View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3351_low_4 (Length: 528)

Name: NF3351_low_4
Description: NF3351
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3351_low_4
NF3351_low_4
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (1-512)||(36222212-36222723)
chr7 (98-512)||(11279317-11279736)
chr7 (106-512)||(46846320-46846733)
chr7 (97-512)||(23759608-23760029)
chr7 (98-512)||(33312819-33313239)
chr7 (98-512)||(294689-295106)
chr7 (98-512)||(6966972-6967393)
chr7 (98-512)||(17866353-17866774)
chr7 (296-512)||(17863298-17863515)
chr7 (225-512)||(23107812-23108106)
chr7 (190-512)||(24783233-24783560)
chr7 (296-512)||(36843141-36843358)
chr7 (98-480)||(3861907-3862290)
chr7 (220-477)||(23313382-23313645)
chr7 (296-471)||(9765659-9765843)
chr7 (20-90)||(36218240-36218310)
chr7 (446-494)||(27796678-27796726)
chr7 (26-82)||(35957369-35957425)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (106-512)||(33574913-33575326)
chr5 (98-512)||(15532200-15532621)
chr5 (103-512)||(15542387-15542803)
chr5 (195-512)||(26712439-26712763)
chr5 (195-512)||(26982177-26982501)
chr5 (181-512)||(34405673-34406009)
chr5 (106-477)||(14616437-14616813)
chr5 (98-512)||(22159569-22159992)
chr5 (190-512)||(7650035-7650362)
chr5 (103-358)||(11988867-11989133)
chr5 (98-201)||(26711464-26711567)
chr5 (98-201)||(26981201-26981304)
chr5 (441-504)||(11989166-11989230)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (97-512)||(22626311-22626732)
chr3 (98-512)||(39563510-39563931)
chr3 (98-512)||(11138570-11138990)
chr3 (296-512)||(13979311-13979528)
chr3 (301-436)||(46731396-46731531)
chr3 (336-465)||(35366249-35366377)
chr3 (336-438)||(47412082-47412184)
chr3 (137-242)||(20536376-20536479)
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (98-512)||(13017189-13017610)
chr6 (106-471)||(22221590-22221959)
chr6 (106-471)||(22247425-22247794)
chr6 (98-512)||(14790443-14790864)
chr6 (98-512)||(14795471-14795892)
chr6 (209-437)||(30978322-30978557)
chr6 (296-512)||(32704458-32704675)
chr6 (296-509)||(20527367-20527580)
chr6 (224-503)||(16883509-16883795)
chr6 (222-471)||(15534923-15535177)
chr6 (297-512)||(19664870-19665085)
chr6 (296-477)||(1838335-1838515)
chr6 (311-477)||(12983598-12983763)
chr6 (311-469)||(12980711-12980868)
chr6 (404-510)||(15538048-15538155)
chr6 (298-461)||(7769594-7769761)
chr6 (296-363)||(27649077-27649144)
chr6 (433-510)||(32427193-32427271)
chr6 (224-290)||(11183962-11184028)
chr6 (224-270)||(15540643-15540689)
chr6 (314-358)||(32427281-32427325)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (197-512)||(16294724-16295044)
chr2 (98-512)||(31528214-31528635)
chr2 (108-512)||(31626374-31626784)
chr2 (97-483)||(40017832-40018225)
chr2 (98-512)||(13709895-13710315)
chr2 (96-512)||(23673343-23673765)
chr2 (296-512)||(32575890-32576107)
chr2 (98-464)||(36326800-36327171)
chr2 (302-364)||(8427199-8427260)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (98-512)||(12171807-12172218)
chr4 (98-471)||(2541751-2542128)
chr4 (181-512)||(647288-647624)
chr4 (195-512)||(650574-650896)
chr4 (297-477)||(26062898-26063078)
chr4 (299-512)||(26060412-26060626)
chr4 (299-349)||(11649440-11649490)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (106-512)||(9687-10101)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (106-477)||(24193-24568)
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (220-512)||(34066169-34066468)
chr1 (98-512)||(13493087-13493508)
chr1 (300-512)||(32506062-32506275)
chr1 (296-512)||(39546067-39546284)
chr1 (106-512)||(13495812-13496224)
chr1 (296-512)||(27282311-27282528)
chr1 (103-470)||(1936494-1936869)
chr1 (96-428)||(10764829-10765167)
chr1 (298-477)||(21153116-21153295)
chr1 (378-512)||(23990374-23990509)
chr1 (219-477)||(16190299-16190567)
chr1 (311-477)||(22456711-22456875)
chr1 (378-477)||(22453421-22453520)
chr1 (298-477)||(15297193-15297371)
chr1 (401-512)||(22104680-22104790)
chr1 (311-411)||(49147825-49147924)
chr1 (221-290)||(8435289-8435358)
chr1 (26-93)||(18125078-18125145)
chr1 (226-285)||(23990262-23990322)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (104-477)||(12575306-12575684)
chr8 (220-471)||(41778864-41779120)
chr8 (296-509)||(13096849-13097062)
chr8 (298-512)||(44008126-44008335)
chr8 (222-358)||(14418445-14418585)
chr8 (299-349)||(41836429-41836479)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (299-512)||(7199-7413)
[»] scaffold0500 (1 HSPs)
scaffold0500 (299-512)||(2516-2732)
[»] scaffold0352 (1 HSPs)
scaffold0352 (296-483)||(2807-2994)
[»] scaffold0567 (1 HSPs)
scaffold0567 (296-512)||(6014-6231)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (222-358)||(133-273)
[»] scaffold0665 (1 HSPs)
scaffold0665 (449-512)||(1-65)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 512
Target Start/End: Original strand, 36222212 - 36222723
Alignment:
Q  1 attgttgaaattacttgtctgtggatagctcttggattggttcaatccttgaatggaagtgaaaagctagagaatattgcaatagaatatattcgtgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36222212 attgttgaaattacttgtctgtggatagctcttggattggttcaatccttgaatggaagtgaaaagctagagaatattgcaatagaatatattcgtgtga 36222311  T
Q  101 tggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaag 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36222312 tggatatttggcaaatgaaccaaattcaattgaagtaataaaaattcgttaccacgaggattgtatttaatttctacgtagcaatttcattattaaaaag 36222411  T
Q  201 gatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg----- 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  36222412 gatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttctaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattgagaga 36222511  T
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||    
T  36222512 agtatggttaagtccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaattttcactcctagttcaatcaatgattatttagtttcactacaaattaacttagt 36222611  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaagaacattaa 495  Q
    |||| || | |||||||||||||||||||||||     ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36222612 aattttacctaatctcttgacctagaattctcc-----agtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaagaacgttaa 36222706  T
Q  496 tctctatgtcataacct 512  Q
    |||||||||||||||||    
T  36222707 tctctatgtcataacct 36222723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 11279736 - 11279317
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaa 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| | ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  11279736 tgatgaatatttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaatttgtttccacaaggactatatttaatttctacttagcaatttcattattaaa 11279637  T
Q  198 aaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattgag 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  11279636 aaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacgaataaagattggtttttagaagattgag 11279537  T
Q  298 -----tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaactt 392  Q
         |||||||||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11279536 agaagtatggttaagtccttcgaatctttcgaagttctcctctggtaatttgcactcctagttcaataaatgattatttagtttcacgacagattaactt 11279437  T
Q  393 agtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaagaacat 492  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| | |||| |    
T  11279436 agtaattctacccaatctcttgacctaggattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaatctgaaaccgttggaggtattaatgaacgt 11279337  T
Q  493 taatctctatgtcataacct 512  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  11279336 taatctctatgtcataacct 11279317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 106 - 512
Target Start/End: Original strand, 46846320 - 46846733
Alignment:
Q  106 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatgt 205  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  46846320 atttggcaagtgaatcagattcaatcgaagtaataaaaatatgtttccacgaggactgtatttaatttctacttagcaatttcattattaaaaaggatgt 46846419  T
Q  206 ataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaa-caaagaaagattggtttttagaagattgag-----ta 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||  ||||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||     ||    
T  46846420 ataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgaattcttattataaactgactaaaaaacaataaaagattggtttttagaaaattgagagaagta 46846519  T
Q  300 tggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaatt 399  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  46846520 tggttaagtccttcgaatcctccgaagttcttctatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttagtttcacgacagattaacctaataatt 46846619  T
Q  400 ctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaacattaatct 498  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||  |||| | ||||||     
T  46846620 ctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaactgaattcgaaaacgttggaggttttaaaagatcgttaatcc 46846719  T
Q  499 ctatgtcataacct 512  Q
    ||||||||||||||    
T  46846720 ctatgtcataacct 46846733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 97 - 512
Target Start/End: Original strand, 23759608 - 23760029
Alignment:
Q  97 gtgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 195  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || ||| |||    
T  23759608 gtgatagatatttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaagttcgtttctacgaggactgtatttaacttctacttagcaaattcatt-tta 23759706  T
Q  196 aaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggttttta-gaagatt 294  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||| ||| ||     
T  23759707 aaaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaatc 23759805  T
Q  295 gag-----tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagatta 388  Q
    |||     |||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  23759806 gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacggatta 23759905  T
Q  389 acttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaaga 488  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| | ||    
T  23759906 acttagtaattctacccaatctcttgccctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcaaaaccattggaggtattaacga 23760005  T
Q  489 acattaatctctatgtcataacct 512  Q
    || |||||| |||| |||||||||    
T  23760006 acgttaatccctatatcataacct 23760029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 33313239 - 33312819
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaa 197  Q
    |||| ||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||||| |||||||||    
T  33313239 tgatagatatttgagaagtgaaacaaattcaatcgaagtaataaaaattcgtttctacgaggactgtatt-aacttctacttagcaatttcattattaaa 33313141  T
Q  198 aaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactga-ttaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat-tg 295  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||  || |||||||||| |||| || ||    
T  33313140 aaggatgtgtaaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaacggaattaaaaataataaaggattggtttt-agaaaatctg 33313042  T
Q  296 agt-----atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaac 390  Q
    ||      ||||||||||| |||||||| || |||| |||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||    
T  33313041 agagaaaaatggttaagtccttcgaatcctctgaagctctcctatggtaatttgctttcctaattcaatcaatgattatttagtttcacgacgaattaac 33312942  T
Q  391 ttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaa 489  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||  |||||    
T  33312941 ttagtaattctacccaatcttttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaaatgaattcgaaaccggcggaggtattaaaagaa 33312842  T
Q  490 cattaatctctatgtcataacct 512  Q
    | ||||||  |||||||||||||    
T  33312841 cgttaatccatatgtcataacct 33312819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 295106 - 294689
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || || ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  295106 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaaatttgtgtccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttcattattaa 295007  T
Q  197 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattga 296  Q
    ||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||  ||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||| || |||||||||| |||| |||||    
T  295006 aaaggatgtaataaatttatattgatgcccgaggcagt--agttg-ttttgtaacataagctggttaaaagcaaataaggattggtttt-agaaaattga 294911  T
Q  297 g-----tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaact 391  Q
    |     |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||  |||||||||||||     
T  294910 gagaagtatggttaagtctttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaatgcaatcaatgattatctaattcaacgacagattaaca 294811  T
Q  392 tagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaac 490  Q
     ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || || | | |||    
T  294810 aagtaattatacccaatctcttgaactagaattctccccataagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaactgttggatgttttaacaaaac 294711  T
Q  491 attaatctctatgtcataacct 512  Q
     |||||| ||||||||||||||    
T  294710 gttaatccctatgtcataacct 294689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 6967393 - 6966972
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa--ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 195  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||  ||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |    
T  6967393 tgatagatatttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaagttcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatca 6967294  T
Q  196 aaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 294  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| |||| |||    
T  6967293 aaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcagaatatt 6967197  T
Q  295 g------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 388  Q
           |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||| ||||||    
T  6967196 agagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgatagatta 6967097  T
Q  389 acttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taag 487  Q
    ||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||    
T  6967096 acaaagtaattctacccaatctcttaacctagaattctccccgcatgtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaaaag 6966997  T
Q  488 aacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||    
T  6966996 aacgttaatccctatgtcataacct 6966972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Original strand, 17866353 - 17866774
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa--ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 195  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||  ||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |    
T  17866353 tgatagatatttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaagttcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatca 17866452  T
Q  196 aaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 294  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| |||| |||    
T  17866453 aaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagctg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcagaatatt 17866549  T
Q  295 g------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 388  Q
           ||||||||| || | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||    
T  17866550 agagagaagtatggtttagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagatta 17866649  T
Q  389 acttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taag 487  Q
    ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||    
T  17866650 acaaagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcatgtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaaaag 17866749  T
Q  488 aacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||    
T  17866750 aacgttaatccctatgtcataacct 17866774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 296 - 512
Target Start/End: Original strand, 17863298 - 17863515
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||  |||    
T  17863298 agtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagt 17863397  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaacatta 494  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||| |||    
T  17863398 aattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcatgtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaaaagaacgtta 17863497  T
Q  495 atctctatgtcataacct 512  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  17863498 atccctatgtcataacct 17863515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 225 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 23108106 - 23107812
Alignment:
Q  225 cctaggcagttgagttgat-tttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt---gagta---tggttaagtcattcgaat 317  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||| |||| |||   ||| |   |||||||| | |||||||    
T  23108106 cctagacagttgagttgatgtttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagattggtttt-agaaaattagagagaaatgtggttaagaccttcgaat 23108008  T
Q  318 cttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgacc 417  Q
    | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||  ||||| |    
T  23108007 catccgaagctctcctatggtaatttgcactcctagttcaaacaatgattatttagtttcacaacagattaacttagtaactctacccaattccttgagc 23107908  T
Q  418 tagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||  |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  23107907 tataattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaattgtttgaggtattaaaagaacgttaatccctatgtcataacct 23107812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 190 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 24783560 - 24783233
Alignment:
Q  190 ttattaaaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttag 288  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||| | | || |||||||||||||| |||||||||||||||| |   |||||||  |||| |||||||| ||    
T  24783560 ttatcaaaaaggatgtataaa-tttatattgattgtccaaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacttaaataaaacaataaaag-ttggttttaag 24783464  T
Q  289 aagattg------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgac 382  Q
    || |||       |||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| || ||| ||||     
T  24783463 aatattagagagaagtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcatatggtaattttcattcctaattcaatcaatgattatctagtttaacgag 24783364  T
Q  383 agattaacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtat 482  Q
    ||||||||  ||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |    
T  24783363 agattaacaaagtaattatacccaatctcttgacctagaattctctccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggagattt 24783264  T
Q  483 tta-agaacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    | | ||||| |||||| ||||||||||||||    
T  24783263 taacagaacgttaatccctatgtcataacct 24783233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 296 - 512
Target Start/End: Original strand, 36843141 - 36843358
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  | |    
T  36843141 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaattcgcactcctacttcaatcaatgattatctagttcaacgacagattaacaaatt 36843240  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacatta 494  Q
    || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || | ||||| |||    
T  36843241 aactctacccaatctcttgacctagagttctccccgcaagtaacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccattggaggttttaacagaacgtta 36843340  T
Q  495 atctctatgtcataacct 512  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  36843341 atccctatgtcataacct 36843358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 98 - 480
Target Start/End: Original strand, 3861907 - 3862290
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa-aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 196  Q
    |||| ||||||||||||||| || | | |||||| |||||||||| |||| || || |||||||||||  |||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  3861907 tgatagatatttggcaagtgtactagagtcaatcgaagtaataaataatttgtatccacgaggattgttattaacttctacttagcaatttcattattaa 3862006  T
Q  197 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgatttt--gtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 294  Q
    || |||||||| ||||| |   || |||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| || |||    
T  3862007 aa-ggatgtattaaattcaa--tgatgccctaggcagttcaattgattttttgtaacataaactgattaaaaacaataaaagattgg-ttttataaaatt 3862102  T
Q  295 ------gagtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 388  Q
           |||||| ||||| | |||||||| | |||||||||| ||        |||||||||| |||||  ||||||||| || ||  |||||||||||    
T  3862103 agagagaagtatgattaagaccttcgaatccttcgaagttctccta--------tgcactcctaattcaagaaatgattatctagttcaacgacagatta 3862194  T
Q  389 acttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataaccc----gttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagt 480  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||    
T  3862195 acaaagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaattaatgtcttaagtgaattcaaaactgttggaagt 3862290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 220 - 477
Target Start/End: Original strand, 23313382 - 23313645
Alignment:
Q  220 ggtgccctaggcagttgagttgatttt-gtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------agtatggttaagtcatt 312  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||  ||||| ||||||| |||| |||       |||||||||||| | ||    
T  23313382 ggtgccctaggtagttgaattgatttttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagaatggtttt-agaaaattagagagaagtatggttaagacctt 23313480  T
Q  313 cgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctct 412  Q
     ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||  ||||| ||| ||||||   |||| |||| |||||||||    
T  23313481 tgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactactaattcaaacaatgattatctaggttcacaacatattaacactgtaactctacccaatctct 23313580  T
Q  413 tgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    || ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  23313581 tggcctagaattctccccgcaagtggaaaccccttaatctcttaagtgaattcaaaatcgttgga 23313645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 296 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 9765843 - 9765659
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacga---------cagat 386  Q
    |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||         |||||    
T  9765843 agtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttcacgagtttcacggcagat 9765744  T
Q  387 taacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaacc 471  Q
    ||||  ||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |  || ||||||||||||||||||||||||||    
T  9765743 taacaaagtaactctacccaatctcttgacctataattctccctgcaagtaaaatacccttaatctcttaagtgaattcgaaacc 9765659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 90
Target Start/End: Original strand, 36218240 - 36218310
Alignment:
Q  20 tgtggatagctcttggattggttcaatccttgaatggaagtgaaaagctagagaatattgcaatagaatat 90  Q
    |||||||| | |||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  36218240 tgtggataccccttggattagttcaacccataaatggaagtgaaaagctagagcatattgccagagaatat 36218310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 446 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 27796726 - 27796678
Alignment:
Q  446 ttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaagaacatta 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| |||||    
T  27796726 ttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaaagaccatta 27796678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 35957425 - 35957369
Alignment:
Q  26 tagctcttggattggttcaatccttgaatggaagtgaaaagctagagaatattgcaa 82  Q
    |||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  35957425 tagcccttggattagttcaatccctaaatggaagtgaaaagctggaaagtattgcaa 35957369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 106 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 33575326 - 33574913
Alignment:
Q  106 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatg 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  33575326 atttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaaattcgttttcacgaggactgtatttaacttctatttagcaattttattattaaaaaggatg 33575227  T
Q  205 tataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattgag-----ta 299  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||||     ||    
T  33575226 tataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttagaaaattgagagaagta 33575128  T
Q  300 tggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 398  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  33575127 tggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcctaattacaatcaatgattatttagtttcacgacggattaacttagtaat 33575028  T
Q  399 tctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaa-gaacattaatc 497  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||  ||||||    
T  33575027 tctacccaatctcttgatctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccattggaggtattaaacgaatgttaatc 33574928  T
Q  498 tctatgtcataacct 512  Q
     |||| |||||||||    
T  33574927 cctatatcataacct 33574913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Original strand, 15532200 - 15532621
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 196  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  15532200 tgatagatatttggcatgtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaaattcgtttccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttcattattaa 15532299  T
Q  197 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggttttta-gaagattg 295  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||| ||| ||||    
T  15532300 aaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaattg 15532398  T
Q  296 ag-----tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaa 389  Q
    ||     |||||||||||| |||||||| ||  ||| |||| | ||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15532399 agagaagtatggttaagtccttcgaatcctctaaagctctcctgtggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacagattaa 15532498  T
Q  390 cttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaagaa 489  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| | |||    
T  15532499 cttagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccaatggaggtattaacgaa 15532598  T
Q  490 cattaatctctatgtcataacct 512  Q
    | |||||| |||| |||||||||    
T  15532599 cgttaatccctatatcataacct 15532621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 103 - 512
Target Start/End: Original strand, 15542387 - 15542803
Alignment:
Q  103 gatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaagg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||    
T  15542387 gatatttggcaagtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaaattcgtttccacgaggactgtatttaacttctacttaacaatttcattattaaaaagg 15542486  T
Q  202 atgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggttttt-agaagattg----- 295  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| |||| ||||         
T  15542487 atgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaattgagaga 15542585  T
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttag 394  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||  ||| |||| | ||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15542586 agtatggttaagtccttcgaatcctctaaagctctcctgtggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacagattaacttag 15542685  T
Q  395 taattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaagaacatta 494  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| | |||| |||    
T  15542686 taattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttgatctcttaagtgaattcgaaaccaatggaggtattaacgaacgtta 15542785  T
Q  495 atctctatgtcataacct 512  Q
    ||| |||| |||||||||    
T  15542786 atccctatatcataacct 15542803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 195 - 512
Target Start/End: Original strand, 26712439 - 26712763
Alignment:
Q  195 aaaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactga-ttaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat 293  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |   ||||||||||||| |||| ||    
T  26712439 aaaaaggatgtgtaaaatttatattagtgccctagacagttgagttgattttgtaacataaacaaaattaaaaatagtaaaagattggtttt-agaaaat 26712537  T
Q  294 -tgagt-----atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatt 387  Q
     ||||      ||||||||||| |||||||| ||||| | |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26712538 ctgagagaagaatggttaagtctttcgaatcctccgacgctctcctatgataatttgcactcctaattcaatcaatgattatttagtttcacgacagatt 26712637  T
Q  388 aacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taa 486  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  26712638 aacttagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggtattaaaa 26712737  T
Q  487 gaacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||    
T  26712738 gaacgttaatccctatgtcataacct 26712763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 195 - 512
Target Start/End: Original strand, 26982177 - 26982501
Alignment:
Q  195 aaaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactga-ttaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat 293  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |   ||||||||||||| |||| ||    
T  26982177 aaaaaggatgtgtaaaatttatattagtgccctagacagttgagttgattttgtaacataaacaaaattaaaaatagtaaaagattggtttt-agaaaat 26982275  T
Q  294 -tgagt-----atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatt 387  Q
     ||||      ||||||||||| |||||||| ||||| | |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26982276 ctgagagaagaatggttaagtctttcgaatcctccgacgctctcctatgataatttgcactcctaattcaatcaatgattatttagtttcacgacagatt 26982375  T
Q  388 aacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taa 486  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  26982376 aacttagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggtattaaaa 26982475  T
Q  487 gaacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||    
T  26982476 gaacgttaatccctatgtcataacct 26982501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 181 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 34406009 - 34405673
Alignment:
Q  181 gcaattttattattaaaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagatt 279  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||  |   |||||||  |||| ||    
T  34406009 gcaatttctttatcaaaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttgtgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-tt 34405913  T
Q  280 ggtttttagaagattg------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaa 373  Q
    |||||| |||| |||       |||||||||||| | ||| |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||     
T  34405912 ggttttcagaatattagagagaagtatggttaagaccttcaaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctag 34405813  T
Q  374 tttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgt 473  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  34405812 tttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgacctagaattctcctcgcatgtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcaaaaccgt 34405713  T
Q  474 tggaagtatt-taagaacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    |||| || ||  |||||| |||||| |||| |||||||||    
T  34405712 tggaggttttaaaagaacgttaatccctatctcataacct 34405673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 106 - 477
Target Start/End: Original strand, 14616437 - 14616813
Alignment:
Q  106 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa--aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggat 203  Q
    |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |||||||||    
T  14616437 atttggcaagtgaaccaaaa-ctatcgaagtaataaataaattcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatcaaaaaggat 14616535  T
Q  204 gtataaaatttatattggtg-ccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------a 296  Q
    |||| || ||||||||| |  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| ||| |||| |||| |||       |    
T  14616536 gtatgaa-tttatattgattaccctaggaagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttgattttaagaatattagagagaa 14616632  T
Q  297 gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagta 396  Q
    ||||||||||| | || ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||||||  ||||    
T  14616633 gtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaattttcactcctaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagta 14616732  T
Q  397 attctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14616733 attctacccaatctcttgacctataattctccccgcaagtgacaagcccttaatctcttgagtgaattcgaaaccgttgga 14616813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 22159992 - 22159569
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 196  Q
    |||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||  || | ||    
T  22159992 tgatagatatttgacaagtgtaccaaattcgatcgaagtaataaaaaatttgtttccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttctttgtcaa 22159893  T
Q  197 aaaggatgtata--aaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttg-taacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat 293  Q
    ||||||||||||  ||||| | |  | |||||||||||||||  ||| ||||  |||  |||||  |   |||||||  ||| ||||||||| |||| ||    
T  22159892 aaaggatgtatattaaattcaaag-gttgccctaggcagttggattggtttttataaagtaaacgtaaataaaacaataaaa-attggttttaagaatat 22159795  T
Q  294 t---gag---tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatt 387  Q
    |   |||   |||||||||| | || ||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| || ||  |||| |||||    
T  22159794 tagagagaaatatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaaatcgcactcctagttcaatcaatgactatctagttcaacgatagatt 22159695  T
Q  388 aacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-a 486  Q
    |||  ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || | |    
T  22159694 aacaaagtaactctacccaatctcttgacctagagttctccccacaagtaacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccattggaggttttaaca 22159595  T
Q  487 gaacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||    
T  22159594 gaacgttaatccctatgtcataacct 22159569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 190 - 512
Target Start/End: Original strand, 7650035 - 7650362
Alignment:
Q  190 ttattaaaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttag 288  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| ||| |||| ||    
T  7650035 ttatcaaaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttgcttttaag 7650131  T
Q  289 aagattg------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgac 382  Q
    || |||       |||||||||||| |||| ||||| | |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| | ||     
T  7650132 aatattagagagaagtatggttaagacatttgaatcctacgaagttcttctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagtttaaagat 7650231  T
Q  383 agattaacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtat 482  Q
    ||||||||   |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| || |||| || |    
T  7650232 agattaacaaggtaattctactcaatctctttacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttgagtgaattcgaaatcgctggaggttt 7650331  T
Q  483 tta-agaacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    | | ||||  |||||| ||||||||||||||    
T  7650332 taatagaaggttaatccctatgtcataacct 7650362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 103 - 358
Target Start/End: Original strand, 11988867 - 11989133
Alignment:
Q  103 gatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa-aattcgtttctacgaggattgtatttaaattcta--cgtagcaattttattattaaaaa 199  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |  ||  |||| |||||  | ||||||||| |||| ||| ||    
T  11988867 gatatttgacaagtgaatcaaattcaatcgaagtaataaataattcgtttccacgagaaccgttcttaacttctatacttagcaatttcattagtaataa 11988966  T
Q  200 ggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttga-ttttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt---- 294  Q
    ||| |||||  |  |  | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||| | |||||||| |||        
T  11988967 ggacgtatattaaattcaatggtcccctaggcagttgagttgatttttgtaacataaacagattaaaaacgataaaagatt-gattttagaaaattagag 11989065  T
Q  295 --gagtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctc--atatggtaatttgcactcctagttcaa 358  Q
       |||| ||||||| | |||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  11989066 agaagtaaggttaagaccttcgaatcctccaaagttctcctatatggtaatttgcactcctagttcaa 11989133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 98 - 201
Target Start/End: Original strand, 26711464 - 26711567
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaat-aaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 196  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||| ||||||||| ||||| ||    
T  26711464 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcaattgaagtaataaaaaattcgtttccacgaggactgta-ttaacttctacttagcaatttcattatcaa 26711562  T
Q  197 aaagg 201  Q
    |||||    
T  26711563 aaagg 26711567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 98 - 201
Target Start/End: Original strand, 26981201 - 26981304
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaat-aaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 196  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||| ||||||||| ||||| ||    
T  26981201 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcaattgaagtaataaaaaattcgtttccacgaggactgta-ttaacttctacttagcaatttcattatcaa 26981299  T
Q  197 aaagg 201  Q
    |||||    
T  26981300 aaagg 26981304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 441 - 504
Target Start/End: Original strand, 11989166 - 11989230
Alignment:
Q  441 acccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacattaatctctatgt 504  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||| |||||||||||||    
T  11989166 accccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaatagaacgttaatctctatgt 11989230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 97 - 512
Target Start/End: Original strand, 22626311 - 22626732
Alignment:
Q  97 gtgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 195  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  22626311 gtgatagatatttggcaagtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaagttcgtttccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttcattatta 22626410  T
Q  196 aaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg 295  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| ||| |||| ||||    
T  22626411 aaaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggattt-agaaaattg 22626508  T
Q  296 ag-----tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaa 389  Q
    ||     |||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  22626509 agagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacggattaa 22626608  T
Q  390 cttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaa-ga 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||    
T  22626609 cttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccattggaggtattaaacga 22626708  T
Q  489 acattaatctctatgtcataacct 512  Q
    || |||||| |||| |||||||||    
T  22626709 acgttaatccctatatcataacct 22626732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Original strand, 39563510 - 39563931
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 196  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| || |||||| ||||||||| ||||| ||    
T  39563510 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcaatcaaagtaataaaaaattcgtttccacgaggactgtatt-aacttctacttagcaatttcattataaa 39563608  T
Q  197 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactga-ttaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat-t 294  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |   ||||||||||||| |||| || |    
T  39563609 aaaggatgtgtaaaatttatattagtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaacaaaattaaaaatagtaaaagattggtttt-agaaaatct 39563707  T
Q  295 gagt-----atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaa 389  Q
    |||      ||||||||||| |||||||| ||||| | |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  39563708 gagagaagaatggttaagtccttcgaatcctccgacgctctcctatgataatttgcactcctaattcaatcaatggttatttagtttcacgacagattaa 39563807  T
Q  390 cttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taaga 488  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||    
T  39563808 cttagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggtattaaaaga 39563907  T
Q  489 acattaatctctatgtcataacct 512  Q
    || |||||| ||||||||||||||    
T  39563908 acgttaatccctatgtcataacct 39563931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Original strand, 11138570 - 11138990
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 196  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  11138570 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaagttcgtttccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttcattattaa 11138669  T
Q  197 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattga 296  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |  ||||| ||  |||| |||||    
T  11138670 aaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaatatagaattggattc-agaaaattga 11138767  T
Q  297 g-----tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaac 390  Q
    |     |||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  11138768 gagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacggattaac 11138867  T
Q  391 ttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaa-gaa 489  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| || |||    
T  11138868 ttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaactccttaatctcttaagtgaattcgaaaccataggaggtattaaacgaa 11138967  T
Q  490 cattaatctctatgtcataacct 512  Q
    | |||||| |||| |||||||||    
T  11138968 cgttaatccctatatcataacct 11138990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 296 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 13979528 - 13979311
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||| | || ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13979528 agtatggttaagacctttgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactccaagttcaaacaatgattatttagtttcatgacagattaacttagt 13979429  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaacatta 494  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||  |||||| |||    
T  13979428 aactctatccaatcccttgacctagaattctccccgcaagtgacaacctcttaatctcttaagtgaattcgaaatcgttcgaggtattaaaagaacgtta 13979329  T
Q  495 atctctatgtcataacct 512  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  13979328 atccctatgtcataacct 13979311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 301 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 46731531 - 46731396
Alignment:
Q  301 ggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattc 400  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||  |||||| ||||||  ||||| ||    
T  46731531 ggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcatatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagttcaacgacatattaacaaagtaactc 46731432  T
Q  401 tatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagt 436  Q
    || ||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  46731431 tacccaatctcttgacctggagttctccccgcaagt 46731396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 336 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 35366377 - 35366249
Alignment:
Q  336 ggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaag 435  Q
    |||||||||||| || | ||||||||||| | || |||||| |||||| ||||||    ||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||| ||    
T  35366377 ggtaatttgcaccccaa-ttcaatcaatgttcatataatttaacgacaaattaacaagataattctactcaatctcttgacctagaactctctccgcgag 35366279  T
Q  436 tgataacccgttaatctcttaagtgaattc 465  Q
    ||| || || ||||||||||||||||||||    
T  35366278 tgacaatcccttaatctcttaagtgaattc 35366249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 336 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 47412184 - 47412082
Alignment:
Q  336 ggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaag 435  Q
    |||||||||||| |  | ||||||||||| | || |||||| || ||||||||||    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  47412184 ggtaatttgcacccacaattcaatcaatgttcatctaatttaacaacagattaacacgataattctactcaatctcttgacctagaattctctccgcaag 47412085  T
Q  436 tga 438  Q
    |||    
T  47412084 tga 47412082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 137 - 242
Target Start/End: Original strand, 20536376 - 20536479
Alignment:
Q  137 aataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttg 236  Q
    |||||||  |||| || ||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||   |  |||||||||||||||||    
T  20536376 aataaaagatcgtatccacgaggactgtatttaacttctacttagaaatttcattattaaaaaggatgtagtaaatt--caagggtgccctaggcagttg 20536473  T
Q  237 agttga 242  Q
     |||||    
T  20536474 ggttga 20536479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Original strand, 13017189 - 13017610
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 196  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  13017189 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaagttcgtttccacgaggactatatttaacttctacttagcaatttcattattaa 13017288  T
Q  197 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggttttt-agaagattg 295  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| |||| ||||    
T  13017289 aaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttcagaaaattg 13017387  T
Q  296 -----agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaa 389  Q
         |||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||| | |   ||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  13017388 agagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatatgatcaatgattatttagtttcacgacggattaa 13017487  T
Q  390 cttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaagaa 489  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||    
T  13017488 cttagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccattggaggtattaacgaa 13017587  T
Q  490 cattaatctctatgtcataacct 512  Q
    | |||||| |||| |||||||||    
T  13017588 cgttaatccctatatcataacct 13017610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 106 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 22221959 - 22221590
Alignment:
Q  106 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataa-aaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatg 204  Q
    |||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||  ||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  22221959 atttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaattcgtttccacgaggactatatttagcttctactaagcaatttcattattaaaaaggatg 22221860  T
Q  205 tataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattgagt-----a 299  Q
    |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||||      |    
T  22221859 tataaattat-tattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaa--taaactaattaaaaacaataaagaattggtttttagaaaattgagagaagca 22221763  T
Q  300 tggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 398  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||    
T  22221762 tggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcttaaatacaatcaatgattatttagtatcacgacggattaacttagtaat 22221663  T
Q  399 tctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaacc 471  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  22221662 tctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctctcaagtgaattcgaaacc 22221590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 106 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 22247794 - 22247425
Alignment:
Q  106 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataa-aaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatg 204  Q
    |||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||  ||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  22247794 atttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaattcgtttccacgaggactatatttagcttctactaagcaatttcattattaaaaaggatg 22247695  T
Q  205 tataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattgagt-----a 299  Q
    |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||||      |    
T  22247694 tataaattat-tattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaa--taaactaattaaaaacaataaagaattggtttttagaaaattgagagaagca 22247598  T
Q  300 tggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 398  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||    
T  22247597 tggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcttaaatacaatcaatgattatttagtatcacgacggattaacttagtaat 22247498  T
Q  399 tctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaacc 471  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  22247497 tctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctctcaagtgaattcgaaacc 22247425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 14790864 - 14790443
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa--ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 195  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||  ||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |    
T  14790864 tgatagatatttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaagttcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatca 14790765  T
Q  196 aaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 294  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| |||| |||    
T  14790764 aaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcagaatatt 14790668  T
Q  295 g------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 388  Q
           |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||    
T  14790667 agagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagatta 14790568  T
Q  389 acttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taag 487  Q
    ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||    
T  14790567 acaaagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcatgtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaaaag 14790468  T
Q  488 aacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||    
T  14790467 aacgttaatccctatgtcataacct 14790443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 14795892 - 14795471
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa--ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 195  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||  |||||  |||||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |    
T  14795892 tgatagatatttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaagttcgtacctacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatca 14795793  T
Q  196 aaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 294  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| |||| |||    
T  14795792 aaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcagaatatt 14795696  T
Q  295 g------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 388  Q
           |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||    
T  14795695 agagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagatta 14795596  T
Q  389 acttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taag 487  Q
    ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||    
T  14795595 acaaagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcatgtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaaaag 14795496  T
Q  488 aacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||    
T  14795495 aacgttaatccctatgtcataacct 14795471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 209 - 437
Target Start/End: Original strand, 30978322 - 30978557
Alignment:
Q  209 aaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggttttta-gaagattgag-----tatgg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||| ||| ||||||     |||||    
T  30978322 aaatttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaattgagagaagtatgg 30978421  T
Q  303 ttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattct 401  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30978422 ttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacggattaacttagtaattct 30978521  T
Q  402 atccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtg 437  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30978522 acccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtg 30978557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 296 - 512
Target Start/End: Original strand, 32704458 - 32704675
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||  |||    
T  32704458 agtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagattaacagagt 32704557  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaacatta 494  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||| |||    
T  32704558 aattctacccaatctcttgaaatagaattctccccgcatgtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaaaagaacgtta 32704657  T
Q  495 atctctatgtcataacct 512  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  32704658 atccctatgtcataacct 32704675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 296 - 509
Target Start/End: Original strand, 20527367 - 20527580
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  | |    
T  20527367 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctaacttcacgacagattaacaaatt 20527466  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacatta 494  Q
    || | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || || | ||||| |||    
T  20527467 aactttacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtaacaaccc-ttaatctcttaagtgaatttgaaaccgttggaggttttaacagaacgtta 20527565  T
Q  495 atctctatgtcataa 509  Q
    ||| |||||||||||    
T  20527566 atccctatgtcataa 20527580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 224 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 16883795 - 16883509
Alignment:
Q  224 ccctaggcagttgagttgatttt-gtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------agtatggttaagtcattcgaa 316  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||| |||| |||       |||||||||||| ||||||||    
T  16883795 ccctaggcagttgaattgatttttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagattggtttt-agaaaattagagagaagtatggttaagacattcgaa 16883697  T
Q  317 tcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgac 416  Q
    || | |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||  ||||||| ||||||||  | |||  ||| |||||||||||||    
T  16883696 tccttcgaagttctcctatggtaatttgcactactaattcaaacaatgattatctatgttcacgaaagattaacacaataaccctacccaatctcttgac 16883597  T
Q  417 ctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacattaatctctatg 503  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || | |||||||||||| |||||    
T  16883596 ctagaattctccccacaagtggcaaccccttaatctcttatgtgaattcaaaaccgttggaggttttaacagaacattaatccctatg 16883509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 222 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 15535177 - 15534923
Alignment:
Q  222 tgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattga------gtatggttaagtcattcga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||  |||| |||||||| | || ||| |      ||||||||||| | ||| |    
T  15535177 tgccctaggcagttgagttgattttgtaaaacaaatagattaaaaacaataaaagtttggtttt-acaaaattaaagtgatgtatggttaagaccttcaa 15535079  T
Q  316 atcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctcttga 415  Q
    ||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||    
T  15535078 atcctccgaagttttcctatggtaatttgcattcctaattcaatcaatgattatctagttcaacgacagattaacaaagtaactctaaccaatctcttga 15534979  T
Q  416 cctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaacc 471  Q
    |||||| |||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  15534978 cctagagttctccccgcaagtaacaacctcttaatctcttaagtgaattcgaaacc 15534923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 297 - 512
Target Start/End: Original strand, 19664870 - 19665085
Alignment:
Q  297 gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagta 396  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||  ||||    
T  19664870 gtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagtt-cacgacagattaacaaagta 19664968  T
Q  397 attctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacattaa 495  Q
    | |||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||||| | |||||  | || | ||||| ||||    
T  19664969 actctacccaatatcttgacctagagttctccccgcaagtaacatccccttaatctcttaagtgaattcgaaatcattggagattttaatagaacgttaa 19665068  T
Q  496 tctctatgtcataacct 512  Q
    || ||||||||||||||    
T  19665069 tccctatgtcataacct 19665085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 296 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 1838515 - 1838335
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||  |||    
T  1838515 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatg-taattcgcactcctagttcaatcaacgattatttagttcaacgacagattaacaaagt 1838417  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  1838416 aactctacccaatctcttgacctagagttctccccgcaagtaacaactccttaatctcttaagtgaatttgaaaccattgga 1838335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 311 - 477
Target Start/End: Original strand, 12983598 - 12983763
Alignment:
Q  311 ttcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatct 410  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||  ||| || || |||| ||||||||||| |  | || ||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  12983598 ttcgaatcctccgaagttctcctatgaaaatctgtaccccta-ttcaatcaatgttcgtctagtttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatct 12983696  T
Q  411 cttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12983697 cttgaccttgaattctctccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 12983763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 311 - 469
Target Start/End: Original strand, 12980711 - 12980868
Alignment:
Q  311 ttcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatct 410  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||  |||||| || |||| ||||||||||| |  | || ||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  12980711 ttcgaatcctccgaagttctcctatgaaaatttgtaccccta-ttcaatcaatgttcgtctagtttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatct 12980809  T
Q  411 cttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaa 469  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  12980810 cttgacctagaattctctccgcaagtgacaaccgcttaatctcttaagtgaattcgaaa 12980868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 404 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 15538155 - 15538048
Alignment:
Q  404 ccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacattaatctctat 502  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || | ||||| |||||| ||||    
T  15538155 ccaatctcttgacctagagttctccccgcaagtaacaacaccttaatctcttaagtgaattcgaaaccattggaggttttaacagaacgttaatccctat 15538056  T
Q  503 gtcataac 510  Q
    ||||||||    
T  15538055 gtcataac 15538048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 298 - 461
Target Start/End: Original strand, 7769594 - 7769761
Alignment:
Q  298 tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaa 397  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||| |  | ||||||||||| | ||||| ||| |||||| ||||||  |||||    
T  7769594 tatggttaagaccttcgaatcctccgatgctcttatatggtaatttgcaccctcaattcaatcaatgttcatttagtttaacgacatattaacaaagtaa 7769693  T
Q  398 ttctatccaatctcttgacctag----aattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtga 461  Q
    |||||  |||||| |||||||||    ||||||| | ||||||| |||||| |||||||||| |||||    
T  7769694 ttctactcaatcttttgacctagctataattctctctgcaagtgctaaccccttaatctcttcagtga 7769761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 296 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 27649144 - 27649077
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaat 363  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  27649144 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcacttctaattcaagcaat 27649077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 433 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 32427271 - 32427193
Alignment:
Q  433 aagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacattaatctctatgtcataac 510  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||  |||||| ||||||||||||    
T  32427271 aagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcaaaaccgttggaggtattaacagaatgttaatccctatgtcataac 32427193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 224 - 290
Target Start/End: Original strand, 11183962 - 11184028
Alignment:
Q  224 ccctaggcagttgagttga-ttttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaa 290  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||  |||| |||||||||||||    
T  11183962 ccctaggcagttgagttgatttttgtaacataaacgtaataaaaacaataaaag-ttggtttttagaa 11184028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 224 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 15540689 - 15540643
Alignment:
Q  224 ccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaa 270  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||||    
T  15540689 ccctaggcagttgagttgattttctaaaataaagggattaaaaacaa 15540643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 314 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 32427325 - 32427281
Alignment:
Q  314 gaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaa 358  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  32427325 gaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaa 32427281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 197 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 16295044 - 16294724
Alignment:
Q  197 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattga 296  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||    
T  16295044 aaaggatgtataaaatttatattgatgccctaggcagttgagttgattttgtatcataaaccgattaaaaacaaataaagattagttttcagaaaattga 16294945  T
Q  297 g-----tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaact 391  Q
    |     |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16294944 gagaagtatggttaagtccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctagtttaatcaatgattatttagtttcacgacagattaact 16294845  T
Q  392 tagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaagaaca 491  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||     
T  16294844 tagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggtattaaagaacg 16294745  T
Q  492 ttaatctctatgtcataacct 512  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  16294744 ttaatccctatgtcataacct 16294724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 31528635 - 31528214
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 196  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  31528635 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaaatttgtttccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttcattattaa 31528536  T
Q  197 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggttttta-gaagattg 295  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||| ||| ||||    
T  31528535 aaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaattg 31528437  T
Q  296 ag-----tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaa 389  Q
    ||     |||||||||||| |||||||| ||  ||| |||| | ||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31528436 agagaagtatggttaagtccttcgaatcctctaaagctctcctgtggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacagattaa 31528337  T
Q  390 cttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaagaa 489  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| | |||    
T  31528336 cttagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccaatggaggtattaacgaa 31528237  T
Q  490 cattaatctctatgtcataacct 512  Q
    | |||||| |||| |||||||||    
T  31528236 cgttaatccctatatcataacct 31528214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 108 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 31626784 - 31626374
Alignment:
Q  108 ttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatgtat 207  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| |||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  31626784 ttggtaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaattcgtttcaatgaggactgtatt-aacttctacttagcaatttcattattaaaaaggatgtgt 31626686  T
Q  208 aaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactga-ttaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat-tgagt-----at 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||  || |||||||||| |||| || ||||      ||    
T  31626685 aaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaaaggaattaaaaataataaaggattggtttt-agaaaatctgagagaagaat 31626587  T
Q  301 ggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattc 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31626586 ggttaagtcattcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaattattatttagtttcacgacagattaacttagtaattc 31626487  T
Q  401 tatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaacattaatctc 499  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||||||      
T  31626486 tacccaatctcttgacctagaattctccctgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaatcgttggaggtattaaaagaacgttaatcct 31626387  T
Q  500 tatgtcataacct 512  Q
    ||||| |||||||    
T  31626386 tatgttataacct 31626374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 97 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 40018225 - 40017832
Alignment:
Q  97 gtgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||  || |||| || |||||| ||| || | |||||||| ||||||    
T  40018225 gtgatgaatatttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaaatttgttttcacaaggagtgcatttaacttcgacttggcaatttttttatta 40018126  T
Q  196 aaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  | ||| ||||||    || ||||    
T  40018125 aaaaggatgtataaaatttatattgatgccctaggcagttgagttga-tttgtaacataaacggattaaaaacaataagagactggtttaagaaaaattg 40018027  T
Q  296 -----agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattattt---aatttcacgacagatt 387  Q
         |||||||||||| | |||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||   | ||| ||||||||||    
T  40018026 agagaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaaactctcctatggtaatttgcactcctaattcaaccaatgattatttataagttttacgacagatt 40017927  T
Q  388 aacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt 483  Q
    |||| |||| ||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  40017926 aactcagtacttctccccaatcctttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccc-ttattctcttaagtgaattcgaaactgttggaggtatt 40017832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 13710315 - 13709895
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaa 197  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  13710315 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaattcgtttttacgagaactgtatttaacttctacttagcaatttcattattaaa 13710216  T
Q  198 aaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt--- 294  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||       
T  13710215 aaggatgtataaaatttatattgatgcctgaggaagttgagttga-gttgtaacataaacggattaaaaacaataaaagattgg-ttttagaaaatttga 13710118  T
Q  295 ---gagtatggttaagtcattcgaatcttccg-aagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaac 390  Q
        |||||||||||| | ||| |||| || | ||| |||| |||| ||||||||||||||| || |  |||||||||| || ||  || ||||||||||    
T  13710117 gagaagtatggttaagaccttcaaatcatctgaaagctctcctatgataatttgcactcctaatttaggcaatgattatctagttcaacaacagattaac 13710018  T
Q  391 ttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaa 489  Q
      |||||||||| || ||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||| || || | | ||    
T  13710017 aaagtaattctacccgatctcttgacccataattctcccctcaagtgacaaccccataatctctttagtgaattcgaaatcgttggaggttttaacaaaa 13709918  T
Q  490 cattaatctctatgtcataacct 512  Q
    | |||||| ||||||||||||||    
T  13709917 cgttaatccctatgtcataacct 13709895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 96 - 512
Target Start/End: Original strand, 23673343 - 23673765
Alignment:
Q  96 tgtgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa--aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattat 193  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||||| || |||||||  ||  |||| ||||||  | ||||||  ||||    
T  23673343 tgtgatagagatttggcaagtgaaccaaaa-ctatcgaagtaataaataaattcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcaacaatttctttat 23673441  T
Q  194 taaaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgat-tttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaaga 292  Q
     ||||||||||||| ||||| |   |  |||||||||||||||  |||   ||||||| |||||| ||||||||||||  |||| |||||||| |||| |    
T  23673442 caaaaaggatgtattaaattcaaggt--tgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaaacaataaaagtttggtttt-agaaaa 23673538  T
Q  293 tt-----ga-gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagat 386  Q
    ||     || ||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||| ||    
T  23673539 ttagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagtttaacgacaaat 23673638  T
Q  387 taacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta- 485  Q
    ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |     
T  23673639 taacaaagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcatgtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaacagttggaggttttaac 23673738  T
Q  486 agaacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||    
T  23673739 agaacgttaatccctatgtcataacct 23673765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 296 - 512
Target Start/End: Original strand, 32575890 - 32576107
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32575890 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagctctcctatgataatttgcactcctagttcaaaaaatgattatttagtttcacgacagattaacttagt 32575989  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaacatta 494  Q
    || |||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| | |||||||||||  |||||| |||||  |||||| |||    
T  32575990 aactctaccaaatcccttgacctagaattctccccacaagtgacaaccccttaatctcttgactgaattcgaaattgttggaggtattaaaagaacgtta 32576089  T
Q  495 atctctatgtcataacct 512  Q
    ||| ||||||| ||||||    
T  32576090 atccctatgtcgtaacct 32576107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 98 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 36327171 - 36326800
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa--aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 195  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |    
T  36327171 tgatagatatttggcaagtgaaccaaaa-ctatcgaagtaataaataaattcgtatccacgaggaccgttgttaacttctactctgcaatttctttatca 36327073  T
Q  196 aaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgat-tttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 294  Q
    |||| ||||||| ||||| | | |  ||||||||| ||||   ||| | ||||||| |||||| ||||||||||||  |||| |||||||| |||| |||    
T  36327072 aaaaagatgtattaaattcaaagt--tgccctaggaagttagattggtatttgtaaaataaacggattaaaaacaataaaagtttggtttt-agaaaatt 36326976  T
Q  295 -----ga-gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 388  Q
         || ||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  36326975 agagagatgtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcatatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctaatttaacgatagatta 36326876  T
Q  389 acttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaatt 464  Q
    ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  36326875 acaaagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccctgcaagtgacaactccttaatctcttaagtgaatt 36326800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 302 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 8427260 - 8427199
Alignment:
Q  302 gttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatg 364  Q
    |||||| |||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  8427260 gttaagacattcgaatcatccgatgttcttatttggtaatttgcacccct-gttcaatcaatg 8427199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 12172218 - 12171807
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaat--tcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 195  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||   ||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  12172218 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaaagatcgtttccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttcattatta 12172119  T
Q  196 aaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagatt-ggtttttagaagatt 294  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||       
T  12172118 aaaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaat-aaagatttggtttctagaag--- 12172024  T
Q  295 gagtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaactta 393  Q
       |||||||||||| || ||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  12172023 ---tatggttaagtccttggaatcttccgaagctcgcctatggtaatttgcactcctaaatacaatcaatgattatttagtttcacgacggattaactta 12171927  T
Q  394 gtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaa-gaacat 492  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||| |    
T  12171926 gtaattctacccaatctcttgacctacaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccattggaggtattaaacgaacgt 12171827  T
Q  493 taatctctatgtcataacct 512  Q
    ||||| |||| |||||||||    
T  12171826 taatccctatatcataacct 12171807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 98 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 2542128 - 2541751
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa-aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 196  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||    
T  2542128 tgatagatatttggcaagtgtaccaaagtcaatcgaagtaataaataattcgtatccacgaggactgtatttaacttctactgagcaatttcattattaa 2542029  T
Q  197 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgatt-ttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg 295  Q
    ||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||| || ||||||| ||| |||     
T  2542028 aaaggatgtattaaattcaa--tggtgccctaggcagttgagtttattcttgtaacataaacggattaaaaacaataaaatataggttttttgaaaatta 2541931  T
Q  296 a----gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaact 391  Q
    |    ||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| || ||  |||||||||||||     
T  2541930 aagaggtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcttatggtaatttgtactcctatttcaagcaatgattatctagttaaacgacagattaaca 2541831  T
Q  392 tagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaacc 471  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | || || | | || || |||||||||||| ||||||| |||||    
T  2541830 aagtaattttatccaatctcttgacctaaaattcttctcggaaataacaatccattaatctcttaaatgaattcaaaacc 2541751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 181 - 512
Target Start/End: Original strand, 647288 - 647624
Alignment:
Q  181 gcaattttattattaaaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagatt 279  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| ||    
T  647288 gcaatttctttatcaaaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcatttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-tt 647384  T
Q  280 ggtttttagaagattg------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaa 373  Q
    |||||| |||| |||       ||||||||||||   |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||     
T  647385 ggttttcagaatattagagagaagtatggttaagatcttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctag 647484  T
Q  374 tttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgt 473  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  647485 tttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcatgtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgt 647584  T
Q  474 tggaagtatt-taagaacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    |||| || ||  |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  647585 tggaggttttaaaagaacgttaatccctatgtcataacct 647624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 195 - 512
Target Start/End: Original strand, 650574 - 650896
Alignment:
Q  195 aaaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat 293  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| | || ||    
T  650574 aaaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcatttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcataatat 650670  T
Q  294 tg------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatt 387  Q
    |       |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| ||||||||||    
T  650671 tagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagatt 650770  T
Q  388 aacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taa 486  Q
    |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||    
T  650771 aacaaagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcatgtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaaaa 650870  T
Q  487 gaacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||    
T  650871 gaacgttaatccctatgtcataacct 650896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 297 - 477
Target Start/End: Original strand, 26062898 - 26063078
Alignment:
Q  297 gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagta 396  Q
    ||||||||||| | || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||    
T  26062898 gtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagttcaacgacagattaacaaagta 26062997  T
Q  397 attctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26062998 actctacccaatctcttgacctagagttctccccgcaagtaacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccattgga 26063078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 299 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 26060626 - 26060412
Alignment:
Q  299 atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 398  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||  ||| ||| ||||||||  |||||     
T  26060626 atggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagcttcccgatagattaacaaagtaac 26060527  T
Q  399 tctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacattaatc 497  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || | ||||| ||||||    
T  26060526 tctacccaatctcttgacctagaattctccctgcaaataacaaccccttaatgtcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaatagaacgttaatc 26060427  T
Q  498 tctatgtcataacct 512  Q
     ||||||||||||||    
T  26060426 cctatgtcataacct 26060412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 299 - 349
Target Start/End: Original strand, 11649440 - 11649490
Alignment:
Q  299 atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactc 349  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11649440 atggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactc 11649490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 106 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 10101 - 9687
Alignment:
Q  106 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaa--attcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggat 203  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||  |||||||||  |  ||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  10101 atttggcaagtgaatcaaattcgatcgaagtaataaaagaattcgtttcctcagggactgtatttaacttctacttagcaatttcattattaaaaaggat 10002  T
Q  204 gtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattgag-----t 298  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||||     |    
T  10001 gtataaa-tttatattggtcccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaataattggtttttagaaaattgagagaagt 9903  T
Q  299 atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaa 397  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  9902 atggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggcaatttgcactcctaaatacaatcaatgattatttagtttcacgacggattaacttagtaa 9803  T
Q  398 ttctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaa-gaacattaat 496  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||| |||||    
T  9802 ttctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccattggaggtattaaacgaacgttaat 9703  T
Q  497 ctctatgtcataacct 512  Q
    | |||| |||||||||    
T  9702 ccctatatcataacct 9687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 172; Significance: 3e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 106 - 477
Target Start/End: Original strand, 24193 - 24568
Alignment:
Q  106 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataa-aaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatg 204  Q
    |||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||  | |||||| ||||||||||||||||    
T  24193 atttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaatttgtttccacgaggactgtatttaacttctactcaacaatttcattattaaaaaggatg 24292  T
Q  205 tataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattgagt-----a 299  Q
    |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||||      |    
T  24293 tataaattat-tattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaa--taaactgattaaaaacaataaagaattggtttttagaaaattgagagaagca 24389  T
Q  300 tggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 398  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||    
T  24390 tggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacaataaatgattatttagtatcacgacggattaacttagtaat 24489  T
Q  399 tctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  24490 tctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttatgtgaattcgaaaccattgga 24568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 142; Significance: 3e-74; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 220 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 34066468 - 34066169
Alignment:
Q  220 ggtgccctaggcagttgagttgatttt-gtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------agtatggttaagtcatt 312  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||| |||| |||       |||||||||||| | ||    
T  34066468 ggtgccctaggcagttgaattgatttttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagattggtttt-agaaaattagagagaagtatggttaagacctt 34066370  T
Q  313 cgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctct 412  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  34066369 cgaatcctccgaagttctcctatgataatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagtttaacgatagattaacaaagtaattctacccaatctct 34066270  T
Q  413 tgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacattaatctctatgtcataacc 511  Q
    |||||| |||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  34066269 tgaccttgaattctctccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaacagaacgttaatctctatgtcataacc 34066170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 98 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 13493508 - 13493087
Alignment:
Q  98 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa--ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 195  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||  ||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |    
T  13493508 tgatagatatttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaagttcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatca 13493409  T
Q  196 aaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 294  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| |||| |||    
T  13493408 aaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcagaatatt 13493312  T
Q  295 g------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 388  Q
           |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||    
T  13493311 agagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagatta 13493212  T
Q  389 acttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-ag 487  Q
    ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||    
T  13493211 acaaagtaattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcatgtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaacag 13493112  T
Q  488 aacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||    
T  13493111 aacgttaatccctatgtcataacct 13493087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 300 - 512
Target Start/End: Original strand, 32506062 - 32506275
Alignment:
Q  300 tggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaatt 399  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||  |||||||    
T  32506062 tggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaatt 32506161  T
Q  400 ctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacattaatct 498  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||     
T  32506162 ctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggtattaacagaacgttaatcc 32506261  T
Q  499 ctatgtcataacct 512  Q
    ||||||||||||||    
T  32506262 ctatgtcataacct 32506275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 296 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 39546284 - 39546067
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||  |||    
T  39546284 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcatatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttcacgacagattaacaaagt 39546185  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacatta 494  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || || | ||||| |||    
T  39546184 aactctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtaacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaatcgttggaggttttaatagaacgtta 39546085  T
Q  495 atctctatgtcataacct 512  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  39546084 atccctatgtcataacct 39546067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 106 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 13496224 - 13495812
Alignment:
Q  106 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa--aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggat 203  Q
    ||||| |||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |||||||||    
T  13496224 atttgacaagtgaaccaaaa-ctatcgaagtaataaataaattcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatcaaaaaggat 13496126  T
Q  204 gtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------a 296  Q
    ||||||| ||||||||| | | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| ||| |||| |||| |||       |    
T  13496125 gtataaa-tttatattgattgtcctaggcagttgaattg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttgattttaagaatattagagagaa 13496029  T
Q  297 gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagta 396  Q
    ||||||||||| | || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||   ||||    
T  13496028 gtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctactttaacgacagattaagaaagta 13495929  T
Q  397 attctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta--agaacatta 494  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||| |||    
T  13495928 attatatccaatctcttgacctagaattctacccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggt-tttagcagaacgtta 13495830  T
Q  495 atctctatgtcataacct 512  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  13495829 atccctatgtcataacct 13495812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 296 - 512
Target Start/End: Original strand, 27282311 - 27282528
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||| | |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||  ||||| |||||||  |||    
T  27282311 agtatggttaagactttcgaattctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagttcaacgaccgattaacaaagt 27282410  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaacatta 494  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||  |||||| |||    
T  27282411 aattctacccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcaaaatcgttggaggttttaaaagaacgtta 27282510  T
Q  495 atctctatgtcataacct 512  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  27282511 atccctatgtcataacct 27282528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 103 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 1936869 - 1936494
Alignment:
Q  103 gatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa-aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaagg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||| || | ||   |  |||| |||||| | ||||||| |||| ||| || |    
T  1936869 gatatttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaatgaataattcatttccacaatgaccattgttaacttctacttggcaatttcattagtaataacg 1936770  T
Q  202 atgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgatt-ttgtaacataaactga-ttaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg--- 295  Q
    |||||| ||||| | || ||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    |||  |||||||| |||| |||        
T  1936769 atgtattaaattca-atgggttgacctaggcagttgagttgattgttgtatcataaactgaattaaaaacggtaaaattttggtttt-agaaaattagag 1936672  T
Q  296 ---agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaactt 392  Q
       |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||      
T  1936671 agaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatctagcttcacgaaagattaacaa 1936572  T
Q  393 agtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaac 470  Q
    ||||| |||| | ||||||||||  || | |||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||| |||||    
T  1936571 agtaactctaccaaatctcttgatttatagttctccccgcaagtaacaatcccttaatctcttaagtgaatttgaaac 1936494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 96 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 10765167 - 10764829
Alignment:
Q  96 tgtgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa--ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattat 193  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||  ||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  ||||    
T  10765167 tgtgatagatatttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaagttcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttat 10765068  T
Q  194 taaaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaaga 292  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| |||| |    
T  10765067 caaaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcagaata 10764971  T
Q  293 ttg------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagat 386  Q
    ||       |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||    
T  10764970 ttagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaacttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagat 10764871  T
Q  387 taacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctcc 428  Q
    ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10764870 taacaaagtaattctacccaatctcttgacctagaattctcc 10764829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 298 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 21153295 - 21153116
Alignment:
Q  298 tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaa 397  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||| | ||| | |||||||||||||| || | ||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||  |||||    
T  21153295 tatggttaagaccttcgaatcctccgatgctcttaaatggtaatttgcacccccaattcaatcaatgttcatttagtttaacgacagattaacacagtaa 21153196  T
Q  398 ttctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  21153195 ttctactcaatctcttgacctagaattctctccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaatttgaaacctttgga 21153116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 378 - 512
Target Start/End: Original strand, 23990374 - 23990509
Alignment:
Q  378 acgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    |||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23990374 acgacagattaacaaagtaattctacccaatcacttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaaactcttaagtgaattcgaaaccgttgga 23990473  T
Q  478 agtattta-agaacattaatctctatgtcataacct 512  Q
     || || | ||||| |||||| ||||||||||||||    
T  23990474 ggttttaacagaacgttaatccctatgtcataacct 23990509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 219 - 477
Target Start/End: Original strand, 16190299 - 16190567
Alignment:
Q  219 tggtgccctaggcagttgagttgat-tttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattga------gtatggttaagtcat 311  Q
    |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||| |||| ||| |      ||||||||||| | |    
T  16190299 tggtgccctaggaaattgagttgatgtttgtaacataaacgaattaaaaacaat-aaagattggtttt-agaaaattaaagagaagtatggttaagacct 16190396  T
Q  312 tcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat-tctatccaatct 410  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| |||||||||| || ||| |||||| ||||||  | |||| | || |||||||    
T  16190397 tcgaatcctccgaagttctcctatgataatttgcactcttaattcaagcaatgattatctagtttaacgacaaattaacaaaataatatatacccaatct 16190496  T
Q  411 cttgacctagaattctccccgcaagtgataaccc----gttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    ||||||| | |||||||||| | ||||| |||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16190497 cttgacccataattctccccacgagtgacaaccccttaattaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 16190567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 311 - 477
Target Start/End: Original strand, 22456711 - 22456875
Alignment:
Q  311 ttcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatct 410  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||||| || |||| ||||||||||| |  | || ||| |||||||| ||||  |||||||||| |||||||    
T  22456711 ttcgaatcctccgaagttctcctatggaaatttgtaccccta-ttcaatcaatgttcgtctagtttaacgacagactaacaaagtaattctacccaatct 22456809  T
Q  411 cttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22456810 cttgacctagaattctctccgcaagtgacaactc-ttaatctcttaagtgaattcgaaactgttgga 22456875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 378 - 477
Target Start/End: Original strand, 22453421 - 22453520
Alignment:
Q  378 acgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    |||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22453421 acgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgacctagaattctctccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaactgttgga 22453520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 298 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 15297371 - 15297193
Alignment:
Q  298 tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaa 397  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||||| |||||   | |||||||||||| || | ||||||||||  | || || ||| |||||||||||||  |||||    
T  15297371 tatgattaagaccttcgaatcctccgatgttcttccacggtaatttgcaccccaa-ttcaatcaatattcatctagtttaacgacagattaacaaagtaa 15297273  T
Q  398 ttctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15297272 ttctacccaatctcttgacctagaattctctctgcaagtgacaacccttaaatctcttaagtgaatttgaaactgttgga 15297193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 401 - 512
Target Start/End: Original strand, 22104680 - 22104790
Alignment:
Q  401 tatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatttaagaacattaatctct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  || |||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||| |||||| ||    
T  22104680 tatccaatctcttgacctagaattctccccgtaagtgacagacc-ttaatctcttaagtgaattcaaaatcgttggaggtattaaagaacgttaatccct 22104778  T
Q  501 atgtcataacct 512  Q
    ||||||||||||    
T  22104779 atgtcataacct 22104790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 49147924 - 49147825
Alignment:
Q  311 ttcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatct 410  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||||| || |||| ||||||||||| |  | || ||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  49147924 ttcgaatcctccgaagttctcctatggaaatttgtaccccta-ttcaatcaatgttcgtctagtttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatct 49147826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 221 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 8435358 - 8435289
Alignment:
Q  221 gtgccctaggcagttgagttga-ttttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaa 290  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||  |||| |||||||||||||    
T  8435358 gtgccctaggcagttgagttgatttttgtaacataaacataataaaaacaataaaag-ttggtttttagaa 8435289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 18125145 - 18125078
Alignment:
Q  26 tagctcttggattggttcaatccttgaatggaagtgaaaagctagagaatattgcaatagaatatatt 93  Q
    |||| |||||||| |||||| ||  ||| ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  18125145 tagcccttggattagttcaaccccggaacggaagtgaaaaactagaggatattgcaagagaatatatt 18125078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 226 - 285
Target Start/End: Original strand, 23990262 - 23990322
Alignment:
Q  226 ctaggcagttgagttgatttt-gtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttt 285  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||  |||||| ||||||    
T  23990262 ctaggcagttgagttaatttttgtaacatatacggattaaaaacaataaaagataggtttt 23990322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 104 - 477
Target Start/End: Original strand, 12575306 - 12575684
Alignment:
Q  104 atatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa-aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaagga 202  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||| |||  |||| ||||||  | ||| || ||||||||||||||    
T  12575306 atatttggcaagtgtaccaaattcaatcgaagtaataaataattcgtatccacgaggactgttgttaacttctactcaacaagttcattattaaaaagga 12575405  T
Q  203 tgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttga-ttttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt------g 295  Q
    ||||| |||||   | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||           
T  12575406 tgtattaaatt--caatggtgccctaggcagttgagttgatttttgtaacataaattgattaaaaacaataaaagattgg-ttttagaaaattagagaga 12575502  T
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||| |  | ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || || ||| |||||||||||||  |||    
T  12575503 agtatggttaagaccattgaatcctccgaagttttcttatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgataatctagtttaacgacagattaacaaagt 12575602  T
Q  396 aattctatccaatctctt-gacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttgga 477  Q
    ||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  12575603 aattctacctaatctcttaaacctagaattctccccgcaagtaacaaccc-ttaatctcttaagtgaattagaaaccattgga 12575684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 220 - 471
Target Start/End: Original strand, 41778864 - 41779120
Alignment:
Q  220 ggtgccctaggcagttgagttgatttt-gtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattga------gtatggttaagtcatt 312  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||  |||||||| |||  |||||||| |      ||||||||||| | ||    
T  41778864 ggtgccctaggcagttgaattgatttttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagattgattt--agaagattaaagagaagtatggttaagacctt 41778961  T
Q  313 cgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctct 412  Q
    | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||  || ||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||  | ||| |||| |||||||||    
T  41778962 caaatcttccgaagttctcctatgctaatttgcactagtaattcaaacaatgattatctaggttcacgacagattaacacaataactctacccaatctct 41779061  T
Q  413 tgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaacc 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  41779062 tgacctagaattctccccgcaagtggcaaccccttaatatcttaagtgaattcaaaacc 41779120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 296 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 13097062 - 13096849
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||| || || |||||||||| || ||  | || ||||||||  |||    
T  13097062 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttatcctatg-taatttgcactcctaatttaagcaatgattatctagttcaatgaaagattaacaaagt 13096964  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacatta 494  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||| || || | ||||| | |    
T  13096963 aattctacccaatctcttggcctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatgtcttaagtgaatttgaaaccgtgggaggttttaacagaacgtaa 13096864  T
Q  495 atctctatgtcataa 509  Q
    ||| |||||||||||    
T  13096863 atccctatgtcataa 13096849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 298 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 44008335 - 44008126
Alignment:
Q  298 tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaa 397  Q
    |||||||| | | |||||||| ||||||| || | | ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||     |||||||    
T  44008335 tatggttatgaccttcgaatcctccgaagctcgcctttggtaatctgcactcctagttcaaacaatgattatttagtttcacgataga-----ttagtaa 44008241  T
Q  398 ttctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaacattaat 496  Q
     |||| | |||| || ||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||  |||||| |||||    
T  44008240 ctctaccaaatccctcgacctagaattct-cccgcaagtgacaactccttaatctcataagtgaatttgaaatcgttggaggtattaaaagaacgttaat 44008142  T
Q  497 ctctatgtcataacct 512  Q
    | || |||| ||||||    
T  44008141 ccctgtgtcgtaacct 44008126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 222 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 14418585 - 14418445
Alignment:
Q  222 tgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------agtatggttaagtcattcga 315  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||  |||| |||||||| |||| |||       |||||||||||| |||||||    
T  14418585 tgccctaggcagttgagttggtttt-taacataaacaaattaaaaacaataaaag-ttggttttaagaatattagagagaagtatggttaagacattcga 14418488  T
Q  316 atcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaa 358  Q
    ||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  14418487 atcctccgaatttctcctatgataatttgcactcctaattcaa 14418445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 299 - 349
Target Start/End: Original strand, 41836429 - 41836479
Alignment:
Q  299 atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactc 349  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41836429 atggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactc 41836479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 299 - 512
Target Start/End: Original strand, 7199 - 7413
Alignment:
Q  299 atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 398  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||   |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7199 atggttaagtccttcgaatcctctgatactctcctatggtaatttgtactcctaattcaatcaatgattatttagtttcacgacagattaacttagtaat 7298  T
Q  399 tctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaacattaatc 497  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||    
T  7299 tctattcaatctcttgacttagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggtattaaaagaacgttaatc 7398  T
Q  498 tctatgtcataacct 512  Q
     ||||||||||||||    
T  7399 cctatgtcataacct 7413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0500 (Bit Score: 118; Significance: 6e-60; HSPs: 1)
Name: scaffold0500
Description:

Target: scaffold0500; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 299 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 2732 - 2516
Alignment:
Q  299 atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 398  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||   |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2732 atggttaagtccttcgaatcctctgatactctcctatggtaacttgcactcctaattcaatcaatgattatttagtttcacgacagattaacttagtaat 2633  T
Q  399 --tctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaacattaa 495  Q
      ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| || |    
T  2632 attctactcaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaacccctaaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggtattaaaagaacgttga 2533  T
Q  496 tctctatgtcataacct 512  Q
    || ||||||||||||||    
T  2532 tccctatgtcataacct 2516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0352 (Bit Score: 108; Significance: 5e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0352
Description:

Target: scaffold0352; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 296 - 483
Target Start/End: Original strand, 2807 - 2994
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    ||||| |||||| | || ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||  ||||    
T  2807 agtatcgttaagacctttgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatatagtttcacgaaagattaaggtagt 2906  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt 483  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||    
T  2907 aattctaccaaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgacaaccccttaatctcttaagtgaattcaaaactattggaggtatt 2994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0567 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0567
Description:

Target: scaffold0567; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 296 - 512
Target Start/End: Original strand, 6014 - 6231
Alignment:
Q  296 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 395  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||  | |    
T  6014 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaggttctcctatggtaatttgcactactaattcaaacaatgattatctaggttcacgacagattaacacaat 6113  T
Q  396 aattctatccaatctcttgacctagaattctccccgcaagtgataacccgttaatctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtattta-agaacatta 494  Q
    || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||| || || | ||||| |||    
T  6114 aactctacccaatctcttgatctagaattctccccgcaagtggcaaccccttaatctcttaagtgaattcaaaatcattggaggttttaacagaacgtta 6213  T
Q  495 atctctatgtcataacct 512  Q
    | | ||||||||||||||    
T  6214 aaccctatgtcataacct 6231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 222 - 358
Target Start/End: Original strand, 133 - 273
Alignment:
Q  222 tgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------agtatggttaagtcattcga 315  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||  |||| |||||||| |||| |||       |||||||||||| |||||||    
T  133 tgccctaggcagttgagttggtttt-taacataaacaaattaaaaacaataaaag-ttggttttaagaatattagagagaagtatggttaagacattcga 230  T
Q  316 atcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaa 358  Q
    ||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  231 atcctccgaatttctcctatgataatttgcactcctaattcaa 273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0665 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0665
Description:

Target: scaffold0665; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 449 - 512
Target Start/End: Original strand, 1 - 65
Alignment:
Q  449 atctcttaagtgaattcgaaaccgttggaagtatt-taagaacattaatctctatgtcataacct 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  1 atctcttaagtgaattcgaaaccgttggaggttttaaaagaacgttaatccctatgtcataacct 65  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University