View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3361_low_1 (Length: 650)

Name: NF3361_low_1
Description: NF3361
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3361_low_1
NF3361_low_1
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-571)||(2905217-2905785)
chr8 (1-571)||(2853187-2853759)
chr8 (597-634)||(2853124-2853161)
chr8 (597-634)||(2905154-2905191)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 520; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 2905785 - 2905217
Alignment:
Q  1 aggagttagtcgggcttgcatacacgagacaacataattagatcatagtgatgagataaattagatgagtgactaaatgaggcatcatattgtagaaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2905785 aggagttagtcgggcttgcatacacgagacaacataattagatcatagtgatgagataaattagatgagtgactaaatgaggcatcatattgtagaaaaa 2905686  T
Q  101 gagcaaagttgaaaagggaagaatccacaccaacacaatgatatttatgtccttgagtagtgattctgaagaaaattgaaaaggaaaattaaggatttag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2905685 gagcaaagttgaaaagggaagaatccacaccaagacaatgatatttatgtccttgagtagtgattctaaataaaattgaaaaggaaaattaaggatttag 2905586  T
Q  201 attctccatgatattgagttatatgtactgattgaatgatatgtggtgtaaatgataactacgtgagaaatgtaatataaaaaagttttaaatatgattt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2905585 attctccatgatattgagttatatgtactgattgaatgatatgtggtgtaaatgataactacgtgagaaatgtaatagaaaaaagttttaaatatgattt 2905486  T
Q  301 tagtctccacaaatatattatcttatgttgttaggctctgttaacatttgtttgtatactaattaaggtgtgactctctcaacaacccaaatgccaaatg 400  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2905485 tagtctccac--atatattattttatgttattagtctctgttaacatttgtttgcatactaattaagatgtgactctctcaacaacccaaatgccaaatg 2905388  T
Q  401 atggcaataatgatgcgttgttgaataaaaagagcatatagtttgaatcaattttcagggatgaaattagcaagaccaagctcactcgcaaatatcaata 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2905387 atggcaataatgatgcgttgttgaataaaaagagcatatagtttgaatcaattttcagggatgaaattagcaagaccaagctcactcgcaaatatcaata 2905288  T
Q  501 cttatcctcaaatgtttttattagagtttctgggaagtaaaaattacaataaacagtgattctttcgttca 571  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2905287 cttatcctcaaatgtttttattagagtttctgggaagtaaaaattacaataaaaagtgattctttcgttca 2905217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 2853759 - 2853187
Alignment:
Q  1 aggagttagtcgggcttgcatacacgagacaacataattagatcatagtgatgagataaattagatgagtgactaaatgaggcatcatattgtagaaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2853759 aggagttagtcgggcttgtgtacacgagacaacataattagataatagtgttgagataaattagatgagtgattaaatgaggcatcatattgtagaaaaa 2853660  T
Q  101 gagcaaagttgaaaagggaagaatccacaccaacacaatgatatttatgtccttgagtagtga----ttctgaagaaaattgaaaaggaaaattaaggat 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  2853659 gagcaaagttgaaaagggaagaatccacaccaaaacaatgatatttatgtccttgagtagtgagtgattctaaataaaattgaaaaggaaaattaaggat 2853560  T
Q  197 ttagattctccatgatattgagttatatgtactgattgaatgatatgtggtgtaaatgataactacgtgagaaatgtaatataaaaaagttttaaatatg 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2853559 ttagattctccatgatattgagttatatgtactgattgaatgatatgtggtgtaaatgataactacgtgagaaatgtaatagaaaaaagttttaaatatg 2853460  T
Q  297 attttagtctccacaaatatattatcttatgttgttaggctctgttaacatttgtttgtatactaattaaggtgtgactctctcaacaacccaaatgcca 396  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2853459 attttagtctccaca--tatattattttatgttattagtctctgttaacatttgtttgcatactaattaagatgtgactctctcaacaacccaaatgcca 2853362  T
Q  397 aatgatggcaataatgatgcgttgttgaataaaaagagcatatagtttgaatcaattttcagggatgaaattagcaagaccaagctcactcgcaaatatc 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2853361 aatgatggcaataatgatgcgttgttgaataaaaagagcatatagtttgaatcaattttcagggatgaaattagcaagaccaagctcactcgcaaatatc 2853262  T
Q  497 aatacttatcctcaaatgtttttattagagtttctgggaagtaaaaattacaataaacagtgattctttcgttca 571  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2853261 aatacttatcctcaaatgtttttattagagtttctgggaagtaaaaattacaataaaaagtgattctttcgttca 2853187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 597 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 2853161 - 2853124
Alignment:
Q  597 gcaattatctattatcctcaactaaatgtgaaaaaatt 634  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2853161 gcaattatctattatcctcaactaaatgtgaaaaaatt 2853124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 597 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 2905191 - 2905154
Alignment:
Q  597 gcaattatctattatcctcaactaaatgtgaaaaaatt 634  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2905191 gcaattatctattatcctcaactaaatgtgaaaaaatt 2905154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University