View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3384_low_1 (Length: 1059)
Name: NF3384_low_1
Description: NF3384
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3384_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 562; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 429 - 1043
Target Start/End: Original strand, 27821050 - 27821665
Alignment:
| Q |
429 |
aatatgtagatggatatat--gggtgtacataggtattttcctttatcttgatagccttgtaacttaatattcaacagtcaacactgctacatcccgggt |
526 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
27821050 |
aatatgtagatggatatatatgggtgtacataggtattttcctttatcttgatagccttgtaacttaat-ttcaacagtcaacactgctacatcccgggt |
27821148 |
T |
|
| Q |
527 |
caactacgttttcataaaaatagtccaattggataacaatttattcctttcacatttagaaaatgtctacgtaatgcttgttatagatactacgtacaaa |
626 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27821149 |
caactacgttttcataaaaatagtccaattggataagaatttattcctttcacatttataaaatgtccacgtaatgcttgttatagatactacgtacaaa |
27821248 |
T |
|
| Q |
627 |
gatagatgaaaaatccaacttgcgcaatgactcgatcaattataaatataaatgtccacgttttatttcttctcaaacaagaaatgtacaactataaata |
726 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27821249 |
gatagatgaaaaatccaacttgagcaatgactccatcaattataaatataaatgtccacgttttatttcttctcaaacaagaaatgtacaactataaata |
27821348 |
T |
|
| Q |
727 |
actcaaacacccacaaagatttaaatcatctaacaacatcttagtttcaacgtacaaatacgaaaaactatcaagcaagctgcacaatgagtcattgcaa |
826 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27821349 |
actcaaacacccacaaagatttaaatcatctaacaacatcttagtttcaacatacaaatacgaaaaactatcaagcaagctgcacaatgagtcattgcaa |
27821448 |
T |
|
| Q |
827 |
ggctgagggtaatgtggttttgttggatttttggccaagttcatatggaatgagagtgaaaattgcattggaagagaagggagtctcatatgagtgtaga |
926 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27821449 |
ggctgagggtaatgtgattttgttggatttttggccaagttcatatggaatgagagtgaaaattgcattggaagagaagggagtctcatatgagtgtaga |
27821548 |
T |
|
| Q |
927 |
caagaagattttcaagataagagctctttgcttttagagatgaacccggtttacaaaatgataccggttttagttcataatggaaaacctatatgtgaat |
1026 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27821549 |
caagaagattttcaagataaaagctctttgcttttagagatgaacccggtttacaaaatgataccggttttggttcataatggaaaacctatatgtgaat |
27821648 |
T |
|
| Q |
1027 |
cacttaatatagttgag |
1043 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27821649 |
cacttaatatagttgag |
27821665 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 23 - 370
Target Start/End: Original strand, 27820644 - 27820992
Alignment:
| Q |
23 |
ataaagtaacaagtaaaattgtctccacaagacttccttagttttcctgacacttaccctggtcatcctaatccttggactgcttacctagtatcattgc |
122 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
27820644 |
ataaagtaacaagtaaaattgtctccacaagacttccttagttttcctgacacttaccctggtcctcctagtccttggactgcttaactagtatccttgc |
27820743 |
T |
|
| Q |
123 |
tagttgtgtcctgaaca-taatgatattcgtacaattcttctttatttttaaacactcattcaatacgttattttctctatatctctctttctaacacac |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27820744 |
tagttgtgtcctgaacaataatcatattcatgcaattcttctatattttcaaacactcattcaatacgttattttctctatatctctctttctaacacac |
27820843 |
T |
|
| Q |
222 |
gtaccacatcactattttcatctatttttctctcaaggtatatacacctatgtggatgtccaccaatcnnnnnnnnnnnnataaagcaattattgtagag |
321 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
27820844 |
gtaccacatcactatttttatctatttttctctcaaggtatatacacctatgtggatgtccaccaatcttttttctttttataatgcaattgttgtagag |
27820943 |
T |
|
| Q |
322 |
tttttatatttatacatctctcacttttcaacacacactcaacatctaa |
370 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27820944 |
tttttatatttatacatatctcacttttcaacacacactcaacatctaa |
27820992 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 839 - 1042
Target Start/End: Original strand, 27824441 - 27824644
Alignment:
| Q |
839 |
tgtggttttgttggatttttggccaagttcatatggaatgagagtgaaaattgcattggaagagaagggagtctcatatgagtgtagacaagaagatttt |
938 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27824441 |
tgtggttttgttggatttttggccaagcgtatatggaatgagagtgaaaattgctttggaagagaagggagtctcatatgaatgtagacaagaagatttt |
27824540 |
T |
|
| Q |
939 |
caagataagagctctttgcttttagagatgaacccggtttacaaaatgataccggttttagttcataatggaaaacctatatgtgaatcacttaatatag |
1038 |
Q |
| |
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|||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27824541 |
caagataaaagctctatgcttttagagatgaacccggtttacaaaatgataccggttttggttcataatggaaaacctatatgtgaatcacttaatatag |
27824640 |
T |
|
| Q |
1039 |
ttga |
1042 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
27824641 |
ttga |
27824644 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 494 - 570
Target Start/End: Original strand, 27823650 - 27823726
Alignment:
| Q |
494 |
atattcaacagtcaacactgctacatcccgggtcaactacgttttcataaaaatagtccaattggataacaatttat |
570 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
27823650 |
atattcaacggtcaacactgctacatcccgggtcaactacattttcataaaaattgaccaattagataataatttat |
27823726 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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