View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3372_low_3 (Length: 611)

Name: NF3372_low_3
Description: NF3372
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3372_low_3
NF3372_low_3
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (7-595)||(5315110-5315698)
chr7 (7-595)||(5284307-5284895)
chr7 (7-595)||(5310396-5310984)
chr7 (7-595)||(5289232-5289820)
chr7 (7-595)||(5302495-5303083)
chr7 (7-595)||(46706523-46707111)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (7-595)||(44132778-44133366)
chr1 (7-595)||(44141200-44141788)
chr1 (7-595)||(44128573-44129161)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (7-595)||(1492167-1492755)
chr5 (7-581)||(1477998-1478572)
chr5 (7-581)||(1504976-1505550)
chr5 (7-569)||(1482192-1482754)
chr5 (7-550)||(1509123-1509666)
chr5 (7-553)||(1499239-1499785)
chr5 (7-556)||(1486669-1487218)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-577)||(24163343-24163913)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (33-557)||(37862963-37863487)
chr3 (7-557)||(37858937-37859487)
chr3 (54-281)||(39030117-39030344)
chr3 (119-160)||(40421888-40421929)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (66-532)||(35250869-35251342)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 595
Target Start/End: Original strand, 5315110 - 5315698
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5315110 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 5315209  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5315210 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 5315309  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
5315310 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctg 5315409  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5315410 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 5315509  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5315510 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 5315609  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5315610 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 5315698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 595
Target Start/End: Original strand, 5284307 - 5284895
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
5284307 acatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggccaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 5284406  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
5284407 ttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaa 5284506  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
5284507 gggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctg 5284606  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
5284607 tcacatttcgtggccctagcgatactcacttagacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgctcttattgttggctctgacccaat 5284706  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5284707 accagaaattgagagacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 5284806  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
5284807 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggttgaggcttttgagccattgggaat 5284895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 595
Target Start/End: Original strand, 5310396 - 5310984
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5310396 acatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 5310495  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||    
5310496 ttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattatcaactcacaaaactcttgggccttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaa 5310595  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
5310596 gggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctg 5310695  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
5310696 tcacatttcgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcattgtttggagatggagctgctgctcttattgttggttctgacccagt 5310795  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5310796 accagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 5310895  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5310896 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 5310984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 5289820 - 5289232
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5289820 acatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 5289721  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||    
5289720 ttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaa 5289621  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
5289620 gggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctg 5289521  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
5289520 tcacattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctcttattgttggttctgacccagt 5289421  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
5289420 accagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccggatagtgaaggagccattgatggccaccttcgtgaagctgga 5289321  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5289320 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 5289232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 481; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 595
Target Start/End: Original strand, 5302495 - 5303083
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5302495 acatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 5302594  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
5302595 ttgcaccacaagtggtgtagacatgcccgaagctgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaa 5302694  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||    
5302695 gggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatctagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtatgttcagaggtcaccgctg 5302794  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
5302795 tcacatttcgtggccctagtgatactcacttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgctcttattgttggctctgaccccgt 5302894  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5302895 accagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 5302994  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||    
5302995 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggttgacgcttttgagccactgggaat 5303083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 46707111 - 46706523
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
46707111 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgt 46707012  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
46707011 ttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttcggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaa 46706912  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    || ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |    
46706911 ggttgctttgcaggaggcacggggcttcgtttggctaacgatttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcag 46706812  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    ||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||   |||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||    
46706811 tcacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagtcagagctgctgcacttattgttggttctgatccagt 46706712  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
46706711 accagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggacttcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 46706612  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 595  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
46706611 ctaacattccaccttctaaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaat 46706523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 595
Target Start/End: Original strand, 44132778 - 44133366
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
44132778 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggccataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgt 44132877  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
44132878 ttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaa 44132977  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |    
44132978 ggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcag 44133077  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || || |||||    
44133078 tcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaggccctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagt 44133177  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44133178 accagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 44133277  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
44133278 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggttgaggctttcgaaccattaggaat 44133366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 595
Target Start/End: Original strand, 44141200 - 44141788
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
44141200 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggccataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgt 44141299  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
44141300 ttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaa 44141399  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |    
44141400 ggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcag 44141499  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || || |||||    
44141500 tcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagt 44141599  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
44141600 accagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggggccattgacggtcaccttcgtgaagctgga 44141699  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
44141700 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggttgaggctttcgaaccattaggaat 44141788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 595
Target Start/End: Original strand, 44128573 - 44129161
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
44128573 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggccataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgt 44128672  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
44128673 ttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaa 44128772  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |    
44128773 ggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcag 44128872  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || || |||||    
44128873 tcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaggccctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagt 44128972  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44128973 accagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 44129072  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
44129073 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagctttggttgaggctttcgaaccattaggaat 44129161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 595
Target Start/End: Original strand, 1492167 - 1492755
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1492167 acatggtggtggtagaagtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 1492266  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||    
1492267 ttgcaccacaagcggtgtagacatgcctggggccgattatcaactcactaaactcttaggtcttcgtccatatgtaaaaagatacatgatgtaccagcaa 1492366  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    || || ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |    
1492367 ggttgttttgcaggtggcacggtacttcgtttggctaaggatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttagttgtttgttctgaagtcactgcag 1492466  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||    
1492467 tcacatttcgtggtcccagtgatacacacttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagcagctgcacttattgttgggtctgatccggt 1492566  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||     
1492567 accagaaattgaaaaacctatatttgagatgatttggacagcacaaacaattgctcctgatagtgaaggtgccattgatggtcatcttcgtgaagctggg 1492666  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaat 595  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || | ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
1492667 ttaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtgtcaaaaaatataaataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaat 1492755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 581
Target Start/End: Original strand, 1477998 - 1478572
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||| |    
1477998 acatggtggtggtagaagtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaagctataaaagaatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttgatctt 1478097  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||    
1478098 ttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggcgctgattaccaactcaccaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagaggtatatgatgtaccaacaa 1478197  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    || || ||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |    
1478198 ggatgttttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaataaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgcag 1478297  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||| |    
1478298 tgacattccgtggtcctagtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggtgctgctgcactcattgttggttctgacccaat 1478397  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
1478398 accagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggt 1478497  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttc 581  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
1478498 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattggtcgaggctttc 1478572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 581
Target Start/End: Original strand, 1504976 - 1505550
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
1504976 acatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgccgtaaaagctataaaagaatggggtcagccaaagtcaaagattactcacttaattgt 1505075  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||    
1505076 ttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcaccaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaagaggtacatgatgtaccagcaa 1505175  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    || || ||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| || |    
1505176 ggatgttttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtgttggttgtctgttccgaagtcactgcag 1505275  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || || ||| |    
1505276 tcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagctctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccaat 1505375  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
1505376 accagaaattgagaaacctatatttgaaatggtttggactgcacaaacaatcgcgcctgatagcgaaggagccattgacggtcaccttcgtgaagctgga 1505475  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttc 581  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||    
1505476 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgaaattgtttcaaagaacatcaataaagcattggttgatgctttc 1505550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 569
Target Start/End: Original strand, 1482192 - 1482754
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |    
1482192 acatggtggtggtagaggtgcctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttaatatt 1482291  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
1482292 ttgtaccacaagtggtgtagacatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagagatacatgatgtaccaacaa 1482391  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    || |||||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |    
1482392 ggatgctttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaataataaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgcag 1482491  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| |    
1482492 tgacattccgtggtcctagtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcactctttggagatggagctgctgcactcattgttggttctgacccaat 1482591  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||     
1482592 accagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacggtcatcttcgtgaagctggt 1482691  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattg 569  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||    
1482692 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattg 1482754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 7 - 550
Target Start/End: Original strand, 1509123 - 1509666
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| |    
1509123 acatggtggttgtaaaggtacctaggctaggaaaagaggttgcagtgaaggctataaaagaatggggccagccaaaatcaaagattacacatttaatctt 1509222  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
1509223 ttgcaccacaagtggtgttgatatgtctggagctcattatcaacttaccaaacttttaggtcttcacccatatgtaaaaaggtacatgatgtaccaacaa 1509322  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
     |||| |||||||||||||| ||||| | |||||| || ||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||  || |    
1509323 aggtgttttgcaggtggcactgtgcttcatttggcaaaggatttggctgaaaataaccaagatgctcgtgtgttggttgtttgttctaaagtcattgcag 1509422  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||  ||||||| ||    
1509423 tcacattttgtggccctggtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatggagctgctgcactcattgttggtactgaccctgt 1509522  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||    
1509523 accagaaattgagaaatctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccaaatagtgaaggtgccattgacggtcaccttcgtgaagttgga 1509622  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaa 550  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||  ||| || |||||||||    
1509623 ctaacatttcgtcttcttaaagatgtctctgtgactgtctcaaa 1509666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 7 - 553
Target Start/End: Original strand, 1499239 - 1499785
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||  |    
1499239 acatgatggcggtagagatacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctatcgaagaatggggtcaaccgaagtcaaatattacacatttaatttt 1499338  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||||   |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
1499339 ttgcacctatagtggtgtagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacta 1499438  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    ||||| | ||||||||| || || || |||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||      
1499439 gggtgttatgcaggtggaacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaaatcactgcaa 1499538  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    || ||||| |||| |||||| |||||||| || |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||  | |||||||||||||||| |||    
1499539 tctcattttgtggacctagtaatactcacctacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagtcattgttggctctgacctagt 1499638  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||| ||||| ||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||| |||     
1499639 acctgaaattgagaaacctttatttgagttagtttggactgcacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttggg 1499738  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaa 553  Q
    ||||||| | |  ||| ||| |||||  ||| |||||||||||||||    
1499739 ctaacatataatattcgtaaggatgtctctgagattgtctcaaagaa 1499785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 7 - 556
Target Start/End: Original strand, 1486669 - 1487218
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    |||||||||||  ||| || ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |    
1486669 acatggtggtgcgagacgtgcctaggctaggaaatgaggctgcagtgaaagctataaaagaatagggccaaccaaagtcaaagattacacacttaatatt 1486768  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    ||||||||  |||||| | | ||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||  |||||||| | || ||||| |||||||||    
1486769 ttgcaccatgagtggtataggcatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtctttgcccggatgtgaaacggtatatgatataccaacaa 1486868  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    || ||||||||||| ||||| || || |||| ||| || || |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||  | || |||||||||||  |      
1486869 ggatgctttgcagggggcactgttctacgttaggccaaggacttggctgagaacaataaagatgctcttgtgttggtaatatgttctgaagtcactac-a 1486967  T
307 tcac-atttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccag 405  Q
    |||| |||| |||| |||| ||| ||| || |   || |||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||   | ||||||||||| || ||      
1486968 tcactattttgtggccctaatgaaactgacatgagcaaccttgttggacaagcattatttggtgatggagctgttgtagtcattgttggctccgatccga 1487067  T
406 taccagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgg 505  Q
    || || |||| ||||||||| | |||||| | |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||| |||   || || |||||||||| |||    
1487068 tatcaaaaattgagaaacctctctttgagcttgtttggactgcacaaacaatagctctagatagtgaagaagcaattagcggccaacttcgtgaagttgg 1487167  T
506 actaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacat 556  Q
    |||||||||| | |||| ||||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
1487168 actaacatttaatcttcgtaaagatgtccctgaaattatctcaaagaacat 1487218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 7 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 24163913 - 24163343
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    |||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  |    
24163913 acatggtggtagtagaggcaccaagactaggaaaggaggcagccgtgaaggctataaaagaatggggccaaccaaagtcaaagatcacacacttaatatt 24163814  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    |||||| | ||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||    
24163813 ttgcactataagtggtgtagatatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatgtgtaaaaaggtatatgatgtaccaacaa 24163714  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||      
24163713 gggtgttttgcaggtggcacggtacttcgcttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggttctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttaccgcaa 24163614  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    |||||||| |||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||| |    
24163613 tcacattttgtggaccaagcgatactcacttagacaaccttgttggacaagctctatttggagatggagctgctgcagtcattgttggctctgacccaat 24163514  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    ||  ||||| ||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||  ||| || |||||||||  |||     
24163513 acaggaaattgagaaacctctatttgagttagtttggacagcacaaacaatcgctccaaatagtgaaggagctatttgtggccaacttcgtgaatttggg 24163414  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggc 577  Q
    ||| ||||||| |||  ||| |||||||| |  |||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||    
24163413 ctatcatttcatctttgtaaggatgttccagacattgtctcaaagaatattgataaagcattgtttgaggc 24163343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 33 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 37863487 - 37862963
Alignment:
33 ctagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgttgacatgc 132  Q
    ||||| || |||||||||   |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| || ||||    
37863487 ctaggaaaagaggctgcaacaaaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgc 37863388  T
133 ctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcaggtggcacggtgct 232  Q
    |||| || || ||||| ||||| || || || ||||||||||| ||||||||  | || |||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||    
37863387 ctggtgctgactatcagctcacaaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgct 37863288  T
233 ccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggtcctagtgatact 332  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||  |||| || || || || ||||| ||||||||||||    
37863287 tcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaaggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatact 37863188  T
333 cacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaatagagaaacctatatttg 432  Q
    ||  | || || ||||| || || ||| | ||||||||||| || || ||| | |||||||| || || ||  | |||||| | ||||| ||| | ||||    
37863187 catcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttggagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttg 37863088  T
433 agatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgt 532  Q
    |  |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || || || |||||    
37863087 aattggtttggactgcacaaacaatcgttccagatagtgaaggagctattgatggtcaccttcgagaagcaggactgacattccatctcctcaaggatgt 37862988  T
533 tcctgggattgtctcaaagaacatt 557  Q
    ||||||  |||||||||||||||||    
37862987 tcctggccttgtctcaaagaacatt 37862963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 7 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 37859487 - 37858937
Alignment:
7 acatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgt 106  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| |||   ||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||| |    
37859487 acatggtggttgtggaggtaccaagactaggaaaagaggcagcaacaaaggccatcaaggaatggggtcaacctaagtccaagattacccacctcatctt 37859388  T
107 ttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaa 206  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| || || || ||||| || || || || || || ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||    
37859387 ttgcaccaccagtggcgtggacatgcccggtgccgactatcagctgacaaagctcttgggccttcgtccatatgtgaagcgttacatgatgtaccaacaa 37859288  T
207 gggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctg 306  Q
    || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||  | || || |    
37859287 ggttgttttgctggtggcacggtgcttcgtttggctaaagacttggctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggtagtttgttcagagataactgcag 37859188  T
307 tcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagt 406  Q
    | || || ||||| || ||||| |||||  | || |||||||| || |||||| | ||||||||||| || || ||| | || || || || |||||| |    
37859187 ttactttccgtggacccagtgacactcatcttgatagccttgtggggcaagcattgtttggagatggtgcagcagctgtgatcgtaggttcagacccatt 37859088  T
407 accagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctgga 506  Q
    |||| || | ||||||||  | |||||  |||| |||||||||||||| ||   ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||     
37859087 accacaagttgagaaacccttgtttgaattggtatggactgcacaaacgatccttccagatagtgaaggagcaattgacggtcaccttcgtgaagtcggg 37858988  T
507 ctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacatt 557  Q
    || ||||| || || || || |||||||||||  || ||||||||||||||    
37858987 cttacattccatctcctcaaggatgttcctggtcttatctcaaagaacatt 37858937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 54 - 281
Target Start/End: Original strand, 39030117 - 39030344
Alignment:
54 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactca 153  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||||||| | |||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||    
39030117 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaatggttactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 39030216  T
154 ccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggc 253  Q
    | || || ||||| ||| | |||||||| ||  | || ||||||||||||||||| || ||||| ||||  | ||  || || |||||||||||||||||    
39030217 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggc 39030316  T
254 tgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttg 281  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||    
39030317 tgagaacaacaaaggtgcccgtgtgttg 39030344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 40421929 - 40421888
Alignment:
119 tggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaact 160  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||    
40421929 tggtgttgacatgcctggtgctgattatcaactcatcaaact 40421888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 88; Significance: 5e-42; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 66 - 532
Target Start/End: Original strand, 35250869 - 35251342
Alignment:
66 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattag 165  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||  ||||||  || |||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||| |  |||    
35250869 gaatggggtcaaccaaagtccaagatcactcacctcatattttgcattactagtggtgtggatatgcctggtgctgattatcagctcacaaaattgctag 35250968  T
166 gtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaa 265  Q
    | ||||| || |  |||||| | || |||||||||||||||||||| || || ||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
35250969 gacttcgtccgtcggtgaaacgttatatgatgtaccaacaagggtgtttcgctggtggtatggttcttcgtttggctaaagatttggctgagaacaataa 35251068  T
266 aggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactattt 365  Q
    ||||||||||||  | || ||||| || ||  |||| || || || |||||||| |||||||| || ||  | || || || || ||||||||| | |||    
35251069 aggtgctcgtgttcttgtggtttgttcagagatcactgcagtgacttttcgtggccctagtgacacccatcttgatagtctcgtgggacaagcattgttt 35251168  T
366 ggagatggag-------cggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaatt 458  Q
    |||||||| |       | || ||| | || ||||| || || ||| |||| ||  | |||| |||| | |||||| | |  |||||||||||||||||     
35251169 ggagatggcgctgcagcctgcagctgtgatcgttggttcagatccattacctgaggttgagagacctttgtttgagctagagtggactgcacaaacaatc 35251268  T
459 gctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgt 532  Q
      |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||| || |||||    
35251269 cttcctgatagtcaaggagctattgatggtcaccttcgtgaggttggactaacattccatcttctcaaggatgt 35251342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University