View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3393_low_17 (Length: 233)

Name: NF3393_low_17
Description: NF3393
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3393_low_17
NF3393_low_17
[»] chr4 (38 HSPs)
chr4 (1-219)||(51012078-51012296)
chr4 (1-219)||(49523277-49523495)
chr4 (43-219)||(52867922-52868097)
chr4 (1-219)||(41761489-41761717)
chr4 (5-136)||(11255776-11255907)
chr4 (1-219)||(48646500-48646718)
chr4 (1-219)||(43519577-43519799)
chr4 (1-208)||(41781692-41781899)
chr4 (1-208)||(2693016-2693224)
chr4 (1-187)||(42980788-42980981)
chr4 (5-133)||(35404284-35404412)
chr4 (1-219)||(11601823-11602040)
chr4 (1-110)||(48813940-48814049)
chr4 (137-219)||(35403423-35403505)
chr4 (15-82)||(27382284-27382351)
chr4 (12-82)||(50131326-50131396)
chr4 (5-82)||(25993653-25993730)
chr4 (3-79)||(35996218-35996294)
chr4 (3-69)||(4519531-4519597)
chr4 (12-81)||(26296785-26296854)
chr4 (7-71)||(5484678-5484742)
chr4 (7-71)||(32652237-32652301)
chr4 (7-71)||(42880683-42880747)
chr4 (7-71)||(43779789-43779853)
chr4 (3-79)||(2350397-2350476)
chr4 (1-66)||(2827557-2827622)
chr4 (10-71)||(39083780-39083841)
chr4 (10-71)||(39189523-39189584)
chr4 (166-219)||(54386457-54386510)
chr4 (7-71)||(39921632-39921696)
chr4 (3-79)||(51041824-51041900)
chr4 (3-66)||(27624961-27625024)
chr4 (3-58)||(44558407-44558462)
chr4 (3-99)||(7149694-7149791)
chr4 (10-71)||(41356094-41356155)
chr4 (1-66)||(44794666-44794731)
chr4 (191-219)||(11255695-11255723)
chr4 (7-71)||(44994209-44994273)
[»] chr5 (32 HSPs)
chr5 (1-219)||(17574470-17574688)
chr5 (4-219)||(7267998-7268213)
chr5 (36-207)||(21841179-21841350)
chr5 (1-219)||(30468032-30468251)
chr5 (1-219)||(34327788-34328016)
chr5 (1-219)||(8539828-8540056)
chr5 (1-219)||(2179940-2180160)
chr5 (1-219)||(2854072-2854298)
chr5 (1-219)||(24540954-24541182)
chr5 (15-184)||(12737305-12737475)
chr5 (15-184)||(12800128-12800298)
chr5 (1-219)||(18624762-18624979)
chr5 (35-135)||(32135686-32135786)
chr5 (5-98)||(28819444-28819536)
chr5 (39-136)||(42473484-42473581)
chr5 (88-219)||(28820614-28820755)
chr5 (39-136)||(29621658-29621755)
chr5 (1-59)||(36057526-36057584)
chr5 (39-136)||(40780700-40780797)
chr5 (1-66)||(18728508-18728573)
chr5 (1-66)||(32087667-32087732)
chr5 (3-60)||(38597100-38597157)
chr5 (3-66)||(38177999-38178062)
chr5 (3-66)||(38205223-38205286)
chr5 (3-57)||(24496898-24496952)
chr5 (33-71)||(27349331-27349369)
chr5 (1-66)||(33256553-33256618)
chr5 (7-71)||(42620685-42620749)
chr5 (4-67)||(43317965-43318028)
chr5 (5-67)||(35292287-35292349)
chr5 (25-110)||(19997295-19997380)
chr5 (5-65)||(32838407-32838467)
[»] chr8 (35 HSPs)
chr8 (1-219)||(8609561-8609779)
chr8 (1-219)||(13108110-13108328)
chr8 (1-219)||(38547380-38547596)
chr8 (1-219)||(5036602-5036820)
chr8 (1-219)||(42941927-42942155)
chr8 (2-219)||(40339443-40339670)
chr8 (1-219)||(41042347-41042575)
chr8 (1-219)||(9672932-9673156)
chr8 (1-211)||(13485872-13486090)
chr8 (1-219)||(27691307-27691535)
chr8 (1-219)||(7744886-7745103)
chr8 (1-219)||(33708573-33708795)
chr8 (1-219)||(41825413-41825635)
chr8 (1-99)||(26242207-26242305)
chr8 (39-136)||(27406794-27406891)
chr8 (153-219)||(13282700-13282766)
chr8 (39-136)||(15305947-15306044)
chr8 (39-136)||(15486316-15486413)
chr8 (1-59)||(22272489-22272547)
chr8 (3-66)||(42897680-42897743)
chr8 (3-73)||(9184538-9184608)
chr8 (49-91)||(13282665-13282707)
chr8 (3-66)||(1320772-1320835)
chr8 (3-110)||(38882660-38882766)
chr8 (1-51)||(11722730-11722780)
chr8 (1-82)||(6164656-6164737)
chr8 (10-71)||(28433638-28433699)
chr8 (12-71)||(15145663-15145722)
chr8 (3-79)||(8654654-8654730)
chr8 (10-66)||(37525929-37525985)
chr8 (7-71)||(40020557-40020621)
chr8 (3-66)||(32822515-32822578)
chr8 (1-71)||(11788474-11788544)
chr8 (142-174)||(22272577-22272609)
chr8 (179-219)||(22272602-22272642)
[»] chr3 (43 HSPs)
chr3 (1-219)||(53190533-53190751)
chr3 (1-219)||(35905486-35905704)
chr3 (1-219)||(7884647-7884865)
chr3 (1-215)||(54898589-54898803)
chr3 (1-219)||(41977902-41978118)
chr3 (1-219)||(2225926-2226144)
chr3 (1-219)||(27898853-27899072)
chr3 (2-219)||(17515464-17515691)
chr3 (1-216)||(23292936-23293161)
chr3 (1-219)||(2377182-2377401)
chr3 (5-219)||(43765294-43765518)
chr3 (1-219)||(48830579-48830797)
chr3 (1-219)||(51684763-51684981)
chr3 (1-214)||(600862-601075)
chr3 (1-219)||(44794360-44794588)
chr3 (1-219)||(46197873-46198101)
chr3 (5-136)||(44276052-44276183)
chr3 (1-219)||(46112640-46112858)
chr3 (1-112)||(30599798-30599909)
chr3 (1-211)||(2660365-2660585)
chr3 (1-219)||(21348876-21349075)
chr3 (1-219)||(42279660-42279877)
chr3 (15-136)||(19987452-19987574)
chr3 (142-219)||(3151610-3151687)
chr3 (5-85)||(3152125-3152205)
chr3 (1-110)||(31887314-31887423)
chr3 (12-82)||(5125965-5126035)
chr3 (12-71)||(41623816-41623875)
chr3 (3-81)||(33852561-33852639)
chr3 (3-60)||(23774306-23774363)
chr3 (5-82)||(26449181-26449258)
chr3 (3-79)||(18430164-18430240)
chr3 (15-79)||(33113074-33113138)
chr3 (7-71)||(41944712-41944776)
chr3 (3-79)||(45257113-45257189)
chr3 (142-184)||(44275994-44276036)
chr3 (14-66)||(48634047-48634099)
chr3 (12-82)||(5133160-5133230)
chr3 (12-66)||(17238246-17238300)
chr3 (12-53)||(54092850-54092892)
chr3 (1-66)||(23888678-23888743)
chr3 (3-60)||(51454158-51454215)
chr3 (3-79)||(24382786-24382862)
[»] chr1 (32 HSPs)
chr1 (1-219)||(34777892-34778110)
chr1 (1-219)||(27087435-27087653)
chr1 (1-219)||(26225307-26225525)
chr1 (1-219)||(4855722-4855938)
chr1 (1-219)||(37344495-37344713)
chr1 (1-219)||(25278122-25278339)
chr1 (1-219)||(6818430-6818649)
chr1 (5-219)||(31238247-31238462)
chr1 (1-219)||(2869732-2869960)
chr1 (1-217)||(50555848-50556068)
chr1 (1-208)||(3013225-3013441)
chr1 (1-131)||(15104594-15104724)
chr1 (41-219)||(51895928-51896116)
chr1 (1-136)||(33602480-33602615)
chr1 (1-219)||(46583299-46583527)
chr1 (39-136)||(1442671-1442767)
chr1 (136-219)||(33600914-33600997)
chr1 (47-136)||(9121545-9121634)
chr1 (3-79)||(45380877-45380953)
chr1 (10-82)||(52643510-52643582)
chr1 (12-82)||(43868778-43868848)
chr1 (39-136)||(47012959-47013056)
chr1 (3-64)||(51122060-51122121)
chr1 (3-79)||(42134637-42134713)
chr1 (115-219)||(52643389-52643493)
chr1 (4-79)||(18183837-18183912)
chr1 (3-84)||(33685137-33685218)
chr1 (3-66)||(6575345-6575408)
chr1 (10-71)||(5783505-5783566)
chr1 (3-79)||(44157588-44157663)
chr1 (1-66)||(36895416-36895481)
chr1 (1-66)||(46638713-46638778)
[»] scaffold0564 (1 HSPs)
scaffold0564 (1-219)||(8413-8631)
[»] chr2 (35 HSPs)
chr2 (1-219)||(16763228-16763446)
chr2 (1-219)||(39455322-39455540)
chr2 (1-219)||(19908018-19908237)
chr2 (1-219)||(44709520-44709736)
chr2 (1-219)||(6797660-6797888)
chr2 (1-219)||(40560376-40560604)
chr2 (1-219)||(17696359-17696587)
chr2 (8-219)||(39664521-39664732)
chr2 (1-219)||(42518967-42519196)
chr2 (1-219)||(2767087-2767315)
chr2 (1-216)||(14388859-14389075)
chr2 (39-136)||(24207948-24208045)
chr2 (39-136)||(37020658-37020755)
chr2 (2-82)||(10716793-10716873)
chr2 (1-208)||(37645640-37645847)
chr2 (39-136)||(6785878-6785975)
chr2 (5-71)||(11315258-11315324)
chr2 (10-71)||(17946256-17946317)
chr2 (3-60)||(37417428-37417485)
chr2 (1-82)||(40097701-40097782)
chr2 (10-67)||(7744205-7744262)
chr2 (7-71)||(11022935-11022999)
chr2 (7-71)||(28246801-28246865)
chr2 (12-71)||(862213-862272)
chr2 (12-81)||(62710-62780)
chr2 (1-66)||(39303-39368)
chr2 (3-79)||(15432483-15432559)
chr2 (3-83)||(42001764-42001844)
chr2 (3-57)||(361600-361654)
chr2 (12-82)||(13999962-14000032)
chr2 (3-49)||(42879510-42879556)
chr2 (1-66)||(92253-92318)
chr2 (18-71)||(38148645-38148698)
chr2 (12-71)||(4416866-4416926)
chr2 (2-66)||(29909566-29909630)
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (1-219)||(32438837-32439063)
chr6 (1-219)||(32517030-32517248)
chr6 (1-219)||(11355375-11355594)
chr6 (1-219)||(20523519-20523747)
chr6 (1-219)||(7049910-7050128)
chr6 (2-219)||(10568553-10568770)
chr6 (2-207)||(9398814-9399018)
chr6 (1-219)||(6899638-6899855)
chr6 (5-136)||(13613418-13613549)
chr6 (2-219)||(14338228-14338445)
chr6 (39-136)||(3456898-3456995)
chr6 (27-219)||(7372723-7372914)
chr6 (39-136)||(32455768-32455865)
chr6 (5-82)||(24662615-24662692)
chr6 (12-136)||(25171945-25172069)
chr6 (14-73)||(30891290-30891349)
chr6 (7-71)||(17951964-17952028)
chr6 (7-71)||(35175785-35175849)
chr6 (1-66)||(29077481-29077546)
chr6 (1-66)||(4641508-4641573)
[»] chr7 (43 HSPs)
chr7 (1-219)||(23906015-23906232)
chr7 (1-219)||(39858981-39859200)
chr7 (1-219)||(13168276-13168495)
chr7 (1-219)||(35693113-35693341)
chr7 (1-219)||(45359489-45359708)
chr7 (1-219)||(46439273-46439501)
chr7 (1-219)||(38473886-38474114)
chr7 (2-216)||(30940175-30940395)
chr7 (1-207)||(47385977-47386180)
chr7 (1-219)||(27665808-27666036)
chr7 (24-219)||(37115283-37115488)
chr7 (1-218)||(24228153-24228380)
chr7 (2-132)||(6602489-6602618)
chr7 (12-219)||(29996257-29996474)
chr7 (5-211)||(48852096-48852314)
chr7 (1-174)||(34776712-34776886)
chr7 (1-136)||(56483-56617)
chr7 (39-136)||(20478192-20478289)
chr7 (144-219)||(6603832-6603907)
chr7 (1-208)||(37795943-37796152)
chr7 (3-71)||(1546442-1546510)
chr7 (3-79)||(47341575-47341651)
chr7 (3-82)||(13034828-13034907)
chr7 (5-71)||(48704337-48704403)
chr7 (10-71)||(34691136-34691197)
chr7 (12-82)||(6056930-6057000)
chr7 (3-69)||(23953960-23954026)
chr7 (12-82)||(46867825-46867895)
chr7 (1-66)||(46996608-46996673)
chr7 (3-70)||(27955525-27955592)
chr7 (12-71)||(31913633-31913692)
chr7 (3-69)||(2167634-2167700)
chr7 (3-69)||(38613618-38613684)
chr7 (5-70)||(2492483-2492548)
chr7 (10-71)||(45463811-45463872)
chr7 (7-71)||(4322494-4322558)
chr7 (3-59)||(46812495-46812551)
chr7 (7-71)||(48303571-48303635)
chr7 (12-71)||(23962468-23962527)
chr7 (3-58)||(33038711-33038766)
chr7 (3-66)||(40784501-40784564)
chr7 (1-66)||(8423187-8423252)
chr7 (1-66)||(35344196-35344261)
[»] scaffold1454 (1 HSPs)
scaffold1454 (1-219)||(1415-1635)
[»] scaffold0058 (2 HSPs)
scaffold0058 (1-219)||(3447-3675)
scaffold0058 (1-219)||(4619-4847)
[»] scaffold0024 (1 HSPs)
scaffold0024 (1-98)||(37357-37454)
[»] scaffold0129 (1 HSPs)
scaffold0129 (12-71)||(4623-4682)
[»] scaffold0146 (1 HSPs)
scaffold0146 (12-66)||(15899-15953)
[»] scaffold0477 (1 HSPs)
scaffold0477 (1-66)||(6540-6605)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 38)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 51012078 - 51012296
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51012078 cttgcatgatgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 51012177  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  51012178 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 51012277  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  51012278 atttaagggctgatatgat 51012296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 49523277 - 49523495
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  49523277 cttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaagacaaccgcgtgtacaaagactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 49523376  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | |||||| || | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  49523377 tgtaatttctcttgtgtttccaattatacccctaaaaaatatggatcgatttgagacttactggcaaaatttgaggactaatttgatggattttgttata 49523476  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  49523477 atttaagggttgatatgat 49523495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 43 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 52868097 - 52867922
Alignment:
Q  43 cacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatat 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52868097 cacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatttgagatttaacttttcagtgtaattttctcg-tgtttccaattatacccctctaaaatat 52867999  T
Q  143 ggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52867998 ggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgttataatttaagggctgatatgat 52867922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 41761717 - 41761489
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||     
T  41761717 cttgcatgctgtgttctcatgtacacgtgtcaacaaggcagtcacgtgtacaaggactaaatcgatggaaatggtaaaaattcaagatttaacttttcaa 41761618  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatg----------gatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||          |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||  |     
T  41761617 tgtaatttttcctgtgtttccaattatacccctctattacatgtgttgtcctagatcgatttgagtcttactgtcataatttgaggactaatttgaagga 41761518  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41761517 ttttgttataatttaagggctgatatgat 41761489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 5 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 11255907 - 11255776
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtata 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  11255907 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaattgtaaaaattcgagatttaacttttcagtgta 11255808  T
Q  105 atttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  11255807 atttttcctgtgttttcaattatacccctcta 11255776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 48646718 - 48646500
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||    
T  48646718 cttgcatgttgtgttgtcatttacacgtgtcaacaaggcaaccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattgtagttttaacttttcag 48646619  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | | |||||| |  ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||| || || ||||| |||| ||||||||| | | ||||||||    
T  48646618 tgtcattttttccgtgtttccaattatacccctctatgataaggatcgatttgatacttattgtcacaatttaaggactaatttgatggatattgttata 48646519  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  48646518 atttaagggctaatatgat 48646500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 43519577 - 43519799
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||| ||||||| || |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||| |    
T  43519577 cttgcatgctttgttgtcatgcacacgtgtcagcaagtcagccatgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtcaaaattcgatatttaacatttctg 43519676  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaat----atggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgt 196  Q
    | |  |||||||| ||||| ||||||||||||||||   |     |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  43519677 tctcttttttcctgtgttttcaattatacccctctattgttgtcctggatcaatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatggattttgt 43519776  T
Q  197 tataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  43519777 tataatttaagggcttatatgat 43519799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 41781692 - 41781899
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||     
T  41781692 cttgcatgatgtgttgtcatgtacgtgtgtcaacaaagcagccatgtgtacaagaactaaattgatggaaatggtaaaacttcgagatttaacttttcaa 41781791  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | | |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||| | ||||||| | |  | |||||    
T  41781792 tgtcattttttctatgtttccaattatacccctctatgataaggatcgatttgatacttattgtgataatttaaggactgatttgatggatagttttata 41781891  T
Q  201 atttaagg 208  Q
    ||||||||    
T  41781892 atttaagg 41781899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 2693224 - 2693016
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggta-aaaattcgagacttaacttttca 99  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||  |||||||||||    
T  2693224 cttgcatgctgtgttgtcctgtacacgtgtcaagaaggcagccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaaattgcagttttaacttttca 2693125  T
Q  100 gtataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttat 199  Q
    || | ||||||  | ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||| | ||||||| | |  | ||||    
T  2693124 gtgtcattttttatgtgtttccaattatacccctctatgataaggatcgatttgatacttattgtgataatttaaggactgatttgatggataatattat 2693025  T
Q  200 aatttaagg 208  Q
    |||||||||    
T  2693024 aatttaagg 2693016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 42980788 - 42980981
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||     
T  42980788 cttgcatgttgtgttgtcctgtacacgtgtcaacaagacagtcacgtgtacaaagactaaattgatggaaattgtaaaaattcgagatttaacttttcat 42980887  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaata--------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgat 187  Q
    | |||||||| || |||||||||||||| |||| | |  ||        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  42980888 tgtaattttttctgtgtttccaattata-ccctattacctatgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgat 42980981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 35404412 - 35404284
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtata 104  Q
    |||| ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||    
T  35404412 catgttgtgttgtcatgtacatgtgtcaacaagacagccacgtgtacaatgactaaattgatggaaatggtaaaaattcgatatttaactttttagtgta 35404313  T
Q  105 atttttcctatgtttccaattatacccct 133  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35404312 atttttcctgtgtttccaattatacccct 35404284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 11601823 - 11602040
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||    
T  11601823 cttgcgtgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaagaaggcaatcacgtgtataaggactaatttgatggaaatggtaaaaattgcagttttaacttttcag 11601922  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | | |||||| || ||||||||||||||||||| | | ||| ||||| |||||| ||||| ||  ||||||| |||| | ||||||| | |  ||| |||    
T  11601923 tgtcattttttctgtgtttccaattatacccctat-atataaggatcaatttgatacttattgtgataatttaaggactgatttgatggatagtgtcata 11602021  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||| ||||| ||||    
T  11602022 atttaaggtctgatttgat 11602040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 110
Target Start/End: Original strand, 48813940 - 48814049
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||    
T  48813940 cttgcatgttgtgttgtcatgtacatgtgttaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattgtagtgttaacttttcag 48814039  T
Q  101 tataattttt 110  Q
    | | ||||||    
T  48814040 tgtcattttt 48814049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 137 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 35403505 - 35403423
Alignment:
Q  137 aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  35403505 aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggactaatttgatggatttctttataatttaagggctgatatgat 35403423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 15 - 82
Target Start/End: Original strand, 27382284 - 27382351
Alignment:
Q  15 tgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  27382284 tgtcttgtacacgtgtcaacaagaaagccacgtgtacaaggactaatttgatggaaacgctaaaaatt 27382351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 12 - 82
Target Start/End: Original strand, 50131326 - 50131396
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  50131326 tgttgtcttgtacacgtgtctacaaggaagtcacgtgtacaaggactaatttgatgaaaacggtaaaaatt 50131396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 5 - 82
Target Start/End: Original strand, 25993653 - 25993730
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| || |||||||||||| | ||||||    
T  25993653 catgatgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaatgaagccacgtgtacatggaccaatttgatggaaatgatgaaaatt 25993730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Original strand, 35996218 - 35996294
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  35996218 tgcatgttgtgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaa 35996294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 69
Target Start/End: Original strand, 4519531 - 4519597
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatgga 69  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  || ||||||| |||||||||| ||||||||    
T  4519531 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtggcaaaaagaaagtcacgtgttcaaggactaatttgatgga 4519597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 26296854 - 26296785
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaat 81  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| || |||||| ||| | |||||||    
T  26296854 tgttgtcttgtacacgtgtctacaaggaagccacgtatacaaggaccaatttgatgaaaacgctaaaaat 26296785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Original strand, 5484678 - 5484742
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5484678 tgctgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 5484742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Original strand, 32652237 - 32652301
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||| ||||||||  || |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32652237 tgctgtgttggcttatacacgtgggaaaaaggaagccacgtgtacatggactaaattgatggaaa 32652301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 42880747 - 42880683
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42880747 tgctgtgttgacttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 42880683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 43779853 - 43779789
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43779853 tgctgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 43779789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 2350476 - 2350397
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgt---cttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    |||||||||||||||   |||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  2350476 tgcatgctgtgttgtactcttgtacacgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaa 2350397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Original strand, 2827557 - 2827622
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| || ||||||| |||||    
T  2827557 cttgcatgatgtgttgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcagggactaatttgat 2827622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 71
Target Start/End: Original strand, 39083780 - 39083841
Alignment:
Q  10 tgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    ||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39083780 tgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 39083841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 71
Target Start/End: Original strand, 39189523 - 39189584
Alignment:
Q  10 tgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    ||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39189523 tgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 39189584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 166 - 219
Target Start/End: Original strand, 54386457 - 54386510
Alignment:
Q  166 ataatttgaggattaatttgattggttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||| |||| ||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  54386457 ataatttaaggactaatttgatggatattgttataatttaagggctgatatgat 54386510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Original strand, 39921632 - 39921696
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| |||||||| |||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39921632 tgctgtgttggcttgtacatgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 39921696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 51041900 - 51041824
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  51041900 tgcatgttgtgttgtcttatacacgtggcaagaaggaagccacatgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaa 51041824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 66
Target Start/End: Original strand, 27624961 - 27625024
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  27624961 tgcatgctttgttgtcttgtacgtgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgat 27625024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 44558462 - 44558407
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggact 58  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  44558462 tgcatgctctgttgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggact 44558407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 99
Target Start/End: Original strand, 7149694 - 7149791
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagcc-acgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttca 99  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||| | || || || |||||||||||||| || || ||||||| | ||||||||  ||  |||||||||||    
T  7149694 tgcatgttgtgttgtcctgtacacgtgtcatctagtcaacctacgtgtacaaggaccaatttaatggaaacgttaaaaattgcagttttaacttttca 7149791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 10 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 41356155 - 41356094
Alignment:
Q  10 tgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||| |||||   |||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  41356155 tgtgttgttttgtaattgtgtcaacaaggaagccacgtgaacaaggaccaatttgatggaaa 41356094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 44794731 - 44794666
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| || |||| || |||||    
T  44794731 cttgcatgctgtgatgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcagggacgaatttgat 44794666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 11255723 - 11255695
Alignment:
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11255723 ttttgttataatttaagggctgatatgat 11255695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 44994273 - 44994209
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||  || || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  44994273 tgctgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagtcatgtgtacagggactaaattgatggaaa 44994209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 32)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 17574470 - 17574688
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17574470 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 17574569  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  17574570 tataatttttcctgtgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 17574669  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  17574670 atttaagagctgatatgat 17574688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Original strand, 7267998 - 7268213
Alignment:
Q  4 gcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtat 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  7267998 gcatgatgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaattgtaaaaattcgaaacttaacttttcaatat 7268097  T
Q  104 aatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataatt 203  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  7268098 aatttttcctgtgtttccaattatacccctctaaaatattgatcgatttaagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgttataatt 7268197  T
Q  204 taagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||    
T  7268198 taagggctgatatgat 7268213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 36 - 207
Target Start/End: Original strand, 21841179 - 21841350
Alignment:
Q  36 aggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctct 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  21841179 aggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcaatataatttttcctgtgtttccaattatacccctat 21841278  T
Q  136 aaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataatttaag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  21841279 aaaatatggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgttataatttaag 21841350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 30468251 - 30468032
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  30468251 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcaaccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaatttgagatttaacttttcag 30468152  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta--aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgtta 198  Q
    | ||||||||| | || ||||||||||||||| |||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  30468151 tgtaatttttcatgtg-ttccaattataccccgctattacataaggatcgatttgagacttactgacataatttgaggactaatttgatggattttgtta 30468053  T
Q  199 taatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||| | ||||||||    
T  30468052 taatttaaggacggatatgat 30468032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 34327788 - 34328016
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  34327788 cttgcatgttgcgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcgg 34327887  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaata----------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |          |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |     
T  34327888 tgtaatttttcctgtgtttccaattatacccctctattacatgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgaagga 34327987  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34327988 ttttgttataatttaagggctgatatgat 34328016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 8539828 - 8540056
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8539828 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtgcaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 8539927  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||  |            |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | |     
T  8539928 tgtaatttttcatgtgtttccaattatacccctctattacctgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgttgga 8540027  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  8540028 ttttgttataatttaatgactgatatgat 8540056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 2179940 - 2180160
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggt-aaaaattcgagacttaacttttca 99  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| |||| || ||||||||    
T  2179940 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacatgtacaaggactaatttgatgaaaatggtaaaaaatttgagatttgacttttca 2180039  T
Q  100 gtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta--aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgtt 197  Q
     | |||||||| || || ||||||||||||||| |||  | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  2180040 atgtaattttttctgtg-ttccaattataccccgctattacataaggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgtt 2180138  T
Q  198 ataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||| |||||||||    
T  2180139 ataatttaagggttgatatgat 2180160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 2854298 - 2854072
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||    
T  2854298 cttgcatgct-tgttgtcttgtacacgtgtcagcaagtcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtcaaaattcgatatttaacatttcag 2854200  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||  |            |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |     
T  2854199 tat-ttttttcctgtgtttccaattatacccctctattacctgtgttgtcttggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatgga 2854101  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2854100 ttttgttataatttaagggctcatatgat 2854072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 24541182 - 24540954
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||    
T  24541182 cttgcatgctttgttgtcctgtacacgtgtcagcaagtcagccacatgtacaaggactaaattgatggaaatggtcaaaattcgatatttaacatttcag 24541083  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | |  |||||||||||||||||||||||||||||||  |            |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |     
T  24541082 tcttttttttcctatgtttccaattatacccctctattacttgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatgga 24540983  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  24540982 ttttgttataatttaaaggctcatatgat 24540954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 184
Target Start/End: Original strand, 12737305 - 12737475
Alignment:
Q  15 tgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttccta 114  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||| |     
T  12737305 tgtcatgtacacgtgtcaacaagacagccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttgacttttcaatgtaatttttcatg 12737404  T
Q  115 tgtttccaattatacccctcta--aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaattt 184  Q
    || |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  12737405 tg-ttccaattatacccctctattacataaggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaattt 12737475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 15 - 184
Target Start/End: Original strand, 12800128 - 12800298
Alignment:
Q  15 tgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttccta 114  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||| |     
T  12800128 tgtcatgtacacgtgtcaacaagacagccacgtgtacaaggactaatttgatggcaatggtaaaaattcgagatttgacttttcaatgtaatttttcatg 12800227  T
Q  115 tgtttccaattatacccctcta--aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaattt 184  Q
    || |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  12800228 tg-ttccaattatacccctctattacataaggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaattt 12800298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 18624979 - 18624762
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18624979 cttgcatgttgtgttgtcttatacacgtgtcaacaaggcaaccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 18624880  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | | ||||||  | |||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||| || ||||| ||  ||||| | |||| | |||| || | |  |||||||    
T  18624879 tgtcattttttatgtgtttccaattata-ccctctatgataaggatcgattcgatacttattgtgataatgtaaggactgatttaatggataatgttata 18624781  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||| ||||| ||||    
T  18624780 atttaaggtctgatttgat 18624762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 35 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 32135786 - 32135686
Alignment:
Q  35 aaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctc 134  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32135786 aaggcatccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatagtaaaaattcgagatttaacttttcagtgtaatttttcctgtgtttccaattatacccctc 32135687  T
Q  135 t 135  Q
    |    
T  32135686 t 32135686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 5 - 98
Target Start/End: Original strand, 28819444 - 28819536
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttc 98  Q
    |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28819444 catgatgtgatgtcatgtacacgtgtcaacaaggcaaccacgtgcacaaggactaaattgatgaaaatggtaaaaattcgaga-ttaacttttc 28819536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 42473581 - 42473484
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | | ||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42473581 cagccacgtgtacaaggactaaactgatggaaatggtcaaaattcaaaaattaacatttcagtttcatttttcctgtgtttccaattatacccctcta 42473484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 88 - 219
Target Start/End: Original strand, 28820614 - 28820755
Alignment:
Q  88 cttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatg----------gatcgatttgagacttactgacataatttgagga 177  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||  | |||          | |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28820614 cttaacttttcagtataatttatcctgtgtttccaattatatccctatattacatgtgttgtcctggttcgatttgagacttactgtcataatttgagga 28820713  T
Q  178 ttaatttgattggttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
     ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28820714 ctaatttgatggattttgttataatttaagggctgatatgat 28820755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 29621755 - 29621658
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29621755 cagccacgtgtacaaggactaaactgatggaaattgtcaaaattcgatatttaacatttcagtctcttttttcctgtgtttccaattatacccctcta 29621658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 36057584 - 36057526
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggacta 59  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36057584 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacatgtacaaggacta 36057526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Original strand, 40780700 - 40780797
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||| || |||||| || | ||||| ||||||| |  |||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  40780700 cagccacgtgtacagggactaaactgatggaaattgtcaaaatttgatatttaacatttcagtctcttttttcctgtgttttcaattatacccttcta 40780797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 18728573 - 18728508
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||  | ||||||| |||||    
T  18728573 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagccacgtgttaagggactaatttgat 18728508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Original strand, 32087667 - 32087732
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| || ||||||| |||||    
T  32087667 cttgcatgctgtgttgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcagggactaatttgat 32087732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 60
Target Start/End: Original strand, 38597100 - 38597157
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaa 60  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||| ||||||||||    
T  38597100 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagccgcgtgttcaaggactaa 38597157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 38178062 - 38177999
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| || ||||||| |||||||||| |||||    
T  38178062 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtagcaaaaaggaagtcacgtgttcaaggactaacttgat 38177999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 38205286 - 38205223
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| || ||||||| |||||||||| |||||    
T  38205286 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtagcaaaaaggaagtcacgtgttcaaggactaacttgat 38205223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 57
Target Start/End: Original strand, 24496898 - 24496952
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggac 57  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||||||    
T  24496898 tgcatgctatgttgtctcgtacacgtgtcaacaaggaagtcatgtgtacaaggac 24496952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 33 - 71
Target Start/End: Original strand, 27349331 - 27349369
Alignment:
Q  33 acaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27349331 acaaggaagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 27349369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Original strand, 33256553 - 33256618
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||| || ||||||| |||||    
T  33256553 cttgcatgctgtgttgtcttgtacgagtggcaagaaggaagccacgtgttcagggactaatttgat 33256618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 42620749 - 42620685
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  42620749 tgctgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtatagggactaaattgatggaaa 42620685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 4 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 43318028 - 43317965
Alignment:
Q  4 gcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatg 67  Q
    ||||| |||| ||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  43318028 gcatgttgtgctgtcttgtacatgtggcaaaaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgatg 43317965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 35292349 - 35292287
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatg 67  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  35292349 catgttgtgctgtcttgtacacgtggcaaaaaggaagctacgtgttcaaggactaatttgatg 35292287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 25 - 110
Target Start/End: Original strand, 19997295 - 19997380
Alignment:
Q  25 acgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataattttt 110  Q
    |||||||| | || ||||||||||||||| || ||| |||||||||| | ||||||||  ||  ||||||||||| | ||||||||    
T  19997295 acgtgtcatccagtcagccacgtgtacaatgaataatttgatggaaacgttaaaaatttcagttttaacttttcactttaattttt 19997380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 32838467 - 32838407
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattga 65  Q
    |||||||||||||||||||||| |  ||| |||| |||||||||| |||||| ||| ||||    
T  32838467 catgctgtgttgtcttgtacacatagcaagaaggaagccacgtgttcaaggaataatttga 32838407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 35)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 8609779 - 8609561
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8609779 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcgacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcat 8609680  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  8609679 tataatttttcctttgtttccaattatacccctttaaaatatggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 8609580  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  8609579 atttaagggctgatatgat 8609561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 13108328 - 13108110
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13108328 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 13108229  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  13108228 tataatttttcctgtgttttcaattatacccctctaaaatatggatcaatttgcgacttactagcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 13108129  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  13108128 atttaagggctgatatgat 13108110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 38547380 - 38547596
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  38547380 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatgataaaaattcgatacttaacttttcag 38547479  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  38547480 tataatttttcc--ggtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactagcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 38547577  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  38547578 atttaagggctgatatgat 38547596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 5036602 - 5036820
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5036602 cttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 5036701  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||   ||||| ||||    
T  5036702 tgtaatttttcctgtgtttccaattatactcctctaaaccatggatcgatttgagacttactgacattatttgaggactaatttgatgtattttgctata 5036801  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5036802 atttaagggctgatatgat 5036820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 42941927 - 42942155
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42941927 cttgcatgttgtgttgtcaggtacacgtgtcaacaaggcagccacatgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 42942026  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta--aaata--------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |     
T  42942027 tgtaatttttcctatgtttccaattatacccctctattacctatgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatgga 42942126  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42942127 ttttgttataatttaaaggctgatatgat 42942155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 40339670 - 40339443
Alignment:
Q  2 ttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagt 101  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40339670 ttgcatgttgtgttgtcatgtacacctgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaatggatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcagt 40339571  T
Q  102 ataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaata----------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggt 191  Q
     ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| | |          |||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| | |    
T  40339570 gtaattttccctgtgttttcaattatacccctctaatacatgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgatgactaatttgatggat 40339471  T
Q  192 tttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40339470 tttgttataatttaagggctgatatgat 40339443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 41042575 - 41042347
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  41042575 cttgcatgctgtgttgtcctgcacatgtgtcaacaaggcagccacgggtacaaggactaaattgatggaaattgtaaaaattcaagatttaacttttcag 41042476  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta----aaat------atggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||      ||       ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |     
T  41042475 tgtaatttttcctgtgtttccaattatacccctctatttcccatgttgtcctggatcgatttgagacttactgttataatttgaggactaatttgataga 41042376  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41042375 ttttgttataatttaagggctgatatgat 41042347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 9673156 - 9672932
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9673156 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 9673057  T
Q  101 tataatttt------tcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggtttt 194  Q
    | | |||||      | || ||||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||| | ||||| || |||||||| |||| ||||||||| | | ||    
T  9673056 tgtcatttttttttcttctgtgtttccaattatacccctctattataaggatcaatttaacacttattgtcataatttaaggactaatttgatggatatt 9672957  T
Q  195 gttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  9672956 gttataatttaagggctgatatgat 9672932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 13486090 - 13485872
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  13486090 cttgcatgttgtgttgccctgtacacgtgtcaacaaggcagtcacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcaa 13485991  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatg----------gatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||||  ||||||||||||||||||||||  | |||          |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |     
T  13485990 tgtaatttttcc--tgtttccaattatacccctctattacatgtgttgtccttgatcgatttgagacttactgtcataatttgagaactaatttgatgga 13485893  T
Q  191 ttttgttataatttaagggct 211  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  13485892 ttttgttataatttaagggct 13485872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 27691307 - 27691535
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||    
T  27691307 cttgcatgctttgttgtcctgtacacgtgtcagcaagtcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtcaaaattcgatatttaacatttcag 27691406  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||  |            |||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| |     
T  27691407 tatcttttttcctgtgtttccaattatacccctctattacttgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaagactaatttgatgga 27691506  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27691507 ttttgttataatttaagggcttatatgat 27691535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 7745103 - 7744886
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||    
T  7745103 cttgcatgatgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagtcatatgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattacagtgttaacttttcag 7745004  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | | ||||||  | |||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||| ||  ||||||  |||||||||||||| | | ||||||||    
T  7745003 tgtcattttt-ttgtgttaccaattatacccctctatgataaggatcgatttgatacttattgttataattgaaggattaatttgatggatattgttata 7744905  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  7744904 atttaagggctgatatgat 7744886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 33708795 - 33708573
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||| ||||||| || ||||| |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||||    
T  33708795 cttgcatgctttgttgtcatgcacacgcgtcagcaagtcaaccacgtgtacaaggactaaattgatggaaattgtcaaaattcgatatttaacatttcag 33708696  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaat----atggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgt 196  Q
    | |  |||||||| ||||||||||||||||||||||   |     |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  33708695 tctcttttttcctgtgtttccaattatacccctctattgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatggattttgt 33708596  T
Q  197 tataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  33708595 tataatttaagggctcatatgat 33708573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 41825635 - 41825413
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |   ||||||||||||    
T  41825635 cttgcatgctgtgttgtcctgtacacatgtcaacaaggcagtcacgtgtacaaggactaatttgatagaaatggtaaaaattgcaattttaacttttcag 41825536  T
Q  101 tat-aatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagac---ttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgt 196  Q
    | | | |||||  | |||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||   ||| || |||||||| |||| ||||||||| | | ||||    
T  41825535 tgtcatttttttatgtgtttctaattatacccctctatgataaggatcgatttgatacttattattgtcataatttaaggactaatttgatggatattgt 41825436  T
Q  197 tataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  41825435 tataatttaagggctgatatgat 41825413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 26242305 - 26242207
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttca 99  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||    
T  26242305 cttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcaaccatgtgtacaataactaatttgatggaaatggtaaaaattatagtgttaacttttca 26242207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 27406891 - 27406794
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  | | ||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27406891 cagccacgtgtacaaggactaaactgatggaaatggtcaaaatttaaaaattaacatttcagtctcatttttcctgtgtttccaattatacccctcta 27406794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 153 - 219
Target Start/End: Original strand, 13282700 - 13282766
Alignment:
Q  153 gagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13282700 gagacttactgacataatttgaggactaatttgacggattttgttataatttaagggctgatatgat 13282766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Original strand, 15305947 - 15306044
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||| ||| ||| | ||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  15305947 cagccacgtatacaaggactaaactgatggaaatggtcaaaattcaaaacttaacattttagtctcatttttcttgtgtttccaattataccactcta 15306044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Original strand, 15486316 - 15486413
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||| ||| ||| | ||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  15486316 cagccacgtatacaaggactaaactgatggaaatggtcaaaattcaaaacttaacattttagtctcatttttcttgtgtttccaattataccactcta 15486413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Original strand, 22272489 - 22272547
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggacta 59  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22272489 cttgcatgttgtgttgtcatgtacatgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggacta 22272547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 3 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 42897743 - 42897680
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  42897743 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgat 42897680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 73
Target Start/End: Original strand, 9184538 - 9184608
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatg 73  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  9184538 tgcatgatgtgttgtcttgtacatgtgtcaacaaggaatccacgtgtacaaagaccaatttgatggaaatg 9184608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 91
Target Start/End: Original strand, 13282665 - 13282707
Alignment:
Q  49 tacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagactta 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13282665 tacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagactta 13282707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 66
Target Start/End: Original strand, 1320772 - 1320835
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  1320772 tgcatgctatgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgat 1320835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 38882766 - 38882660
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagta 102  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||||| ||||||| || || |||||| ||| |||||||  ||  || ||||||||||     
T  38882766 tgcatgctgtgttgtcttgtactcgtggcaacaaggaagtcacgtgttcaaggaccaatttaatggaagtgg-aaaaattacagttttcacttttcagtt 38882668  T
Q  103 taattttt 110  Q
    ||||||||    
T  38882667 taattttt 38882660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 11722780 - 11722730
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtac 51  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11722780 cttgcatgttgtgttgtgttgtacacgtgtcaacaaggaagccacgtgtac 11722730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 82
Target Start/End: Original strand, 6164656 - 6164737
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    ||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||| || |||||||||| | ||||||||    
T  6164656 cttgcatgtcgtgttatcttgtacacgtgtcaataagaaaaccacgtgtacaaggaccaatttgatggaaacgctaaaaatt 6164737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 28433699 - 28433638
Alignment:
Q  10 tgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    ||||||| ||||||||||||  || |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28433699 tgtgttggcttgtacacgtgggaaaaaggaagccacgtgtacatggactaaattgatggaaa 28433638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 15145722 - 15145663
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| || ||||| ||||    
T  15145722 tgttgtcttgtacacgtgtcgacaaggaagccacatgtacaaggaccaatttgattgaaa 15145663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Original strand, 8654654 - 8654730
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  8654654 tgcatgcaatgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagccacatgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaa 8654730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 37525985 - 37525929
Alignment:
Q  10 tgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  37525985 tgtgttgtcttatacacgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgat 37525929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 40020621 - 40020557
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40020621 tgctgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaaaccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 40020557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #32
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 66
Target Start/End: Original strand, 32822515 - 32822578
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| || ||||||| |||||    
T  32822515 tgcatgctttgttgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcagggactaatttgat 32822578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 71
Target Start/End: Original strand, 11788474 - 11788544
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||||||||   || |||||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  11788474 cttgtatgttgtgttgttttgtacacgtgtcatatagtcagccatgtgtacaaggaccaatttgatggaaa 11788544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 142 - 174
Target Start/End: Original strand, 22272577 - 22272609
Alignment:
Q  142 tggatcgatttgagacttactgacataatttga 174  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22272577 tggatcgatttgagacttactgtcataatttga 22272609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #35
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 179 - 219
Target Start/End: Original strand, 22272602 - 22272642
Alignment:
Q  179 taatttgattggttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22272602 taatttgatggattttgttataatttaagggctaatatgat 22272642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 43)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 53190751 - 53190533
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  53190751 cttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatttgagacttaacttttcag 53190652  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  53190651 tataatttttcctgtgtttccagttatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 53190552  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  53190551 atttaagggctgatatgat 53190533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 35905704 - 35905486
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35905704 cttgcatgatgggttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaattgtaaaaattcgagacttaacttttcag 35905605  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  35905604 tataatttttcctgtgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 35905505  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  35905504 atttaagggctaatatgat 35905486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 7884865 - 7884647
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7884865 cttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacatgtataaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 7884766  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  7884765 tataatttttcctgtgtttccaattatacccctctaaaatatagatcgatttgagacttactagcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 7884666  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  7884665 atttaagggctgatatgat 7884647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 54898589 - 54898803
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54898589 cttgcatgttgcgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 54898688  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  54898689 tataatttttcatgtgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 54898788  T
Q  201 atttaagggctgata 215  Q
    ||||||||| |||||    
T  54898789 atttaagggttgata 54898803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 41977902 - 41978118
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41977902 cttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagtcacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 41978001  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||   ||||||||||    
T  41978002 tataatttttcc--tgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactagcataatttgaggactaatttgatgaattttgttata 41978099  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  41978100 atttaagggctgatatgat 41978118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 2226144 - 2225926
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||    
T  2226144 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggtagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatagtacaaattcgagacttaacttttaag 2226045  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  2226044 tataaattttcctgtgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttattggcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 2225945  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2225944 atttaagggctgatatgat 2225926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27899072 - 27898853
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||     
T  27899072 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccatgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttgacttttcaa 27898973  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta--aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgtta 198  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||||| |||  | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| | ||||||||    
T  27898972 tgtaatttttcctgtg-ttccaattataccccgctattacataaggatcgatttgagacttactggcataatttgatgactaatttgatggattttgtta 27898874  T
Q  199 taatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  27898873 taatttaagggttgatatgat 27898853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 219
Target Start/End: Original strand, 17515464 - 17515691
Alignment:
Q  2 ttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagt 101  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  17515464 ttgcatgttgtgttgtcttgtacacttgtcaataaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatttgagatttaacttttcagt 17515563  T
Q  102 ataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaata----------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggt 191  Q
     ||||||||||| |||||||||||||| |||||||  | |          |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |    
T  17515564 gtaatttttcctgtgtttccaattatatccctctattacatgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatggat 17515663  T
Q  192 tttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||    
T  17515664 tttgttataatttaagggctcatatgat 17515691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 23293161 - 23292936
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23293161 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 23293062  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaata----------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||||| | ||||||||||||||||||||  | |          ||||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||| |     
T  23293061 tgtaatttttcctgtatttccaattatacccctctattacatgtgttgtcctggatcgatttgagatttactgtcataatttgaagactaatttgatgga 23292962  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatat 216  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  23292961 ttttgttataatttaaggactgatat 23292936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 2377182 - 2377401
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||     
T  2377182 cttgcatgatgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtaataggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttgacttttcaa 2377281  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattataccc--ctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgtta 198  Q
    | ||||||||||| || |||||| |||||||  || | | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  2377282 tgtaatttttcctgtg-ttccaactataccctgctattacataaggatcaatttgagacttactgacataatttgaggactaatttgatggattttgtta 2377380  T
Q  199 taatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2377381 taatttaagggctgatatgat 2377401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 219
Target Start/End: Original strand, 43765294 - 43765518
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtata 104  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||    
T  43765294 catgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaatgactaaattgatggaaatggtaaaaaatcgagatttaacttttcaatgta 43765393  T
Q  105 atttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatg----------gatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggtttt 194  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||  |  ||          |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  43765394 attttttctgtgtttccaattatacccctctatcacttgtgttgtcgttgatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatggatttt 43765493  T
Q  195 gttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||| |||||||||    
T  43765494 gttataatttaagggttgatatgat 43765518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 48830797 - 48830579
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||     
T  48830797 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcaaccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattgtagttttaacttttcat 48830698  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||| || |||||||| |||| ||||||||| | | ||||||||    
T  48830697 tatcattttttccgtgtttccaattatacccctctatgataaggatcgatttgatacttattgtcataatttaaggactaatttgatggatattgttata 48830598  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||| | |||||||    
T  48830597 atttaagggttaatatgat 48830579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 51684763 - 51684981
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||    
T  51684763 cttgcgtgttgtgttgtcctgtacacgtgtcaacaaggcagacacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattgcaggtttaacttttcag 51684862  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | | |||||| || ||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||| || |||||||| |||| |||||| || | | ||||||||    
T  51684863 tgtcattttttctgtgttttcaattatacccctctatgataaggatcgatttgatacttattgtcataatttaaggactaattttatggatattgttata 51684962  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  51684963 atttaagggctgatatgat 51684981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 600862 - 601075
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  600862 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaagcagccacgtgtacaaggactaaattaatggaaatggtaaaaatttgagatttaacttttcag 600961  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
      | ||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||| ||||| ||  ||||||| |||| | ||||||| | |  |||||||    
T  600962 agtcattttttatatgtttccaattatacccctctatgataaggatcggtttgatacttattgtgataatttaaggactgatttgatggataatgttata 601061  T
Q  201 atttaagggctgat 214  Q
    |||||||| |||||    
T  601062 atttaaggtctgat 601075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 44794360 - 44794588
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||| ||||||    
T  44794360 cttgcatgctttgttgtcctgtacacgtgtcagcaagtcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtcaaaatttgatatttaacatttcag 44794459  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaata----------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | |  |||||||| ||||||||||||||||||||||  | |          |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||       
T  44794460 tctcttttttcctgtgtttccaattatacccctctattacatgtattgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatgaa 44794559  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44794560 ttttgttataatttaagggctcatatgat 44794588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 46197873 - 46198101
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||     
T  46197873 cttgcatgttgtgttgttatgtgcacgtgtcaacaaggcagctacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagctttaacttttcaa 46197972  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | |||||||| ||||||||||||||  |||||| ||  |            |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |     
T  46197973 tgtaattttttctatgtttccaattgaacccctatattacttgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatgga 46198072  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46198073 ttttgttataatttaaggtctgatatgat 46198101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 5 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 44276183 - 44276052
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtata 104  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  44276183 catgttgtgtcgtcatgtacacgtgtcaacaagacagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcagtgta 44276084  T
Q  105 atttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  44276083 atttttcctgtgttttcaattatacccctcta 44276052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 46112640 - 46112858
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  46112640 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaagtcagtcacgtgtacaaagactaaattgatggaaatggtaaaaattcaagatttaacttttcag 46112739  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||| ||  ||||||  |||| | ||||||| | |  |||||||    
T  46112740 tgtcattttttatgtgtttccaactatacccctctacgataaggatcgatttgatacttattgtgataattaaaggactgatttgatggataatgttata 46112839  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||| ||||| ||||    
T  46112840 atttaaggtctgatttgat 46112858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 30599909 - 30599798
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30599909 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacatgtcaataaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 30599810  T
Q  101 tataatttttcc 112  Q
    | ||||||||||    
T  30599809 tgtaatttttcc 30599798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 2660365 - 2660585
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| || | ||||| ||||||    
T  2660365 cttgcatgctttgttgtcctctacacgtgtcagcaagtcagccacttgtacaaggactaaattgatggaaattgtcaaaatttgatatttaacatttcag 2660464  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaata----------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | |  |||||||| ||||| ||||||||||||||||  | |          |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |     
T  2660465 tctcttttttcctgtgttttcaattatacccctctattacatgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggattaatttgatgga 2660564  T
Q  191 ttttgttataatttaagggct 211  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2660565 ttttgttataatttaagggct 2660585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 21348876 - 21349075
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  21348876 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaataaggcggccacgtgtacaaagactaaattgatgaaaatggtaaaaattcgagatttaatttttcag 21348975  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | ||||||||||| ||||              |||      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  21348976 tgtaatttttcctgtgtt-------------gtct------tggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 21349056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 42279660 - 42279877
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |   ||||||||||||    
T  42279660 cttgcatgttgtgttgtcttatacacgtgtcaacaaggcagacacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattgtattgttaacttttcag 42279759  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | | ||||||  | |||| ||| || ||||||||||  ||| |||||||||||| | ||| |  |||||||| |||| ||||||||| | | ||||||||    
T  42279760 tgtcattttt-gtgtgttcccatttgtacccctctatgataaggatcgatttgataattattatcataatttaaggactaatttgatggatattgttata 42279858  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||  |||||||||||    
T  42279859 atttaattgctgatatgat 42279877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 19987574 - 19987452
Alignment:
Q  15 tgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtat-aatttttcct 113  Q
    |||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| |   ||||| ||    
T  19987574 tgtcctgtacacatgtcaacaagtcagtcacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtcaaaattcgagatttaacgtttcagtctcttttttttct 19987475  T
Q  114 atgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  19987474 atgtttctaattatacccctcta 19987452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 142 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 3151687 - 3151610
Alignment:
Q  142 tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3151687 tggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatggattttgttataatttaagggctcatatgat 3151610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 5 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 3152205 - 3152125
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcga 85  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  3152205 catgctttgttgtcatgtacacgtgtcagcaagtcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatagtcaaaattcga 3152125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 31887423 - 31887314
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||  ||| |||||||||| |||||||| |  | |||||||| ||  || |||||||||    
T  31887423 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtggcaaaaaggaagccatatgttcaaggactaatttgatggatagtggaaaaattccagttttcacttttcag 31887324  T
Q  101 tataattttt 110  Q
    | ||||||||    
T  31887323 tttaattttt 31887314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 82
Target Start/End: Original strand, 5125965 - 5126035
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| || |||||||||| | ||||||||    
T  5125965 tgttgtcttgtacacgtgtctacaaagaagccacgtgtacaaggaccaatttgatggaaacgctaaaaatt 5126035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 12 - 71
Target Start/End: Original strand, 41623816 - 41623875
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  41623816 tgttgtcttgtatacgtgtctacaaggaagccacgtgtacaaggaccaatttgatggaaa 41623875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 33852639 - 33852561
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaat 81  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||||    
T  33852639 tgcatgttgtgttgtcttgtagacgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaaat 33852561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 60
Target Start/End: Original strand, 23774306 - 23774363
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaa 60  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| ||||||||||    
T  23774306 tgcatgatgtgttgtcttgtacacgtggcaataaggaagccacgtgttcaaggactaa 23774363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 26449258 - 26449181
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| || |||||||| || |||||||||||| | ||||||    
T  26449258 catgttgtgttgtcttgtatacgtgttaacaaggaagccacatggacaaggaccaatttgatggaaatgatgaaaatt 26449181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 18430240 - 18430164
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  18430240 tgcatgccgtgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaaaccacgtgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaa 18430164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 33113138 - 33113074
Alignment:
Q  15 tgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  33113138 tgtcttgtacacgtggcaaaaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgatggaagtggaaaaa 33113074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Original strand, 41944712 - 41944776
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  41944712 tgctgtgttggcttgtacacgtgggaaaaaggaagccgcgtgtacagggactaaattgatggaaa 41944776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 45257189 - 45257113
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| || | |||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  45257189 tgcatgttgtgttgtcttgtacacgtggcaagaatgaagccacgtgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaa 45257113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 142 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 44276036 - 44275994
Alignment:
Q  142 tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaattt 184  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  44276036 tggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaattt 44275994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 66
Target Start/End: Original strand, 48634047 - 48634099
Alignment:
Q  14 ttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  48634047 ttgtcttgtacacgtggcaaaaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgat 48634099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 82
Target Start/End: Original strand, 5133160 - 5133230
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    |||||||||||||||||||| |||| | || |||| |||| ||||| || |||||||||| | ||||||||    
T  5133160 tgttgtcttgtacacgtgtctacaaagaagacacgcgtacgaggaccaatttgatggaaacgataaaaatt 5133230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 66
Target Start/End: Original strand, 17238246 - 17238300
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| || |||||    
T  17238246 tgttgccttgtacaggtgtcaacaaggaagtcacgtgtacaaggaccaatttgat 17238300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 53
Target Start/End: Original strand, 54092850 - 54092892
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaagg-cagccacgtgtacaa 53  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  54092850 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggaaagccacgtgtacaa 54092892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 23888743 - 23888678
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||| || ||||||| |||||    
T  23888743 cttgcatactgtgttgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacatgttcagggactaatttgat 23888678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 51454215 - 51454158
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaa 60  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||  ||||||||| ||||||||||    
T  51454215 tgcatgatgtgttgtcttatacacgtggcaagaaggaggccacgtgttcaaggactaa 51454158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 24382862 - 24382786
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    |||||| ||||||||||| || ||| | ||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  24382862 tgcatgttgtgttgtcttatatacggggcaaaaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaa 24382786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 32)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 34778110 - 34777892
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34778110 cttgcatattgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 34778011  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  34778010 tataatttttcctgtgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactagcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 34777911  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  34777910 atttaagggctgatatgat 34777892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 27087435 - 27087653
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27087435 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactgaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcaa 27087534  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||   ||||||||||    
T  27087535 tataatttttcctgtgtttccaattatatccctctaaaatatggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatgaattttgttata 27087634  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  27087635 atttaagggctgatatgat 27087653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 26225525 - 26225307
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  26225525 cttgcatgatgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaagcagccacatgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgaaacttaacttttcaa 26225426  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  26225425 tataatttttcctgtgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggactaatttgatggattttgttata 26225326  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  26225325 atttaagggttgatatgat 26225307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4855938 - 4855722
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4855938 cttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagtcacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatttgagacttaacttttcag 4855839  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  4855838 tataatttttcc--tgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactagcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 4855741  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4855740 atttaagggctgatatgat 4855722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 37344495 - 37344713
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  37344495 cttgcatgatgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtataaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcat 37344594  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
      ||||||||  | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  37344595 agtaatttttgttgtgtttccaattacacccctttaaaatatggatcgatttgagacttattgacataatttgaggactaatttgatggattttgttata 37344694  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  37344695 atttaagggctgatatgat 37344713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 25278339 - 25278122
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  25278339 cttgcatgatgtgctgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtataaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcat 25278240  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
      ||||||||  | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  25278239 agtaatttttt-tgtgtttccaattacacccctttaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggactaatttgatggattttgttata 25278141  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  25278140 atttaagggctgatatgat 25278122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 6818649 - 6818430
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  6818649 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaatttgatagaaatggtaaaaatttgagatttaacttttcag 6818550  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta--aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgtta 198  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||| || |||  | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  6818549 tgtaatttttcctgtg-ttccaattatactccgctattacataatgatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgtta 6818451  T
Q  199 taatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  6818450 taatttaagggctgatatgat 6818430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 5 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 31238462 - 31238247
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtata 104  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  31238462 catgctgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcagtgta 31238363  T
Q  105 atttttcctatgtttccaattatacccctcta--aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataat 202  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| |||  | ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||   ||||| ||||||    
T  31238362 atttttcctgtg-ttccaattataccccgctattacataaggatcgatttgagacttactagcataatttgaggactaatttgataaattttgatataat 31238264  T
Q  203 ttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||| ||||||||||    
T  31238263 ttaaggactgatatgat 31238247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 2869732 - 2869960
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||    
T  2869732 cttgcatgatgtgttgtcctgtacacgtgtcaacaaggcagccacatgtacaaggactaaattgatggaaatagtaaaaatttgagatttgacttttcag 2869831  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |            ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |     
T  2869832 tgtaatttttcctgtgtttccaattatacccctctattacctgtgttgtcctggatcgatttgagacttaatgacataatttgaggactaatttgatgga 2869931  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2869932 ttttgttataatttaagggctcatatgat 2869960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 50556068 - 50555848
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||     
T  50556068 cttgcatgctgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaagggagtcacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttgacttttcaa 50555969  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta-----aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttg 195  Q
    | ||||||||| | || ||||||||||||||  |||     | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||     
T  50555968 tgtaatttttcttgtg-ttccaattataccctgctattattacataaggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggatttta 50555870  T
Q  196 ttataatttaagggctgatatg 217  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  50555869 ttataatttaagggttgatatg 50555848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 3013441 - 3013225
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  3013441 cttgcatgccgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatttgagatttaacttttcag 3013342  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||| | |||||  |          | |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| |     
T  3013341 tgtaatttttcctgtgttttcaattataactctctattatctgtgttgttctggatcgatttgagactt-ctgtcataatttgaggactaatttgatgga 3013243  T
Q  191 ttttgttataatttaagg 208  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3013242 ttttgttataatttaagg 3013225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 131
Target Start/End: Original strand, 15104594 - 15104724
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15104594 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaataaggcagccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 15104693  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattataccc 131  Q
    | | |||||| || |||||||||||||||||    
T  15104694 tgtcattttttctgtgtttccaattataccc 15104724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 41 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 51896116 - 51895928
Alignment:
Q  41 gccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaat 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||  |     
T  51896116 gccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcagtgtaatttttcccgtatttccaattatacccctctattac 51896017  T
Q  141 a----------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |          |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  51896016 atgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatggattttgttataacttaagggctaatatgat 51895928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 33602615 - 33602480
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||    
T  33602615 cttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcagcaagtcagccatgtgtacaaggactaaattgatggaaatagtcaaaattcgagatttaacatttcag 33602516  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    | |  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33602515 tctcttttttcctgtgtttccaattatacccctcta 33602480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 46583527 - 46583299
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||| ||||||    
T  46583527 cttgcatgctttcttgtcatgtacacgtgtcagcaagtcagccacgtgtacaaggactaaattgatgaaaatggtcaaaattcgatatttaacatttcag 46583428  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | |   ||||| | ||||| ||||||||||||||||  |            |||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| |     
T  46583427 tctctcttttcatgtgttttcaattatacccctctattacctgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaagactaatttgatgga 46583328  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  46583327 ttttgttaaaatttaagggctcatatgat 46583299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Original strand, 1442671 - 1442767
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1442671 cagccacgtgtacaaggactaaactgatggaaattgtcaaaattcgatatttaacatttcagtct-ctttttcctatgtttccaattatacccctcta 1442767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 136 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 33600997 - 33600914
Alignment:
Q  136 aaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33600997 aaaatgtggatcgatttgagacttactgttataatttgaggactaatttgatgaattttgtaataatttaagggctgatatgat 33600914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 47 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 9121634 - 9121545
Alignment:
Q  47 tgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9121634 tgtacaaggactaaactgatggaaattgtcaaaattcgatatttaacatttcagtctcttttttcctgtgtttccaattatacccctcta 9121545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 45380953 - 45380877
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  45380953 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaa 45380877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 10 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 52643582 - 52643510
Alignment:
Q  10 tgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||    
T  52643582 tgtgttgtcctgtacacatgtcaacaatgcagtcacgtgtacaatgactaatttgatggaactggtaaaaatt 52643510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 82
Target Start/End: Original strand, 43868778 - 43868848
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| || |||||||||| | ||||||||    
T  43868778 tgttgtcttgtacacgtgtctacaaggaagtcacgtgtacaaggaccaatttgatggaaacgctaaaaatt 43868848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 47013056 - 47012959
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||| || |||||| || | ||||| ||||||| |  |||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  47013056 cagccacgtgtacagggactaaactgatggaaattgtcaaaatttgatatttaacatttcagtctcttttttcctgtgttttcaattatacccttcta 47012959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 64
Target Start/End: Original strand, 51122060 - 51122121
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattg 64  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||    
T  51122060 tgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaaaaaggaagtcacgtgtacaaggactaaattg 51122121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Original strand, 42134637 - 42134713
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  42134637 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagccacatgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaa 42134713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 52643493 - 52643389
Alignment:
Q  115 tgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataatttaagggctgat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||| | ||| || |||||||| |||| |||||| || | | |||||||||||||||| ||| |    
T  52643493 tgtttccaattatacccctctatgataatgatcgatttgatatttattgtcataatttaaggactaatttaatagatattgttataatttaaggactggt 52643394  T
Q  215 atgat 219  Q
    |||||    
T  52643393 atgat 52643389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 4 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 18183912 - 18183837
Alignment:
Q  4 gcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||| || | |||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  18183912 gcatgttgtgttgtcttgtacacgtggcaaaaaagaagccacgtgttcaaggactaatttgatggaagtggaaaaa 18183837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 33685218 - 33685137
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcg 84  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| |||| ||||    
T  33685218 tgcatgttgagttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaagttcg 33685137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 66
Target Start/End: Original strand, 6575345 - 6575408
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  6575345 tgcatgctttgttgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgat 6575408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 71
Target Start/End: Original strand, 5783505 - 5783566
Alignment:
Q  10 tgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    ||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5783505 tgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 5783566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Original strand, 44157588 - 44157663
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| ||| |||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  44157588 tgcatgttgtgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagccacgtgttcaa-gactaatttgattgaattggaaaaa 44157663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 36895481 - 36895416
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| || |||| || |||||    
T  36895481 cttgcatgttgtgttgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcagggacgaatttgat 36895416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #32
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 46638778 - 46638713
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| || |||| || |||||    
T  46638778 cttgcatgttgtgttgtcttgtacgcgtggcaaaaaggaagccacgtgttcagggacgaatttgat 46638713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0564 (Bit Score: 175; Significance: 2e-94; HSPs: 1)
Name: scaffold0564
Description:

Target: scaffold0564; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 8413 - 8631
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8413 cttgcaagatgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaagtactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 8512  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||    
T  8513 tgtaatttttcctgtgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgacggattttgttata 8612  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  8613 atttaagggctgatatgat 8631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 175; Significance: 2e-94; HSPs: 35)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 16763228 - 16763446
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16763228 cttgcatgttgttttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatgaaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 16763327  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  16763328 tataatttttcatgtgtttccaattatacccctctaaaatatgaatcaatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgttata 16763427  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  16763428 atttaagggctgatatgat 16763446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 39455322 - 39455540
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39455322 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcaccctcgtgcacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 39455421  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | ||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||    
T  39455422 tgtaatttttattgtgtttccaattatacccctataaaatatggatcgatttgagacttattgacataatttgaggtctaatttgatggattttgttata 39455521  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  39455522 atttaagggttgatatgat 39455540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 19908237 - 19908018
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||     
T  19908237 cttgcatgctgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaagacagccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttgacttttcaa 19908138  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta--aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgtta 198  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  19908137 tgtaatttttcctgtgttt-caattatacccctctattacataaggatcgatttgagacttactggcatgatttgaggactaatttgatggattttgtta 19908039  T
Q  199 taatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  19908038 taatttaagggctgatatgat 19908018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 44709736 - 44709520
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||    
T  44709736 cttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaagacatccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatttgaaatttaacttttcag 44709637  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||   ||||||||||    
T  44709636 tataatttttcctgtgttttcaactataccccttt--actatagatcgatttgagacttactgacataatttgatgactaatttgatgaattttgttata 44709539  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  44709538 atttaagggctgatatgat 44709520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 6797660 - 6797888
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6797660 cttgcatgatgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatgaaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 6797759  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |           ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |     
T  6797760 tgtaatttttcctgtgtttccaattatacccctttattacctgtgttgtcatggatcgatttgagacttactgtcataatttgagaactaatttgatgga 6797859  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6797860 ttttgttataatttaagggctgatatgat 6797888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 40560376 - 40560604
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  40560376 cttgcatgctgtgttgtcatgtacgcgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcaagatttaacttttcag 40560475  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||  |            |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |     
T  40560476 tgtaatttttcttgtgtttccaattatacccctctattacctgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatgga 40560575  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40560576 ttttgttataatttaagggctgatatgat 40560604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 17696359 - 17696587
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17696359 cttgcatgttgtgttgtcctgtacacgtgtcaacaaggcagccatgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 17696458  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta--aaata--------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||  |  ||        |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |     
T  17696459 tgtaatttttcctgtcttttcaattatacccctctattacctatgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcatattttgaggattaatttgatgga 17696558  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17696559 ttttgttataatttaagggctcatatgat 17696587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 8 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 39664732 - 39664521
Alignment:
Q  8 gctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatt 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||  | |||||    
T  39664732 gctgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttgacttttccatgtaatt 39664633  T
Q  108 tttcctatgtttccaattatacccctcta--aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataattta 205  Q
    |||| | || ||||||||||||||| |||  | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  39664632 tttcatgtg-ttccaattataccccgctattacataaggatcgatttgagacttactg-cataatttgaggactaatttgatggattttgttataattta 39664535  T
Q  206 agggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||    
T  39664534 agggctgatatgat 39664521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 42519196 - 42518967
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaac-ttttca 99  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  42519196 cttgcatgctgtgttgtcctgtacacgtgtcaacaaggcagtcacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcaagatttaactttttca 42519097  T
Q  100 gtataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaata----------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattg 189  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |          |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||     
T  42519096 gtgtaatttttcctgtgtttccaattatacccctctattacatgtgttgtcctggataaatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatta 42518997  T
Q  190 gttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42518996 attttgttataatttaagggatgatatgat 42518967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 2767087 - 2767315
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  2767087 cttgtatgttgtgttgtcctgtacacgtgttaacaaggcagtcacgtgtacatggattaaattgatggaaatagtaaaaattcgagatttaacttttcag 2767186  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatg----------gatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||          |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| |     
T  2767187 tataatttttcctgtgtttccaattatacccctctattacatgtgttgtcctagatcgatttgagacttactatcataatttgaggactaatttgatgga 2767286  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  2767287 ttttgttataatttatgggctgaaatgat 2767315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 14389075 - 14388859
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14389075 cttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaataaggcagccacgtgtacaaggactaacttgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 14388976  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatg----------gatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | |||||         ||||||| ||||||||||||  |  ||          |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || |     
T  14388975 tgtaatt---------tttccaaatatacccctctattacctgtgttgtccttgatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaattttatgga 14388885  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  14388884 ttttgttataatttaagggctgatat 14388859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 24208045 - 24207948
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24208045 cagccacgtgtacaaggactaaactgatggaaatggtcaaaattcgatatttaacatttcagtctcatttttcctgtgtttccaattatacccctcta 24207948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Original strand, 37020658 - 37020755
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37020658 cagccacgtgtacaaggactaaactgatggaaattgtcaaaattcgatatttaacatttcagtctcttttttcctgtgtttccaattatacccctcta 37020755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 2 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 10716873 - 10716793
Alignment:
Q  2 ttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||    
T  10716873 ttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggaagccacgtgtacaaggaccaatttgatggaaatgatgaaaatt 10716793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 37645640 - 37645847
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||  ||   |||||||| ||    
T  37645640 cttgtatgctgtgttgtcctgtacacgtgtcaacaagacaaccacgtgtacaaggaccaatttaatggaaatggtaaaaattgcagttgtaactttttag 37645739  T
Q  101 -tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttat 199  Q
     | | |||||| |  ||||| ||| |||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||| ||  ||||||| |||| | ||||||| | |  |||| |    
T  37645740 ttgtcattttttccgtgttttcaactatacccctc-aaaataaggatcaatttgatacttattgtgataatttaaggactgatttgatagataatgttgt 37645838  T
Q  200 aatttaagg 208  Q
    |||||||||    
T  37645839 aatttaagg 37645847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 6785975 - 6785878
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || | ||||| ||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  6785975 cagccacgtatacaaggactaaactgatggaaatggtcaaaatttgatatttaacatttcagtctcatttttcctgtgttttcaattatacccctcta 6785878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 5 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11315324 - 11315258
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  11315324 catgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggaagccacatgtacaaggaccaatttgatggaaa 11315258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 71
Target Start/End: Original strand, 17946256 - 17946317
Alignment:
Q  10 tgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17946256 tgtgttgtcatgtacacatgtcaaaaaggaagtcacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 17946317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 60
Target Start/End: Original strand, 37417428 - 37417485
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaa 60  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| ||||||||||    
T  37417428 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggactaa 37417485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 82
Target Start/End: Original strand, 40097701 - 40097782
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    ||||||||  |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||| | ||||||||    
T  40097701 cttgcatgtcgtgttgtcttatatacgtgtcaacaaggaagccacgtgtacaagaactaatttgatgaaaacgctaaaaatt 40097782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 67
Target Start/End: Original strand, 7744205 - 7744262
Alignment:
Q  10 tgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatg 67  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  7744205 tgtgttgtcatgtacacatgtcaaaaaggaagccacgtgtacaatgactaaattgatg 7744262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11022999 - 11022935
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11022999 tgctgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 11022935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Original strand, 28246801 - 28246865
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28246801 tgctgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 28246865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 862272 - 862213
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| || ||||| ||||    
T  862272 tgttgtcttgtacacgtgtctacaaggaagccatgtgtacaaggaccaatttgattgaaa 862213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 12 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 62780 - 62710
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaagg-cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaat 81  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| || |||||||||| | |||||||    
T  62780 tgttgccttgtacacgtgtcaacaaggaaagccacgtgtacaatgaccaatttgatggaaacgctaaaaat 62710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 39368 - 39303
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| || |||| || |||||    
T  39368 cttgcatgctgtgttgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcagggacaaatttgat 39303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Original strand, 15432483 - 15432559
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| || || |||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  15432483 tgcatgttgtgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagtcatgtgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaa 15432559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 83
Target Start/End: Original strand, 42001764 - 42001844
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattc 83  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||| |||||||| | ||||| ||| ||| ||||||||    
T  42001764 tgcatgttgagttgtcttgtacacgtgacaagaaggaagtcacgtgttcaaggactgatttgattgaattggaaaaaattc 42001844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 57
Target Start/End: Original strand, 361600 - 361654
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggac 57  Q
    |||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  361600 tgcatgttgtgatgtgttgtacacatgtcatcaagtcagccacgtgtacaaggac 361654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 82
Target Start/End: Original strand, 13999962 - 14000032
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    |||| ||||||| ||||||  |||| | |||||||||||||||||| || |||||||||| | ||||||||    
T  13999962 tgttatcttgtatacgtgtttacaaagaagccacgtgtacaaggaccaatttgatggaaacgctaaaaatt 14000032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 49
Target Start/End: Original strand, 42879510 - 42879556
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgt 49  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||    
T  42879510 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgacaagaaggaagtcacgtgt 42879556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 92318 - 92253
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||| || |||| || |||||    
T  92318 cttgcatgctgtgttgtcttgtacgtgtggcaagaaggaagccacgtgttcagggacaaatttgat 92253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 18 - 71
Target Start/End: Original strand, 38148645 - 38148698
Alignment:
Q  18 cttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||||   || |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38148645 cttgtacacgtcggaaaaaggaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 38148698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 4416926 - 4416866
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagcc-acgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  | || |||||||||||||| || ||||||||||    
T  4416926 tgttgtcttgtacacatgtcaacaagaaaacccacgtgtacaaggaccaatttgatggaaa 4416866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #35
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 29909630 - 29909566
Alignment:
Q  2 ttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||  | ||||||| |||||    
T  29909630 ttgcatgttgtgttgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttaagggactaatttgat 29909566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 32439063 - 32438837
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtaca--------aggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaa 92  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32439063 cttgcatgatgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaatttcgagacttaa 32438964  T
Q  93 cttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggtt 192  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  32438963 cttttcaatataatttttcctgtgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggatt 32438864  T
Q  193 ttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||    
T  32438863 ttgttataatttaaggactgatatgat 32438837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 32517030 - 32517248
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||     
T  32517030 cttgcatgatgtgctgtcatgtacacgtgttaacaaggcagccacgtgtataaggactaaattgatggaaatggtaaaaatttgagatttaacttttcat 32517129  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
      ||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  32517130 agtaatttttgttgtgtttccaattatacccctttaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggactaatttgatggattttgttata 32517229  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  32517230 atttaagggctgatatgat 32517248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 11355375 - 11355594
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11355375 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 11355474  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta--aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgtta 198  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||| | |||  | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  11355475 tgtaatttttcctgtg-ttccaattatacctcgctattacataaggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgtta 11355573  T
Q  199 taatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  11355574 taatttaaggactgatatgat 11355594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 20523519 - 20523747
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20523519 cttgcatgccgtgttgtcctgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatgaaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcag 20523618  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatg----------gatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||          |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |     
T  20523619 tgtaatttttcctgtgtttccaattatacccctctattacatgtgttgtcctagatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatgga 20523718  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20523719 ttttgttataatttaagggctgatatgat 20523747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 7049910 - 7050128
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||||    
T  7049910 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcatccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattgcagtttgaacttttcag 7050009  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | | |||||| |  ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||| || |||||||| |||| ||||||||| | | ||||||||    
T  7050010 tgtcattttttccgtgtttccaattatacccctctatgataaggatcgatttgatacttattgtcataatttaaggactaatttgatggatattgttata 7050109  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  7050110 atttaagggctgatatgat 7050128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 219
Target Start/End: Original strand, 10568553 - 10568770
Alignment:
Q  2 ttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagt 101  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |   ||||||||| |||    
T  10568553 ttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaaggcagccacatgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattgcaattttaactttttagt 10568652  T
Q  102 ataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataa 201  Q
     | |||||| |  ||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||| ||||| || |||||||| |||| ||||||||| | | |||||||||    
T  10568653 gtcattttttccgtgtttccaattatacccctatatgataaggatcgatttgatacttattgtcataatttaaggactaatttgatggatattgttataa 10568752  T
Q  202 tttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||    
T  10568753 tttaagggctgatatgat 10568770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 207
Target Start/End: Original strand, 9398814 - 9399018
Alignment:
Q  2 ttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagt 101  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  9398814 ttgcatgttgtgttgtcctgtacacgtgtcaacaagacagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaattataaaaattcgagatttaacttttcagt 9398913  T
Q  102 ataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataa 201  Q
     ||||||||| | |||| |||||||||||||| || | || |||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||| ||||||||| | | |||||| ||    
T  9398914 gtaatttttcttgtgttgccaattatacccctatatatta-ggatcgatttgatacttattgtgataatttaaggactaatttgatagatattgttaaaa 9399012  T
Q  202 tttaag 207  Q
    ||||||    
T  9399013 tttaag 9399018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 6899638 - 6899855
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||  |||| |||||||    
T  6899638 cttgcatgttgtgttatcatgtacacgtgtcaacaaggcaaccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatagtaaaaattatagtgttaaattttcag 6899737  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | | ||||||  | ||||| ||||||||||||||||  |||  ||||||||||| ||||| |  |||||||| |||| ||||||||| | | ||||||||    
T  6899738 tgtcattttt-ttgtgttttcaattatacccctctatgataatgatcgatttgatacttattatcataatttaaggactaatttgatggatattgttata 6899836  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  6899837 atttaagggctgatatgat 6899855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 5 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 13613549 - 13613418
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtata 104  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |     
T  13613549 catgctgtgttgtcctatacacgtgtcagcaagtcagccatgtgtacaaggactaaattgatggaaattgtaaaaattcgagatttaacatttcagtctc 13613450  T
Q  105 atttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
     |||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  13613449 ttttttcctgtgtttcaaattatacccctcta 13613418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 14338445 - 14338228
Alignment:
Q  2 ttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag- 100  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||   |  |  |||||||||     
T  14338445 ttgcatgatgtgttgtcctgtacacgtgtcaacaaggaagccacgtgtacaaggaccaatttgatggaaatggtaaaacttgcggtttctacttttcagt 14338346  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | | ||||||  | ||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||| | ||||||| | |  |||||||    
T  14338345 tgtcattttttatgtgttttcaattatacccctat-atatatggatcgatttgatacttattgtgataatttaaggactgatttgatggatagtgttata 14338247  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||| ||||| ||||    
T  14338246 atttaaggcctgatttgat 14338228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Original strand, 3456898 - 3456995
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3456898 cagccacgtgtacaaggactaaactgatggaaattgtcaaaattcgatatttaacatttcagtctcttttttcctgtgtttccaattatacccctcta 3456995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 27 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 7372914 - 7372723
Alignment:
Q  27 gtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaatta 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |           || | ||||||||| ||||||||| ||| ||| |||| || ||| ||||||||    
T  7372914 gtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaagt-----------gtcataattcgagatttaactttttagtgtaaatttttctgtgtatccaatta 7372826  T
Q  127 tacccctctaaaatatg----------gatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataatttaagggctgatat 216  Q
    ||||||||||  | |||          |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  7372825 tacccctctattacatgtgttgtccttgatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatggattttgttataatttaaggggtgatat 7372726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 32455865 - 32455768
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||| | ||||| ||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32455865 cagccacgtgtacaaggactaaactgatggaaattatcaaaattcgatatttaacatttcagtctcttttttcctgtgtttccaattatacccctcta 32455768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 5 - 82
Target Start/End: Original strand, 24662615 - 24662692
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | || |||||||||||| | ||||||    
T  24662615 catgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggaagacacgtgtacaagggccaatttgatggaaatgatgaaaatt 24662692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 25172069 - 25171945
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| || |||||| ||| | ||||||||| ||  |||  |||| | |  ||||||||    
T  25172069 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggaagtcacatgtacaaggaccaatttgatgaaaacgctaaaaattccagttttactttttaaattcaatttttc 25171970  T
Q  112 ctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    || | ||||||| | ||||||||||    
T  25171969 ctgtttttccaaatttacccctcta 25171945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 14 - 73
Target Start/End: Original strand, 30891290 - 30891349
Alignment:
Q  14 ttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatg 73  Q
    |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  30891290 ttgtcttgtacacgtgtcaacaaacaagccacgtgtacaaggaccaatttgatggaaatg 30891349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 17952028 - 17951964
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17952028 tgctgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 17951964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 35175849 - 35175785
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35175849 tgctgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 35175785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Original strand, 29077481 - 29077546
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| || |||| || |||||    
T  29077481 cttgcatgctgtgttgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcagggacgaatttgat 29077546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Original strand, 4641508 - 4641573
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| || |||| || |||||    
T  4641508 cttgcatgctgtgctgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcagggacgaatttgat 4641573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 43)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 23906232 - 23906015
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  23906232 cttgcatgctgtgttgtcctgtacacgtgtcaacaaggcaaacacttgtacaaggactaaattgatggaaattgtaaaaattcgagatttaacttttcag 23906133  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | |||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||| | ||||||||||    
T  23906132 tgtaattttctcg-tgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttacttgcataatttgatgactaatttgatggattttgttata 23906034  T
Q  201 atttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  23906033 atttaagggctgatatgat 23906015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 39859200 - 39858981
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||     
T  39859200 cttgcatgctgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaagacagccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttgacttttcaa 39859101  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta--aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgtta 198  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  39859100 tgtaatttttcctgtgttt-caattatacccctctattacataaggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgtta 39859002  T
Q  199 taatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  39859001 taatttaagggctgatatgat 39858981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 13168276 - 13168495
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||     
T  13168276 cttgcatgctgtgttgtcatgtacacgtgtcaacaagacagacacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttgaattttcaa 13168375  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta--aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgtta 198  Q
    | |||||||| || || |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  13168376 tgtaattttttctgtg-ttccaattatacccctctattacataaggatcgatttgagacttactggcataatttgaggactaatttgatggattttgtta 13168474  T
Q  199 taatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  13168475 taatttaagggctgatatgat 13168495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 35693341 - 35693113
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  35693341 cttgcatgtagtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatgaaaatggtaaagattcgagatttaacttttcag 35693242  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaata----------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||  | |          |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |     
T  35693241 tataatttttcatgtgtttccaattatacccatctattacatgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatgga 35693142  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35693141 ttttgttataatttaagggctgatatgat 35693113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 45359489 - 45359708
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||     
T  45359489 cttgcatgctgtgttgtcatgtacacgtttcaaaaaggcagtcacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttgacttttcaa 45359588  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattataccc--ctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgtta 198  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||||  || | | ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  45359589 tgtaatttttcctgtg-ttccaattatacccagctattacataaggatcgatttgaaacttactgacataatttgaggactaatttgatggattttgtta 45359687  T
Q  199 taatttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  45359688 taatttaagggctgatatgat 45359708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 46439501 - 46439273
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  46439501 cttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcaacagggcagccacgtgtacatggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagatttaacttttcaa 46439402  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaata----------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  | |          |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |     
T  46439401 tgtaatttttcctgtgtttccaattatacacctctattacatgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcatattttgaggactaatttgatgga 46439302  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46439301 ttttgttataatttaagggctcatatgat 46439273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 38474114 - 38473886
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  38474114 cttgtatgctgtgttgtcctgtacacgtgtcaacaagacagccacgtgtgcaaggactgaattgatggaaatggtaaaaattcaagatttaacttttcag 38474015  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta----------aaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | |||||||| || |||||||||||||| | |||||           ||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| |     
T  38474014 tgtaattttttctgtgtttccaattatatctctctattacctgtgttaacctggatcgatttgagacttgctgtcataatttgaggactaatttgatgga 38473915  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38473914 ttttgttataatttaagggctcatatgat 38473886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 30940395 - 30940175
Alignment:
Q  2 ttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagt 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||    
T  30940395 ttgcatgctgtgttgtcctgtacacatgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaattgtaaaaattcgagatttaacttttcggt 30940296  T
Q  102 ataatttttcctatgtttccaattatacccct---ctaaaat---atggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttg 195  Q
     |||||||| || ||||| ||||||||||| |   |||   |    | ||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| | |||||    
T  30940295 gtaattttttctgtgttttcaattatacccattacctatgttgtcctagatcgatttgagacttactgttataatttgaggactaatttgatggattttg 30940196  T
Q  196 ttataatttaagggctgatat 216  Q
    || ||||||||||||||||||    
T  30940195 ttgtaatttaagggctgatat 30940175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 47386180 - 47385977
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  47386180 cttgcatgatgtgttgtcctgtacaagtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaattgtaaaaattcgagatttaacttttcag 47386081  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttata 200  Q
    | ||||||||| |  ||||||||||||||||||   | ||| | |||||||||| ||||| ||  ||||||| |||| ||||||||| | | ||||||||    
T  47386080 tgtaatttttcttgggtttccaattatacccct---atataagaatcgatttgatacttattgtgataatttaaggactaatttgatggatattgttata 47385984  T
Q  201 atttaag 207  Q
    |||||||    
T  47385983 atttaag 47385977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27666036 - 27665808
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||||    
T  27666036 cttgcatgctttgttgtcctgtacacgtgtcagcaagtcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaattgtcaaaattcgatatttaacatttcag 27665937  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | |  |||||||| ||||| ||||||||||||||||  |            |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |     
T  27665936 tctcttttttcctgtgttttcaattatacccctctattacctgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatgga 27665837  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27665836 ttttgttataatttaagggctcatatgat 27665808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 24 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 37115488 - 37115283
Alignment:
Q  24 cacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaa 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| |  | |||| ||    
T  37115488 cacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactatattaatgaaaatggtaaaaattcgagatttaactttttagtgtaattttttccgtatttcaaa 37115389  T
Q  124 ttatacccctctaaaata----------tggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataatttaagggctga 213  Q
    |||||||||||||  | |          |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  37115388 ttatacccctctattacatgtgctgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaatttgatggattttgttataatttaagggctga 37115289  T
Q  214 tatgat 219  Q
    ||||||    
T  37115288 tatgat 37115283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24228380 - 24228153
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| |||||||    
T  24228380 cttgcatgttgtgttgtcatatacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacgaagactaaattgatggaaattgtaaaaatttgagatttaatttttcag 24228281  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta--aaatatg--------gatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | |||||||| || ||||| ||||||||||||||||  | |||||        |||||||||| ||||||||| |||| ||||| || ||||||||| |     
T  24228280 tctaattttttctgtgttttcaattatacccctctattacatatgttgtcctagatcgatttgcgacttactgtcatagtttgaagactaatttgatgga 24228181  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatga 218  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  24228180 tattgttataatttaagggttgatatga 24228153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 2 - 132
Target Start/End: Original strand, 6602489 - 6602618
Alignment:
Q  2 ttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagt 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  6602489 ttgcatgctgtgttgtcatgtacacgtgtcaaccaggcagccacgtgtacaaggactaatttgatggaaatggtaaaaattcgagatttatcttttcagt 6602588  T
Q  102 ataatttttcctatgtttccaattatacccc 132  Q
     ||||||||| | |  |||||||||||||||    
T  6602589 gtaatttttcttgt-attccaattatacccc 6602618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 12 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 29996474 - 29996257
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttc 111  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||| ||||||| |  ||||||    
T  29996474 tgttgtcatgtacacgtgtcagcaaatcagtcacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtcaaaattcaatatttaacatttcagtctcttttttc 29996375  T
Q  112 ctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataa 201  Q
    || ||||||||||||||| ||||||  |            |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||    
T  29996374 ctgtgtttccaattatactcctctattacctgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgtcataatttgaggactaattagatagattttgttataa 29996275  T
Q  202 tttaagggctgatatgat 219  Q
    |||||||||| |||||||    
T  29996274 tttaagggctcatatgat 29996257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 5 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 48852314 - 48852096
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtata 104  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| |     
T  48852314 catgatgtgttgtcttgtacatgtgtcaacaagacagtcacgtgtacaagaactaatttgatggaaatggtaaaaattccagttttaactttttagtgtc 48852215  T
Q  105 atttttcctatgtttccaattatacccctct------------aaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggtt 192  Q
    |||||| || ||||||||||||||||  |||            |||||| |||||||||||||||||| || |||||| | |||| ||||||||| | |     
T  48852214 attttttctgtgtttccaattatacctttctataactgagaccaaaataaggatcgatttgagacttattgtcataatataaggactaatttgatggata 48852115  T
Q  193 ttgttataatttaagggct 211  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  48852114 ttgtcataatttaagggct 48852096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 34776886 - 34776712
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | || | ||||||     
T  34776886 cttgcatgttgtgttgtcatgtacacgtgccaacaaggcaaccacatgtacaagaactaatttgatggaaatggtaaaaattcgatatttgaattttcaa 34776787  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattataccc--ctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttga 174  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||| |   | | | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34776786 tgtaatttttcctgtg-ttccaattatactcagttattacataaggatcgatttgagacttactggcataatttga 34776712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 136
Target Start/End: Original strand, 56483 - 56617
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||    
T  56483 cttgcatgttgtgttgtcttgtacacgtgtcagcaagtcagccacgtgtaagag-actaaattgatggaaatggtcaaaattcgatatttaacatttcag 56581  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    | |  |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  56582 tctcttttttcctgtgttttcaattatacccctcta 56617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 39 - 136
Target Start/End: Original strand, 20478192 - 20478289
Alignment:
Q  39 cagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcagtataatttttcctatgtttccaattatacccctcta 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20478192 cagccacgtgtacaaggactaaactgatggaaattgtcaaaattcgatatttaacatttcagtctcttttttcctgtgtttccaattatacccctcta 20478289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 144 - 219
Target Start/End: Original strand, 6603832 - 6603907
Alignment:
Q  144 gatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6603832 gatcgatttgagacttattggcataatttgaggactaatttgatggattttgttataatttaagggctgatatgat 6603907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 37796152 - 37795943
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtg----tacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttt 96  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    || || |||||  |||||| |||||||||||| |  ||  ||||||||    
T  37796152 cttgcatgttgtgttgtcttctacacgtgtcaagaaggcagccacgtgtatatataaagactagtttgatgaaaatggtaaaaactgcagttttaacttt 37796053  T
Q  97 tcagtataatttttccta-tgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttg 195  Q
    ||||| | ||||||  || ||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||| ||||| ||  ||||||| || | | ||||||| | |  ||    
T  37796052 tcagtgtcattttt--tagtgtttccaattatacccctat-atataaggatcgatttgatacttattgtgataatttaagaactgatttgatggatagtg 37795956  T
Q  196 ttataatttaagg 208  Q
    |||||||||||||    
T  37795955 ttataatttaagg 37795943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 3 - 71
Target Start/End: Original strand, 1546442 - 1546510
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546442 tgcatgttgtgttgtcttatatacgtgtcaaaaaggaagtcacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 1546510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 47341651 - 47341575
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaa 79  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  47341651 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggactaatttgattgaattggaaaaa 47341575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 3 - 82
Target Start/End: Original strand, 13034828 - 13034907
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| || || ||||||| | ||||||||    
T  13034828 tgcatgctgtgttgtcctgtacacgtgtcatctagtcagccacgtgtacaaggaccaatttcatggaaacgttaaaaatt 13034907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 71
Target Start/End: Original strand, 48704337 - 48704403
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  48704337 catgttgtgttgtcgtgtacacgtgtcaacaaggaagtcacgtgtacaaggaccaatttgatggaaa 48704403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 71
Target Start/End: Original strand, 34691136 - 34691197
Alignment:
Q  10 tgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  34691136 tgtgttggcttgtacacgtggcaacaaggaagccacgtgtacagggattaaattgatggaaa 34691197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 82
Target Start/End: Original strand, 6056930 - 6057000
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||| | ||||||||    
T  6056930 tgttgtattgtacacgtgtctacaaggaagccacgtctacaaggaccaatttgatggaaacgctaaaaatt 6057000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 69
Target Start/End: Original strand, 23953960 - 23954026
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatgga 69  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  23953960 tgcatgttgtgttgtcttgtacacgtggcaaaaaggaagccacgtgttccaggactaatttgatgga 23954026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 46867895 - 46867825
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaatt 82  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||| | ||||||||    
T  46867895 tgttgtcttgtacacgtgtcttcaaggaagccacatgtacaaggaccaatttgatggaaacgctaaaaatt 46867825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 46996673 - 46996608
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| ||||||| || |||||    
T  46996673 cttgcatgctgtgttgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggacgaatttgat 46996608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 70
Target Start/End: Original strand, 27955525 - 27955592
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaa 70  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||| ||||||| || |||||||||    
T  27955525 tgcatgttgtgttgtcttgtacacttggcaacaaggaagccatgtgttcaaggaccaatttgatggaa 27955592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 71
Target Start/End: Original strand, 31913633 - 31913692
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  31913633 tgttgtcttgcacacgtgtctacaaggaagccacgtgtacaaggaccaatttgattgaaa 31913692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 69
Target Start/End: Original strand, 2167634 - 2167700
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatgga 69  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  2167634 tgcatgatgtgttgtcttgtacacgtggcaaaaagaaagccacgcgttcaaggactaatttgatgga 2167700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 69
Target Start/End: Original strand, 38613618 - 38613684
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatgga 69  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  || |||  |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  38613618 tgcatggtgtgttgtcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgttcaaggactaacttgatgga 38613684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #34
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 70
Target Start/End: Original strand, 2492483 - 2492548
Alignment:
Q  5 catgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaa 70  Q
    |||||| || ||||||||||||||| ||| |||| || ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  2492483 catgctctgctgtcttgtacacgtggcaaaaaggaagtcacgtgttcaaggactaatttgatggaa 2492548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #35
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 71
Target Start/End: Original strand, 45463811 - 45463872
Alignment:
Q  10 tgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    ||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45463811 tgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatggaaa 45463872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #36
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 4322558 - 4322494
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||  || |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4322558 tgctgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagtcacgtgtacagggactaaattgatggaaa 4322494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #37
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 46812551 - 46812495
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggacta 59  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  46812551 tgcatgctgtgttgtcttgtacgtgtggcaagaaggaagccacgtgttcaaggacta 46812495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #38
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 48303635 - 48303571
Alignment:
Q  7 tgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  48303635 tgctgtgttggcttgtacacgtgggaaaaagaaagccacgtgtacagggactaaattgatagaaa 48303571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #39
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 12 - 71
Target Start/End: Original strand, 23962468 - 23962527
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||| || ||||| ||||    
T  23962468 tgttgtcttgtacacgtgcctacaaggaagccacatgtacaaggaccaatttgattgaaa 23962527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #40
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 33038766 - 33038711
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggact 58  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||    
T  33038766 tgcatgttgtgttgtcttatacacgtgtcaagaaggaagccatgtgttcaaggact 33038711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #41
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 66
Target Start/End: Original strand, 40784501 - 40784564
Alignment:
Q  3 tgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||| |||||    
T  40784501 tgcatgttgtgttgtcttatacacgtggcaagaaggaagccacatgttcaaggactaatttgat 40784564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #42
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 8423252 - 8423187
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| || |||| || |||||    
T  8423252 cttgcatgctgtgctgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcagggacgaatttgat 8423187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #43
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 35344261 - 35344196
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| || |||| || |||||    
T  35344261 cttgcatgctgtgctgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcagggacgaatttgat 35344196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1454 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold1454
Description:

Target: scaffold1454; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 1415 - 1635
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  1415 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcaaccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcaagacttaacttttcaa 1514  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgatttg---agacttactgacataatttgaggattaatttgattggttttgtt 197  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | | ||   |   |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  1515 tatattttttcctgtgtttccaattatacccctctaaaatatggatcgattttgttataatttaagggctaatttaaggactaatttgattgattttgtt 1614  T
Q  198 ataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  1615 ataatttaa-ggctgatatgat 1635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 2)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 3447 - 3675
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||    
T  3447 cttgcatgctttgttgtcctgtacatgtgtcagcaagtcagccacgtgtacaaagactaaattgatggaaatggtcaaaattcgatatttaacatttcag 3546  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | |  |||||||| |||||| |||||||||||||||  |            |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |     
T  3547 tctcttttttcctgtgtttcaaattatacccctctattacctgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgccataatttgaggactaatttgatgga 3646  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3647 ttttgttataatttaagggctcatatgat 3675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 4619 - 4847
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttcag 100  Q
    |||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||    
T  4619 cttgcatgctttgttgtcctgtacatgtgtcagcaagtcagccacgtgtacaaagactaaattgatggaaatggtcaaaattcgatatttaacatttcag 4718  T
Q  101 tataatttttcctatgtttccaattatacccctctaaaa----------tatggatcgatttgagacttactgacataatttgaggattaatttgattgg 190  Q
    | |  |||||||| |||||| |||||||||||||||  |            |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |     
T  4719 tctcttttttcctgtgtttcaaattatacccctctattacctgtgttgtcctggatcgatttgagacttactgccataatttgaggactaatttgatgga 4818  T
Q  191 ttttgttataatttaagggctgatatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4819 ttttgttataatttaagggctcatatgat 4847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 62; Significance: 6e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Original strand, 37357 - 37454
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaatggtaaaaattcgagacttaacttttc 98  Q
    |||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  37357 cttgtatgttgtgttgtcctttacacgtgtcaacaaggcaaccacgtgtacaaggactaatttgatggaaattgtaaaaattcgaaatttaacttttc 37454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0129 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0129
Description:

Target: scaffold0129; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 12 - 71
Target Start/End: Original strand, 4623 - 4682
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgatggaaa 71  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  4623 tgttgtcttgtacacgtgtctacaaggaagccacgtgtacaaggaccaatttgattgaaa 4682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0146
Description:

Target: scaffold0146; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 15953 - 15899
Alignment:
Q  12 tgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| || |||||    
T  15953 tgttgccttgtacaggtgtcaacaaggaagtcacgtgtacaaggaccaatttgat 15899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 6605 - 6540
Alignment:
Q  1 cttgcatgctgtgttgtcttgtacacgtgtcaacaaggcagccacgtgtacaaggactaaattgat 66  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||| |||||||||| || |||| || |||||    
T  6605 cttgcatgctgtgctgtcttgtacgcgtggcaagaaggaagccacgtgttcagggacgaatttgat 6540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University