View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3379-Insertion-3 (Length: 1000)

Name: NF3379-Insertion-3
Description: NF3379
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3379-Insertion-3
NF3379-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-982)||(36844280-36845253)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (723-762)||(2246474-2246513)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 861; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 861; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 982
Target Start/End: Original strand, 36844280 - 36845253
Alignment:
Q  8 ttctcaacctgatccccttaaacctaattccaacgttgattttctctttggtattgagaataaaaccctagctcaaccgattcaaccttcgtatgctgct 107  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36844280 ttctcaacctgatccacttaaacctaattccaaagttgattttctctttggtattgagaataaaaccctagctcaaccgattcaaccttcgtatgctgct 36844379  T
Q  108 gtcactgccaagtatcacgatcctgtgccggatcttgttgctccacaaccggactatccaccacgtggatctaccgatgagagtgtagagattcagagac 207  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36844380 gtgactgccaagtatcacgatcctgtgccggatcttgttgctccacaaccggactatccaccacgtggatctaccgatgagagtgtagagattcagagac 36844479  T
Q  208 agttacagcgtttgcaggtttctgagagtgagcagtctctgtatcggagaagttcggatggtgttacaggtggttacgccgccgctcccggcggtgatta 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36844480 agttacagcgtttgcaggtttctgagagtgagcagtctctatatcggagaagttcggatggtgttacaggtggttacgccgccgctcccggcggtgatta 36844579  T
Q  308 ttacgtgcagaagatgccggagaatattcctcggtctaattcgccagtaacagttcatcatcctgcgggttactggccggataaacaattttccggcgaa 407  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36844580 ttacgtacagaagatgccggagaatattcctcggtctaattcgccagtaacagttcatcatcctgcaggttactggccggataaacaattttccggcgaa 36844679  T
Q  408 gcttttccggtgacagggatgaacacttccggtggaggggatcagcatgtttacatgatgccgccgccgggaacattctatcagacagcacagatgatgc 507  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36844680 gcttttcctgtgacagggatgaacacttccggtggaggggatcagcatgtttacatgatgccgccgccgggaacattctatcagacagcacagatgatgc 36844779  T
Q  508 gtccaccgacagcgcaggggtactacgcagtgcaaagaatggcttctgatggataccgggaacaaccggtgtacggcggcattccgcctcagaatgttgc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36844780 gtccaccgacagcgcaggggtactacgcagtgcaaagaatggcttctgatggataccgggaacaaccggtgtacggcggcattccgcctcagaatgttgc 36844879  T
Q  608 attttcgtcgtcggcggcggctcagccagtcaatccttcggcttatcaggaaggatacggcttagttaggccagctgttgtagcggaaaatgcgggagcc 707  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36844880 attttcgtcgtcgtcggcggctcagccagtcaatccttcggcttatcaggaaggatacggcttagttaggccagctgttgtagcggaaaatgcgggagct 36844979  T
Q  708 gctggatatgcgcaagtggcgtatgatagttcaagtgggagacatgtttactatactacgccggggaggcatggtccacgcaccacagtatcaacatggg 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36844980 gctggatatgcgcaagtggcgtatgatagttcaagtgggagacatgtttactatactacgcc-gggaggcatggtccacgcaccacagtatcaacatggg 36845078  T
Q  808 gtttctccggtattcagcaatgatatgaggacggctgcggttcctgtgggccaggatcctaaaggtggtaaacaaaggttcacattccacaggattgtga 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  36845079 gtttctccggtattcagcaatgatatgagaccggctgcggttcctgggggccaggatcctaaa-gtggtaaacaaaggttcacattcacaaggattgtga 36845177  T
Q  908 ttaattaatgctgtga-tatgttaatttt-gactaataaatgctccaataaatgtggttttcttaggttggattttt 982  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  36845178 ttaattaatgctgtgattatgttaattttggactaatatatgct-caataaatgttgttttcttatgttgtattttt 36845253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 723 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 2246513 - 2246474
Alignment:
Q  723 gtggcgtatgatagttcaagtgggagacatgtttactata 762  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  2246513 gtggcgtatgatagtgcaagtgggagacaggtttactata 2246474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University