View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3413_low_21 (Length: 247)

Name: NF3413_low_21
Description: NF3413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3413_low_21
NF3413_low_21
[»] chr6 (36 HSPs)
chr6 (19-247)||(27592485-27592713)
chr6 (23-247)||(27679440-27679664)
chr6 (19-247)||(27705868-27706096)
chr6 (19-247)||(27677084-27677309)
chr6 (19-247)||(28786728-28786956)
chr6 (19-247)||(28792849-28793077)
chr6 (19-247)||(27427076-27427306)
chr6 (19-247)||(27604168-27604398)
chr6 (19-247)||(28781591-28781819)
chr6 (19-247)||(26802933-26803164)
chr6 (19-212)||(27717963-27718156)
chr6 (19-217)||(27610584-27610782)
chr6 (19-247)||(27698050-27698278)
chr6 (19-188)||(27530765-27530934)
chr6 (19-170)||(26623838-26623989)
chr6 (19-170)||(26729815-26729966)
chr6 (31-188)||(31285108-31285265)
chr6 (22-188)||(26656515-26656680)
chr6 (22-188)||(26762486-26762651)
chr6 (19-188)||(26647028-26647197)
chr6 (19-188)||(26752996-26753165)
chr6 (32-187)||(25483609-25483764)
chr6 (108-187)||(25539093-25539172)
chr6 (32-187)||(25580272-25580427)
chr6 (32-187)||(26143418-26143573)
chr6 (35-187)||(25511488-25511640)
chr6 (32-187)||(26056472-26056627)
chr6 (32-187)||(26076442-26076597)
chr6 (111-244)||(27214943-27215078)
chr6 (31-186)||(26824370-26824525)
chr6 (31-186)||(26884621-26884776)
chr6 (19-90)||(27337559-27337630)
chr6 (19-90)||(27398299-27398370)
chr6 (132-185)||(31284823-31284876)
chr6 (20-92)||(25492784-25492856)
chr6 (31-81)||(26862236-26862286)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (19-247)||(60057-60287)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (19-247)||(18074249-18074479)
chr4 (19-247)||(18654937-18655165)
chr4 (22-243)||(18679023-18679244)
chr4 (22-247)||(18723548-18723773)
chr4 (22-247)||(18730967-18731192)
chr4 (19-247)||(18698860-18699088)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (19-247)||(7977-8205)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (19-247)||(13139-13367)
scaffold0277 (19-247)||(4176-4406)
[»] scaffold0349 (2 HSPs)
scaffold0349 (19-212)||(3003-3196)
scaffold0349 (164-217)||(14082-14135)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (19-170)||(267804-267955)
chr1 (35-189)||(28127155-28127309)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-188)||(29273302-29273471)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 36)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 27592485 - 27592713
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27592485 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 27592584  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27592585 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 27592684  T
Q  219 ctaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27592685 ctaagaatgtattatacatttctaactat 27592713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 23 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 27679664 - 27679440
Alignment:
Q  23 gatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggaga 122  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27679664 gatccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaagggctgtcgactgatcttgttggaga 27679565  T
Q  123 tgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgtactaa 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27679564 tgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgtactaa 27679465  T
Q  223 gaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  27679464 gaatgtattatacatttctaactat 27679440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 27705868 - 27706096
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  27705868 atcaggtccctcatcaagaagtgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaagggatgtcgactgatcttgttg 27705967  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27705968 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcccaatcacatccatgta 27706067  T
Q  219 ctaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27706068 ctaagaatgtattattcatttctaactat 27706096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 27677084 - 27677309
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    
T  27677084 atcagatccttcatcaagaagcgatttcatttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaagggttgttgactgatcttgttg 27677183  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27677184 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 27677283  T
Q  219 ctaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||    
T  27677284 ct---aatgtattatacatttctaactat 27677309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 28786956 - 28786728
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  28786956 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttg 28786857  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 218  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  28786856 gagatgtatttgactatatctccaataaacttgtattcatatctattcatgtcatataagataagttagtatgtaacaacatcacaatcacatccatgta 28786757  T
Q  219 ctaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    || ||||| || |||||||||||||||||    
T  28786756 ctcagaatatagtatacatttctaactat 28786728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 28793077 - 28792849
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  28793077 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttg 28792978  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 218  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  28792977 gagatgtatttgactatatctccaataaacttgtattcatatctattaatgtccgataagataagttagtatgtaacaacatcacaatcacatccatgta 28792878  T
Q  219 ctaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    || ||||| || |||||||||||||||||    
T  28792877 ctcagaatatagtatacatttctaactat 28792849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 27427076 - 27427306
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  27427076 atcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggactgtcgactgatcttgttg 27427175  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacat--cacaatcacatccatg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||    
T  27427176 gagatgtatttgactatctttccaataagctcgtattcatatctattcatgtccaataatataagttagtatgtaacaacatcacacaatcacatccatg 27427275  T
Q  217 tactaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    |||| | ||| |||||||||||| |||||||    
T  27427276 tactcataatatattatacatttttaactat 27427306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 27604168 - 27604398
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  27604168 atcagatctttcatcaagaagagatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaataggataattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttg 27604267  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgt- 217  Q
    ||||| | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||     
T  27604268 gagatttctttcactatctttccaataagctcgtattcatatctattcatgtccaataagataagttagtatgtaacaacatcataatcacatccatgta 27604367  T
Q  218 -actaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
     ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  27604368 cactcagaatatattatacatttctaactat 27604398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 28781819 - 28781591
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| |||||||||||||||    
T  28781819 atcatatccttcaccaagaagcgatttcacttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagtgctgacgactgatcttgttg 28781720  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 218  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  28781719 gagatgtatttgactatatcgccaataaacttgtattcatatctattcatgtcatataagataagttagtatgtaacaacatcacaatcacatccatgta 28781620  T
Q  219 ctaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    || ||||| || |||||||||||||||||    
T  28781619 ctcagaatatagtatacatttctaactat 28781591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 26803164 - 26802933
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||    
T  26803164 atcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgagagtgcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgatcttgttg 26803065  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgt---ctaacaacatcacaatcacatccat 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||    
T  26803064 gagatgtatttgactatctctccaatcaacttgtattcatatctattcatgtccaacaagataagttagtatgtactaacaacatcacaatcacatccat 26802965  T
Q  216 gtactaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    ||||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  26802964 gtactcataatatattatacatttctaactat 26802933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 212
Target Start/End: Original strand, 27717963 - 27718156
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||| ||||||||    
T  27717963 atcagatctttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggttgacgactggtcttgttg 27718062  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatc 212  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  27718063 gagatgtatttgactatctctccaataaactcgtattcatatctattcatgtccagtaagataagttagtatgtgacaacatcacaatcacatc 27718156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Original strand, 27610584 - 27610782
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||||||||||    
T  27610584 atcagatctttcatcaagaagcgatttcacttcttgtacttgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggttgacgactgatcttgttg 27610683  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgt 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||    
T  27610684 gagatgtatttgactatctctccagtaaactcgtattcatatctattcatgcccaataagataagttagtatgtgacaacatcacaatcacatccatgt 27610782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 27698050 - 27698278
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||||||| | ||||||||  |||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  27698050 atcagatccattatcaagaattgatttcactctttgtacttgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttg 27698149  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 218  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| || |||  | ||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||    
T  27698150 gagatgtatttgactatctcttcaataaacttgtattcatatctactcgtgtcgagtaagaaaagttagtatgaaacaacatcacaatcacatctatgta 27698249  T
Q  219 ctaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    || ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  27698250 ctcagaatatattataaatttctaactat 27698278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 19 - 188
Target Start/End: Original strand, 27530765 - 27530934
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    |||||||  |||||||||| ||  |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||  ||||| ||| |||||    
T  27530765 atcagatttttcatcaagatgccctttcacatgttgtactcgggactgtaatccaacaggatatttggcaacatctaagggctcacgactaatcctgttg 27530864  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagt 188  Q
    || |||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27530865 gaaatgtcttcgactatctttccaataaactcgtattcatatctattcatgtccaataagataagttagt 27530934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 26623989 - 26623838
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||  | ||||||| |||||||   ||| |||||||||||    
T  26623989 atcagatccattatcaagaagtgatttcacttgttgtagttgagactgtaatccaacagggtatttagcaacatgtaagggcacacgattgatcttgttg 26623890  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgt 170  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |  ||||||||||| |||||||    
T  26623889 gagatgtatttgactatcttttcaataaaatcatattcatatctgttcatgt 26623838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 26729966 - 26729815
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||  | ||||||| |||||||   ||| |||||||||||    
T  26729966 atcagatccattatcaagaagtgatttcacttgttgtagttgagactgtaatccaacagggtatttagcaacatgtaagggcacacgattgatcttgttg 26729867  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgt 170  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |  ||||||||||| |||||||    
T  26729866 gagatgtatttgactatcttttcaataaaatcatattcatatctgttcatgt 26729815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 31 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 31285265 - 31285108
Alignment:
Q  31 atcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttg 130  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||||   ||| |||||||||||||||||||||||    
T  31285265 atcaagaagcaatttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttg 31285166  T
Q  131 actatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagt 188  Q
    ||||| | ||||||||  |  ||||||||||| ||||||| |||  ||||| ||||||    
T  31285165 actatgtctccaataaaatcatattcatatctgttcatgttcaactagatatgttagt 31285108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 22 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 26656680 - 26656515
Alignment:
Q  22 agatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggag 121  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| |||       ||| ||||||||| ||||    
T  26656680 agatcccttatcaagaagcaatttcacttgttgtactcgagactctaatccaacagggtatttggcaacatgtaaaaaaacacgattgatcttgtcggag 26656581  T
Q  122 atgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagt 188  Q
    |||| ||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||    
T  26656580 atgtctttgactatattctcaataaacttgtattcatatctattcatgtacaa-gagataagttagt 26656515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 22 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 26762651 - 26762486
Alignment:
Q  22 agatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggag 121  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| |||       ||| ||||||||| ||||    
T  26762651 agatcccttatcaagaagcaatttcacttgttgtactcgagactctaatccaacagggtatttggcaacatgtaaaaaaacacgattgatcttgtcggag 26762552  T
Q  122 atgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagt 188  Q
    |||| ||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||    
T  26762551 atgtctttgactatattctcaataaacttgtattcatatctattcatgtacaa-gagataagttagt 26762486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 26647197 - 26647028
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| || ||| ||||  ||||||||||||||  |||| |||| |||       ||| |||||||||||    
T  26647197 atcagattctttatcaagaagcaatttcacttgttctaatcgggactctaatccaacagggtatttggctacatgtaaaatgacacgattgatcttgttg 26647098  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagt 188  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  26647097 gagatgtcttcgactatcttcccaataaacttgtattcatatctattcatgtcccacaagataagttagt 26647028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 26753165 - 26752996
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| || ||| ||||  ||||||||||||||  |||| |||| |||       ||| |||||||||||    
T  26753165 atcagattctttatcaagaagcaatttcacttgttctaatcgggactctaatccaacagggtatttggctacatgtaaaatgacacgattgatcttgttg 26753066  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagt 188  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  26753065 gagatgtcttcgactatcttcccaataaacttgtattcatatctattcatgtcccacaagataagttagt 26752996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 32 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 25483764 - 25483609
Alignment:
Q  32 tcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttga 131  Q
    ||||||||| |||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||  |||| || |||||    |   || |||| |||||||||||||||| ||    
T  25483764 tcaagaagcaatttcacttgttctattcgggactgtaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaatcatgattgatattgttggagatgtattgga 25483665  T
Q  132 ctatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttag 187  Q
    |||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25483664 ctatcttctcaataaacttgtgttcatatctattcatgtccaataagataagttag 25483609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 108 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 25539172 - 25539093
Alignment:
Q  108 tgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttag 187  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25539172 tgatattgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataagttag 25539093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 32 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 25580427 - 25580272
Alignment:
Q  32 tcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttga 131  Q
    ||||||||| |||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||  |||| || |||||        || |||| ||||||||||||| || ||    
T  25580427 tcaagaagcaatttcacttgttctattcgggactgtaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaaacatgattgatattgttggagatgtcttcga 25580328  T
Q  132 ctatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttag 187  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  25580327 ctatcttctcaataaacttgtattcatatctattcgtgtccaataagataagttag 25580272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 32 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 26143573 - 26143418
Alignment:
Q  32 tcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttga 131  Q
    ||||||||| ||||||||| || || ||| ||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||        || |||| ||||||||||||| || ||    
T  26143573 tcaagaagcaatttcacttcttctattcgggactgtaatccaacagggtatttggctacatttaaaaaaacatgattgatattgttggagatgtcttcga 26143474  T
Q  132 ctatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttag 187  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  26143473 ctatcttctcaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaattag 26143418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 35 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 25511640 - 25511488
Alignment:
Q  35 agaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttgacta 134  Q
    |||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||  |||| || || ||        || |||||||||||||||||| || |||||    
T  25511640 agaagcaatttcacttgttctattcgggactgcaatccaacagggtatttggctacgttcaaaaaaacatgattgatcttgttggagatgtcttcgacta 25511541  T
Q  135 tctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttag 187  Q
    ||||  |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  25511540 tcttctcaataaacttgtattcagatctattcatgtccaataaggtaagttag 25511488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 32 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 26056627 - 26056472
Alignment:
Q  32 tcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttga 131  Q
    ||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||  |||| || |||||        || |||||||||||||||||  || ||    
T  26056627 tcaagaagcaatttcacttgttctattcgggactgcaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaaacatgattgatcttgttggagatgccttcga 26056528  T
Q  132 ctatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttag 187  Q
    |||||||  |||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  26056527 ctatcttctcaataaacttgcattcagatctattcatgtccaataaggtaagttag 26056472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 32 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 26076597 - 26076442
Alignment:
Q  32 tcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttga 131  Q
    ||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||  |||| || |||||        || |||||||||||||||||  || ||    
T  26076597 tcaagaagcaatttcacttgttctattcgggactgcaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaaacatgattgatcttgttggagatgccttcga 26076498  T
Q  132 ctatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttag 187  Q
    |||||||  |||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  26076497 ctatcttctcaataaacttgcattcagatctattcatgtccaataaggtaagttag 26076442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 111 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 27215078 - 27214943
Alignment:
Q  111 tcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtg--tctaacaacatcacaatca 208  Q
    ||||||| ||||||| ||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||  |  | ||||||||  ||||    
T  27215078 tcttgtttgagatgtcttcaactatcttctcaataaacttgtattcatatctgttaatgtccaataagataagttagtgcatacaccaacatcaatatca 27214979  T
Q  209 catccatgtactaagaatgtattatacatttctaac 244  Q
     ||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||    
T  27214978 gatccatgtactgagattgtattatataattctaac 27214943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 31 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 26824525 - 26824370
Alignment:
Q  31 atcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttg 130  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  ||||||||| |||       ||| |||||| ||||| || || | ||    
T  26824525 atcaagaagagatttcacttgttgtactcgggactgtaatccaaccgggtatttggcaacatgtaaactaacacgattgatctggttggtgacgtttctg 26824426  T
Q  131 actatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagtta 186  Q
    | |||||  |||||| ||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||    
T  26824425 attatctcaccaatacgcttgtattcatatccattcctgcccaataagataagtta 26824370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 31 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 26884776 - 26884621
Alignment:
Q  31 atcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttg 130  Q
    |||||||||| |||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||  |||| |||| |||       ||| |||| |||| |||||| | || |    
T  26884776 atcaagaagcaattttaattgttgtactcggtactgtaatccaacagggtatttggctacatgtaaaacaacacgattgattttgtcggagatatcttcg 26884677  T
Q  131 actatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagtta 186  Q
    |||||||| || |||| || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26884676 actatcttcccgataaactcgtattcgtatctattcatgtccaataagataagtta 26884621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 19 - 90
Target Start/End: Original strand, 27337559 - 27337630
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaac 90  Q
    ||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  27337559 atcagattcctcatcaagaagcaattttacttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtatttggcaac 27337630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 19 - 90
Target Start/End: Original strand, 27398299 - 27398370
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaac 90  Q
    ||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  27398299 atcagattcctcatcaagaagcaattttacttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtatttggcaac 27398370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 31284876 - 31284823
Alignment:
Q  132 ctatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagtt 185  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  31284876 ctatcttcccagtaagcttgtattcatatctattcatgcccaacaagataagtt 31284823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 92
Target Start/End: Original strand, 25492784 - 25492856
Alignment:
Q  20 tcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacat 92  Q
    |||||| | ||||| |||||| ||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||  |||||||||    
T  25492784 tcagatacctcatctagaagcaatttcacgtgttgtactcgggattgtaatccaacagggtatttggcaacat 25492856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 26862286 - 26862236
Alignment:
Q  31 atcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggta 81  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||    
T  26862286 atcaagaagcaatttcacttgttctactcgggactttaatccaacagggta 26862236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 168; Significance: 4e-90; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 60287 - 60057
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  60287 atcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggactgtcgactgatcttgttg 60188  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacat--cacaatcacatccatg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||    
T  60187 gagatgtatttgactatctttccaataagctcgtattcatatctattcatgtccaataatataagttagtatgtaacaacatcacacaatcacatccatg 60088  T
Q  217 tactaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    |||| | ||| |||||||||||| |||||||    
T  60087 tactcataatatattatacatttttaactat 60057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 168; Significance: 4e-90; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18074479 - 18074249
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  18074479 atcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggactgtcgactgatcttgttg 18074380  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacat--cacaatcacatccatg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||    
T  18074379 gagatgtatttgactatctttccaataagctcgtattcatatctattcatgtccaataatataagttagtatgtaacaacatcacacaatcacatccatg 18074280  T
Q  217 tactaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    |||| | ||| |||||||||||| |||||||    
T  18074279 tactcataatatattatacatttttaactat 18074249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 18654937 - 18655165
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  18654937 atcagatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaacccaacagggtaactggcagcatgtaagggctgacgactgatcttgttg 18655036  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 218  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||    
T  18655037 gagacatatttgactatctttccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtaacaacatcacagtcacatccattta 18655136  T
Q  219 ctaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    || | ||| ||| ||||||||||||||||    
T  18655137 ctcataatatatcatacatttctaactat 18655165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 22 - 243
Target Start/End: Original strand, 18679023 - 18679244
Alignment:
Q  22 agatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggag 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||    
T  18679023 agatcattcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgccgactgatcttgttagag 18679122  T
Q  122 atgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgtacta 221  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||     
T  18679123 acgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataagtcagtatgtaacaacatcacagtcacacccatgtactc 18679222  T
Q  222 agaatgtattatacatttctaa 243  Q
    | ||| ||| ||||||||||||    
T  18679223 ataatatatcatacatttctaa 18679244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 22 - 247
Target Start/End: Original strand, 18723548 - 18723773
Alignment:
Q  22 agatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggag 121  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |    
T  18723548 agatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaacccaacagggtaagtggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttgttg 18723647  T
Q  122 atgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgtacta 221  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||     
T  18723648 acatatttgactatctttccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataagtcagtatgtaacaacatcacagtcacatccatttactc 18723747  T
Q  222 agaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    | ||| ||| ||||||||||||||||    
T  18723748 ataatatatcatacatttctaactat 18723773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 22 - 247
Target Start/End: Original strand, 18730967 - 18731192
Alignment:
Q  22 agatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggag 121  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18730967 agatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaacccaacagggtaaatggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggag 18731066  T
Q  122 atgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgtacta 221  Q
    |  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  18731067 acatatttgactatcttttcaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataagtcagtatgtaacaacatcacagtcacatccatgtcctc 18731166  T
Q  222 agaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    | ||| ||| ||||||||||||||||    
T  18731167 ataatatatcatacatttctaactat 18731192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 18698860 - 18699088
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  18698860 atcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttg 18698959  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 218  Q
    |||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||     
T  18698960 gagacgtatttgactatatctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtaacaacatcacagtcacatccatgtc 18699059  T
Q  219 ctaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    || | | | ||| ||||||||||||||||    
T  18699060 ctcatagtatatcatacatttctaactat 18699088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8205 - 7977
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  8205 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttg 8106  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 218  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  8105 gagatgtatttgactatatcgccaataaacttgtattcatatctattcatgtcatataagataagttagtatgtaacaacatcacaatcacatccatgta 8006  T
Q  219 ctaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    || ||||| || |||||||||||||||||    
T  8005 ctcagaatatagtatacatttctaactat 7977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 13139 - 13367
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  13139 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttg 13238  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 218  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  13239 gagatgtatttgactatatcgccaataaacttgtattcatatctattcatgtcatataagataagttagtatgtaacaacatcacaatcacatccatgta 13338  T
Q  219 ctaagaatgtattatacatttctaactat 247  Q
    || ||||| || |||||||||||||||||    
T  13339 ctcagaatatagtatacatttctaactat 13367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 4176 - 4406
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  4176 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgatgactgatcttgttg 4275  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgta 218  Q
    |||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  4276 gagatgttcttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattaatgtccgataagataagttagtatgtaacaacatcacaatcacatccatgta 4375  T
Q  219 ctaagaatgtat--tatacatttctaactat 247  Q
    || | ||| |||  |||||||||||||||||    
T  4376 ctcataatatatggtatacatttctaactat 4406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 2)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 212
Target Start/End: Original strand, 3003 - 3196
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||| ||||||||    
T  3003 atcagatctttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagacttcattccaacagggtaattggcaacatgtaagggttgacgactggtcttgttg 3102  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatc 212  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  3103 gagatgtatttgactatctctccaataaactcgtattcatatctattcatgtccagtaagataagttagtatgtgacaacatcacaatcacatc 3196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 217
Target Start/End: Original strand, 14082 - 14135
Alignment:
Q  164 ttcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatcacatccatgt 217  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||    
T  14082 ttcatgtccaataagataagttagtatgtgacaacatcacaatcacatccatgt 14135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 170
Target Start/End: Original strand, 267804 - 267955
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  267804 atcagatccattatcaagaagcaatttcacttgttgtacttgagaccataatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctcacgactgatcttgttg 267903  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgt 170  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  267904 gagatgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgt 267955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 35 - 189
Target Start/End: Original strand, 28127155 - 28127309
Alignment:
Q  35 agaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttgacta 134  Q
    |||||| | ||||||||||||||| |   ||| ||||||||||| ||  ||||||||| ||||      ||| ||||| ||| ||| |||| ||||| ||    
T  28127155 agaagcaaattcacttgttgtacttggtcctgtaatccaacaggatatttggcaacatgtaagaaaacacgattgatcctgtcggatatgtctttgatta 28127254  T
Q  135 tctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtg 189  Q
    ||||   ||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  28127255 tcttctgaataaacttgtattcatatctattaatctccaataagataagttagtg 28127309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 94; Significance: 5e-46; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 188
Target Start/End: Original strand, 29273302 - 29273471
Alignment:
Q  19 atcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttg 118  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||   || ||||||||||||    
T  29273302 atcagatccattatcaagaagcgatttgacttgttgtacttgagactgtaatccaacagggtatttggcaacatgtaagggcacgcggctgatcttgttg 29273401  T
Q  119 gagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagt 188  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||    
T  29273402 gagatgtatttgactatctctccgataaacttgtattcatatctattcatgtcaaataatacaagttagt 29273471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University