View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3395R-Insertion-1 (Length: 1053)

Name: NF3395R-Insertion-1
Description: NF3395R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3395R-Insertion-1
NF3395R-Insertion-1
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (181-954)||(13846894-13847667)
chr3 (530-954)||(2551068-2551495)
chr3 (9-184)||(13850544-13850718)
chr3 (9-109)||(2551491-2551591)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (333-954)||(23760379-23761005)
chr5 (333-954)||(23825839-23826466)
chr5 (735-954)||(17038938-17039158)
chr5 (526-746)||(17039177-17039399)
chr5 (321-479)||(17039453-17039615)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (530-954)||(45354883-45355310)
chr8 (82-423)||(18767780-18768116)
chr8 (298-530)||(5529448-5529686)
chr8 (9-109)||(45354787-45354887)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (610-954)||(1153165-1153510)
chr4 (820-954)||(43601169-43601304)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (661-954)||(29277648-29277942)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (691-954)||(17718223-17718487)
chr6 (381-558)||(17718016-17718189)
chr6 (88-187)||(6685448-6685547)
chr6 (619-692)||(6685285-6685358)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (622-944)||(15514884-15515201)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 602; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 181 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 13847667 - 13846894
Alignment:
Q  181 ttatgtagaagaagtgtagaataaaaccatatttttaaaactctacgacaacaataataataataatcaaatacagttgttatgttttttctcttcgcca 280  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  13847667 ttatgtagaagaaatgtagaatagaaacatatttttaaaactctacgacaacaataataataat---caaatacggttgttatgtgttttctcttcgcca 13847571  T
Q  281 tctctatgtcaacacacactcaattcagcagaacagaaccatatttttattgtactcactcacatgctctttatactcttgaggactgttctacctctct 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  13847570 tctctatgtcaacacacactcaattcagcagaacagaaccatatttttattgtactcactcacatgctctttatactcttgaggattgttctacctttct 13847471  T
Q  381 tatctttgcttaaaggttgtttgtgattgtattgatacattatcgatgaaaagcgagacacatcatctctactgttgtaattatttttggcatattgtag 480  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13847470 tatctttgtttaaaggttgtttgtgattgtattaatacattacggatgaaaagcgagacacatcatctctactgttgtaattttttttggcatattgtag 13847371  T
Q  481 atattctaacttcggacaatctagctgaagttaagccgaagaaacacacaaagaggcaagttcactccacataattacnnnnnnnagtttatagtcgaaa 580  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||       | |||||||| ||||    
T  13847370 atattctaactttggacaatctagctgaagttaaaccgaagaaacacacaaagaggtaagttcgctccacatcattactttttttactttatagtggaaa 13847271  T
Q  581 attttaggaaagacat--taattttcattttaaaattatatagcaagtcaaaagaacacaaggccnnnnnnntcaaagttgagaaggatcatgatatgct 678  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13847270 attttaggaaagacatattaattttcattttaaaattatatagcaagccaaaagaacacaaggccaaaaaaatcaaagttgagaaggatcatgatatgct 13847171  T
Q  679 tgagaatccgccgagttctttttctctcttatggtaaatcttctttgtttaatatattttttagttttgcgttatttattattaagctaaaaatgtatat 778  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13847170 tgagaatccgccgagttctttttctctcttatggtaaatcttctttgtttaatatattttttagttttgcgttatttattattaagttaaaaatgtatat 13847071  T
Q  779 ttcagggataagtttggcaaaatttttaaagaagtagatcaaaattctggtgttaataaaatggctgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaa 878  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13847070 ttcagggataagtttggcaaaaattttaaagaagtagatcaaaattctggtgttaataaaatggctattaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaa 13846971  T
Q  879 gttctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgataaacttaagtaatatttgtctttt-aaattgattatat 954  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  13846970 gttctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgatcaacttaagtaagatttgtcttttaaaattgattatat 13846894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 530 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 2551495 - 2551068
Alignment:
Q  530 aaagaggcaagttcactccacataattacnnnnnnnagtttatagtcgaaaattttaggaaagacat--taattttcattttaaaattatatagcaagtc 627  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||       | |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2551495 aaagaggtaagttcactccacataattactttttttactttatagtcgaaaattttaggaaagacatattaattttcattttaaaattatatagcaagtc 2551396  T
Q  628 aaaagaacacaaggccnnnnnnntcaaagttgagaaggatcatgatatgcttgagaatccgccgagttctttttctctcttatggtaaatcttctttgtt 727  Q
    |||||||||| |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2551395 aaaagaacaccaggccaaaaaaatcaaagttgagaaggatcatgatatgcttgagaatccgccgagttctttttctctcttatggtaaatcttctttgct 2551296  T
Q  728 taatatattttttagttttgcgttatttattattaagctaaaaatgtatatttcagggataagtttggcaaaatttttaaagaagtagatcaaaattctg 827  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  2551295 taatatattttttagttttgcgttatttattattaagttaaaaatgtatatttcagggataagtttggcaaaaattttaaagaagtagatcgaaattctg 2551196  T
Q  828 gtgttaataaaatggctgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagttctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgataaacttaagt 927  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2551195 gtgttaataaaatggctattaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagtcctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgatcaacttaagt 2551096  T
Q  928 aatatttgtctttt-aaattgattatat 954  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||    
T  2551095 aagatttgtcttttaaaattgattatat 2551068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 9 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 13850718 - 13850544
Alignment:
Q  9 gtttgaagtgtttggtgaccaagagaaaattgcctccaaccctcatctagcaccaaaatcagttgaccaagatgaagtcgttgatcaatatatacaaaag 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  13850718 gtttgaagtgtttggtgaccaagagaaaattgcctccagccctcatctagcaccaaaatcagttgaccaagaggaagtcgttgatcagtatatacaaaag 13850619  T
Q  109 aaattaactggtactcctttatactttttaaatatttggttgtttaattatgcagaaaagaatttagtttgattat 184  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  13850618 aaattaactggtactcgtttatactttttaaatattaggttgtttaattatgca-aaaataatttagtttgattat 13850544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 9 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 2551591 - 2551491
Alignment:
Q  9 gtttgaagtgtttggtgaccaagagaaaattgcctccaaccctcatctagcaccaaaatcagttgaccaagatgaagtcgttgatcaatatatacaaaag 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  2551591 gtttgaagtgtttggtgaccaagagaaaattgcctccagccctcatctagcaccaaaatcagttgaccaagaggaagtcgttgatcagtatatacaaaag 2551492  T
Q  109 a 109  Q
    |    
T  2551491 a 2551491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 455; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 333 - 954
Target Start/End: Original strand, 23760379 - 23761005
Alignment:
Q  333 tactcactcacatgctctttatactcttgaggactgttctacctctcttatctttgcttaaaggttgtttgtgattgtattgatacattatcgatgaaaa 432  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  23760379 tactcactcaaatgctctttatactcttgaggactgttctacctttcttatctttgcttaaaggttgtttgtgattgtattaatacattatggatgaaaa 23760478  T
Q  433 gcgagacacatcatctctactgttgtaattattttt-ggcatattgtagatattctaacttcggacaatctagctgaagttaagccgaagaaacacacaa 531  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23760479 acgagacacatcatctctactgttgtaatttttttttggcatattgtagatattctaactttggagaatctagctgaagttaagccgaagaaacaaacaa 23760578  T
Q  532 agaggcaagttcactccacataattacnnnnnnnagtttatagtcgaaaattttaggaaagacattaattttcattttaaaattatatagcaagtcaaaa 631  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23760579 agaggtaagttcactccacataattcctttttttagtttatagtcgaaaattttaggaaagacattaattttcattttaaaattatatagcaagtcaaaa 23760678  T
Q  632 gaacacaaggccnnnnnnntcaaagttgagaaggatcatgatatgcttgagaatccgccgagttctttttctctcttatggtaaatcttctttgtttaat 731  Q
    ||||||||||||       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  23760679 gaacacaaggccaaaaaaatcaaagttgagaaggattatgatatgcttgagaatctgccaagttctttttctcttttatggtaaatcttctttctttaat 23760778  T
Q  732 atattttttagttttgcgttatttat---tattaagctaaaaatgtatatttcagggataagtttggcaaaatttttaaagaagtagatcaaaattctgg 828  Q
    |||||||||||||||| |||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23760779 atattttttagttttgtgttatttattattattaagttaaaaatgtatatttcatggataagtttggcaaattttttaaagaagtagatcaaaattctgg 23760878  T
Q  829 tgttaataaaatggctgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagttctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgataaacttaagta 928  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23760879 tgttaataaaatggctggtaaagcatgaaactccatgagtaatgaagtaagtcctctagtatataacaacgcatgcaatgcaatatgatcaacttaagta 23760978  T
Q  929 atatttgtctttt-aaattgattatat 954  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  23760979 atatttgtcttttaaaattgattatat 23761005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 333 - 954
Target Start/End: Original strand, 23825839 - 23826466
Alignment:
Q  333 tactcactcacatgctctttatactcttgaggactgttctacctctcttatctttgcttaaaggttgtttgtgattgtattgatacattatcgatgaaaa 432  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  23825839 tactcactcaaatgctctttatactcttgaggactgttctacctttcttatctttgcttaaaggttgtttgtgattgtattaatacattatggatgaaaa 23825938  T
Q  433 gcgagacacatcatctctactgttgtaattattttt--ggcatattgtagatattctaacttcggacaatctagctgaagttaagccgaagaaacacaca 530  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23825939 acgagacacatcatctctactgttgtaattttttttttggcatattgtagatattctaactttggagaatctagctgaagttaagccgaagaaacaaaca 23826038  T
Q  531 aagaggcaagttcactccacataattacnnnnnnnagtttatagtcgaaaattttaggaaagacattaattttcattttaaaattatatagcaagtcaaa 630  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23826039 aagaggtaagttcactccacataattcctttttttagtttatagtcgaaaattttaggaaagacattaattttcattttaaaattatatagcaagtcaaa 23826138  T
Q  631 agaacacaaggccnnnnnnntcaaagttgagaaggatcatgatatgcttgagaatccgccgagttctttttctctcttatggtaaatcttctttgtttaa 730  Q
    |||||||||||||       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  23826139 agaacacaaggccaaaaaaatcaaagttgagaaggattatgatatgcttgagaatctgccaagttctttttctcttttatggtaaatcttctttctttaa 23826238  T
Q  731 tatattttttagttttgcgttatttat---tattaagctaaaaatgtatatttcagggataagtttggcaaaatttttaaagaagtagatcaaaattctg 827  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23826239 tatattttttagttttgtgttatttattattattaagttaaaaatgtatatttcatggataagtttggcaaattttttaaagaagtagatcaaaattctg 23826338  T
Q  828 gtgttaataaaatggctgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagttctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgataaacttaagt 927  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  23826339 gtgttaataaaatggctggtaaagcatgaaactccatgagtaatgaagtaagtcctctagtatataacaacgcatgcaatgcaatatgatcaacttaagt 23826438  T
Q  928 aatatttgtctttt-aaattgattatat 954  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||    
T  23826439 aatatttgtcttttaaaattgattatat 23826466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 735 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 17039158 - 17038938
Alignment:
Q  735 ttttttagttttgcgttatttattattaagctaaaaatgtatatttcagggataagtttggcaaaatttttaaagaagtagatcaaaattctggtgttaa 834  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17039158 ttttttagttttgagttatttattaataaataaaaaatctatatttcagggataagtttggcaaaatttttaaagaagtagatcaaaattctgatgttaa 17039059  T
Q  835 taaaatggctgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagttctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgataaacttaagtaatattt 934  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17039058 taaaatggttgttaaaccatggaactgcatgagtaatgaagtaagtcctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgatcaacttaagtaatattt 17038959  T
Q  935 gtctttt-aaattgattatat 954  Q
    ||||||| |||||||||||||    
T  17038958 gtcttttaaaattgattatat 17038938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 526 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 17039399 - 17039177
Alignment:
Q  526 acacaaagaggcaagttcactccacataattacnnnnnnnagtttatagtcgaaaattttaggaaagacat--taattttcattttaaaattatatagca 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  17039399 acacaaagaggcaagttcactccacataattactttttttagtttattgtcgaaaatttcaggaaagacatattaattttcattttaaaattatatagca 17039300  T
Q  624 agtcaaaagaacacaaggccnnnnnnntcaaagttgagaaggatcatgatatgcttgagaatccgccgagttctttttctctcttatggtaaatcttctt 723  Q
    |||||| |||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17039299 agtcaagagaacacaaggccaaaaaaatcaaagttgagaaggatcatgatatgtttgaaaatctgccgagttctttttttctcttatggtaaatcttctt 17039200  T
Q  724 tgtttaatatattttttagtttt 746  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  17039199 tgtttaatatattttttagtttt 17039177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 321 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 17039615 - 17039453
Alignment:
Q  321 atatttttattgtactcactcacatgctctttatactcttgaggactgttctacctctcttatctttgcttaaaggttgtttgtgattgtattgataca- 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||     
T  17039615 atatttttattgtactcactcacatgctctttatactct-gaggacttttctacctttcttatctttgcataaaggttttttgtgattgtattgatacaa 17039517  T
Q  420 ----ttatcgatgaaaagcgagacacatcatctctactgttgtaattatttttggcatattgta 479  Q
        |||| | | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||    
T  17039516 tacattatggctaaaaagcaagacatatcatctctactgttgtaatctttttgggcttattgta 17039453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 530 - 954
Target Start/End: Original strand, 45354883 - 45355310
Alignment:
Q  530 aaagaggcaagttcactccacataattacnnnnnnnagtttatagtcgaaaattttaggaaagacat--taattttcattttaaaattatatagcaagtc 627  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||       | |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45354883 aaagaggtaagttcactccacataattactttttttactttatagtcgaaaattttaggaaagacatattaattttcattttaaaattatatagcaagtc 45354982  T
Q  628 aaaagaacacaaggccnnnnnnntcaaagttgagaaggatcatgatatgcttgagaatccgccgagttctttttctctcttatggtaaatcttctttgtt 727  Q
    |||||||||| |||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45354983 aaaagaacaccaggccaaaaaaatcaaagttgagaaggatcatgatatgcttgagaatccgccgagttctttttctctcttatggtaaatcttctttgtt 45355082  T
Q  728 taatatattttttagttttgcgttatttattattaagctaaaaatgtatatttcagggataagtttggcaaaatttttaaagaagtagatcaaaattctg 827  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  45355083 taatatattttttagttttgcgttatttattattaagttaaaaatgtatatttcagggataagtttggcaaaaattttaaagaagtagatcgaaattctg 45355182  T
Q  828 gtgttaataaaatggctgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagttctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgataaacttaagt 927  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45355183 gtgttaataaaatggctattaaagcatggaactccatgaataatgaagtaagtcctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgatcaacttaagt 45355282  T
Q  928 aatatttgtctttt-aaattgattatat 954  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||    
T  45355283 aagatttgtcttttaaaattgattatat 45355310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 82 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 18768116 - 18767780
Alignment:
Q  82 gaagtcgttgatcaatatatacaaaagaaattaactggtactcctttatactttttaaatatttggttgtttaattatgcagaaaagaatttagtttgat 181  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  18768116 gaagtcgttgatcagtatatacaaaagaaattaaccggtactcgtttatactttttaaatatttggttgtttgattatgcagaaaataatttagtttgat 18768017  T
Q  182 tatgtagaagaagtgtagaataaaaccatatttttaaaactctacgacaacaataataataataatcaaatacagttgttatgttttttctcttcgccat 281  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||  ||| |||||||||||||||    
T  18768016 tatgtagaagaagtgtagaatagaaccatattt--agaactctacgacaacaataataataat---caaatacggttgtcctgtgttttctcttcgccat 18767922  T
Q  282 ctctatgtcaacacacactcaattcagcagaacagaaccatatttttattgtactcactcacatgctctttatactcttgaggactgttctacctctctt 381  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  18767921 ctctatgtcaacagacactcaattcagcagaacagaaccatatttttattgtactcactcacatgctctttacactcttgaggactgttctacctttctt 18767822  T
Q  382 atctttgcttaaaggttgtttgtgattgtattgatacattat 423  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18767821 atccttgcttaaaggttgtttgtgattgtattgattcattat 18767780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 298 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 5529686 - 5529448
Alignment:
Q  298 actcaattcagcagaacagaaccatatttttattgtactcactcacatgctctttatactcttgaggactgttctacctctcttatctttgcttaaaggt 397  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5529686 actcaattcagcagaacataaccatatttatattgtactcactcacatgctctttatactcttgaggattgttctacctttcttatctttgcttaaaggt 5529587  T
Q  398 tgtttgtgattgtattgatacattatcgatgaaaagcgagacacatcatctctactgttgtaa------ttatttttggcatattgtagatattctaact 491  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | |||| || || | | ||||||| |||||||||||      ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  5529586 tgtttgtgattgtatagatacattatggctgaacagagaaatatatcatctatactgttgtaatattttttatttttggcttattgtagataatctaact 5529487  T
Q  492 tcggacaatctagctgaagttaagccgaagaaacacaca 530  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||    
T  5529486 tcggacaatctcgccgaagtgaagcctaagaaacacaca 5529448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 9 - 109
Target Start/End: Original strand, 45354787 - 45354887
Alignment:
Q  9 gtttgaagtgtttggtgaccaagagaaaattgcctccaaccctcatctagcaccaaaatcagttgaccaagatgaagtcgttgatcaatatatacaaaag 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  45354787 gtttgaagtgtttggtgaccaagagaaaattgcctccagccctcatctagcaccaaaatcagttgaccaagaggaagtcgttgatcagtatatacaaaag 45354886  T
Q  109 a 109  Q
    |    
T  45354887 a 45354887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 610 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 1153510 - 1153165
Alignment:
Q  610 aaaattatatagcaagtcaaaagaacacaaggccnnnnnnntcaaagttgagaaggatcatgatatgcttgagaatccgccgagttctttttctctctta 709  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1153510 aaaattatataacaagtcaaaagaacgcaaggccaaaaaaatcaaagttgagaaggatcatgatatgcttgagaatccgccgagttctttttctctatta 1153411  T
Q  710 tggtaaatcttctttgtttaatatattttttagttttgcgttatttattattaagctaaaaatgtatatttcagggataagtttggcaaaatttttaaag 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1153410 tggtaaatcttctttgtttaatatattttttagttttgcgttatttattattaagttaaaaatgtatatttcagggataagtttggcaaaaattttaaag 1153311  T
Q  810 aagtagatcaaaattctggtgttaataaaatggctgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagttctctagtatataacaacacatgcaatgc 909  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1153310 aagtagatcgaaattctggtgttaataaaatggctgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagtcctctagtatataacaacacatgcaatgc 1153211  T
Q  910 aatatgataaacttaagtaatatttgtctttt-aaattgattatat 954  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  1153210 aatatgatcaacttaagtaagatttgtcttttaaaattgattatat 1153165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 820 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 43601304 - 43601169
Alignment:
Q  820 aaattctggtgttaataaaatggctgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagttctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgataa 919  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  43601304 aaattctggtgttaataaaatggctattaaagcatggaactccatgattaatgaagtaagttctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgatca 43601205  T
Q  920 acttaagtaatatttgtctttt-aaattgattatat 954  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  43601204 acttaagtaagatttgtcttttaaaattgattatat 43601169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 267; Significance: 1e-148; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 661 - 954
Target Start/End: Original strand, 29277648 - 29277942
Alignment:
Q  661 gaaggatcatgatatgcttgagaatccgccgagttctttttctctcttatggtaaatcttctttgtttaatatattttttagttttgcgttatttattat 760  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29277648 gaaggatcatgatatgcttgagaatccgccgagttctttttctctcttatggtaaatcttctttgtttaatatattttttagttttgcgttatttattat 29277747  T
Q  761 taagctaaaaatgtatatttcagggataagtttggcaaaatttttaaagaagtagatcaaaattctggtgttaataaaatggctgttaaagcatggaact 860  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  29277748 taagttaaaaatgtatatttcagggataagtttggcaaaatttttaaagaagtagatcaaaattctggtgttaataaaatggccgttaaagcatggaatt 29277847  T
Q  861 ccatgagtaatgaagtaagttctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgataaacttaagtaatatttgtctttt-aaattgattatat 954  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29277848 ccatgagtaatgaagtaagtcctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgatcaacttaagtaatatttgtcttttaaaattgattatat 29277942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 237; Significance: 1e-130; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 691 - 954
Target Start/End: Original strand, 17718223 - 17718487
Alignment:
Q  691 gagttctttttctctcttatggtaaatcttctttgtttaatatattttttagttttgcgttatttattattaagctaaaaatgtatatttcagggataag 790  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  17718223 gagttccttttctctcttatggtaaatcttctttgtttaatatattttttagttttgcgttatttattattaagttaaaaatatatatttcagggataag 17718322  T
Q  791 tttggcaaaatttttaaagaagtagatcaaaattctggtgttaataaaatggctgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagttctctagtat 890  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17718323 tttggcaaaatttttaaagaagtagatcaaaattctggtgttaataaaatggctgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagtcctctagtat 17718422  T
Q  891 ataacaacacatgcaatgcaatatgataaacttaagtaatatttgtctttt-aaattgattatat 954  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17718423 ataacaacacatgcaatgcaatatgatcaacttaagtaatatttgtcttttaaaattgattatat 17718487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 381 - 558
Target Start/End: Original strand, 17718016 - 17718189
Alignment:
Q  381 tatctttgcttaaaggttgtttgtgattgtattgatacattatcgatgaaaagcgagacacatcatctctactgttgtaattatttttggcatattgtag 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17718016 tatctttgcttaaaggttgtttgtgattgtattaata-----tggatgaaaagcgagacacatcatctctactgttgtaattttttttggcatattgtag 17718110  T
Q  481 atattctaacttcggacaatctagctgaagttaagccgaagaaacacacaaagagg-caagttcactccacataattac 558  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  17718111 atattctaacttcggacaatctagctgaagttaagccgaagaaacacacaaagaggtaaagttcactccacataattac 17718189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 88 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 6685547 - 6685448
Alignment:
Q  88 gttgatcaatatatacaaaagaaattaactggtactcctttatactttttaaatatttggttgtttaattatgcagaaaagaatttagtttgattatgta 187  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  6685547 gttgattagtatataccaaagaaattaaccggtactcgtttattctttttaaatgttttgttgtttgattatgtagaaaataatttagtttgattatgta 6685448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 619 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 6685358 - 6685285
Alignment:
Q  619 tagcaagtcaaaagaacacaaggccnnnnnnntcaaagttgagaaggatcatgatatgcttgagaatccgccga 692  Q
    |||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6685358 tagcaagtcaaaagaacacaaggccaaaaaaatcaaagttgagaaggatcatgatatgcttgagaatccgccga 6685285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 166; Significance: 3e-88; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 622 - 944
Target Start/End: Complemental strand, 15515201 - 15514884
Alignment:
Q  622 caagtcaaaagaacacaaggccnnnnnnntcaaagttgagaaggatcatgatatgcttgagaatccgccgagttctttttctctcttatggtaaatcttc 721  Q
    |||| |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  15515201 caagccaaaagaacacaaggccaaaaaattcaaagttgagaaggatcatgatatacttgagaatctgccgaattctttttttcttttatggtaaatcttc 15515102  T
Q  722 tttgtttaatatattttttagttttgcgttatttattattaagctaaaaatgtatatttcagggataagtttggcaaaatttttaaagaagtagatcaaa 821  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||  |||||  ||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  15515101 tttgtttaatatattttttatttttatgttgtttattattaagtaaaaaaattatattttagggatgagtttggcgaaaattttaaagaagtagatcaaa 15515002  T
Q  822 attctggtgttaataaaatggctgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagttctctagtatataacaacacatgcaatgcaatatgataaac 921  Q
    |||  | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||     |||||   |    
T  15515001 atttcgatgttaataaaatggtcgttaaagcatggaactccatgagtaatgaagtaagtcctctagtatattacaacacatgcaat-----atgatctcc 15514907  T
Q  922 ttaagtaatatttgtcttttaaa 944  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  15514906 ttaagtaacatttgtcttttaaa 15514884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University