View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3351_low_7 (Length: 452)

Name: NF3351_low_7
Description: NF3351
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3351_low_7
NF3351_low_7
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (12-436)||(28753610-28754034)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (27-436)||(44864782-44865191)
chr2 (26-436)||(45247392-45247790)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 28754034 - 28753610
Alignment:
Q  12 agcagagaagcagcgtaaggaaaactgttacctgatagcatattttggggatcaaacatttgcttggaatgacgcgtcaatgataaagccatttcataaa 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28754034 agcaaagaagcagcgtaaggaaaactgttacctgatagcatattttggggatcaaacatttgcttggaatgacacgtcaatgataaagccatttcataaa 28753935  T
Q  112 catttttctgaaatggagaaacagagtgacatggaaaatttccgccatgccgttgattgtgctttagaagaggcctcaagacgggttgagtttgtcctgt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28753934 catttttctgaaatggagaaacagagtgatatggaaaatttccgccatgccgttgattgtgctttagaagaggcctcaagacgggttgagtttgtcctgt 28753835  T
Q  212 cttgtccttgtatgccgggagaaacgtatcctgagctgaaaaagaaagtaattgctaacaatgcggcatcttttgaaccgatggaacttgtcaattttgt 311  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28753834 cttgtccttgtatgcctggagaaacgtatcctgagctgaaaacgaaagtaattgctaacaatgcggcatcttttgaaccgatggaacttgtcaattttgt 28753735  T
Q  312 taaatcgttagcccaatctccacttactgaatttgatagattggattttgtaagtgcatgtgctcgattgtcagctttctatcgctcaaaaggctactct 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28753734 taaatcgttagcccaatctccacttactgaatttgatagattggattttgtaagtgcatgtgctcgattgtcagctttctatcgctcaaaaggctactct 28753635  T
Q  412 caactgcctgaatttgcaatgcttg 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  28753634 caactgcctgaatttgcaatgcttg 28753610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 27 - 436
Target Start/End: Original strand, 44864782 - 44865191
Alignment:
Q  27 taaggaaaactgttacctgatagcatattttggggatcaaacatttgcttggaatgacgcgtcaatgataaagccatttcataaacatttttctgaaatg 126  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||    
T  44864782 taaggaaaattgttacctgatagcatattttggtgatcaaacatttgcttggaatgatgtgtcagtgataaagccatttcataaacatttcaccgaaatg 44864881  T
Q  127 gagaaacagagtgacatggaaaatttccgccatgccgttgattgtgctttagaagaggcctcaagacgggttgagtttgtcctgtcttgtccttgtatgc 226  Q
     ||||||||| |||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||     
T  44864882 aagaaacagaatgatttggaaaatttccgtcatgctgttgattgtgctttagaagaagcctcaagacgcgttgaatttggcctttcttgtccttgtatga 44864981  T
Q  227 cgggagaaacgtatcctgagctgaaaaagaaagtaattgctaacaatgcggcatcttttgaaccgatggaacttgtcaattttgttaaatcgttagccca 326  Q
    | ||||||  || |||| ||||| | | | || |||  |||||   |||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  44864982 ccggagaagtgtctcctaagctggagacgcaattaacggctaatgctgcggcatcttttgaacctacgcaacttgtcaattttgtcaaatcattagctca 44865081  T
Q  327 atctccacttactgaatttgatagattggattttgtaagtgcatgtgctcgattgtcagctttctatcgctcaaaaggctactctcaactgcctgaattt 426  Q
     || ||||||||||||||||||||| | || ||||||||| |  |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  44865082 gtcaccacttactgaatttgatagactcgagtttgtaagttctcgtgcccaattgtcggctttctatcgctcaaaaggctattctcaactgcctgagttt 44865181  T
Q  427 gcaatgcttg 436  Q
    ||||||||||    
T  44865182 gcaatgcttg 44865191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 26 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 45247790 - 45247392
Alignment:
Q  26 gtaaggaaaactgttacctgatagcatattttggggatcaaacatttgcttggaatgacgcgtcaatgataaagccatttcataaacatttttctgaaat 125  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||    
T  45247790 gtaagggaaactgttacctgatagcatattttggtgatcaaacatttgcttggaatgatgtgtcaatgataaagccatttcataaacatttctcccaaat 45247691  T
Q  126 ggagaaacagagtgacatggaaaatttccgccatgccgttgattgtgctttagaagaggcctcaagacgggttgagtttgtcctgtcttgtccttgtatg 225  Q
    |||||||||||| ||  || || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45247690 ggagaaacagagcgatttgaaacatttccgccatgctgttgattgtgctttagaagaggcctccaggcacgttgagtttggcctgtcttgtccttgtatg 45247591  T
Q  226 ccgggagaaacgtatcctgagctgaaaaagaaagtaattgctaacaatgcggcatcttttgaaccgatggaacttgtcaattttgttaaatcgttagccc 325  Q
    || ||| || ||  ||||            ||  ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  45247590 cccggacaagcgcttcct------------aagttaaatgctaatgatgcgacatcttttgaaccgacggaacttgtcaattttgttaaatcattagctc 45247503  T
Q  326 aatctccacttactgaatttgatagattggattttgtaagtgcatgtgctcgattgtcagctttctatcgctcaaaaggctactctcaactgcctgaatt 425  Q
    | ||   ||||||||||||||||||| | || |||||||||||  |||| | |||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||    
T  45247502 agtcctaacttactgaatttgatagactcgagtttgtaagtgctcgtgcccaattgtcggccttctatcgctcaaaaggctgttctcaactgcctgagtt 45247403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University