View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3376_low_77 (Length: 275)

Name: NF3376_low_77
Description: NF3376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3376_low_77
NF3376_low_77
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-272)||(14553496-14553751)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (19-260)||(37533486-37533729)
chr5 (19-260)||(37824281-37824524)
chr5 (19-259)||(37594710-37594952)
chr5 (19-259)||(37400344-37400586)
chr5 (19-259)||(37703054-37703296)
chr5 (19-259)||(37697173-37697415)
chr5 (19-259)||(37640258-37640500)
chr5 (19-260)||(37712010-37712253)
chr5 (19-250)||(37436093-37436326)
chr5 (25-199)||(37392484-37392660)
chr5 (30-87)||(37412962-37413019)
chr5 (20-65)||(37429119-37429164)
chr5 (160-210)||(37429261-37429311)
chr5 (24-73)||(37343272-37343321)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-259)||(16842408-16842650)
chr4 (19-73)||(24217460-24217514)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (33-75)||(23496081-23496123)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 272
Target Start/End: Original strand, 14553496 - 14553751
Alignment:
Q  19 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccaca--gctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14553496 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccacatagctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 14553595  T
Q  117 ttgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttaga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14553596 ttgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttaga 14553695  T
Q  217 gaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaacatctgtgctgctcc 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  14553696 gaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaacatctgggatgctcc 14553751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 260
Target Start/End: Original strand, 37533486 - 37533729
Alignment:
Q  19 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccaca--gctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37533486 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcactcaaacccacatagctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 37533585  T
Q  117 ttgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttaga 216  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37533586 ttggaattggcccaactagtttgttatatgataaacctaaaatagaaaggtgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttaga 37533685  T
Q  217 gaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaacat 260  Q
    | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37533686 ggaaagtgataaatattccaatttgattaaatttccataaacat 37533729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 260
Target Start/End: Original strand, 37824281 - 37824524
Alignment:
Q  19 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccacag--ctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37824281 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttaaagcttaaatccacaatactcaattttgaacgttttgtgatttcaa 37824380  T
Q  117 ttgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttaga 216  Q
    ||| ||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37824381 ttggaattgggccaactagtttgttagatgataaatataaataagaaagatgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttaga 37824480  T
Q  217 gaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaacat 260  Q
    | ||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37824481 ggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacat 37824524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 37594710 - 37594952
Alignment:
Q  19 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccaca--gctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37594710 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatccctcaaacccacatagctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 37594809  T
Q  117 ttgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttaga 216  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  37594810 ttggaattggcccaactagtttgttatatgataaacctaaaatagaaaggtgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttaaa 37594909  T
Q  217 gaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaaca 259  Q
    | ||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37594910 ggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaaca 37594952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 37400586 - 37400344
Alignment:
Q  19 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccac--agctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37400586 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcacccaaaaacacatagctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 37400487  T
Q  117 ttgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttaga 216  Q
    ||| ||| || |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37400486 ttggaattgggccaactagtttgttagatgataaatataaatgagaaagatgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttaga 37400387  T
Q  217 gaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaaca 259  Q
    | ||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37400386 ggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaaca 37400344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 37703054 - 37703296
Alignment:
Q  19 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccaca--gctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37703054 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatccctcaaacccacatagctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 37703153  T
Q  117 ttgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttaga 216  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  37703154 ttggaattggcccaactagtttgttaaatgataaacctaaaataaaaaggtgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttagcttgttaga 37703253  T
Q  217 gaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaaca 259  Q
    | ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  37703254 ggaaagtgataaatattccaatttgtttaaatttccataaaca 37703296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 37697173 - 37697415
Alignment:
Q  19 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccacag--ctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||  ||||   |||||||| |||||||||||||||||||    
T  37697173 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaacacataactcaatttggaacgttttgtgatttcaa 37697272  T
Q  117 ttgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttaga 216  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37697273 ttggaattggcccaactagtttgttaaatgataaacctaaatgagaaaggtggggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttaga 37697372  T
Q  217 gaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaaca 259  Q
    | ||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37697373 ggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaaca 37697415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 37640258 - 37640500
Alignment:
Q  19 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccacag--ctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| |||||   |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  37640258 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaacccacatatctcaatttggaacgttttgcgatttcaa 37640357  T
Q  117 ttgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttaga 216  Q
    ||| ||| || ||||||||||||||| ||| |||| |||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  37640358 ttggaattgggccaactagtttgttatatgctaaatataaatgagaaagatgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttaaa 37640457  T
Q  217 gaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaaca 259  Q
    | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37640458 gtaaagtgataaatattccaatttgattaaatttccataaaca 37640500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 260
Target Start/End: Original strand, 37712010 - 37712253
Alignment:
Q  19 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccaca--gctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |   |||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37712010 aacaatgaaggcaaagaataacaccactgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaacacatagctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 37712109  T
Q  117 ttgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttaga 216  Q
    ||| ||| || |||||||||||||||  || |||| |||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37712110 ttggaattgggccaactagtttgttatctgctaaatataaatgagaaagatgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttaga 37712209  T
Q  217 gaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaacat 260  Q
    | ||||   |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  37712210 ggaaagtgctaaatatttcaatttgattaaatttccataaacat 37712253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 250
Target Start/End: Original strand, 37436093 - 37436326
Alignment:
Q  19 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccaca--gctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 116  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   || | |||||  |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  37436093 aacaatgaaggcaaataataacaccactgtggaattgttccatttaacatgttatattctagacccacatagctcaattttaaacgttttgtaatttcaa 37436192  T
Q  117 ttgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttaga 216  Q
    ||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||  ||||  |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||    
T  37436193 ttggaattgggccaactagtttgttaaatgataaatctaaatgagaaaggtggggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggctgttgga 37436292  T
Q  217 gaaaaggtataaatattccaatttgattaaattt 250  Q
    | ||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  37436293 ggaaagtgataaatattccaatttggttaaattt 37436326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 25 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 37392660 - 37392484
Alignment:
Q  25 gaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccaca--gctcaattttgaacgttttgtgatttcaattgcaa 122  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||| || || ||    
T  37392660 gaaggcaaagaataacaccactgcggaattgtaccattaaacatgttagaacctaaattcacaatgctcaattttgagcgttttgtgatttgaactggaa 37392561  T
Q  123 tcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttgg 199  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37392560 ttgggccaactagtttgttagatgataaatctaaaaaagaaaggttgggtagatgaaaaagtgatgatggaacttgg 37392484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 37413019 - 37412962
Alignment:
Q  30 caaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccaca 87  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  37413019 caaataataacaccaatgaggatttgttccatttaacattttattatttaaatccaca 37412962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 65
Target Start/End: Original strand, 37429119 - 37429164
Alignment:
Q  20 acaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaa 65  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  37429119 acaacgaaggcaaggaataacaccagtgtggaattgttccgtttaa 37429164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 160 - 210
Target Start/End: Original strand, 37429261 - 37429311
Alignment:
Q  160 agaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggtt 210  Q
    ||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  37429261 agaaagctgagttagatgaaacaatgatgatggaacttggcctgttaggtt 37429311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 24 - 73
Target Start/End: Original strand, 37343272 - 37343321
Alignment:
Q  24 cgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttat 73  Q
    ||||||||||| | ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  37343272 cgaaggcaaagtaaaacaccaatttagaatttttccatttaacatgttat 37343321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 16842650 - 16842408
Alignment:
Q  19 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatccaca--gctcaattttgaacgttttgtgatttcaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||  |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  16842650 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatttggaattgttccatttaacatgttctcactcaaacccacatagctcaattttgaagtttttgtgatttcaa 16842551  T
Q  117 ttgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttaga 216  Q
    ||| ||| || ||||| ||||||||| |||||||| |||||  |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||    
T  16842550 ttggaattgggccaaccagtttgttaaatgataaatataaattagaaagataaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttagactgttaga 16842451  T
Q  217 gaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaaca 259  Q
    | ||||  ||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||    
T  16842450 ggaaagtgatagatattctaatttgcttaaatttccataaaca 16842408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 24217514 - 24217460
Alignment:
Q  19 aacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttat 73  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  24217514 aacaacgaaggcaaggaataacaccattgcggaattgttccatttaacatgttat 24217460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 75
Target Start/End: Original strand, 23496081 - 23496123
Alignment:
Q  33 agaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataa 75  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23496081 agaaaaacaccaacgtggaattgttccatttaacatgttataa 23496123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University