View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3395R-Insertion-7 (Length: 717)

Name: NF3395R-Insertion-7
Description: NF3395R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3395R-Insertion-7
NF3395R-Insertion-7
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (9-701)||(16945914-16946606)
chr2 (9-701)||(17016579-17017271)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 631; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 631; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 701
Target Start/End: Original strand, 16945914 - 16946606
Alignment:
Q  9 aaaccgggtacttaaatgcaatattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16945914 aaaccgggtacttaaatgcaacattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc 16946013  T
Q  109 actaccattatccaaccttacattataaagttaaacaagtaaataaaatctaattaaaagtagatgaaaacctgatcaaatggtcctccagaattttcat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16946014 actaccattatccaaccttacattataaagttaaacaagtaaataaaatctaattaaaagttgatgaaaacctgatcaaacggtcctccagaattttcat 16946113  T
Q  209 ctcccttatcatcagtagaagtattggtttttgattcttcaacgtcctgtaacttttcatacttgctcacctcggttccggtttcagtatatggtacatt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16946114 ctcccttatcatcagtagaagtattggtttttgattcttcaatgtcctgtaacttttcatacttgctcacctcggttccggtttcagtatatggtacatt 16946213  T
Q  309 ctgtaacacaaaaaatacacagtttgattctattaatcaacattaagataatgccaaaaagaaatctggtttggtttgttgacnnnnnnnntaacgctgt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||    
T  16946214 ctgtaacacaaaaaatacacagtttgattctattaatcaacattaagataatgccaaaaagaaatctggtttggtttgttgacaaaaaaaataacgctgt 16946313  T
Q  409 cttaagtgctccaccatatacaagatataattataccttatctacattttctattttcgtgaaatccaaacttctttcatggcttaggcactttgcatcc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16946314 cttaagtgctccaccatatacaagatataattataccttatctacattttctattttcgtgaaatccaaacttctttcatggcttaggcactttgcatcc 16946413  T
Q  509 tgacttaggttgttaagagtatttctatcagagagcttcaaaggcacctttcctgaaactttaattgttycacatgtagatgttcttgtcaaaattctat 608  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16946414 tgacttaggttgttaggagtatttctctcagagagcttcaaaggcacctttcctgaaacgttaattgtttcacatgtagatgttcttgtcaaaattctat 16946513  T
Q  609 tatttctctctttctcttgatctctactatttcgtactttgctattggactcgtcgtcttgatcttcatttcttgcatttgaatctgcttgtt 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16946514 tatttctctctttctcttgatctctactatttcgtactttgctattggactcatcgtcttgatcttcatttcttgcatttgaatctgtttgtt 16946606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 631; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 701
Target Start/End: Original strand, 17016579 - 17017271
Alignment:
Q  9 aaaccgggtacttaaatgcaatattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17016579 aaaccgggtacttaaatgcaacattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc 17016678  T
Q  109 actaccattatccaaccttacattataaagttaaacaagtaaataaaatctaattaaaagtagatgaaaacctgatcaaatggtcctccagaattttcat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17016679 actaccattatccaaccttacattataaagttaaacaagtaaataaaatctaattaaaagttgatgaaaacctgatcaaacggtcctccagaattttcat 17016778  T
Q  209 ctcccttatcatcagtagaagtattggtttttgattcttcaacgtcctgtaacttttcatacttgctcacctcggttccggtttcagtatatggtacatt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17016779 ctcccttatcatcagtagaagtattggtttttgattcttcaatgtcctgtaacttttcatacttgctcacctcggttccggtttcagtatatggtacatt 17016878  T
Q  309 ctgtaacacaaaaaatacacagtttgattctattaatcaacattaagataatgccaaaaagaaatctggtttggtttgttgacnnnnnnnntaacgctgt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||    
T  17016879 ctgtaacacaaaaaatacacagtttgattctattaatcaacattaagataatgccaaaaagaaatctggtttggtttgttgacaaaaaaaataacgctgt 17016978  T
Q  409 cttaagtgctccaccatatacaagatataattataccttatctacattttctattttcgtgaaatccaaacttctttcatggcttaggcactttgcatcc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17016979 cttaagtgctccaccatatacaagatataattataccttatctacattttctattttcgtgaaatccaaacttctttcatggcttaggcactttgcatcc 17017078  T
Q  509 tgacttaggttgttaagagtatttctatcagagagcttcaaaggcacctttcctgaaactttaattgttycacatgtagatgttcttgtcaaaattctat 608  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17017079 tgacttaggttgttaggagtatttctctcagagagcttcaaaggcacctttcctgaaacgttaattgtttcacatgtagatgttcttgtcaaaattctat 17017178  T
Q  609 tatttctctctttctcttgatctctactatttcgtactttgctattggactcgtcgtcttgatcttcatttcttgcatttgaatctgcttgtt 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17017179 tatttctctctttctcttgatctctactatttcgtactttgctattggactcatcgtcttgatcttcatttcttgcatttgaatctgtttgtt 17017271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University