View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3404-Insertion-1 (Length: 1200)

Name: NF3404-Insertion-1
Description: NF3404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3404-Insertion-1
NF3404-Insertion-1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-1133)||(30688542-30689657)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 950; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 950; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1133
Target Start/End: Original strand, 30688542 - 30689657
Alignment:
Q  8 gatactcaggaggttaagaaaatatattactaggctgtgggctgggcttatcctcctacatagcagtatagttagcctactttatatgcgtagatacaga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30688542 gatactcaggaggttaagaaaatatattactaggctgtgggctgggcttatcctcctacatagcagtatagttagcctactttatatgtgtagatacaga 30688641  T
Q  108 tacaataagcccaatcagtcataatagacgctcttaaaaaactagaaactgacatttgagtttcaagactttgaatcactgtaacgtattctctacatcc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30688642 tacaataagcccaatcagtcataatagacgctcttaaaaaactagaaactgacatttgagtttcaagactttgaatcactgtaacgtattctctacatcc 30688741  T
Q  208 ttagagacgtatcaattctacagtctacgtacctcctttttaacaagcctcagaaactcttcacgttctttgctcaccgactgaaaagtcataagacaaa 307  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30688742 ttagagacagatcaattctacagtctacgtacctcctttttaacaagcctcagaaactcttcacgttctttgctcaccgactgaaaagtcataagacaaa 30688841  T
Q  308 tcattgcgtccaatcatttaccaaaaaatattaatagttggaaagagtgaaataagttttccttacagattttgatgctaaaacagctaatgcttggctg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30688842 tcattgcgtccaatcatttaccaaaaaatattaatagttggaaagagtaaaataagttttccttacagatgctgatgctaaaacaactaatgcttggctg 30688941  T
Q  408 atctcacaaagttgctcatgtttttccaatgccgttgcctttatctcttctcgtgtttgttcggtcgttggagcaaccctcttttgtagccaaattcctt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  30688942 atctcacaaagttgctcatgtttttccaatgcctttgcctttatctcttctcgtgtttgttcggtcgttggagcca-cctcttttgtagccaaattcctt 30689040  T
Q  508 tcgccacctatagattctgtcactttggcccgcttctcttcctcctcctattaaatatcttgcaaccatcaatctcaaatctaaagtaacaagtatactg 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30689041 tcgccacctatagattctgtcactttggcctgcttctcttcctcctcctattaaatatcttgcaaccatcaatctcaaatctaaagtaacaagtataccg 30689140  T
Q  608 aaagcatagcaacttcaacaagaaaatcaacatatttagtgattcagatacaatgttggttggatgaacaatagttgaaaaaggaaaatactcatgaaca 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30689141 aaagcatagcaacttcaacaagaaaatcaacatatttagtgattcagatacaatgttggttggatg-acaatagttgaaaaaggaaaatactcatgaaca 30689239  T
Q  708 tagaactaaatttttcaaaaatgacttatgtaggctagcagaaagaaatatatttctcccccattcgtccattctatattccttcctactagacttcatt 807  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30689240 tagaactgaatttttcaaaaatgacttatgtaggctagcagaaaaaaaaatatttctcccccattcgtccattctatatttcttcctactagacttcatt 30689339  T
Q  808 acaaatacatatgaaaattctatgatcctgcaactagtaattattcacaatgttaaagtgaaatgaagcaaggcttttaacaaactactttaaaattata 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30689340 acaaatacatatgaaaattctatgatcctgcaactagtaattattcacaatgttaaagtgaaatgaagcaaggcttttaacaaactactttaaaattata 30689439  T
Q  908 atggaaatcaccaactcatgcctccgtccgcaaaacataaaatatctctgatgacggcacatataaagcataagaagttaacctttgattagctccctcc 1007  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||    
T  30689440 atggaaatcaccaactcatgcctccgt-cgcaaaacat-aaatatctctgatgacggcacatataaagcataa-aagttaacc-ttgattagct-cctcc 30689534  T
Q  1008 tgcatttcaagatattccaactttcctcttcctcctccgaaacagaatcttcagaaggcaaagctgtcacccccaacagtatccaca--ctcattctgca 1105  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||   |||    
T  30689535 tgcatttcaagatattccaacttt-ctcttcct-ctccgaaacagaatcttcagaaggcaaagctgtca-ccccaacagtatccacaacctcatctggca 30689631  T
Q  1106 aagaaagaagagtgtagcttgaacaacc 1133  Q
    |||||   ||||||||||||||||||||    
T  30689632 aagaa--gagagtgtagcttgaacaacc 30689657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University