View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3395-Insertion-9 (Length: 714)
Name: NF3395-Insertion-9
Description: NF3395
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3395-Insertion-9 |
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| [»] chr2 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 11585391 - 11584685
Alignment:
| Q |
8 |
caactaagaagagaatactaaagaaaattataaggagttttcttagttaaataggttaaataatggaaaatcaagagttacctccattgtcataaaaatg |
107 |
Q |
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| T |
11585391 |
caactaagaagagaatactaaagaaaattataaggagttttcttagttaaataggttaaataatggcaaatcgagagttacctccattgtcataaaaatg |
11585292 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
11585291 |
catgtattcaagtgctgcactaccacatctttcaccaattcttcgaagttccataagccatctttcggctccaaatgcaatagcattgttgacaatatct |
11585192 |
T |
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| Q |
208 |
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307 |
Q |
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| T |
11585191 |
ctatacatactatgtgtttgaatcttcaaatccacttctacatgctcaatccaagaaacctaaaaattaaacatacgtttctattataatcagtctatta |
11585092 |
T |
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| Q |
308 |
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407 |
Q |
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11585091 |
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11584992 |
T |
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| Q |
408 |
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507 |
Q |
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| T |
11584991 |
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11584892 |
T |
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| Q |
508 |
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607 |
Q |
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| T |
11584891 |
gtaaaattgtcttggtttcactaaaggtgaaagaacatgcatctctccatgcatctgtacgtagcataaaccctaacatgttaataaaaatcaaaatatc |
11584792 |
T |
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| Q |
608 |
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707 |
Q |
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| T |
11584791 |
ataaacaaagaaacttattacctacagaaaaatatttgaaggaaaatataccaacaacaaagctccactttgattttgtgaggagtctctttcaagcact |
11584692 |
T |
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| Q |
708 |
ttgatgg |
714 |
Q |
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11584691 |
ttgatgg |
11584685 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 11597567 - 11597160
Alignment:
| Q |
8 |
caactaagaagagaatactaaagaaaattataaggagttttcttagttaaataggttaaataatggaaaatcaagagttacctccattgtcataaaaatg |
107 |
Q |
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| T |
11597567 |
caactaagaagagaatactaaagaaaattataaggagtttacttagttaaataggttaaataatggaaaatcaagagttacctccattgtcataaaaatg |
11597468 |
T |
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| Q |
108 |
catgtattcaagtgctgcactaccacatctttcaccaattcttcgaagttccataagccatctttcggctccaaatgcaatagcattgttgacaatatct |
207 |
Q |
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| T |
11597467 |
catgtattcaagtgctgcactaccacatctttcaccaattcttcgaagttccataagccatctttcggctccaaatgcaatagcattgttgacaatatct |
11597368 |
T |
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| Q |
208 |
ctatacatactatgtgtttgaatcttcaaatccacttccacatgctcaatccaagaaacctacaaattaaacatacgtttctattataatcactctatta |
307 |
Q |
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| T |
11597367 |
ctatacatactatgtgtttgaatcttcaaatccacctccacatgctcaatccaagaaacctacaaattaaacatacgtttctattataatcactctatta |
11597268 |
T |
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| Q |
308 |
tatgactttatttcacaaagagtgattaactatattatatacgtactaaccttggaagtctcattagatatttgttgaatcaaacatccagaaggaaacc |
407 |
Q |
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| T |
11597267 |
tatgactttacttcacaaagagtgattaactatattatatacgtactaaccttggaagtctcagtagatatttgttgaatcaaacatccagaaggaaacc |
11597168 |
T |
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| Q |
408 |
tccaaaaa |
415 |
Q |
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| T |
11597167 |
tccaaaaa |
11597160 |
T |
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