View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3352R-Insertion-1 (Length: 879)
Name: NF3352R-Insertion-1
Description: NF3352R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3352R-Insertion-1 |
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| [»] chr2 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 781; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 781; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 879
Target Start/End: Original strand, 16945914 - 16946779
Alignment:
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9 |
aaaccgggtacttaaatgcaatattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc |
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16946013 |
T |
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208 |
Q |
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16946113 |
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16946313 |
T |
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T |
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16946709 |
T |
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16946779 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 781; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 879
Target Start/End: Original strand, 17016579 - 17017444
Alignment:
| Q |
9 |
aaaccgggtacttaaatgcaatattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc |
108 |
Q |
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17016678 |
T |
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actaccattatccaaccttacattataaagttaaacaagtaaataaaatctaattaaaagttgatgaaaacctgatcaaacggtcctccagaattttcat |
17016778 |
T |
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209 |
ctcccttatcatcagtagaagtattggtttttgattcttcaacgtcctgtaacttttcatacttgctcacctcggttccggtttcagtatatggtacatt |
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T |
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ctgtaacacaaaaaatacacagtttgattctattaatcaacattaagataatgccaaaaagaaatctggtttggtttgttgacaaaaaaaataacgctgt |
17016978 |
T |
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T |
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17017444 |
T |
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