View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3376_low_11 (Length: 594)
Name: NF3376_low_11
Description: NF3376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3376_low_11 |
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| [»] scaffold0069 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 45352407 - 45351847
Alignment:
| Q |
18 |
caaatcttgcatcagtatatggtagtcatgactcttaagaccatgaattttatgttgttcaagttgaacacatctggaaatattggaaccataattttct |
117 |
Q |
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| T |
45352407 |
caaatcttgcatcagtatatggtagtcatgactcttaagaccatgaattttatgttgttcaagttgaacacatctggaaatattggaaccataattttct |
45352308 |
T |
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| Q |
118 |
ggaaccttcacttctttcaaaacaccacaaaatatatccttttcttttgatgaaattgtaaattgtgaaggtggcaataatatcttatttggccctatgt |
217 |
Q |
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| T |
45352307 |
ggaaccttcaattctttcaaaacaccacaaaatatatccttttcttttgatgaaattgtaaattgtgaaggtggcagtaatatcttatttggccctatgt |
45352208 |
T |
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| Q |
218 |
ttataggatgaatttctttccttattcccatcttcaccaaatcaaggcgagctttgagatggtcccttgattttccctctatattcaatagcgttccaac |
317 |
Q |
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| T |
45352207 |
ttataggatgaatttcttttcttattcccatcttcaccaaatcaaggcgagctttgagatggtcctttgattttccctctatattcaatagcgttccaac |
45352108 |
T |
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| Q |
318 |
tacaatttcacatatattcttttctatatgcatcacatcaagattgtgacgctgcacattagtcttccaatatggcaactcaaagaatatactctttttt |
417 |
Q |
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| T |
45352107 |
tacaatttcacatatattcttttctatatgcatcacatcaagattgtgacgctgcacattagtcttccaatatggcaactcaaagaatatactctttttt |
45352008 |
T |
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| Q |
418 |
gtccatggatccttatcttttatcttcctctttcgaatcttcccaaataaattttgcctattacctaattttcgcaatatggcagaccctgataatggaa |
517 |
Q |
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| T |
45352007 |
gtccatggatccttatcttttctcttcctctttcgaattttcccaaataaattttgcctattacctaattttcgtaatatggcagaccctgataatggaa |
45351908 |
T |
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| Q |
518 |
atggtgcaactctaatttcttttttaccatcaaaaccttttttatcttttctccacctatg |
578 |
Q |
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| T |
45351907 |
atggtgcaactctaatttcttttttaccatcaaaaccttttttatcttttctccacctatg |
45351847 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 136 - 578
Target Start/End: Original strand, 2551987 - 2552429
Alignment:
| Q |
136 |
aaaacaccacaaaatatatccttttcttttgatgaaattgtaaattgtgaaggtggcaataatatcttatttggccctatgtttataggatgaatttctt |
235 |
Q |
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| T |
2551987 |
aaaacaccacaaaatatatctttttcttttgatgaaattgtaaattgtgaaggtggcagtaatatcttatttggccctatgtttataggatgaatttctt |
2552086 |
T |
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| Q |
236 |
tccttattcccatcttcaccaaatcaaggcgagctttgagatggtcccttgattttccctctatattcaatagcgttccaactacaatttcacatatatt |
335 |
Q |
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| T |
2552087 |
ttcttattcccatcttcaccaaatcaaggcgagctttgagatgctcctttgattttccctctatattcaatagcgttccaactacaatttcacatatatt |
2552186 |
T |
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| Q |
336 |
cttttctatatgcatcacatcaagattgtgacgctgcacattagtcttccaatatggcaactcaaagaatatactcttttttgtccatggatccttatct |
435 |
Q |
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| T |
2552187 |
cttttctatatgcatcacatcaagattgtgacgctgcacattagtcttccaatatggcaactcaaagaatatactcttttttgtccatggatccttatct |
2552286 |
T |
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| Q |
436 |
tttatcttcctctttcgaatcttcccaaataaattttgcctattacctaattttcgcaatatggcagaccctgataatggaaatggtgcaactctaattt |
535 |
Q |
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| T |
2552287 |
tttctcttcctctttcgaattttcccaaattaattttgcctattacctaattttcgtaatatggcagaccctgataatggaaatggtgcaactctaattt |
2552386 |
T |
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| Q |
536 |
cttttttaccatcaaaaccttttttatcttttctccacctatg |
578 |
Q |
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| T |
2552387 |
cttttttaccatcaaaaccttttttatcttttctccacctatg |
2552429 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0069 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0069
Description:
Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 30379 - 30018
Alignment:
| Q |
18 |
caaatcttgcatcagtatatggtagtcatgactcttaagaccatgaattttatgttgttcaagttgaacacatctggaaatattggaaccataattttct |
117 |
Q |
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| T |
30379 |
caaatcttgcatcaatatatggtagtcatgactcataagaccatgaattttatgttgttcaagttgaacacatctggaaatattggaaccataattttct |
30280 |
T |
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| Q |
118 |
ggaaccttcacttctttcaaaacaccacaaaatatatccttttcttttgatgaaattgtaaattgtgaaggtggcaataatatcttatttggccctatgt |
217 |
Q |
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| T |
30279 |
cgaaccttcacttctttcaaaacaccacaaaatatatccttttcttttgatgaaattgtaaattgtgaaggtggcagtaatatcttatttggccctatgt |
30180 |
T |
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| Q |
218 |
ttataggatgaatttctttccttattcccatcttcaccaaatcaaggcgagctttgagatggtcccttgattttccctctatattcaatagcgttccaac |
317 |
Q |
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| T |
30179 |
ttataggatgaatttctttccttattcccatcctcaccaaatcaaggcgagctttgagatggtcctttgattttccctctatattcaatagcgttccaac |
30080 |
T |
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| Q |
318 |
tacaatttcacatatattcttttctatatgcatcacatcaagattgtgacgctgcacattag |
379 |
Q |
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| T |
30079 |
tacaatttcacatatattcttttctatatgcatcacatcaagattgtgacgctgcacattag |
30018 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 88; Significance: 5e-42; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 487 - 578
Target Start/End: Original strand, 43601302 - 43601393
Alignment:
| Q |
487 |
tttcgcaatatggcagaccctgataatggaaatggtgcaactctaatttcttttttaccatcaaaaccttttttatcttttctccacctatg |
578 |
Q |
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| T |
43601302 |
tttcgtaatatggcagaccctgataatggaaatggtgcaactctaatttcttttttaccatcaaaaccttttttatcttttctccacctatg |
43601393 |
T |
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