10632657 cttatatttcatctc 10632643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 68
Target Start/End: Original strand, 51379518 - 51379571
Alignment:
Q  15 caacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtc 68  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  51379518 caacaatagcaggtgcaccaaagctattaccaacatcaacaaaagttggaagtc 51379571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 25 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 24104719 - 24104671
Alignment:
Q  25 gggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctacca 73  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  24104719 gggtgcaccaaagctatcaccaacatcaacaaaagttgaaagtccacca 24104671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 202 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 3240385 - 3240298
Alignment:
Q  202 aagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtaca 289  Q
    |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||  ||||  ||| |  |||| | ||||||||||||||||||||    
T  3240385 aagttacttgatgatgttgataatattcgaatattcaccgcaaagagatctcgaaaatgttatttgcctcctaattttatttagtaca 3240298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 243 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 25182949 - 25182878
Alignment:
Q  243 aaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    ||||| |||||  |||||| |||||| | |||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  25182949 aaagaggtctcgaaaagggtatttaccttctaattttatttagcacactattgataggttatatttcatctc 25182878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 24104659 - 24104598
Alignment:
Q  55 aaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatcttataag 116  Q
    |||||||| ||||| |||||||  ||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  24104659 aaaagttggaagtccaccagttatcaagctctgccaataagctagtaaaagaatcttataag 24104598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 178; Significance: 5e-96; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 8 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 12180830 - 12180525
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||| | |||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  12180830 ggatcttcaacaatagcgggtgcgccaaagttattacaaacatcaacaaaagttgaaagtccatcagttatcaagccctgtcaataagctggtaaaataa 12180731  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||    
T  12180730 tcttataagcccgtgagaaaaaattgttaccaacaagatcaacattgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagtgggagaaattcaagtca 12180631  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtt 307  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  12180630 cttgatgttgttgatattattcgaacattcaccgcaaagaggtctcgggaagggcatttaccttctaattttatttagcacattattgacaggttatgtt 12180531  T
Q  308 tcatct 313  Q
    ||||||    
T  12180530 tcatct 12180525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 9 - 314
Target Start/End: Original strand, 11970831 - 11971135
Alignment:
Q  9 gatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataat 108  Q
    ||||| ||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||   ||||| || ||||  |||||||  || |||| |||||||||||||    
T  11970831 gatcttcaaaaatagcgggtgcagcaaagctattaccaacatcagcaaaagtatgaagtccactagttgtcaaaccccatctataatctagtaaaataat 11970930  T
Q  109 cttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcac 208  Q
     |||||||   | |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||    
T  11970931 tttataagtatgtgagaaagaattgttaccaataagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatcatatgttacaccgagcggaagatattcaagtcac 11971030  T
Q  209 ttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgttt 308  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||    
T  11971031 ttgatgatgttgatattttgcgaacattcaccg-aaagaggtctcagaaagggcatttacctcctaattttatttagcacactattgacaggttatgttt 11971129  T
Q  309 catctc 314  Q
    ||||||    
T  11971130 catctc 11971135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 122 - 282
Target Start/End: Original strand, 25340429 - 25340589
Alignment:
Q  122 gagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttga 221  Q
    |||||| || || ||| ||||||||||| |||||||| || | ||| ||||||||||||| |||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25340429 gagaaataagtgctaccaacaagatcaatgatgtgtgattaagtgatttgatgatatgttacacccagtggaagatatttaagtcacttgatgatgttga 25340528  T
Q  222 tattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatt 282  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  25340529 tattattcgaacattcaccataaagaggtctcagaaagtgcatttacctcctaattttatt 25340589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 145 - 314
Target Start/End: Original strand, 25599159 - 25599331
Alignment:
Q  145 atcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacat---tcaccg 241  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| || | || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||| ||    
T  25599159 atcaacgacgtgcggttcaatgacttgatggtatgttacatcgagtgggagataatcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattcatcatcg 25599258  T
Q  242 caaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||  ||| |||||  ||||||| |||||||||    
T  25599259 caaagaggtctcggaaagggcatttacgtcctaatttgatttaacacactattggcaagttatatttcatctc 25599331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 139 - 314
Target Start/End: Original strand, 24074413 - 24074588
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattc- 237  Q
    |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  24074413 aacaagatcaacaatgtgtggtaaaatgacttgatgatatgttacaccgagggggagatattcaagttacttgatgatgttgatattattcgaacattca 24074512  T
Q  238 accgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    |||| ||||| ||||| | || | ||||||| |||||||||||||||| || || |||| |  |||| |||||||||    
T  24074513 accggaaagaggtctc-ggaatgacatttacctcctaattttatttagcacgtttttgacagattatatttcatctc 24074588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 177 - 296
Target Start/End: Original strand, 3050902 - 3051021
Alignment:
Q  177 atgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaat 276  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||    
T  3050902 atgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcaaacattcaccggaaagaggtctcggaaagagcatttaccacctaat 3051001  T
Q  277 tttatttagtacattattga 296  Q
    ||||||||| ||| ||||||    
T  3051002 tttatttagcacactattga 3051021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 139 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 32442145 - 32441973
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | ||||| ||||| | |  |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32442145 aacatgattaacgatgtgtggttcaatgactt-atgatatgttacatcgagcggaagataataa--tcacttgatgatgttgatattattcgaacattca 32442049  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
     | |||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||| |||  ||||  ||||||||||| |||||    
T  32442048 tcccaaagaggtatcggaaagggcatttacctcttaattttatttagcacaccattggcaagttatgttttatctc 32441973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 191 - 284
Target Start/End: Original strand, 30621226 - 30621318
Alignment:
Q  191 gggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttattta 284  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  30621226 gggagataatcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattcatcg-aaagaggtctcggaaaggacatttacctcctaattttattta 30621318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 188 - 284
Target Start/End: Original strand, 1296559 - 1296655
Alignment:
Q  188 agcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttattta 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || || ||||||   ||||| ||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  1296559 agcgggagatattcaagtcacttgatgatattaatattattcaaatattcacaataaagaggtctcggaaaggccatttacctccttattttattta 1296655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 8035535 - 8035493
Alignment:
Q  26 ggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtc 68  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  8035535 ggtgcaccaaagctattaccaacatcaacaaaagttggaagtc 8035493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 175; Significance: 3e-94; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Original strand, 9636992 - 9637297
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||| |||   || ||||| ||||||||||||||| |||    
T  9636992 ggatcttcaacaatagcgggtgcaccaaagccattactaacatcaacaaaagttgaaagtccaccggttataaagccctgccaataagctagtaaa-taa 9637090  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    |||||||||  || |||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||    
T  9637091 tcttataagttcgtgagaaataattgttaccaacaagatcaatgatgcgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggtgatattcaagtca 9637190  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtt 307  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  9637191 cttgatgatgttgatattatttgaacattcaccgcaaagaggtctcggaaagggcatttacatcctaattttatttagcacactattgataggttatgtt 9637290  T
Q  308 tcatctc 314  Q
    |||||||    
T  9637291 tcatctc 9637297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 30559310 - 30559004
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||  ||| |  |||||||||||||||||||||     
T  30559310 ggatcttcaacaatagcgggtgcaccaaagctattaccaacatcaacaaaagttgaaagtccaccggttgtcaagctttgtcaataagctagtaaaatat 30559211  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||    
T  30559210 tcttataagctcgcgagaaagaattgttatcaacaagatcaacgatgtgtggttctatgacttgatgatatgttacaccgagcgagagatattcaagtca 30559111  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtt 307  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |  ||||| ||| |  |||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||  |||||||    
T  30559110 cttgatgatgctgatattattcgaacattcaccgtaaatagatctcataaatgatatttacctcctaattttatttagcacactattggtagattatgtt 30559011  T
Q  308 tcatctc 314  Q
    |||||||    
T  30559010 tcatctc 30559004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Original strand, 14498768 - 14499073
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||  ||||||   ||| || ||||||||||||||||||||||    
T  14498768 ggatcttcaacaatagcgggtgtaccaaagctattatcaacatcaacaaaagttggaagtacaccagtcatcaagccatgtcaataagctagtaaaataa 14498867  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||    
T  14498868 tcttataagctcgtgagaaagatttgttaccaacatgatcaacgatttgtggt-caatgacttgatgatatcttacatcgagcgggagatattcaagtca 14498966  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtt 307  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||    
T  14498967 tttgatgatgttgatattattcgaacattcatcgcaaagaggtctcagaaaggacatttacctcctaattatatttaaaacactattgacaagttatgtt 14499066  T
Q  308 tcatctc 314  Q
    |||||||    
T  14499067 tcatctc 14499073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 48606917 - 48606611
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||| |  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  48606917 ggatcttcaacaatagcaagtgcaccaaagctattaccaaaatcaacaaaagttggaagtccactagttatcaaaccctgtcaatattctagtaaaataa 48606818  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    ||||||| |  || | |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |    
T  48606817 tcttatatgttcgtgggaaagaattgctaccaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtaa 48606718  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtt 307  Q
    |||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||  |  |||||||    
T  48606717 cttgataatgttgatattattcaaacactcaccgcaaagaggtcttcgaaagggcatttacctcataattttatttagcacactattggcagattatgtt 48606618  T
Q  308 tcatctc 314  Q
    |||||||    
T  48606617 tcatctc 48606611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 98 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 52754032 - 52753819
Alignment:
Q  98 agtaaaataatcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagat 197  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||    
T  52754032 agtaaaataatcttataagcctgtgagaaagaattattaccaacatgatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacatcgaacgggagat 52753933  T
Q  198 attcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgat 297  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||| ||||||     
T  52753932 attcaagtcatttgatgatgttgatattattcgaacatt---cgcaaagaggtctcggaaagggtatttacctcctaattttatctagcacactattgac 52753836  T
Q  298 aagttatgtttcatctc 314  Q
    |||||||||||||||||    
T  52753835 aagttatgtttcatctc 52753819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 123 - 296
Target Start/End: Original strand, 25017371 - 25017544
Alignment:
Q  123 agaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgat 222  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25017371 agaaagaattgttaccaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatcttacaccgagcgagagatattcaaatcacttgatgatgttgat 25017470  T
Q  223 attactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattga 296  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  25017471 attattcgaacgttcaccgcaaagaggtctcagaaagggcatatacctcctaattttatttagcacactattga 25017544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 123 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 40864909 - 40864718
Alignment:
Q  123 agaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgat 222  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | || | ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40864909 agaaataattgttaccaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatcttacaccgaacgagggatattcaagtcacttgataatgttgat 40864810  T
Q  223 attactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| | | |||||||| ||||||    
T  40864809 attattcgaacattcaccgcaaagaggttttagaaagggcatttacctcctaattttatttagcacactattaacaggttatgttacatctc 40864718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 122 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 32380043 - 32379859
Alignment:
Q  122 gagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttga 221  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32380043 gagaaagaattgttaccaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgact---tgatatgttacaccaaacgggagatattcaattcacttgatgatgttga 32379947  T
Q  222 tattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttca 310  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||| || ||  ||| | ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| | |||||| ||||    
T  32379946 tattattcgaacattta-cgcaaagaggtatcgaaaatgacatttacctcctaattttatttagcacactattgacaggttatgattca 32379859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 163 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 35949128 - 35949008
Alignment:
Q  163 aatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggc 262  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |    
T  35949128 aatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatgttattcgaacattcaccgaaaagaggtctcggaaaggac 35949029  T
Q  263 atttacttcctaattttattt 283  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  35949028 atttacctcctaattttattt 35949008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 139 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 26273103 - 26272947
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  26273103 aacaaaatcaacgatgtgttgttcaatgatttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacgtgatgatgttaatattattcgaacattca 26273004  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattg 295  Q
     |||||| | ||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||| ||| |||||    
T  26273003 tcgcaaacaggtctcggaaagggcaattacctactaattttatttagcacactattg 26272947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 139 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 21973962 - 21973820
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||| ||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  21973962 aacaagattaacaatgagtggttaaatgatttgatgatatgttacactgagcgggagatattcaaatcacttgatgacattgatattattcgaacattca 21973863  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttat 281  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  21973862 ccgcaaagaaatctcggaaagggcatttacctcctaattttat 21973820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 164 - 314
Target Start/End: Original strand, 30054847 - 30054997
Alignment:
Q  164 atgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggca 263  Q
    ||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||||| ||| ||||||||| || ||| ||| | ||    
T  30054847 atgacttaatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatcatattgacattattcgaaccttctccgcaaagaggtatcataaatgaca 30054946  T
Q  264 tttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||    
T  30054947 tttacctcctaattttatttagcacattattgacacgttatgtttcatctc 30054997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 139 - 239
Target Start/End: Original strand, 17127440 - 17127540
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17127440 aacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcgcttgatgatgttgatattattcgaacattca 17127539  T
Q  239 c 239  Q
    |    
T  17127540 c 17127540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 118
Target Start/End: Original strand, 30054735 - 30054845
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||| ||||||||  ||| | || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||  ||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  30054735 ggatcttcaacaatagcgggtgcattaaaaccattaccaacatcaacaaaagttggaagtccaccggttgtcaagccctaccaataagctagtaaaataa 30054834  T
Q  108 tcttataagcc 118  Q
    ||||| |||||    
T  30054835 tcttacaagcc 30054845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 205 - 314
Target Start/End: Original strand, 17874845 - 17874954
Alignment:
Q  205 tcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttat 304  Q
    ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||  ||||  ||||||| | |||||||||||||  ||| |||||| |  ||||    
T  17874845 tcactggatgatgttgatattattcaaacattcaccgcaaagaggtctcgaaaagatcatttaccttctaattttatttaccacactattgacagattat 17874944  T
Q  305 gtttcatctc 314  Q
     |||||||||    
T  17874945 atttcatctc 17874954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 52754089 - 52754030
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagt 67  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||    
T  52754089 ggatcttcaacaatagcgggtgcaccaaagctattatcaacattaacaaaagttgaaagt 52754030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 240 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 11843972 - 11843899
Alignment:
Q  240 cgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatct 313  Q
    |||||| | ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  11843972 cgcaaataggtctctgaaaggacatttacctcctaattttatttagcacactattggtaggttatatttcatct 11843899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 171; Significance: 8e-92; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 3857181 - 3856875
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3857181 ggatcttcaacaatagcaggtgcaccaaagctattacgaacatcaacaaaagttggaagtccaccagttatcaagccctgtcaataagctagtaaaataa 3857082  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |  || |||||||||||||||||    
T  3857081 tcttataagcccgtgagaaataattgttaccatcaagatcaacgatgtgtggttaaatgacttgatgacatgttactcagagtgggagatattcaagtca 3856982  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtt 307  Q
     |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||||| |||||||||  | || |||||    
T  3856981 tttgatgatgttgatattattcaaacattcaccgcaaagaggtctcagaaagaaaatttacctcctaattttatttagcacattattggcatgtaatgtt 3856882  T
Q  308 tcatctc 314  Q
    |||||||    
T  3856881 tcatctc 3856875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 308
Target Start/End: Original strand, 51261849 - 51262149
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  51261849 ggatcttcaacaatagcaggtgcatcaaagctattaccaacatcaacaaaagttggaagtccaccagttgtcaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 51261948  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    | | |||||| || || ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||    
T  51261949 tataataagctcgtgaaaaagaattgttaccaacaagatcaacgaagtgtggtacaatgaattgatgatatgttacactaagcggaagatattcaagtca 51262048  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtt 307  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||   ||||  ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||    
T  51262049 cttgatgatgttgatattattcgaacattcatcgtaaagaggtcttgaaaagaacatttacctcctaattttatttagcacactattgacaggttatgtt 51262148  T
Q  308 t 308  Q
    |    
T  51262149 t 51262149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 33 - 276
Target Start/End: Original strand, 15667868 - 15668111
Alignment:
Q  33 caaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatcttataagcccgcgagaaagaatt 132  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||  ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  15667868 caaacctattaccaacatcaacaaaagttggaagtccactagttatcaagccctatcaataagcaagtaaaataatcttataaacccatgagaaagaatt 15667967  T
Q  133 gttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaa 232  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15667968 gttaccaacaagatcaaggatgtgtggttcaataacttgatgatatgttataccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaa 15668067  T
Q  233 cattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaat 276  Q
    ||| |||  |||||| || || |||| ||||||||| |||||||    
T  15668068 catgcacaacaaagaggtatcggaaaaggcatttacctcctaat 15668111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 139 - 295
Target Start/End: Original strand, 43137128 - 43137283
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  43137128 aacaagatcaacgatgtatggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattcg 43137227  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattg 295  Q
    |||| |||| |||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  43137228 ccgc-aagaggtctcagaaaaggtatttacctcctaattttatttagcacactattg 43137283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 139 - 285
Target Start/End: Original strand, 31989030 - 31989176
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31989030 aacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattca 31989129  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttag 285  Q
    |   ||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31989130 ctcgaaagaggtcgcggaaagggcatttacctcctaattttatttag 31989176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 139 - 285
Target Start/End: Original strand, 53710399 - 53710545
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  53710399 aacaagatcaacaatggatggttgaatgacttgatgatctgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattca 53710498  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttag 285  Q
    |   ||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  53710499 ctcgaaagaggtcacggaaagggcatttacctcctaattttatttag 53710545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 139 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 24908567 - 24908421
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  24908567 aacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccaagcaggagatattcaagtcgcttgaagatgttgatattattcgaacattca 24908468  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttag 285  Q
    |   ||||| ||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  24908467 ctcgaaagaggtcgcggaaagggtatttacctcctaattttatttag 24908421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 139 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 37382043 - 37381871
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||  |||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  37382043 aacaagatcaacgatgtgtggttaaatgactcgatgatatattacactgagcatgagatattcaagtcatttgatgatgtttatattattcgaacattca 37381944  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcat 311  Q
    | ||||||| ||||| |||| | ||||| | ||||||||||||| || ||  |||||| | ||||| ||||||    
T  37381943 ctgcaaagaggtctcggaaatgacatttgcctcctaattttattcagcacgctattgacaggttatatttcat 37381871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 209 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 24988917 - 24988812
Alignment:
Q  209 ttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgttt 308  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||| ||| |||||  |  ||||||||    
T  24988917 ttgatgatgttgatattattcgaacattcaccgcaaagaggtctcggaaagggcatgtatctcctaattttatttagcacactattgccagattatgttt 24988818  T
Q  309 catctc 314  Q
    ||||||    
T  24988817 catctc 24988812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 202 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 22934910 - 22934798
Alignment:
Q  202 aagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || ||||||| ||||  ||| ||||||||  |    
T  22934910 aagtcacttgatgatgttgatattattagaacattcaccgcaaagaggtctcggaaaggtcatttacctcttaattttgtttaagacactattgatatat 22934811  T
Q  302 tatgtttcatctc 314  Q
    ||| |||||||||    
T  22934810 tatatttcatctc 22934798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 157 - 226
Target Start/End: Original strand, 43585836 - 43585905
Alignment:
Q  157 tggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatatta 226  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||    
T  43585836 tggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatatccaagttacttgacgatgttaatatta 43585905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 253 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 51408669 - 51408609
Alignment:
Q  253 cagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatct 313  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||| | ||||| ||||||||    
T  51408669 cagaaagggcatttacctcctaattttatttagcacgctattgacatgttatatttcatct 51408609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 171; Significance: 8e-92; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 16 - 314
Target Start/End: Original strand, 12539452 - 12539749
Alignment:
Q  16 aacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatcttataa 115  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||| || || |||||||||||||||| ||||||||||    
T  12539452 aacaatagcgggtgcaccaaagctattaccaacatcaacaaaagttggaagtccaccagttatcaagccttgccaataagctagtaaaagaatcttataa 12539551  T
Q  116 gcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatga 215  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||   ||||||||||||||||||||||    
T  12539552 gcccgtgagaaagaattgttaccaacaagatcaacaatgcgtggttcaatgacttgatgatatgtt-aaccgagcataagatattcaagtcacttgatga 12539650  T
Q  216 tgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||  ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||    
T  12539651 tgttgatattattcgaacattcaccgcaaagaggtcttggaaagaacatttacctcctaattttatttagcacactattgacacgttatgtttcatctc 12539749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 8 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 34317772 - 34317491
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||| |  ||||||||||||||||||| ||    
T  34317772 ggatcttcaacaatagcgggtgaaccaaagctattaccaacatcaacaaaagttggaagtccaccagttatcaagctttgtcaataagctagtaaaagaa 34317673  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    ||||||||  ||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||   |||||||||||||||    
T  34317672 tcttataaatccatgagaaagaattgttaccaacaagatcaatgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagtaagagatattcaagtca 34317573  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattg 295  Q
    ||| ||||||||||||||  ||      |||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||    
T  34317572 cttcatgatgttgatattgttc------tcaccgcaaagaggtctcaaaaagagcatttacctcctaattttaattagcacactattg 34317491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 142 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 35649831 - 35649659
Alignment:
Q  142 aagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccg 241  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||| |    
T  35649831 aagatcaacgatgtgttgttcaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcatttgatgatgttgatattattgaaacattcactg 35649732  T
Q  242 caaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    ||||||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  35649731 caaagagatctcgaaaaggacatttacttcctaattttatttagtacatttttgataggttatatttcatctc 35649659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 139 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 33453362 - 33453190
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttg-cacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattc 237  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33453362 aacaagatcaacgatgtgtggt-caatgacttcatcatatgtttacaccgagcgggagatatttaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattc 33453264  T
Q  238 accgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcat 311  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| | | |||||  ||||||| ||||||    
T  33453263 accgcaaagaggtatcagaaagagcatttacctcctaattttatttagcagactattggcaagttatatttcat 33453190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 139 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 19952005 - 19951833
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19952005 aacaagattaacgatgtatggttcaatgacttgacgatatgtcacactgagcgagagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattca 19951906  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcat 311  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||| | ||||||| |||||| ||| |||||| | ||||| ||||||    
T  19951905 ccgcaaagaggtctcgaaaagggcatttaccttctaatttaatttagcacactattgacaggttatatttcat 19951833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 139 - 281
Target Start/End: Original strand, 22483550 - 22483692
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||| ||| |||  ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  22483550 aacaagattaacaatgaatggttaaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcacttgatgacattgatattattcgaacattca 22483649  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttat 281  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  22483650 ccgcaaagaaatctcggaaagggcatttacctcctaattttat 22483692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 139 - 281
Target Start/End: Original strand, 34526353 - 34526495
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||| ||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  34526353 aacaagattaacaatgagtggttaaatgatttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcacttgatgacattgatattattcgaacattca 34526452  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttat 281  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  34526453 ccgcaaagaaatctcggaaagggcatttacctcctaattttat 34526495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 139 - 281
Target Start/End: Original strand, 22464671 - 22464813
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||| ||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| || ||||||||    
T  22464671 aacaagattaacaatgagtggttaaatgatttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcacttgatgacattgatattattcaaacattca 22464770  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttat 281  Q
    |||||||||  ||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  22464771 ccgcaaagaaatctcgaaaagggcatttacctcctaattttat 22464813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 167 - 262
Target Start/End: Original strand, 13308745 - 13308840
Alignment:
Q  167 acttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggc 262  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||    
T  13308745 acttgatgatatgttacaccgagcgagagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattcaccataaagaggtctcggaaagggc 13308840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 211 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 7886758 - 7886661
Alignment:
Q  211 gatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttca 310  Q
    ||||||||||||  || || ||||||||||||||||| || ||||||||| || |||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||    
T  7886758 gatgatgttgat--tattcaaacattcaccgcaaagaagtttcagaaaggtcacttacctcctaattttatttagcacactattgatatgttatatttca 7886661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 202 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 18426072 - 18425992
Alignment:
Q  202 aagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatt 282  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||| |  |||||| |||||||||||||    
T  18426072 aagtcacttgataatgttgatattattcgaacattcaccgtaaagaggtctcaaaaatgttatttacctcctaattttatt 18425992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 202 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 26656452 - 26656340
Alignment:
Q  202 aagtcacttgatgat-gttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataag 300  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| || |||| ||||||| |||||||||||||| | ||| ||||  || |    
T  26656452 aagtcacttgacgattgttgatattattcgaacattcaccgcaaagagatcttag-aaggtcatttacctcctaattttatttcgcacactattagtagg 26656354  T
Q  301 ttatgtttcatctc 314  Q
    |||| |||||||||    
T  26656353 ttatatttcatctc 26656340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 223 - 285
Target Start/End: Original strand, 31392485 - 31392547
Alignment:
Q  223 attactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttag 285  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||| |||||  ||||||||||||| || |||||||||||||    
T  31392485 attattcgaacatttacctcaaagaggtctcgaaaagggcatttacctcttaattttatttag 31392547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 8 - 311
Target Start/End: Original strand, 3055351 - 3055655
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaa-gttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaata 106  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||  | |  ||||  |||||||  ||| || |||||||||||||||||||||    
T  3055351 ggatcttcaacaatagcgggtgcaccaaagctattatcaacatcaacaaattggtagaagtaaaccagttatcaagccatgtcaataagctagtaaaata 3055450  T
Q  107 atcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtc 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  3055451 atcttataagcccgtgagaaagaattgttaccaacatgatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacatcgagcgggagatattcaagtc 3055550  T
Q  207 acttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgt 306  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||    
T  3055551 atttgatgatgttgatattattcgaacattccgcgcaatgaggtctcataaatggcatttacctcctaattttatttagcacactattgacaatttatgt 3055650  T
Q  307 ttcat 311  Q
    |||||    
T  3055651 ttcat 3055655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Original strand, 8785653 - 8785958
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||  ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  8785653 ggatcttcaacaatagcgggtgcaccaaagctattaccaacatcaacaaaagttggaagtccactagttatcaaaccccgttaataagctagtaaaataa 8785752  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    ||||||||||    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || | |||||||||||||||| |||    
T  8785753 tcttataagcaat-gagaaagaattgttaccaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgataatatattacatcaagcgggagatattcaattca 8785851  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtt 307  Q
     |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||  ||||||   |||| |||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||    
T  8785852 gttgatgatattgatattattcgaacattcaccgcaaataggtctcgaaaagggttcttacctcctaattttatttagcatattattgacaggttatgtt 8785951  T
Q  308 tcatctc 314  Q
    |||||||    
T  8785952 tcatctc 8785958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 27169098 - 27168802
Alignment:
Q  10 atctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatc 109  Q
    |||| ||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||  |||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  27169098 atcttcaataatagcgggtgtaccaaagctattaccaacatcaacaaaagatggaagtccaccagttatcaagtcttgtcaataagctagtaaaataatc 27168999  T
Q  110 ttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcact 209  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  27168998 ttataagcccatgagaaataattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttca--------ataatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcact 27168907  T
Q  210 tgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttc 309  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    ||||||||||    
T  27168906 tgataatgttgatattattcgaacattcaccgaaatgaggtctcataaagggcatttacctcctaattttatttagcacactattggatggttatgtttc 27168807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 314
Target Start/End: Original strand, 11852587 - 11852891
Alignment:
Q  10 atctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatc 109  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| |||| || |||||||||||||||   || || | |||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  11852587 atcttcaacaatagtgggtgcaccaaaactattactaacatcaacaaaagtgaaaaatccatcagttgtcaagtcctgtcaataagctagtaaaataatc 11852686  T
Q  110 ttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcact 209  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||    
T  11852687 ttataagtccgtgagaaagaattattaccaacaagatgaaagatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgaacgggagatatttaactcact 11852786  T
Q  210 tgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttc 309  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | | |||||| |||| |||||| | |||||| | |||||||||||||| ||| |||||| || |||| ||||    
T  11852787 tgatgatgttgatattattcgaacatttaacacaaagaggtctaagaaagagtatttaccttctaattttatttagcacactattgacaaattatctttc 11852886  T
Q  310 atctc 314  Q
    |||||    
T  11852887 atctc 11852891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 83 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 23244800 - 23244569
Alignment:
Q  83 ccctgtcaataagctagtaaaataatcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttg 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  23244800 ccctgtcaataagctagtaaaataatcttataagccaatgagaaagaattgttaccaacaagatcaacgatgtgtcgttcaatgacttgatgatatgtta 23244701  T
Q  183 cacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatt 282  Q
       | ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| || |||||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  23244700 tgtcgagcggaagttattctagtcacttgatgatgttgatattatttgaacattaaccgcaacgaggtctcagaaagggcatgtacctgctaattttatt 23244601  T
Q  283 tagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    ||  ||| |||||| |  |||| |||||||||    
T  23244600 taccacactattgacagattatatttcatctc 23244569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 142 - 282
Target Start/End: Original strand, 1280382 - 1280522
Alignment:
Q  142 aagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccg 241  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1280382 aagatcaacaatgtgtggttcaatgatttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattcaccg 1280481  T
Q  242 caaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatt 282  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  1280482 caaagaggtctcggaaaaggcatttacctcctaattttatt 1280522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 163 - 314
Target Start/End: Original strand, 203875 - 204026
Alignment:
Q  163 aatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggc 262  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |    
T  203875 aatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattcaccggaaagaggtctcggaaaggac 203974  T
Q  263 atttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| || |||| |||||||||    
T  203975 atttacctcctaattttatttagcacactattgacaaattatatttcatctc 204026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 139 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 26540829 - 26540687
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||| ||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  26540829 aacaagattaacaatgagtggttaaatgatttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcacttgatgacattgatattattcgaacattca 26540730  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttat 281  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26540729 ccgcaaagaaatctcagaaagggcatttacctcctaattttat 26540687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 156 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 22713048 - 22712898
Alignment:
Q  156 gtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcag 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||        |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  22713048 gtggttcaatgacttgatgatatg--------agcgggggatattcatgtcacttgatgatgttgatattattcaaacattcaccgcaaagaggtctcag 22712957  T
Q  256 aaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||  | |||||||| ||||||    
T  22712956 aaagagcatttacctcctaattttatttagcacactattgtcatgttatgttacatctc 22712898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 157 - 285
Target Start/End: Original strand, 22541905 - 22542033
Alignment:
Q  157 tggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcaga 256  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || | | ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |   ||||| ||| | ||    
T  22541905 tggttgaatgacttgatgatatgttacatcgaacggaagatattcaagtcactcgatgatgttaatattattcgaacattccctcgaaagaggtcgcgga 22542004  T
Q  257 aagggcatttacttcctaattttatttag 285  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||    
T  22542005 aagggcatttacctcataattttatttag 22542033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 188 - 314
Target Start/End: Original strand, 2228965 - 2229091
Alignment:
Q  188 agcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagta 287  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||   || |||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  2228965 agcggaagatatttaagtcatttgatgatgttgatattatttgaacattcatcgcaaagaggttctaggaagggcatttacctcctaattttatttagca 2229064  T
Q  288 cattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    |  ||||| || ||||| |||||||||    
T  2229065 cgctattggtaggttatatttcatctc 2229091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 202 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 19519053 - 19518970
Alignment:
Q  202 aagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttag 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |  |||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  19519053 aagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattcaccgcaaagaggtattggaaaggtcatttaccacctaattttatttag 19518970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 314
Target Start/End: Original strand, 9230278 - 9230577
Alignment:
Q  15 caacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatcttata 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |  | |||||  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9230278 caacaatagcgggtgcaccaaagctattatcaacatcaacaaaagttggaaatacatcagttatcaagccatgtcaataagctagtaaaataatcttata 9230377  T
Q  115 agcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatg 214  Q
    ||||||  ||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  9230378 agcccgttagaaaaaattgttaccaacatggtcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacatagagcgggagatactcaagtcatttgatg 9230477  T
Q  215 atgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||    
T  9230478 atgttgatattattcgaacattcatcgcaaagaggtatcgaaaagggcatttacctcctaattttatttagcacactattgacaaggtatgtttcatctc 9230577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 89 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 23180109 - 23179885
Alignment:
Q  89 caataagctagtaaaataatcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcaccta 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| |    
T  23180109 caataagctagtaaaataatcttataagctcgtgagaaataattgttaccaacaagatcaacgatgtgtgtttcaataacttgatgatatgttacaccga 23180010  T
Q  189 gcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtac 288  Q
    ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||| |||||| ||    
T  23180009 gcgagagatattcaaggcacttgataatgttgatattattcgaacattcaccgcaaagaggtcttggaaagggcatttac-tcctaatttaatttagcac 23179911  T
Q  289 attattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    | |||||| |||||||||||||||||    
T  23179910 actattgacaagttatgtttcatctc 23179885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 245
Target Start/End: Original strand, 43727866 - 43728103
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||  |||  | ||||||||||||||||||||||    
T  43727866 ggatcttcaacaatagcgggtgcaccaaagctattaccaacatcaacaaaagttggaagtacaccagttatcaactcatgtcaataagctagtaaaataa 43727965  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | | ||||||||||||||||||    
T  43727966 tcttataagcctatgagaaagaattgttaccaacatgatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttatatcgaacgggagatattcaagtca 43728065  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaa 245  Q
     |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  43728066 gttgatgatgttgatattattcaaacattcatcgcaaa 43728103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 139 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 26493888 - 26493713
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26493888 aacaagatgaacaatgtgtggttaaatgacttgatgatacgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattca 26493789  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    ||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||| | ||||| |||||||||    
T  26493788 ccgtaaagaggtctcggaaagggcatttacctcctaattttatttagcacgctattgacaggttatatttcatctc 26493713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 139 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 27387480 - 27387306
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27387480 aacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattca 27387381  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatct 313  Q
    |   ||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||  |||||| | ||||| ||||||||    
T  27387380 ctcgaaagaggtcgcggaaagagcatttacctcctaattttatttagcacgctattgacaggttatatttcatct 27387306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 114 - 309
Target Start/End: Original strand, 8638590 - 8638786
Alignment:
Q  114 aagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgat 213  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||  ||| | |  ||||||||||||||| |||||    
T  8638590 aagcccgcgagaaagaattgttaccaacaagatcaacgacgtgtggtttaattacttgatgatatgttataccgaacaagagatattcaagtcatttgat 8638689  T
Q  214 gatgttgatattactcgaacattcaccgcaaaga-tgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttc 309  Q
    ||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |  ||||||||||||    
T  8638690 gatatcgatattattcgaacattcaacgcaaagagggtctcggaaagggcatttacctcctaattttatttagcacactatcggcaagttatgtttc 8638786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 139 - 285
Target Start/End: Original strand, 19399979 - 19400125
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19399979 aacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcgcttgatgatgttgatattattcgaacattca 19400078  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttag 285  Q
    |   ||||| ||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  19400079 ctcgaaagaggtcgcggaaagggtatttacctcctaattttatttag 19400125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 139 - 314
Target Start/End: Original strand, 45197645 - 45197819
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  45197645 aacaagatcaacaatgtgtggttcaatgacttgatgatatatt-catcgagcaggagatattcaagtcacttgacgatgttgatattgttcgaacattca 45197743  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    || |||||| ||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||| ||  ||||| || ||||| |||||||||    
T  45197744 ccacaaagaggtctcggggagggcatttacatcctaattttatttagcaccctattggtaggttatatttcatctc 45197819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 139 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 38575463 - 38575289
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    ||||| |||||| ||| |||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38575463 aacaatatcaacaatgggtggttgaacgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattaaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattca 38575364  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatct 313  Q
    |   ||||| ||| | |||||  ||||||| |||||||||||||||| ||  |||||| | ||||| ||||||||    
T  38575363 ctcgaaagaggtcgcggaaagaacatttacctcctaattttatttagcacgctattgacaggttatatttcatct 38575289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 10 - 154
Target Start/End: Original strand, 25024455 - 25024599
Alignment:
Q  10 atctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatc 109  Q
    |||| |||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||    
T  25024455 atcttcaacaatagcggatgcaccaaagctattaccagcatcaacaaaagttggaagtccaccaattgtcaatccatgttaataagctagtaaaataatc 25024554  T
Q  110 ttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatg 154  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||| || || ||||||||||    
T  25024555 ttataagccggcgagaaggaattgttactaataaaatcaacgatg 25024599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 85 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 23804726 - 23804633
Alignment:
Q  85 ctgtcaataagctagtaaaataatcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatat 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23804726 ctgtcaataagctagtaaaataatcttataagtttgtgagaaagaatggttaccaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgttgatat 23804633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 24 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 24276517 - 24276397
Alignment:
Q  24 cgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtt-tccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatcttataagcccgcg 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || | || || |||||||||||||||| ||||||||||| | ||      
T  24276517 cgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttggaagtccaccagttgtcaagactctatcaataagctagtaaattaatcttataacctcgtt 24276418  T
Q  123 agaaagaattgttacaaacaa 143  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  24276417 agaaagaattgttaccaacaa 24276397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 137
Target Start/End: Original strand, 5287940 - 5288067
Alignment:
Q  10 atctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatc 109  Q
    |||| ||| |||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5287940 atcttcaaaaatagcgggtgtaccaaagctattaccatcatcaacaaaagttggaagtccaccggttgtcaaatcctgtcaataagctagtaaaataatc 5288039  T
Q  110 ttataagcccgcgagaaagaattgttac 137  Q
    ||| |||| || ||||||||| ||||||    
T  5288040 ttacaagctcgtgagaaagaagtgttac 5288067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 148 - 311
Target Start/End: Original strand, 18375416 - 18375577
Alignment:
Q  148 aacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaaga 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||   |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||    ||||     
T  18375416 aacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatattacatggagcgggagatattcaaatcactagataatgttgatattattcgaacattcatgcgaaag- 18375514  T
Q  248 tgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcat 311  Q
     |||||  ||||||||||||||||||||||  |||||| ||| | ||| ||  |||||||||||    
T  18375515 -gtctcgaaaagggcatttacttcctaattcgatttagcacacttttggtagattatgtttcat 18375577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 205 - 311
Target Start/End: Original strand, 14088815 - 14088921
Alignment:
Q  205 tcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttat 304  Q
    ||||||||||||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||    
T  14088815 tcacttgatgatgctgatattattcaaacatccatcgcaaagaggtctcggaaaaggcatttacctcctaattttatttagcacactattgacaagttat 14088914  T
Q  305 gtttcat 311  Q
     ||||||    
T  14088915 atttcat 14088921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 205 - 311
Target Start/End: Original strand, 14398833 - 14398939
Alignment:
Q  205 tcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttat 304  Q
    ||||||||||||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||    
T  14398833 tcacttgatgatgctgatattattcaaacatccatcgcaaagaggtctcggaaaaggcatttacctcctaattttatttagcacactattgacaagttat 14398932  T
Q  305 gtttcat 311  Q
     ||||||    
T  14398933 atttcat 14398939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 205 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 25491742 - 25491636
Alignment:
Q  205 tcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttat 304  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||| | |||||    
T  25491742 tcacttgatgatgttgatattattcgaacattcactgtaaagaggtctcaaaaaaggcatttacttcctgattttatttatcacactattgacatgttat 25491643  T
Q  305 gtttcat 311  Q
     ||||||    
T  25491642 atttcat 25491636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 211 - 314
Target Start/End: Original strand, 25024596 - 25024699
Alignment:
Q  211 gatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttca 310  Q
    |||||||||||||    ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |  ||||||| | ||||| |||||    
T  25024596 gatgatgttgataagtttcggacattcaccacaaagaggtctcagaaagggcatttacctcctaattttattaagcatgttattgacatgttatatttca 25024695  T
Q  311 tctc 314  Q
    ||||    
T  25024696 tctc 25024699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 234 - 294
Target Start/End: Original strand, 9557784 - 9557844
Alignment:
Q  234 attcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattatt 294  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  9557784 attcaccgcaaagaggtctctgaaaggggatttacctcctaattttatttagcacactatt 9557844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 262 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 26782365 - 26782317
Alignment:
Q  262 catttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttca 310  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  26782365 catttacctcctaattttatttagcacactattgacaagttatgtttca 26782317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0178 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0178
Description:

Target: scaffold0178; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Original strand, 17610 - 17916
Alignment:
Q  8 ggatctccaacaatatcgggtgcaccaaagctataaccaacatcaacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataa 107  Q
    |||||| |||||| |  |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  17610 ggatcttcaacaaaagtgggtgcaccaaaactattaccaacatcaacaaaagttggaagtccaccagttatcaatctctgtcaataagctagtaaaataa 17709  T
Q  108 tcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtca 207  Q
    |||||||||| |   ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||||||| ||||||    
T  17710 tcttataagctcattagaaataattgttatcaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatacgttacatcgagcgggagatatttaagtca 17809  T
Q  208 cttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtt 307  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||  |||||||||||||||| ||| |||||| |  ||| |||    
T  17810 cttgctgatgttgatattattcgaacattcaccgcaaagaggtctccgaaaggacatttaactcctaattttatttagcacactattgacagattacgtt 17909  T
Q  308 tcatctc 314  Q
    |||||||    
T  17910 tcatctc 17916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 116; Significance: 5e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 139 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 135028 - 134853
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  135028 aacaagatgaacaatgtgtggttaaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattca 134929  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    ||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||| ||||| |||||||||    
T  134928 ccggaaagaggtctcggaaagggcatttacctcctaattttatttagcacgctattgataggttatatttcatctc 134853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 51 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 435617 - 435366
Alignment:
Q  51 caacaaaagttgtaagtctaccagtttccaaaccctgtcaataagctagtaaaataatcttataagcccgcgagaaagaattgttacaaacaagatcaac 150  Q
    |||||||||||  ||||| |||||||  ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| |||||||||||     
T  435617 caacaaaagttcgaagtccaccagttgtcaacccatgtcaataagttagtaaaataatcttataagctcgtgagaaaaaattgttaccaacaagatcaat 435518  T
Q  151 gatgtgtggttcaatgacttgatgatatg-----ttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaac--attcaccgca 243  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||     || |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||  ||| |||||     
T  435517 aatgtgtggctcaatgacttgatgatatgatatgttacaccgagcggaagatattcaagtcacttgattatgttgatattattagaacatattaaccgcg 435418  T
Q  244 aagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattg 295  Q
    |||| |||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  435417 aagaggtctcgaaaaggacatttacctcctaattttatttagcacactattg 435366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 139 - 314
Target Start/End: Original strand, 259919 - 260094
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  259919 aacaagatcaacaatgagtggttcaatgacttgatgatatgttacatcgagcgggatatattcaagtcacttgatgacattgatattattcgaacattca 260018  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgtttcatctc 314  Q
    ||||||||| ||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||| ||  |||||| |  |||| |||||||||    
T  260019 ccgcaaagaggtctcggaaatggcatttaccacctaattttatttagcacgctattgacagattatatttcatctc 260094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0168 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0168
Description:

Target: scaffold0168; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 139 - 281
Target Start/End: Original strand, 15815 - 15957
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||| ||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  15815 aacaagattaacaatgagtggttaaatgatttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcacttgatgacattgatattattcgaacattca 15914  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttat 281  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  15915 ccgcaaagaaatctcggaaagggcatttacctcctaattttat 15957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 139 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 214335 - 214189
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  214335 aacaagatcaacaatatgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcaggagatattcgagtcacttgatgatgttgatattattcgaacattaa 214236  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttag 285  Q
    |   ||||| ||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  214235 ctcaaaagaggtcgcggaaagggaatttacctcctaattttatttag 214189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 139 - 281
Target Start/End: Original strand, 197106 - 197248
Alignment:
Q  139 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattca 238  Q
    |||||||| ||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| || ||||||||    
T  197106 aacaagattaacaatgagtggttaaatgaattgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcacttgatgacattgatattattcaaacattca 197205  T
Q  239 ccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttat 281  Q
    |||||||||  ||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  197206 ccgcaaagaaatctcgaaaagggcatttacctcctaattttat 197248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0198 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0198
Description:

Target: scaffold0198; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 172 - 285
Target Start/End: Original strand, 1430 - 1543
Alignment:
Q  172 atgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttc 271  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| |||| ||||||| | ||    
T  1430 atgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcacttgatgatgttgatattattcgaacattcattgcaaagaggtctcggaaatggcatttgcctc 1529  T
Q  272 ctaattttatttag 285  Q
    ||||||||||||||    
T  1530 ctaattttatttag 1543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0726 (Bit Score: 62; Significance: 9e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0726
Description:

Target: scaffold0726; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 209 - 314
Target Start/End: Original strand, 954 - 1059
Alignment:
Q  209 ttgatgatgttgatattactcgaacattcaccgcaaagatgtctcagaaagggcatttacttcctaattttatttagtacattattgataagttatgttt 308  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||  |  ||||||||    
T  954 ttgatgatgttgatattattcgaacattcaccgcaaagaggtctccgaaagggcatttatctcctaattttatttagcacactattgccagattatgttt 1053  T
Q  309 catctc 314  Q
    ||||||    
T  1054 catctc 1059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University