View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3340-Insertion-1 (Length: 1076)

Name: NF3340-Insertion-1
Description: NF3340
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3340-Insertion-1
NF3340-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-1076)||(31463613-31464675)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 856; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 856; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1076
Target Start/End: Complemental strand, 31464675 - 31463613
Alignment:
Q  8 atctccgccagagagaattcactcccgaaaaagtgtcgggagtta----aatctattgatgaagatgatcaaaaggaattgacattgtatctctatctat 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||    
T  31464675 atctccgccggagagaattcactcccgaaaaagtgtcgggagtaataataatctattgatgaagatgatcaaaagacattgatattatatctctatctat 31464576  T
Q  104 taaaaactttaaaacgtcgagaataatatatgtaaatcatatctcttgtaatttcttcatttagtccatttattatagccgttataagactaattagcta 203  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31464575 taaaaactttaaagcgtcgaaaataatatatgtaagtcatatctcttgtaatttcttcatttaatccatttattatagccgttaaaagactaattagcta 31464476  T
Q  204 tacttgagcatgaacacnnnnnnncacatattaatttacttaaactaatatcatttgagaagcattaaacacttaactataaatatttctttcagctaa- 302  Q
    |||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  31464475 tacttgagcatgaaaactttttttcacatattaatttacttaaactaatatcatttgagaagcattaaacact-aactataaatatttctttcagctaaa 31464377  T
Q  303 -tttgtactttaaccggtcacgttagtgaagattagacccttctctttcacgttttcctttccataatgnnnnnnnnnnnnnactaaaaccaacattttt 401  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||    
T  31464376 atttgtactttaaccggtcacgttagtgaagattagacccttctctttcacgttttcctttccataatgtttttttt-----actaaaaccaacattttt 31464282  T
Q  402 aacaccatataaacattttcacatgaaatgaactatgaaggggcaaagtgggccatgccaccctatttcgaccaggatgtgatgtatataacctaaacct 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31464281 aacaccatataaacattttcacatga-------tatgaaggggcaaagtgggccatgccaccctatttcgaccaggatgtgatgtatataacctaaacct 31464189  T
Q  502 acaatatgccagaaaattaagaataaaaacccaaaaactgggttcaaaatgatcaccaaccattcgttttattaatgttatccggacaggtcattaacgc 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31464188 acaatatgccagaaaattaagaataaaaacccaaaaactgggttcaaaatgatcaccaaccattcgttttattaatgttatccggacaggtcattaacgc 31464089  T
Q  602 tattcagggaattaaattaatgtatgttaggtgacattattaaaatataatccataatcaagctgcaaagtatattaattcaaagcgtttttatcacaag 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  31464088 tattcagggaattaaattaatgtatgttaggtgacattattaaaatataatccataatcaagctgcaaagtatattaattcaaggcttttttatcacaag 31463989  T
Q  702 gatattatagtaatggcttgttacaagcatgtaaacttaatcatcgtcttgttcaaacaagtaaaattttattctagagtagacgccagcactatatatt 801  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31463988 gatattatagtaatggcttgttacaagcatgtaaacttaatcattgtcttgttcaaacaagtaaaattttattctagagtagacgccagcactatatatt 31463889  T
Q  802 ccgattggagaattaacatttaattatggaagttaatggctggacggccatatactaatgaccatatattatttgttttgtttcaatgacatactatct- 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31463888 ccgattggagaattaacatttaattatggaagttaatggctggacggccatatactaatgaccatatattatttgttttgtttcaatgacatactatcta 31463789  T
Q  901 aaatgatttgcaatagaaacaaataataatttatttgttcgtgaataataatggacagaagaacatctctagtcaaaaatagtataatgaacagaagaac 1000  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31463788 aaatgatttgcaatagaaacaaataataatttatttgttcgtgaataataatggacagaagaaca--tctagtcaaaaatagtataatgaacagaagaac 31463691  T
Q  1001 ctaatttatcgagaagc-aagaacgtgggctatatttggtaaaattcat-aatcaaagtcacgaacaatcgagtctga 1076  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31463690 ctaatttatcgagaagcaaagaacgtgggctatatttggtaaaattcataaatcaaagtcacgaacaatcgagtctga 31463613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University