View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3376_high_21 (Length: 466)

Name: NF3376_high_21
Description: NF3376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3376_high_21
NF3376_high_21
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (3-450)||(15019670-15020117)
chr2 (1-442)||(14528694-14529141)
chr2 (1-442)||(14542920-14543367)
chr2 (1-450)||(31969093-31969542)
chr2 (1-421)||(14512244-14512670)
chr2 (1-428)||(15013176-15013600)
chr2 (3-419)||(14533930-14534343)
chr2 (1-420)||(15007766-15008185)
chr2 (3-428)||(15003841-15004265)
chr2 (1-421)||(14520084-14520504)
chr2 (1-419)||(14547067-14547485)
chr2 (44-397)||(14567359-14567712)
chr2 (41-396)||(14850329-14850684)
chr2 (41-397)||(15023743-15024099)
chr2 (41-386)||(14552317-14552662)
chr2 (260-338)||(14847677-14847755)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (36-110)||(17357027-17357101)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 3 - 450
Target Start/End: Original strand, 15019670 - 15020117
Alignment:
Q  3 tggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaacta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||||  ||| | ||| ||  ||||||||| ||||||||||||||     
T  15019670 tggttactttcatcacaaccccacaaaatgttattgccaaagtttcaattctttctatctgatgcttcttattcctctgatattattccattgttaactg 15019769  T
Q  103 caaacccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttg 202  Q
    || |||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15019770 cacaccctagaattttacaaggtagcttggagagacgaataatccctttttttgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttg 15019869  T
Q  203 cttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccatt 302  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||    
T  15019870 cttaattcgatattggactgcattttctactaatccccatgaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccatt 15019969  T
Q  303 gctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacgg 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  15019970 gctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagttattggaggaaattaagggtttagggtttaaaccttcaacgaccg 15020069  T
Q  403 cttttgggactgctttgatgaccaagatattgatgagtaacatgcttt 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||| ||||    
T  15020070 cttttgggactgctttgatgaccaagcaattgttgggtaacatacttt 15020117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 442
Target Start/End: Original strand, 14528694 - 14529141
Alignment:
Q  1 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  14528694 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggtttttgccaaagtttcaattttttctatccaatgctgcttcttcctctgatattgttccattgttaac 14528793  T
Q  101 tacaaacccttacattttacaaagtagc------ttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatc 194  Q
    ||||||||||   ||||||| |||||||      ||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14528794 tacaaaccctagaattttacgaagtagcctggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatc 14528893  T
Q  195 attgtttgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgatt 294  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||     
T  14528894 attctttgcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatttgatgtctgattttggagtttctgata 14528993  T
Q  295 ctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttc 394  Q
     |   |||| ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||||    
T  14528994 atgttattggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaaggatttagggtttcatccttc 14529093  T
Q  395 aacgacggcttttgggactgctttgatgaccaagatattgatgagtaa 442  Q
    || |||   ||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||    
T  14529094 aatgactaattttgggactgctttgatggccaagaaatgtatgagtaa 14529141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 442
Target Start/End: Original strand, 14542920 - 14543367
Alignment:
Q  1 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  14542920 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggtttttgccaaagtttcaattttttctatccaatgctgcttcttcctctgatattgttccattgttaac 14543019  T
Q  101 tacaaacccttacattttacaaagtagc------ttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatc 194  Q
    ||||||||||   ||||||| |||||||      ||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14543020 tacaaaccctagaattttacgaagtagcctggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatc 14543119  T
Q  195 attgtttgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgatt 294  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||     
T  14543120 attctttgcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatttgatgtctgattttggagtttctgata 14543219  T
Q  295 ctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttc 394  Q
     |   |||| ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||||    
T  14543220 atgttattggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaaggatttagggtttcatccttc 14543319  T
Q  395 aacgacggcttttgggactgctttgatgaccaagatattgatgagtaa 442  Q
    || |||   ||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||    
T  14543320 aatgactaattttgggactgctttgatggccaagaaatgtatgagtaa 14543367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 31969093 - 31969542
Alignment:
Q  1 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31969093 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaac 31969192  T
Q  101 tacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtt 200  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||  | |||||||||||||||||  ||||||    
T  31969193 tgcaaaccctcacattttacaaagtagcttggacaaacgaataatccctctttttcaattgttaaataggttttcgaaaaccaacaaggatactattgtt 31969292  T
Q  201 tgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctacca 300  Q
    | |||||||||| |||      | |||  |  | |||||  | ||||| | | | |||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||| |||    
T  31969293 tacttaattcgacattcaaggtcgtttattgtttatccccttaaccttctagaggctaatatcaatttgatggttgattttggagtttatgattctgcca 31969392  T
Q  301 ttgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgac 400  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  31969393 ttgctagattgcttcgaactaggaaatctatatcttgttcaaatgatttgattaagtcattggaggacgttaagggtttagggtttgacccttcaacgat 31969492  T
Q  401 ggcttttgggactgctttgatgaccaagatattgatgagtaacatgcttt 450  Q
     || ||||||||||||||| ||||||||  ||  ||||||||||| ||||    
T  31969493 cgcatttgggactgctttggtgaccaagcaatgtatgagtaacatacttt 31969542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 421
Target Start/End: Original strand, 14512244 - 14512670
Alignment:
Q  1 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  14512244 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggtttttgccaaagtttcaattttttctatccaatgctgcttcttcctctgatattgttccattgttaac 14512343  T
Q  101 tacaaacccttacattttacaaagtagcttgga------gagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatc 194  Q
    ||||||||||   ||||||| ||||||||||||      || || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14512344 tacaaaccctagaattttacgaagtagcttggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatc 14512443  T
Q  195 attgtttgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgatt 294  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||     
T  14512444 attctttgcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatttgatgtctgattttggagtttctgata 14512543  T
Q  295 ctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttc 394  Q
     |   |||| ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||| |||||| |||||||||| | |||||    
T  14512544 atgttattggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattagaggaagttaaggatttagggtttcatccttc 14512643  T
Q  395 aacgacggcttttgggactgctttgat 421  Q
    |  |||  ||||| || ||||||||||    
T  14512644 attgactacttttagggctgctttgat 14512670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 428
Target Start/End: Original strand, 15013176 - 15013600
Alignment:
Q  1 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15013176 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaacggtgcttctttatctgatattgttccattgttaac 15013275  T
Q  101 tacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtt 200  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||| |||| |||| |||||  |||||||||||||||||||  ||||||    
T  15013276 tgcaaaccctcacattttacaaagtagcttggacaaacggataatccctctttttcaattattaaataggtttttgaaaaccaacaaggatactattgtt 15013375  T
Q  201 tgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctacca 300  Q
    | |||||||| | |||   |    |  | ||  | ||||  ||||||| | | | |||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||| |||    
T  15013376 tacttaattctaaatt---caaggtcgtttataactccccttcaccttctagaggctaatatcaatttgatggttgattttggagtttgtgattctgcca 15013472  T
Q  301 ttgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgac 400  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  15013473 ttgctagattgcttcgaactaggaaatctatatattgttcaaatgatttgattaagtcattggaggacgttaagggtttagggtttgacccttcaacggc 15013572  T
Q  401 ggcttttgggactgctttgatgaccaag 428  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||    
T  15013573 cgcttttgggactgctttggtgaccaag 15013600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 3 - 419
Target Start/End: Original strand, 14533930 - 14534343
Alignment:
Q  3 tggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaacta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14533930 tggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgccaaagtttcaattttttctatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaacta 14534029  T
Q  103 caaacccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttg 202  Q
    ||||||||   ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||  |||| ||||    
T  14534030 caaaccctcgaattttacgaagtagcttggagaaacaaataatccctctttttcaattattaagtaggtgcttaaaaaccaacagggatgccattatttg 14534129  T
Q  203 cttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccatt 302  Q
    ||||||   | ||||| || ||||| ||| | ||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||    
T  14534130 cttaataaaacattggactacatttactatttat---tatcaccttattgtggctaatatcaatttgatgactgattttggaattcctcattctgtcatt 14534226  T
Q  303 gctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacgg 402  Q
    ||||||||| ||||| | || |||| | || || ||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||      
T  14534227 gctagattgattcgatctagaccatttttaatttgttcaaaggatttgattaattcattggaggaaattaagggtttagggtttgatccttcaacgacta 14534326  T
Q  403 cttttgggactgctttg 419  Q
    ||||||||  |||||||    
T  14534327 cttttgggtatgctttg 14534343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Original strand, 15007766 - 15008185
Alignment:
Q  1 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  15007766 catggttactttcatcacaaccccacaaaatgttattgccaaagtttgaatattttctatccaaaggtgcttcttcagctgatattgtttcattgttaac 15007865  T
Q  101 tacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtt 200  Q
    | ||||||||   ||||||| |||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15007866 tgcaaaccctacaattttacgaagtagcttgggcaaacgaataatccctctttttgaattgttaagtaggttctttaaaaccaacaaggatatcattgtt 15007965  T
Q  201 tgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctacca 300  Q
    |||||| ||||| |||      | |||  || ||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||    
T  15007966 tgcttacttcgacattcaatgtcgtttattattagcccatatcaccttattgtggctaatatcaatttgataactggttttggagtttctgattctacca 15008065  T
Q  301 ttgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgac 400  Q
    |||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||| | |||||||| ||    
T  15008066 ttgctaaattgcttcagaaaaggccatctatatttggttcaactgatttgattaagtcattagaggaagttaagcgtttagggtttcatccttcaacaac 15008165  T
Q  401 ggcttttgggactgctttga 420  Q
      ||||||||||||||||||    
T  15008166 tacttttgggactgctttga 15008185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 3 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 15004265 - 15003841
Alignment:
Q  3 tggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaacta 102  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||     
T  15004265 tggttactttcatcgcaaccccacaaaggtttattgtcaaagtttcaattttttctatccaaaggtgcttcttcctctgatattgtttcattgttaactt 15004166  T
Q  103 caaacccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttg 202  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||  ||||||||||||||| ||||||| |    
T  15004165 caaaccctcgaattttacaaagtagcttggagaatcgaataatccctctttttgaattgttaaataggt-tttcgaaaccaacaaggataccattgttgg 15004067  T
Q  203 cttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccatt 302  Q
    ||||||||||||||      | ||| ||  | ||||||||||| || | | | |||||||||||||||||   |||||||  ||| ||||||||||||||    
T  15004066 cttaattcgatattcaagatcgtttactttttatccctatcactttctagaggctaatatcaatttgatggtggattttgatgtttctgattctaccatt 15003967  T
Q  303 gctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgacgg 402  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||      
T  15003966 gctagattgcttcaaaaaaggccatctatatttggttcaaaggatttgattatgtcattggaggaagttaagtgtttagggtttgacgcttcaacgacca 15003867  T
Q  403 cttttgggactgctttgatgaccaag 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  15003866 cttttgggactgctttgatgaccaag 15003841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 421
Target Start/End: Original strand, 14520084 - 14520504
Alignment:
Q  1 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||  | ||||| ||||||||||  ||||||||| |||   |||||||    
T  14520084 catggttactttcatcacaaccccacaaaatggtattgccaaagtttcaatttttactctccaaaggtgcttcttcctctgatattattcgcctgttaac 14520183  T
Q  101 tacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtt 200  Q
    | |||| ||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||||    
T  14520184 tgcaaatcctaaaattttacaaagtagtttggagaaacgaataatccctctttttcaattgttaaataggttttcgaaaaccaacaaggataccattgtt 14520283  T
Q  201 tgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctacca 300  Q
    |||||||||||| |||      | |||  || | ||||||||||  || | | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  14520284 tgcttaattcgaaattcactatcgtttattatttatccctatcatgttctagaggctaatatcaatttgatgattgaatttggagtttctgattctaaca 14520383  T
Q  301 ttgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgac 400  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||| | ||||||| |||    
T  14520384 ttgctagattgcttcaaacaaggtcatctatatttggttcaactgatttgattaagtcattagaggaagttaagtgtttagggtttcatccttcaaagac 14520483  T
Q  401 ggcttttgggactgctttgat 421  Q
      |||||||| ||||||||||    
T  14520484 tacttttggggctgctttgat 14520504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Original strand, 14547067 - 14547485
Alignment:
Q  1 catggttactttcatcacaaccccacaaaaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaac 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |   | ||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||  ||||    
T  14547067 catggttactttcattacaaccccacaatataattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataac 14547166  T
Q  101 tacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtt 200  Q
       |||||||   ||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  14547167 agaaaaccctcgaattttgcgaagtagcttggagaaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctt 14547266  T
Q  201 tgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctacca 300  Q
    |||||| ||||| ||| | ||    || ||  |||| ||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  14547267 tgcttacttcgacattcgacttatgttacttttaattcctatcaccttgttgccgctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgtca 14547366  T
Q  301 ttgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgac 400  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||| |    
T  14547367 ttgctagcttgcttcaaaaaaggccatctatatttggttcgactgatttgattaagtcattggaggaagttaagtgtttagggtttgatccttcaacggc 14547466  T
Q  401 ggcttttgggactgctttg 419  Q
      |||||||| ||||||||    
T  14547467 tacttttggggctgctttg 14547485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 44 - 397
Target Start/End: Original strand, 14567359 - 14567712
Alignment:
Q  44 gtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacgaata 143  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||   ||||| || | ||| ||||||| |||||||    
T  14567359 gtttcacttttttctatccaaaggtgcttcttcctctgagattgtttcattgttaacttcaaaccctataattttgcatattagtttggagaaacgaata 14567458  T
Q  144 atccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccctatc 243  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||   ||||||||||||  ||| ||||||    
T  14567459 atccctctttttgaattgttaagtaagttcttgaaaaccaacaaagatatcattatttgcttaattcggcattcaactgcattttctatgaattcctatc 14567558  T
Q  244 accttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaa 343  Q
    |||||||| ||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||  |  ||||||||| |||||||   |||||||||||||| ||||||||||    
T  14567559 accttattatggataatgtcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgtcattgctagtttgcttcagtcaaggccatctatagttggttcaaa 14567658  T
Q  344 tgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaac 397  Q
     ||  |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  14567659 ggaattgattaagtcattggaggaagttaagagtttagggtttgatccttcaac 14567712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 41 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 14850684 - 14850329
Alignment:
Q  41 taagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacga 140  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||  ||| ||||| || ||||||||||| |||||||| | |||||||||  |||||| || | ||||    
T  14850684 taagtttgaatattttctatccaaaggtgcttcttcctctcatattatttcattgttaacttcaaaccctcaaattttacaatatagcttagacaaacga 14850585  T
Q  141 ataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccct 240  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||| | ||||||||||||| ||   |||||||| |||  |||||||    
T  14850584 ataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaatccagcaaggataccattctctgcttaattcgatgttccactgcatttactataaatccct 14850485  T
Q  241 atcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttc 340  Q
    ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |  |||||||||  ||||||   || |||||||| ||||||||||    
T  14850484 atcgcattattgtggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgataatgtcattgctagtatgcttcagtcatggccatctgtatttggttc 14850385  T
Q  341 aaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaa 396  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||    
T  14850384 aaaggatttgattaagtcattggaggaagttaagtgtttagggtttgatccttcaa 14850329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 41 - 397
Target Start/End: Original strand, 15023743 - 15024099
Alignment:
Q  41 taagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacga 140  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||| |||||| ||||  |||    
T  15023743 taagtttgaattttttctatccaaaggtgcttcttcatctcatattgtttcattgttaactacataccctcaaattttacaaactagctttgagaatcga 15023842  T
Q  141 ataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccct 240  Q
    |||||||||| |||| ||||| |||  |||| ||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||| | ||| |       || ||| | |||||     
T  15023843 ataatccctctttttaaattgctaacaaggttctttaaaactaacaaggatactattgtttgcttaattcaacattcgaaatgggttactagtcatcccc 15023942  T
Q  241 atcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttc 340  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||    
T  15023943 atcaccttattgtggctagtatcaatctgatttctgattttggagtttctgattctgtcattgctagattgcttcaaaataagccatctatatttggttc 15024042  T
Q  341 aaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaac 397  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  15024043 aaaggatttgattaagtcattggaggaagttaagagtttagggtttgatccttcaac 15024099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 41 - 386
Target Start/End: Original strand, 14552317 - 14552662
Alignment:
Q  41 taagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaacccttacattttacaaagtagcttggagagacga 140  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||| |||| ||||| || ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||| | ||||    
T  14552317 taagtttgaatattttctatccaaaggtgcttcttcatctcatattatttcattgttaacttcaaaccctcaaattttacaaagtagcctggacaaacga 14552416  T
Q  141 ataatccctccttttgaattgttaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattgggctgcattttctactaatccct 240  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | || ||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |       || ||| | |||||     
T  14552417 ataatccctctttttgaattgttaagaatgttctttaaaactaacaaggatacaattgtttgcttaattcgacattcgaaatgggttgctagttatcccc 14552516  T
Q  241 atcaccttattgtgcctaatatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttc 340  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| ||  || |||||  ||||||||||||||||| ||  |  |||||||||||| ||||    
T  14552517 atcaccttattgtggctaatattaatctgatgtctgattttggcgtgtctcattctgtcattgctagattgcttcaaattaaaccatctatattttgttc 14552616  T
Q  341 aaatgatatgatgaagtcattggaggaaattaagggtttagggttt 386  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  14552617 aaaggatttgattaagtcattggaggaagttaaaggtttagggttt 14552662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 260 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 14847755 - 14847677
Alignment:
Q  260 tatcaatttgatgactgattttggagttcctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggt 338  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  14847755 tatcaattttaggactgattttggagtttgcgattctaccattgatagattgcttcaaaaaaggtcatctatatttggt 14847677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 36 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 17357101 - 17357027
Alignment:
Q  36 ttgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaaccct 110  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||    
T  17357101 ttgccaaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcgtaactgcaaaccct 17357027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University