View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3336_high_1 (Length: 628)

Name: NF3336_high_1
Description: NF3336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3336_high_1
NF3336_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-614)||(30275541-30276135)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-614)||(7778852-7779435)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (157-213)||(28843245-28843301)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 574; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 574; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 614
Target Start/End: Original strand, 30275541 - 30276135
Alignment:
Q  18 tgcaactcaagaggataagttcttaaaaataatttatgttcgttacaatttacaatctgctgtgtttagttattaagtagaaacgacgttcaacattaaa 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30275541 tgcaacgcaagaggataagttcttaaaaataatttatgttcgttacaatttacaatctgctgtgtttagttattaagtagaaacgacgttcaacattaaa 30275640  T
Q  118 ttatagtatcacattagagattagaccaacataaatgtggtgtatcaactgttaaatgcttcttttataaagctaaacagaaaatcaaaacacatcagta 217  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30275641 ttatagtatcacaatagagattagaccaacataaatgtggtgtatcaactgttaaatgcttcttttataaagctaaacagaaaatcaaaacacatcagta 30275740  T
Q  218 atgtttaataatgtatggtaattatgaacacacctgtaatagtgtcagaaccttccggccactagaagttagcagacaataatcaggttgttcggttgaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30275741 atgtttaataatgtatggtaatt--gaacacacctgtaatagtgtcagaaccttccggccactagaagttagcagacaataatcaggttgttcggttgaa 30275838  T
Q  318 gacccagctccgccaaacactccagacacaaggtatttctctaaaatccaagaatcacttattgagaatataggaatcactttcttaaagtggtttatgt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30275839 gacccagctccgccaaacactccagacacaaggtatttctctaaaatccaagaatcacttattgagaatataggaatcactttcttaaagtggtttatgt 30275938  T
Q  418 gtgtattcaaaacctcttcaatgcaaggaaagagttgatttaccaagtatggcagcagcattaatttctgatcttctaacaaagaacaatacatgactgc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30275939 gtgtattcaaaacctcttcaatgcaaggaaagagttgatttaccaagtatggcagcagcattaatttctgatcttctaacaaagaacaatacatgactgc 30276038  T
Q  518 aaacttcgcagcctttatggcagaggacaaaccaacacttacttctgatgtggatttaacaaatttctcaaaacaagtaataaatgacattgtttct 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30276039 aaacttcgcagcctttatggcagaggacaaaccaacacatacttctgatgtggatttaacaaatttctcaaaacaagtaataaatgacattgtttct 30276135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 421; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 614
Target Start/End: Original strand, 7778852 - 7779435
Alignment:
Q  18 tgcaactcaagaggataagttcttaaaaataatttatgttcgttacaatttacaatctgctgtgtttagttattaagtagaaacgacgttcaacattaaa 117  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||     
T  7778852 tgcaacgcaagagtataaggtcttaaaaataatttatgttagttacaatttacaatctgttgtgtttagttgttaagtagaaacaacgttcaacattaag 7778951  T
Q  118 ttatagtatcacattagagattagaccaacataaatgtggtgtatcaactgttaaatgcttcttttataaagctaaacagaaaatcaaaacacatcagta 217  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7778952 ttatagtatcagattagagattagaccgacataaatgcggtgtatcaactgttaaatgcttctttgataaagctaaacagaaaatcaaaacacatcagta 7779051  T
Q  218 atgtttaataatgtatggtaattatgaacacacctgtaatagtgtcagaaccttccggccactagaagttagcagacaataatcaggttgttcggttgaa 317  Q
    |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  7779052 atgtttaataatatatggtaat--tgaacacacctgtaatagtgtcagaacgttctggccactagaagttagcagacaataatcaggttgttcttttgaa 7779149  T
Q  318 gacccagctccgccaaacactccagacacaaggtatttctctaaaatccaagaatcacttattgagaatataggaatcactttcttaaagtggtttatgt 417  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7779150 gatccagctccgccaaacactccagacacaaggtatttctctaaaatccaagaatcacttactgagaatataggaatcactttcttaaagtggtttatgt 7779249  T
Q  418 gtgtattcaaaacctcttcaatgcaaggaaagagttgatttaccaagtatggcagcagcattaatttctgatcttctaacaaagaacaatacatgactgc 517  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  7779250 gtgtattcaaaa-ctcttcaatgcaaggaaagagatgctttaccaagtatggtagcagcattaatttctgatcttctaac--agaacaatccatgactgc 7779346  T
Q  518 aaacttcgcagcctttatggcagaggacaaaccaacacttacttctgatgtggatttaacaaatttctcaaaacaagtaataaatgacattgtttct 614  Q
    ||||         ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7779347 aaac-------aatttatggcataggacaaaccaacacttacttctgatgtgcatttaacaaa-ttgtcaaaacaagtaataaatgacattgtttct 7779435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 157 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 28843301 - 28843245
Alignment:
Q  157 gtgtatcaactgttaaatgcttcttttataaagctaaacagaaaatcaaaacacatc 213  Q
    |||||||||||||||| | | ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||    
T  28843301 gtgtatcaactgttaagtacctcttttataaatctaaacataatattaaaacacatc 28843245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University