View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3411_low_2 (Length: 460)

Name: NF3411_low_2
Description: NF3411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3411_low_2
NF3411_low_2
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (13-441)||(5490884-5491312)
chr3 (16-441)||(5485463-5485888)
chr3 (18-441)||(5827120-5827543)
chr3 (16-441)||(5847856-5848272)
chr3 (21-441)||(5455707-5456118)
chr3 (21-441)||(5447145-5447556)
chr3 (21-441)||(20344315-20344729)
chr3 (18-441)||(5801461-5801869)
chr3 (13-441)||(5853160-5853573)
chr3 (18-200)||(5503920-5504102)
chr3 (18-200)||(5526763-5526945)
chr3 (323-441)||(5526537-5526655)
chr3 (323-441)||(5503697-5503815)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (182-441)||(25808417-25808667)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5491312 - 5490884
Alignment:
Q  13 gagaggtatgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5491312 gagaggtatgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcaccaaggactattgtgtgggttg 5491213  T
Q  113 ccaatagaaatactcctacacaaaactcaacagcaatgctgaaagtcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatatggaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5491212 ccaatagaaatactcctacacaaaactcaacagcaatgctgaaagtcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatctggaa 5491113  T
Q  213 ctccaattcatcaagcacagcgacggtgaaatcagttattgtgcagctgttggattcaggaaaccttgttgtgaaagatgcaaacagcagcggtaagaat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5491112 ctccaattcatcaagcacagcgacggtgaaatcagttattgtgcagctgttggattcaggaaaccttgttgtgaaagatgcaaacagcagcggtaagaat 5491013  T
Q  313 gaggatttattgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5491012 gaggatttattgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctca 5490913  T
Q  413 cttcttggagaagccctcaagatcctgct 441  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  5490912 catcttggagaaaccctcaagatcctgct 5490884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 16 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5485888 - 5485463
Alignment:
Q  16 aggtatgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgcca 115  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  5485888 aggtttgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacatcaatacttcggtatatggtacaagaatatatcaccaaggactattgtatgggttgcca 5485789  T
Q  116 atagaaatactcctacacaaaactcaacagcaatgctgaaagtcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatatggaactc 215  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  5485788 atagaaatactcctgcacaaaactcaacagcaatgctgaaacttaacgatcaaggaagtcttattattcttgatggctccgagggtgtcatatggaactc 5485689  T
Q  216 caattcatcaagcacagcgacggtgaaatcagttattgtgcagctgttggattcaggaaaccttgttgtgaaagatgcaaacagcagcggtaagaatgag 315  Q
    |||||||||||| |  ||  |||||||||| |||| |||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  5485688 caattcatcaagaattgcagcggtgaaatctgttactgttaagctgttagattcaggaaaccttgttttgaaagatgcaaacagcagcgatgagaatgag 5485589  T
Q  316 gatttattgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcactt 415  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5485588 gatttcttgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcacat 5485489  T
Q  416 cttggagaagccctcaagatcctgct 441  Q
    |||||| || ||||||||||||||||    
T  5485488 cttggaaaaaccctcaagatcctgct 5485463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 18 - 441
Target Start/End: Original strand, 5827120 - 5827543
Alignment:
Q  18 gtatgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgccaat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  5827120 gtatgaagcaggatttttcaactttggcgattcacagcgtcaatacttcggtatatggtacaagaacatatcaccaaggactattgtgtgggttgctaat 5827219  T
Q  118 agaaatactcctacacaaaactcaacagcaatgctgaaagtcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatatggaactcca 217  Q
     |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5827220 cgaaatactcctgtacaaaactcaacagcaatgctgaaacttaacaatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatctggaactcca 5827319  T
Q  218 attcatcaagcacagcgacggtgaaatcagttattgtgcagctgttggattcaggaaaccttgttgtgaaagatgcaaacagcagcggtaagaatgagga 317  Q
    |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||   ||||||||||||    
T  5827320 attcatcaagaactgcggcggtgaaatcagttattgtgcagcttttggattcgggaaaccttgttgtgaaagatgcaagcagaagttttaagaatgagga 5827419  T
Q  318 tttattgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcacttct 417  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5827420 ttttttgtgggaaagttttaattatcctggtgacactttccttgctggaatgaagctgagaagtaacttagttactggtccatatagatatctgacttct 5827519  T
Q  418 tggagaagccctcaagatcctgct 441  Q
    ||||||  | || |||||||||||    
T  5827520 tggagatcctctgaagatcctgct 5827543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 16 - 441
Target Start/End: Original strand, 5847856 - 5848272
Alignment:
Q  16 aggtatgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgcca 115  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5847856 aggtttgaagcaggatttttctactttggagatccacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcaccaaggactattgtgtgggttgcca 5847955  T
Q  116 atagaaatactcctacacaaaactcaacagcaatgctgaaagtcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatatggaactc 215  Q
    ||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5847956 atagaaatactcctgtacgtaactcaacagcaatgctgaaactcaacgaccaaggaaatcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatctggaactc 5848055  T
Q  216 caattcatcaagcacagcgacggtgaaatcagttattgtgcagctgttggattcaggaaaccttgttgtgaaagatgcaaacagcagcggtaagaatgag 315  Q
    |||||||||| | |  | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||           | ||    
T  5848056 caattcatcaggaattgtggcggtgaaatcagttattgtgcagttgttggattcaggaaaccttgttgggaaagatgcaaacagc---------tctcag 5848146  T
Q  316 gatttattgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcactt 415  Q
     | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5848147 aactttttgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcactt 5848246  T
Q  416 cttggagaagccctcaagatcctgct 441  Q
    ||||||||  | || |||||||||||    
T  5848247 cttggagatcctctgaagatcctgct 5848272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 21 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5456118 - 5455707
Alignment:
Q  21 tgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgccaataga 120  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5456118 tgaagcaggttttttcaattttggagatccacaacgccaatactttggtatatggtacaagaacatatcaccaaggacaattgtgtgggttgccaataga 5456019  T
Q  121 aatactcctacacaaaactcaacagcaatgctgaaagtcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatatggaactccaatt 220  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  5456018 aatactcctgtacaaaactcaacagcaatgctgaaactcaatgatcagggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatctggaacaccaatt 5455919  T
Q  221 catcaagcacagcgacggtgaaatcagttattgtgcagctgttggattcaggaaaccttgttgtgaaagatgcaaacagcagcggtaagaatgaggattt 320  Q
    ||||||| |  |   |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||         | | || | ||    
T  5455918 catcaagaattgtagcggtgaaatcagttgttgtgcagttgttggattcaggaaaccttgttgtgaaagatgcagacagc---------actcagaactt 5455828  T
Q  321 attgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcacttcttgg 420  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5455827 tttgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttacgggtccatatagatatctcacttcttgg 5455728  T
Q  421 agaagccctcaagatcctgct 441  Q
    |||| |||| | |||||||||    
T  5455727 agaaaccctgatgatcctgct 5455707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 21 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5447556 - 5447145
Alignment:
Q  21 tgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgccaataga 120  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| || | ||| |  || |||||| ||||||||||||||||||||    
T  5447556 tgaagcaggatttttcaattttggagatccacaacgccaatactttggtatatggtataacagcattttacctaggactgttgtgtgggttgccaataga 5447457  T
Q  121 aatactcctacacaaaactcaacagcaatgctgaaagtcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatatggaactccaatt 220  Q
    || || |||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  5447456 aacacccctgtacaaaactcaacagcaatgctgaaactcactgatcagggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgacatctggaactccaatt 5447357  T
Q  221 catcaagcacagcgacggtgaaatcagttattgtgcagctgttggattcaggaaaccttgttgtgaaagatgcaaacagcagcggtaagaatgaggattt 320  Q
    ||||||| || | | |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||         | | || | ||    
T  5447356 catcaagaactgtggcggtgaaaacagttgttgtgcagttgttggattcaggaaaccttgttgtgaaagatgtaaacagc---------actcagaactt 5447266  T
Q  321 attgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcacttcttgg 420  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  5447265 tttgtgggaaagttttgactatcctggtgacactttccttcctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcacatcatgg 5447166  T
Q  421 agaagccctcaagatcctgct 441  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  5447165 agaagccctcaagatcctgct 5447145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 21 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 20344729 - 20344315
Alignment:
Q  21 tgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgccaataga 120  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20344729 tgaagcaggatttttcaactttagagatccactacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcaccaaggactattgtgtgggttgccaataga 20344630  T
Q  121 aatactcctacacaaaactcaacagcaatgctgaaagtcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatatggaactccaatt 220  Q
    ||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| || || |||  ||||||||    
T  20344629 aatacgcctgtacaaaactcaacagcgatgctgaaactcaatggtcagggaactcttgttattgttgatggctccaaaggcgttatctggtcctccaatt 20344530  T
Q  221 catcaagcacagcgacggtgaaatcagttattgtgcagctgttggattcaggaaaccttgttgtgaaagatgcaaacagcagcggtaagaatgaggattt 320  Q
    ||||||| |  |    ||  ||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || || ||||||| ||    
T  20344529 catcaagaattg---tgggaaaatcag-tat--tgcagttgttggattcaggaaaccttgttgtaaaagatgcaaatagcagcagtgaggatgaggagtt 20344436  T
Q  321 attgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcacttcttgg 420  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20344435 tttgtgggaaagctttgattatcctggtgacacgttgcttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagtgactggtccatatagatatctcacttcttgg 20344336  T
Q  421 agaagccctcaagatcctgct 441  Q
    |||| | || |||||||||||    
T  20344335 agaacctctgaagatcctgct 20344315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 18 - 441
Target Start/End: Original strand, 5801461 - 5801869
Alignment:
Q  18 gtatgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgccaat 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5801461 gtatgaagccggatttttcaactttggcgattcccaacgccaatacttcggtatatggtacaagaagatatcaccaaggactattgtgtgggttgccaat 5801560  T
Q  118 agaaatactcctacacaaaactcaacagcaatgctgaaagtcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatatggaactcca 217  Q
    ||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||    
T  5801561 agaaatactcctgtacataactcagcagcaatgctgaaactcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatctggtcctcca 5801660  T
Q  218 attcatcaagcacagcgacggtgaaatcagttattgtgcagctgttggattcaggaaaccttgttgtgaaagatgcaaacagcagcggtaagaatgagga 317  Q
    ||||| |||| |  |     ||||||||||   |||| ||||| |||||||| ||||| ||  |  |||||||||||||| ||           | || |    
T  5801661 attcaacaagaattg---tagtgaaatcag---ttgttcagcttttggattcgggaaatctcatcttgaaagatgcaaacggc---------tctcagaa 5801745  T
Q  318 tttattgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcacttct 417  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5801746 ctttttgtgggaaagttttgactatcctggtaacactttccttcctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcacatct 5801845  T
Q  418 tggagaagccctcaagatcctgct 441  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  5801846 tggagaagccctcaagatcctgct 5801869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 441
Target Start/End: Original strand, 5853160 - 5853573
Alignment:
Q  13 gagaggtatgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  5853160 gagaggtatgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaatatatcaccaagcactattgtgtgggttg 5853259  T
Q  113 ccaatagaaatactcctacacaaaactcaacagcaatgctgaaagtcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaaggtgtcatatggaa 212  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||| | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | || |||||    
T  5853260 ccaatagaaatactcctgtacaaaactcaactgcaatgatgaaacttactgatcaaggaagtcttgttattattgatggctccaaaggcattatctggaa 5853359  T
Q  213 ctccaattcatcaagcacagcgacggtgaaatcagttattgtgcagctgttggattcaggaaaccttgttgtgaaagatgcaaacagcagcggtaagaat 312  Q
     |||||||||||||| |  | ||  |||||| | |   |||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||| ||| ||| |||             
T  5853360 ttccaattcatcaagaattg-ga--gtgaaaccgg---ttgttcagcttttggattcaggaaatcttgttttgaatgatacaatcag-agc--------a 5853444  T
Q  313 gaggatttattgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctca 412  Q
     || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5853445 cagaattttttgtgggaaagttttgattatcctggtaacaatttccttgcgggaatgaagctgaaaagtaatttagttactggtccatatagatatctca 5853544  T
Q  413 cttcttggagaagccctcaagatcctgct 441  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||    
T  5853545 catcttggagaagccctcaagatcctgct 5853573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 5504102 - 5503920
Alignment:
Q  18 gtatgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgccaat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5504102 gtatgaagcaggatttttcaactttggtgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgccaat 5504003  T
Q  118 agaaatactcctacacaaaactcaacagcaatgctgaaagtcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaagg 200  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  5504002 agaaataccccgacacaaaactcaacagcaatgttgaaacttaacgatcaaggaagtcttgttatcgtggatggctccaaagg 5503920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 5526945 - 5526763
Alignment:
Q  18 gtatgaagcaggatttttcaactttggcgattcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgccaat 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5526945 gtatgaagcaggttttttcaactttggagatccacaacatcaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgccaat 5526846  T
Q  118 agaaatactcctacacaaaactcaacagcaatgctgaaagtcaatgatcaaggaagtcttgttattcttgatggctccaaagg 200  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  5526845 agaaataccccgacacaaaactcaacagcaatgttgaaacttaacgatcaaggaagtcttgatattgtggatggctccaaagg 5526763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 323 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5526655 - 5526537
Alignment:
Q  323 tgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcacttcttggag 422  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5526655 tgtgggaaagttttgactatcccggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcacttcttggag 5526556  T
Q  423 aagccctcaagatcctgct 441  Q
    || ||||||||||||||||    
T  5526555 aaaccctcaagatcctgct 5526537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 323 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5503815 - 5503697
Alignment:
Q  323 tgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcacttcttggag 422  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  5503815 tgtgggaaagttttgactatcccggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagtaacttagttactggtccatatagatatctcacatcttggaa 5503716  T
Q  423 aagccctcaagatcctgct 441  Q
    |  ||||||||||||||||    
T  5503715 agaccctcaagatcctgct 5503697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 148; Significance: 6e-78; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 182 - 441
Target Start/End: Original strand, 25808417 - 25808667
Alignment:
Q  182 ttcttgatggctccaaaggtgtcatatggaactccaattcatcaagcacagcgacggtgaaatcagttattgtgcagctgttggattcaggaaaccttgt 281  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || | | |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25808417 ttcttgatggctccaaaggtgacatctggaactccaattcatcaagaactgtggcggtgaaaacagttgttgtgcagttgttggattcaggaaaccttgt 25808516  T
Q  282 tgtgaaagatgcaaacagcagcggtaagaatgaggatttattgtgggaaagttttgattatcctggtaacactttccttgctggaatgaagctgaaaagt 381  Q
    ||||||||||| ||||||||          | || | || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25808517 tgtgaaagatgtaaacagcac---------tcagaactttttgtgggaaagttttgactatcctggtgacactttccttcctggaatgaagctgaaaagt 25808607  T
Q  382 aacttagttactggtccatatagatatctcacttcttggagaagccctcaagatcctgct 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  25808608 aacttagttactggtccatatagatatctcacatcatggagaagccctcaagatcctgct 25808667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University