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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3388-Insertion-4 (Length: 440)

Name: NF3388-Insertion-4
Description: NF3388
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3388-Insertion-4
NF3388-Insertion-4
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (8-438)||(12930597-12931024)
chr8 (8-438)||(12935343-12935770)
chr8 (90-210)||(26504945-26505063)
chr8 (88-200)||(15588948-15589060)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-438)||(34907060-34907487)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (8-409)||(14178641-14179040)
chr4 (8-409)||(14173887-14174286)
chr4 (8-403)||(28611584-28611977)
chr4 (8-403)||(28606822-28607215)
chr4 (8-403)||(44161543-44161933)
chr4 (8-433)||(11104397-11104813)
chr4 (19-297)||(48826729-48827000)
chr4 (109-270)||(24726288-24726446)
chr4 (19-194)||(48708086-48708256)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (8-404)||(37040442-37040836)
chr7 (19-401)||(15290195-15290567)
chr7 (17-438)||(12098925-12099336)
chr7 (145-440)||(12081936-12082227)
chr7 (154-232)||(2757370-2757448)
chr7 (343-403)||(15302900-15302960)
chr7 (20-77)||(12084666-12084723)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (17-403)||(29106903-29107282)
chr5 (8-403)||(42911009-42911399)
chr5 (89-179)||(38997230-38997320)
chr5 (16-72)||(38994723-38994779)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-403)||(8539139-8539532)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (214-402)||(51302118-51302306)
chr3 (17-74)||(51302937-51302994)
chr3 (88-128)||(51302304-51302344)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (87-179)||(2100290-2100379)
chr6 (175-220)||(2100726-2100771)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 12931024 - 12930597
Alignment:
8 cttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgt 107  Q
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12931024 cttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaa---tgaacaccaatatttaacgt 12930928  T
108 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
12930927 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacac 12930828  T
208 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
12930827 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggt 12930728  T
308 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttcattg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |     
12930727 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttcaata 12930628  T
408 atgaagcttgtattttctttgagcttcggat 438  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||    
12930627 ctgaagcttgtattttctttgagcttcggat 12930597  T

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Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 12935770 - 12935343
Alignment:
8 cttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgt 107  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||    
12935770 cttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaattcaaaagaaactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaa---tgaacaccaatatttaacgt 12935674  T
108 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
12935673 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacac 12935574  T
208 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
12935573 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttactctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggt 12935474  T
308 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttcattg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |     
12935473 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttcaata 12935374  T
408 atgaagcttgtattttctttgagcttcggat 438  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||    
12935373 ctgaagcttgtattttctttgagcttcggat 12935343  T

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Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 210
Target Start/End: Original strand, 26504945 - 26505063
Alignment:
90 aacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatatt 189  Q
    |||| |||||||||||||| || ||| ||||||| | ||| ||||  ||| | ||||||||| |||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||    
26504945 aacatcaatatttaacgtg-aataccgtctaataacaaggcaaaac-cacagtacaaactccaaaaaatattcaactataataaaaaatattacaatatt 26505042  T
190 ctctccactctcttacacaca 210  Q
    || || |||||||| ||||||    
26505043 ctttcaactctctttcacaca 26505063  T

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Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 15589060 - 15588948
Alignment:
88 tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaata 187  Q
    |||||| |||||||||   || ||||||||||| ||  ||| ||||||||| | |||||||||  ||||||||| |||| ||| ||  |||||||||| |    
15589060 tgaacatcaatatttattttgaaaaaccctctattaatgagagaaaaatcaagtgacaaactctaaaaaatatttcactttatcaaacaatattacaaca 15588961  T
188 ttctctccactct 200  Q
    || ||||||||||    
15588960 ttttctccactct 15588948  T

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Target: chr1 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 34907487 - 34907060
Alignment:
8 cttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgt 107  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||    
34907487 cttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaa---tgaacaccaatatttaacgt 34907391  T
108 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
34907390 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacac 34907291  T
208 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgat 307  Q
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34907290 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggt 34907191  T
308 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttcattg 407  Q
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34907190 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttcaata 34907091  T
408 atgaagcttgtattttctttgagcttcggat 438  Q
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34907090 ctgaagcttgtattttctttgagcttcggat 34907060  T

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Target: chr4 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 14179040 - 14178641
Alignment:
8 cttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgt 107  Q
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14179040 cttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcaataaaaaaaa--tgaacaccaatatttaacgt 14178943  T
108 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
14178942 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacac 14178843  T
208 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
14178842 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggt 14178743  T
308 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttcattg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
14178742 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttcattg 14178643  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 14174286 - 14173887
Alignment:
8 cttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgt 107  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||          ||||||||||||||||||||    
14174286 cttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagtgataaaaaaaa--tgaacaccaatatttaacgt 14174189  T
108 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
14174188 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacac 14174089  T
208 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
14174088 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggt 14173989  T
308 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttcattg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
14173988 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaaactttgtattttcacttctgcttcattg 14173889  T

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Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 403
Target Start/End: Original strand, 28611584 - 28611977
Alignment:
8 cttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgt 107  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||    
28611584 cttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaa--tgaacaccaatatttaacgt 28611681  T
108 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacac 207  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
28611682 gaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacac 28611781  T
208 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
28611782 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggt 28611881  T
308 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttc 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
28611882 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttc 28611977  T

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Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 403
Target Start/End: Original strand, 28606822 - 28607215
Alignment:
8 cttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgt 107  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||         |  ||||||||||||||||||    
28606822 cttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatt--aacaccaatatttaacgt 28606919  T
108 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacac 207  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
28606920 gaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacac 28607019  T
208 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
28607020 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggt 28607119  T
308 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttc 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
28607120 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttc 28607215  T

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Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 8 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 44161933 - 44161543
Alignment:
8 cttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgt 107  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||    
44161933 cttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaa--tgaacaccaatatttaacgt 44161836  T
108 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||    
44161835 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaat--tctctccactctcttacac 44161738  T
208 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
44161737 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtaagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggt 44161638  T
308 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgt-attttcacttctgcttc 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
44161637 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattattcctctcacacacctct--acacacagaagctttgtgtttttcacttctgcttc 44161543  T

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Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 8 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 11104813 - 11104397
Alignment:
8 cttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgt 107  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||          |||||||||||||||||| |    
11104813 cttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagctgtagcgataaaaa-----tgaacaccaatatttaacat 11104719  T
108 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacac 207  Q
     ||||| ||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
11104718 agaaaatcctctaatatcgagggtaaac-cacgggacaaactccgaaaaatattccaccatatctaagaatattacaatattctctccactctcttacac 11104620  T
208 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgat 307  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
11104619 aca-aagagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcaaatgctattattttataacacctagaagttatagagatgatatccacccggt 11104521  T
308 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttcattg 407  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||| |||||| ||| |||||||||||| ||    
11104520 gtatttttcctacactctctggatttactcaacactctattttttctctcacacacttcta--cacatagaagctttgta-tttgacttctgcttcaatg 11104424  T
408 atgaagc-ttgtattttctttgagctt 433  Q
     |||||| |||||||||||||||||||    
11104423 ttgaagctttgtattttctttgagctt 11104397  T

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Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 297
Target Start/End: Original strand, 48826729 - 48827000
Alignment:
19 tgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctc 118  Q
    |||||||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||| ||||    
48826729 tgtaaattaaaatttcaaaattcaa--gagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatagaaaaa----gaacaccaatatttaacgtggaaaatcctc 48826822  T
119 taataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacacacacaagagat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
48826823 taataccgagggaaaaatcacgggacaa-ctccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctcttcgctctcttacacacacaagagat 48826921  T
219 acaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgata 297  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
48826922 acaatatagtgtttcccgtgagattcactcctatttgaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgata 48827000  T

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Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 109 - 270
Target Start/End: Original strand, 24726288 - 24726446
Alignment:
109 gaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacaca 208  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| || | ||||||||||||| ||||||||  |    
24726288 gaaaaccatctaatatcaagggaaaagccacgagacaaactctgaaaaatattccattatattaaagaacataataatattctctccattctcttaccga 24726387  T
209 cacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatttta 270  Q
    |||  |||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||    
24726388 cac--gagatacactatattgttttccgtgagacc-actcctattcaaatgttattatttta 24726446  T

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Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 194
Target Start/End: Original strand, 48708086 - 48708256
Alignment:
19 tgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctc 118  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||| || ||||| ||| |||||         || || ||||||||||||| || ||||| ||     
48708086 tgtaaattaaaattccaaaatataaaagaaattgaatcttacaacgcagtggtggcgataaaa-----ttaaataccaatatttaacatgaaaaactcta 48708180  T
119 taataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctc 194  Q
    ||||||  || |||||| |||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||    
48708181 taatactaagagaaaaaccacgtgacaaactccaaaaaatatttcattatattaaaaaatattacaatattctctc 48708256  T

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Target: chr7 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 404
Target Start/End: Original strand, 37040442 - 37040836
Alignment:
8 cttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgt 107  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||    
37040442 cttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaa--tgaacaccaatatttaacgt 37040539  T
108 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
37040540 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattttctccactctctcacac 37040639  T
208 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37040640 acacaagagatacaatatagtgttttccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgat 37040739  T
308 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttca 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
37040740 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttca 37040836  T

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Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 15290567 - 15290195
Alignment:
19 tgtaaattaaaattccaaaatccaaaa-gagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgtggaaaaccct 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||    
15290567 tgtaaattaaaatttcaaaatccaaaaagagattggatcttgcagcgcagccttagcgataaaaaaaa--tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccct 15290470  T
118 ctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacacacacaagaga 217  Q
    |||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15290469 ctaataccgaggtataaaccacgggacaaactccaaaagattttccactatatttaagaatattacaatattctctccactctcttacacacacaagaga 15290370  T
218 tacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgatgtatttttcc 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
15290369 tacaatatagtgttt-ccgtgagacccactcctattcgaatgctattattt--cagcacctagaagttatagagatgatacccacccggtgtattttt-c 15290274  T
318 cacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaag---ttttgtattttcacttctgct 401  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||      ||||||||||||||  |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
15290273 cacactttctggatttagtcaacactctat------tctcacacacttct--acacacagaagcttttttgtattttcacttctgct 15290195  T

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Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 12099336 - 12098925
Alignment:
17 agtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgtggaaaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || || |||||||          |||| | |||||||| ||||| |||||||    
12099336 agtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagatatgatcttgcagctcaccgatagcgataaaaa-----tgaaaagcaatattttacgtgaaaaaccc 12099242  T
117 tctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacacacacaagag 216  Q
    ||||||  ||| ||||||| || ||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
12099241 tctaatgacgaaggaaaaaccaagggacaaactccgaaaaaatttcaactatattaaagaatattacaatattctctccactctcttacacgcacaagag 12099142  T
217 atacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgatgtatttttc 316  Q
    | ||||||| |||||||  |||||||  ||| |||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | || ||||||      
12099141 acacaatattgtgtttctagtgagactcactcctattcaaatgatattattttataacacctaaaagttatagagatgatactcactcaatctatttt-- 12099044  T
317 ccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttcattgatgaagc-t 415  Q
    | | |  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||| ||  |||||| |||||||||| ||||| |     ||| |    
12099043 cgaga--ctctgaatttactcaacactctatttttcctttcacatacttct--acacacaaaaactttgtagtttcacttctacttcaatacccgagctt 12098948  T
416 tgtattttctttgagcttcggat 438  Q
    |||||||||||||||||||||||    
12098947 tgtattttctttgagcttcggat 12098925  T

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Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 145 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 12082227 - 12081936
Alignment:
145 aaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacct 244  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||   ||||||      
12082227 aaactccaaaaaatattccactatattaa-gaatattacaatattttctccactctcttacacggaaaagagatacaatatagtgtttctaatgagactc 12082129  T
245 acttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactc 344  Q
     || |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |  | ||||||||||| ||||||||    
12082128 gctcctattcaaatgttattattttatagcgcctagaagttatagagataatacctacccgatatatttttccc-ctttttctggatttacccaacactc 12082030  T
345 tatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttcattgatgaagc-ttgtattttctttgagcttcggataa 440  Q
    || |||||   |||||||||||||||||   | ||  ||||||| ||||||| ||||||| |  | |||| ||||||||||||||||||| ||||||    
12082029 taattttctgatcacacacttctacaca---aaaaactttgtatcttcacttatgcttcaatactaaagctttgtattttctttgagctttggataa 12081936  T

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Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 154 - 232
Target Start/End: Original strand, 2757370 - 2757448
Alignment:
154 aaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgttt 232  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
2757370 aaaatattccactatatttaaaaatattgcactattctctccactctctttcacactcaagagatacaatatagtgttt 2757448  T

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Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 343 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 15302960 - 15302900
Alignment:
343 tctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttc 403  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
15302960 tctatttttgctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcaattctgcttc 15302900  T

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Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 12084723 - 12084666
Alignment:
20 gtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgat 77  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||    
12084723 gtaaattaaaatttcaaaatccaatagacattggatcttgtagcgcaacggtagcgat 12084666  T

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Target: chr5 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 17 - 403
Target Start/End: Original strand, 29106903 - 29107282
Alignment:
17 agtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgtggaaaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |          |||||||||||||||||||||||||||||    
29106903 agtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagattggatcttgcagcgcagcggtagcgttaaaaa-----tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccc 29106997  T
117 tctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacacacacaagag 216  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29106998 tctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctcttacacacacaagag 29107097  T
217 atacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgata-cccacccgatgtattttt 315  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||    
29107098 atacaa-atagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttttagcacctagaagttataaagatgataccccacccaatgtattttt 29107196  T
316 cccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttc 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||    
29107197 cccacactctctggatttactcaaca--ctattttttctctcacacacttctacatacagagaagctttgtatttccacttctgcttc 29107282  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 8 - 403
Target Start/End: Original strand, 42911009 - 42911399
Alignment:
8 cttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgt 107  Q
    |||||||  |||| |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||          |||||||||||||||||| |    
42911009 cttaacgcaagtggaaattaaaattttaaaatccaaaagagattagatcttgcagcgcagcggcaacgataaaaa-----tgaacaccaatatttaacat 42911103  T
108 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
42911104 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaa-tattccactatatttaagaatattacaatattctctccactctctcacac 42911202  T
208 acacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgat 307  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |    
42911203 acacaaaagatacaatatagtgtttcccttgagacctacttctattctaatgctattattttatagcaccaagaagttatagagatgatacccacccagt 42911302  T
308 gtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgt-attttcacttctgcttc 403  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
42911303 gtattttttccacactctctggatttactcaacactctattttttctctcacacacttctacacacacagaagctttgtgtttttcacttctgcttc 42911399  T

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Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 89 - 179
Target Start/End: Original strand, 38997230 - 38997320
Alignment:
89 gaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaata 179  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||  ||||||  |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||    
38997230 gaacagcaatattttacgtcgaaaaccctctaatatcgaacgaaaaactacgggacaaactccaaaaaataatccattatattaaagaata 38997320  T

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Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 72
Target Start/End: Original strand, 38994723 - 38994779
Alignment:
16 tagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggta 72  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||| |||||||||    
38994723 tagtgtaaattaaaattccaaaacccaaacaaaattggatcttgcagtgcagcggta 38994779  T

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Target: chr2 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 8 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 8539532 - 8539139
Alignment:
8 cttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgt 107  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||          |||||| |||||||||||||    
8539532 cttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaattctaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtaacaataaaaaa----tgaacatcaatatttaacgt 8539437  T
108 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
8539436 ggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaagatattccactatatttaagaatattacaatattatctccactctcttacac 8539337  T
208 acacaagagatacaatat---agtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccaccc 304  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||| ||| |||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
8539336 acacaagagatacaatattatagtgtttcc-gtgagacccactcctattcgattgctattattttacagcacctaaaagttatagagatgatacccatcc 8539238  T
305 gatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttc 403  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
8539237 gatgtatttttcccacactctctgaatttactgaacactatatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttc 8539139  T

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Target: chr3 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 214 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 51302306 - 51302118
Alignment:
214 gagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgatgtattt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
51302306 gagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcgaatgcaattgttttatagcacctagaagttatagagatgattcccacccggtgtattt 51302207  T
314 ttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgctt 402  Q
    |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
51302206 tatccacactctctggatttactcaatactctatttttcctcacacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttatgctt 51302118  T

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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 51302994 - 51302937
Alignment:
17 agtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagc 74  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
51302994 agtgtaaattaaaatttcaaaatccaaaacagattggatcttgcagcgcagcggtagc 51302937  T

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Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 51302344 - 51302304
Alignment:
88 tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgag 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
51302344 tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgag 51302304  T

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Target: chr6 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 87 - 179
Target Start/End: Original strand, 2100290 - 2100379
Alignment:
87 ttgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaata 179  Q
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2100290 ttgaacatcaatatttaaggtggaaaaccctttaataatgagcgaaaaa---cggggcaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata 2100379  T

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Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 175 - 220
Target Start/End: Original strand, 2100726 - 2100771
Alignment:
175 gaatattacaatattctctccactctcttacacacacaagagatac 220  Q
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2100726 gaatattacaatattctctccactctcttacatacacaagagatac 2100771  T

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