View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3388-Insertion-5 (Length: 338)

Name: NF3388-Insertion-5
Description: NF3388
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3388-Insertion-5
NF3388-Insertion-5
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (14-335)||(44547320-44547641)
chr8 (8-286)||(44547447-44547731)
chr8 (14-286)||(44547525-44547803)
chr8 (14-250)||(44547645-44547887)
chr8 (8-208)||(44547369-44547569)
chr8 (34-250)||(44547849-44548065)
chr8 (10-173)||(44547848-44548011)
chr8 (92-286)||(44547687-44547887)
chr8 (110-286)||(44547891-44548067)
chr8 (36-250)||(44548047-44548261)
chr8 (14-95)||(44548046-44548127)
chr8 (13-298)||(44547393-44547684)
chr8 (193-286)||(44548167-44548260)
chr8 (92-250)||(44547969-44548127)
chr8 (8-53)||(44548166-44548211)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 14 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 44547641 - 44547320
Alignment:
Q  14 tgagcttgaggaccagccagcacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgaggaccaactacca 113  Q
    ||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44547641 tgagcatgtggagcagccatcacccttcctagcttttgaggttgatcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgaggaccagctacca 44547542  T
Q  114 cccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacctttcctagctcttgagcctgaggaccggtcaccatccttcctagctcttgaggttg 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| |  |||| |||| ||||||||||||||||    
T  44547541 cccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaggttg 44547442  T
Q  214 agcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaacctgaggaccaacctccacttgcatt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44547441 agcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaacctgaggaccaatctccacttgcatt 44547342  T
Q  314 gtagcttcaccgaaatctgtta 335  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  44547341 gtagcttcaccgaaatctgtta 44547320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 8 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 44547731 - 44547447
Alignment:
Q  8 agctcttgagcttgaggaccagccagcacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccatccttcctagctct------tgagcatgag 101  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| || ||| | || |||| ||||||||||| |      |||||||| |    
T  44547731 agctcttgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtg 44547632  T
Q  102 gaccaactaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacctttcctagctcttgagcctgaggaccggtcaccatccttcctag 201  Q
    || || | | |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||   |||| | |||||||||||||||| |||||||| |  |||| |||||||||    
T  44547631 gagcagccatcacccttcctagcttttgaggttgatcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgaggaccagctaccacccttcctag 44547532  T
Q  202 ctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttga 286  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547531 ctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttga 44547447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 44547803 - 44547525
Alignment:
Q  14 tgagcttgaggaccagccagcacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgaggaccaactacca 113  Q
    ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||||| | ||||    
T  44547803 tgagcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttgagtctgaggaccagccacca 44547704  T
Q  114 cccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacctttcctagctcttgagcctga------ggaccggtcaccatccttcctagctcttg 207  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||| |   ||||||| ||||||||| ||||| ||||      ||| | | || || ||||||||||| |||    
T  44547703 ccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagcagccatcacccttcctagcttttg 44547604  T
Q  208 aggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttga 286  Q
    ||||||| |||| ||| |||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44547603 aggttgatcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgaggaccagctaccacccttcctagctcttga 44547525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 44547887 - 44547645
Alignment:
Q  14 tgagcttgaggaccagccagcacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccatccttcctagctctt------gagcatgaggaccaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||  ||| |||||||||      |||| ||||||| |     
T  44547887 tgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagcttgaggactag 44547788  T
Q  108 ctaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacctttcctagctcttgagcctgaggaccggtcaccatccttcctagctcttg 207  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||  |||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||    
T  44547787 caaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttg 44547688  T
Q  208 aggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttga 250  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  44547687 aggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttga 44547645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 44547569 - 44547369
Alignment:
Q  8 agctcttgagcttgaggaccagccagcacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgaggaccaa 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   |||| |||||||||||||||| | |||||||||     
T  44547569 agctcttgagcatgaggaccagctaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccag 44547470  T
Q  108 ctaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacctttcctagctcttgagcctgaggaccggtcaccatccttcctagctcttg 207  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| | |||||||| |  |||| |||| ||||||||||    
T  44547469 ctaccaccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttg 44547370  T
Q  208 a 208  Q
    |    
T  44547369 a 44547369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 34 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 44548065 - 44547849
Alignment:
Q  34 cacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgaggaccaactaccacccttcctagctcttgaggt 133  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  44548065 cacccttcccagctcttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttcctatctcttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggt 44547966  T
Q  134 tgagcctgaggagcaatcaccacctttcctagctcttgagcctgaggaccggtcaccatccttcctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccacca 233  Q
    || | ||| ||||||   |||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||| | ||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  44547965 tgggtctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccacca 44547866  T
Q  234 cccttcctagctcttga 250  Q
    |||||||||||||||||    
T  44547865 cccttcctagctcttga 44547849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 44548011 - 44547848
Alignment:
Q  10 ctcttgagcttgaggaccagccagcacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgaggaccaact 109  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||| |||| |     
T  44548011 ctcttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgggtctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgagtctgagaaccagcc 44547912  T
Q  110 accacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacctttcctagctcttgag 173  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| ||  ||||||| |||||||||||||||    
T  44547911 accaccattcctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgag 44547848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 92 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 44547887 - 44547687
Alignment:
Q  92 tgagcatgaggaccaactaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacctttcctagctcttgagcc------tgaggaccgg 185  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||  || ||||||||||||||      |||||||  |    
T  44547887 tgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagcttgaggactag 44547788  T
Q  186 tcaccatccttcctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttg 285  Q
      |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||| || | |||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  44547787 caaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttg 44547688  T
Q  286 a 286  Q
    |    
T  44547687 a 44547687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 110 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 44548067 - 44547891
Alignment:
Q  110 accacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacctttcctagctcttgagcctgaggaccggtcaccatccttcctagctcttgag 209  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| |  ||||||| |||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||    
T  44548067 accacccttcccagctcttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttcctatctcttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagcttttgag 44547968  T
Q  210 gttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttga 286  Q
    |||| | ||| ||| |||| |||||||||| ||||| ||||   |||| |||||| |||||| || |||||||||||    
T  44547967 gttgggtctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctagctcttga 44547891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 36 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 44548261 - 44548047
Alignment:
Q  36 cccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgaggaccaactaccacccttcctagctcttgaggttg 135  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||       |||    
T  44548261 cccttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgagcctgaggaccagccactacccttcctagct------tttg 44548168  T
Q  136 agcctgaggagcaatcaccacctttcctagctct------tgagcctgaggaccggtcaccatccttcctagctcttgaggttgagcctgaggaccagcc 229  Q
    || ||||| | || |||||||| |||||| ||||      ||||| |||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||  |||     
T  44548167 agtctgagaaccagtcaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagca 44548068  T
Q  230 accacccttcctagctcttga 250  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  44548067 accacccttcccagctcttga 44548047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 14 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 44548127 - 44548046
Alignment:
Q  14 tgagcttgaggaccagccagcacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgag 95  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  44548127 tgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagctcttgag 44548046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 13 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 44547684 - 44547393
Alignment:
Q  13 ttgagcttgaggaccagccagcacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgag------catgaggacca 106  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | || ||||||||||| |||||      | || ||| ||    
T  44547684 ttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagcagccatcacccttcctagcttttgaggttgatcctgtggagca 44547585  T
Q  107 actaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacctttcctagctc------ttgagcctgaggaccggtcaccatccttccta 200  Q
     | |||| ||||||||||||      |||||| |||||| ||   |||||| ||||||||||      ||||||||||||| |  |||||| ||||||||    
T  44547584 gcaaccatccttcctagctc------ttgagcatgaggaccagctaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttccta 44547491  T
Q  201 gctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctc------ttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaacctgagg 294  Q
    ||||      |||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||      |||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||    
T  44547490 gctc------ttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttgatcttgagg 44547397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 193 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 44548260 - 44548167
Alignment:
Q  193 ccttcctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttga 286  Q
    |||||| ||||||||||| ||||  || ||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||| |||||| ||||    
T  44548260 ccttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgagcctgaggaccagccactacccttcctagcttttga 44548167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 44548127 - 44547969
Alignment:
Q  92 tgagcatgaggaccaactaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacctttcctagctc------ttgagcctgaggaccgg 185  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |   |||||| |||| |||||      |||||| || |||   |    
T  44548127 tgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagctcttgaggttgagcatgtggagaag 44548028  T
Q  186 tcaccatccttcctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttga 250  Q
     ||||| |||||||| |||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44548027 ccaccacccttcctatctc------ttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagcttttga 44547969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 8 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 44548211 - 44548166
Alignment:
Q  8 agctcttgagcttgaggaccagccagcacccttcctagcttttgag 53  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  44548211 agctcttgagcctgaggaccagccactacccttcctagcttttgag 44548166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University