View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3403_high_1 (Length: 705)

Name: NF3403_high_1
Description: NF3403
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3403_high_1
NF3403_high_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (16-695)||(11311976-11312655)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 628; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 628; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 11312655 - 11311976
Alignment:
Q  16 aatagagcatgctcaagctttctttagtcaaagaggaagaggtcgaggtcgaagcggacttggcggtagaggtcactttaactctcaaggaagaggtttt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11312655 aatagagcatgctcaagctttctttagtcaaagaggaagaggtcgaggtcgaagcggacgtggcggtagaggtcactttaactctcaaggaagaggtttt 11312556  T
Q  116 actccagtaggtcgatataatggacctcaaaacaacgaggtcttcgtcaagcataaccacagttcaaagggagaaaagccacgtcaaatcaacgagagta 215  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11312555 actccagcaggtcgatataatggacctcaaaacaacgagttctctgtcaagcataaccacagttcaaagggagaaaagccacgtcaaaacaacgagagta 11312456  T
Q  216 aaagtgcttgtcaaatttgcataaaattgaatcatgaagctgttgattgctggtacaggtatgattattcttatcagtctgaagattttccccaggcact 315  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11312455 aaagtgcttgtcaaatttgcagaaaaccgaatcatgaagctgttgattgctggtacaggtatgattattcttatcagtctgaagattttccccaggcact 11312356  T
Q  316 tgctgctcttgctctaaatgacacaaaggaccagtccttcattgtagattctggagctacatcccacatgatcaatgatgcaggtaatttatcctatgtt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11312355 tgctgctcttgctctaaatgacacaaaggaccagtccttcattgtagattctggagctacatcccacatgatcaatgatgcaggtaatttatcctatgtt 11312256  T
Q  416 aagacttatcatggaaatgatgtaatctatgtgggtgatggaaataacataccaataacacatactggtgatgtgaatgttgttacatctaatggaaact 515  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11312255 aagccttatcatggaaatgatgtaatctatgtgggtgatggaaataacataccaataacacatactggtgatgtgaatgttgttacatctaatggaaact 11312156  T
Q  516 taaaattaaaagatgttctggtggttccagacttaaagaagaatttgctttctgttggaaaatttgtgtctgataaccaatgcatttttgaattgacttc 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11312155 taaaattaaaagatgttctggtggttccagacttaaagaagaatttgctttctgttggaaaatttgtgtctgataaccaatgcatttttgaattcacttc 11312056  T
Q  616 tgctggatttgttattaaggatcaaagtcaaaagatgatagcgagggggcataagaaagaacaactgtacacacttgatg 695  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11312055 ttctggatttgttattaaggatcaaagtcaaaagatgatagcgagggggcataagaaaggacaactgtacacacttgatg 11311976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University