View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3417_low_4 (Length: 351)

Name: NF3417_low_4
Description: NF3417
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3417_low_4
NF3417_low_4
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (1-335)||(30337432-30337766)
chr5 (1-335)||(30750511-30750845)
chr5 (1-332)||(30061240-30061571)
chr5 (1-335)||(30676195-30676529)
chr5 (1-335)||(29873039-29873373)
chr5 (1-313)||(29854198-29854510)
chr5 (1-300)||(30207422-30207721)
chr5 (65-335)||(30712399-30712669)
chr5 (1-315)||(30484286-30484600)
chr5 (1-282)||(30400992-30401273)
chr5 (38-335)||(30436678-30436975)
chr5 (8-286)||(17417507-17417785)
chr5 (3-290)||(30241290-30241577)
chr5 (1-290)||(30476285-30476574)
chr5 (6-284)||(30520537-30520815)
chr5 (6-284)||(30560877-30561155)
chr5 (75-192)||(17983906-17984023)
chr5 (69-301)||(30330184-30330416)
chr5 (1-63)||(17984021-17984083)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-335)||(26708197-26708531)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-302)||(25292854-25293155)
chr3 (126-187)||(38939073-38939134)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-313)||(20295489-20295801)
chr4 (4-286)||(52352873-52353155)
chr4 (32-162)||(13617637-13617767)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (13-283)||(7580638-7580908)
chr1 (1-283)||(7100338-7100620)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 280; Significance: 1e-157; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Original strand, 30337432 - 30337766
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30337432 aagtagctgaagggcgccaaaccggctccattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 30337531  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30337532 agcgaaggactctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 30337631  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcacattagagaagt 300  Q
    |||||||||||||         | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30337632 agtggcaattttgaaaaaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtgttctattatagaatctatcacattagagaagt 30337731  T
Q  301 gtcctgactttgagtatgctgtaatggaaagaaag 335  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  30337732 gtcctgactttgattatgctgtaatggaaggaaag 30337766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 30750845 - 30750511
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30750845 aagtagctgaagggcgccaaaccggctccattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgctgagtttcttctcaccca 30750746  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30750745 agcaagggactctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 30750646  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcacattagagaagt 300  Q
    |||| ||||||||         | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30750645 agtgacaattttgaaaaaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtgttctattatagaatctatcacattagagaagt 30750546  T
Q  301 gtcctgactttgagtatgctgtaatggaaagaaag 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30750545 gtcctgactttgagtatgctgtaatggaaagaaag 30750511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 30061571 - 30061240
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30061571 aagtagctgaagggcgccaaaccggctccattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 30061472  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30061471 agcaagggactctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 30061372  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcacattagagaagt 300  Q
    |||||||||||||         | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30061371 agtggcaattttgaaaaaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtgttctattatagaatctatcacattacagaagt 30061272  T
Q  301 gtcctgactttgagtatgctgtaatggaaaga 332  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30061271 gtcctgactttgattatgctgtaatggaaaga 30061240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Original strand, 30676195 - 30676529
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30676195 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaatcaaaagtgtttggacgagaagttgatcaagaaaagattgtcgagtttcttctcaccca 30676294  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
     |||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  30676295 tgcgaaggactctgacttcatttctgtctatcccatttttggtttaggtggtattggaaaaacaactcttgttcaattgatcttcaatgatgttagggtg 30676394  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcacattagagaagt 300  Q
    |||||| ||||||         | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  30676395 agtggccattttgataaaaaagtttgggtttgtgtttctgagactttctcggtcaagaggattttgtgttctattttcgaatctatcacattagagaagt 30676494  T
Q  301 gtcctgactttgagtatgctgtaatggaaagaaag 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30676495 gtcctgactttgagtatgctgtaatggaaggaaag 30676529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 29873373 - 29873039
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29873373 aagtagctgaatggcgtcaaaccagctccattattgttgaaccaaaagtatttggacgagaagatgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 29873274  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29873273 agcgagggactctgacttcctttccgtctatcccattgttggtttaggtggtattggaaaaacaactctcgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 29873174  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcacattagagaagt 300  Q
    |||||||||||||         | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  29873173 agtggcaattttgacaaaaatatttgggtttgtgtttctgagactttctctgtcaagaggatttgttgttccattatagaatctatcacaagagagaagt 29873074  T
Q  301 gtcctgactttgagtatgctgtaatggaaagaaag 335  Q
    || ||||||| || |  | ||||||||||||||||    
T  29873073 gtgctgacttcgaattagatgtaatggaaagaaag 29873039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 29854510 - 29854198
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29854510 aagtagctgaatggcgtcaaaccagctccattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagatgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 29854411  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
    | ||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29854410 aacgagggactcagacttcctttccgtctatcccatttttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttcttcaattggtctacaatgatgttagggtg 29854311  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcacattagagaagt 300  Q
    |||||||||||||         | |||||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  29854310 agtggcaattttgataaaaaaatttgggtttgcgtttctgaaactttctcagtcaagagaattttgtgttctattgtagaatctatcacaagagagaagt 29854211  T
Q  301 gtcctgactttga 313  Q
     | ||||||||||    
T  29854210 ctgctgactttga 29854198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 30207721 - 30207422
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    ||||||| ||| |||| |||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  30207721 aagtagcagaatggcgtcaaactagctctattattgctgaaccaaaagtatttgggcgagaagatgataaagagaagattatcgagtttcttctcaccca 30207622  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30207621 agcgagggactccgacttcctttccgtctatcccattgttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgctagggtg 30207522  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcacattagagaagt 300  Q
    ||| ||||||||          | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  30207521 agtagcaattttaatacaaaaatatgggtttgtgtttccgagactttctcggtcaagaggattttgtgctccattatagaatctatcacaagagagaagt 30207422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 65 - 335
Target Start/End: Original strand, 30712399 - 30712669
Alignment:
Q  65 tgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaagcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaaca 164  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  30712399 tgataaagaaaagattgtcgagtttcttctcacccatgcgaaggactctgacttcatttctgtctatcccattgttggtttaggtggtattggaaaaaca 30712498  T
Q  165 actcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattt 264  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||         | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30712499 actcttgttcaattgatctacaatgatgttagggtgagtcgcaattttgataaaaaattttgggtttgtgtttctgagactttctcggtcaagaggattt 30712598  T
Q  265 tgtcttctattatagaatctatcacattagagaagtgtcctgactttgagtatgctgtaatggaaagaaag 335  Q
    ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | |||  |||||||||||    
T  30712599 tgtgttgtattatagaatctattacattagagaagtgtcctgactttgagttagatgtcttggaaagaaag 30712669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 30484600 - 30484286
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |    |  |||| ||||||  || ||| |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  30484600 aagtagctgaagggcgccaaaccagctccacccctcttgaatcaaaagcattaggaagagacgatgataaagaaaagattgtcgagtttcttctcaccta 30484501  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
     |||| ||| ||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30484500 tgcgaaggactctaacttcatttctgtctatcccattgttggtttaggtggtattggaaaaacaactcttgttcaattgatctacaatgatgttagggtg 30484401  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcacattagagaagt 300  Q
    ||| |||||||||         | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30484400 agtcgcaattttgataaaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcggtcaagaggattttgtgttgtattatagaatctattacattagagaagt 30484301  T
Q  301 gtcctgactttgagt 315  Q
    ||| |||||||||||    
T  30484300 gtcatgactttgagt 30484286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 30401273 - 30400992
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    |||||| |||| |||| |||| |  ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30401273 aagtagatgaatggcgtcaaatcaactccattattgctaaaccagaagtgtttggacgaaaagatgataaagaaaagatttttgagtttcttctcaccca 30401174  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30401173 tgcgagggactctgacttcctttccgtctaccccattgttggtttaggtggtattggtaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 30401074  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaat 282  Q
    || | | ||||||           |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30401073 agggactattttgacataagatcttgggtttgtgtttccgagactttctctgtcaagaggattttgtgttctattatagaat 30400992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 38 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 30436975 - 30436678
Alignment:
Q  38 tgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaagcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccata 137  Q
    |||| |||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||  |||| ||| ||||||||  |||| ||||||||| |     
T  30436975 tgaaacaaaagtgttaggaagagacgatgataaagaaaagattgtccagtttcttcttacccttgcgaaggactctgactttatttctgtctatcccgtt 30436876  T
Q  138 gttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgttt 237  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||         | |||||||||||||    
T  30436875 gttggtttaggtggtattggaaaaacaactcttgttcaattgatctacaatgatgttagggtgagtcgcaattttgataaaaaaatttgggtttgtgttt 30436776  T
Q  238 ctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcacattagagaagtgtcctgactttgagtatgctgtaatggaaagaaag 335  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| |  | ||||||||||||||||    
T  30436775 ctgagactttctcggtcaaaaggattttgtgttctattatagaatctatcacaagagagaagtgtgctgactttgatttagatgtaatggaaagaaag 30436678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 8 - 286
Target Start/End: Original strand, 17417507 - 17417785
Alignment:
Q  8 tgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaagcgagg 107  Q
    |||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  17417507 tgaatggcgccaaaccagctcctttattgctgaaccaaaggtgtttggacgggaagatgatacaaagaagattgttgagtttctgctcacccaagcaagg 17417606  T
Q  108 gagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtggca 207  Q
    || | |||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17417607 gattgtgaaatcctttcagtctatcccatagttgggttaggtggtattggtaaaacaactctagctcaattggtctacaatgatgttagggtgagtagca 17417706  T
Q  208 attttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctat 286  Q
    |||||          | ||| |||||||||||||  |||||||  | ||||||||||||| ||| || |||||||||||    
T  17417707 attttaatacaaaaatttggatttgtgtttctgatgctttctcaatcaagaggattttgtgttccatcatagaatctat 17417785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 3 - 290
Target Start/End: Original strand, 30241290 - 30241577
Alignment:
Q  3 gtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaag 102  Q
    ||||||||| |||| |||||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||| |  ||||||||||||||||||    
T  30241290 gtagctgaatggcgtcaaaccagcgctattattactgaaccaaaagtgtttggacgagaagacgataaaaagaagattatccagtttcttctcacccaag 30241389  T
Q  103 cgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgag 202  Q
    | | ||| || |||||||||||| |||||||| |  |||| ||||||||| |||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||  |||||    
T  30241390 caaaggactccgacttcctttccatctatcccgtttttgggttaggtggtcttggaaaaaccactcttcttcaatcggtctacaatgatgttaccgtgag 30241489  T
Q  203 tggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcaca 290  Q
    | ||||||||          | ||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||||| ||| |||||| ||| |||||||    
T  30241490 tagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttatcaca 30241577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 30476574 - 30476285
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    |||| |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  30476574 aagttgctgaatggcgccaaacaagctccattattgctgaacccaaagtgtttggacgagtagatgatagagagaggattgtcgagtttcttctcaccca 30476475  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
    ||||   |  ||||||||||| ||| ||||||| || |||||  ||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||||||||  ||||||     
T  30476474 agcgcaagtatctgacttcctatccatctatcctattgttggcctaggtggtgttggtaaaacaacacttgctcaaatggtctacaatgatcatagggta 30476375  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcaca 290  Q
    ||| ||||||||          | ||| |||||||||| ||||||||||| || || |||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  30476374 agtagcaattttaatacaaaagtttggatttgtgtttcggagactttctctgtcaaaaggattttgtgttccattatagaatctatcaca 30476285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 6 - 284
Target Start/End: Original strand, 30520537 - 30520815
Alignment:
Q  6 gctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaagcga 105  Q
    |||||| |||| |||||  |||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  30520537 gctgaatggcgtcaaactagctctattattgctgaaccaaaagtatatggtcgagaagatgataaagagaagattgtcgagtttcttctcacccaagcaa 30520636  T
Q  106 gggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtgg 205  Q
     ||  |||||| |||||||| ||||||| || ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| || || ||||||    |||||||||     
T  30520637 agggctctgacctcctttccatctatccaattgttggcttaggtggtattgggaaaacaactcttgctcaattagtttataatgatcaccgggtgagtga 30520736  T
Q  206 caattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatct 284  Q
    ||||||||         | |||||||||||||||||| ||||||| || || |  ||||||| | ||||||||||||||    
T  30520737 caattttgatacaaaaatttgggtttgtgtttctgaggctttctctgttaacaaaattttgtgtactattatagaatct 30520815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 6 - 284
Target Start/End: Original strand, 30560877 - 30561155
Alignment:
Q  6 gctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaagcga 105  Q
    |||||| |||| |||||  |||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  30560877 gctgaatggcgtcaaactagctctattattgctgaaccaaaagtatatggtcgagaagatgataaagagaagattgtcgagtttcttctcacccaagcaa 30560976  T
Q  106 gggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtgg 205  Q
     ||  |||||| |||||||| ||||||| || ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| || || ||||||    |||||||||     
T  30560977 agggctctgacctcctttccatctatccaattgttggcttaggtggtattgggaaaacaactcttgctcaattagtttataatgatcaccgggtgagtga 30561076  T
Q  206 caattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatct 284  Q
    ||||||||         | |||||||||||||||||| ||||||| || || |  ||||||| | ||||||||||||||    
T  30561077 caattttgatacaaaaatttgggtttgtgtttctgaggctttctctgttaacaaaattttgtgtactattatagaatct 30561155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 75 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17984023 - 17983906
Alignment:
Q  75 aagattgttgagtttcttctcacccaagcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttc 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17984023 aagattgttgagtttcttctcacccaagcgaggttctctgacttcctttccgtctatcccattgttgggttaggtggtgttggaaaaacaactcttgctc 17983924  T
Q  175 aattggtctacaatgatg 192  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  17983923 aattggtctacaacgatg 17983906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 69 - 301
Target Start/End: Original strand, 30330184 - 30330416
Alignment:
Q  69 aaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaagcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactc 168  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||     
T  30330184 aaagataagattgtcaagtttcttctcacccaagcgagggacactgacttcctttccatctatcccatagttggtttaggaggtattggaaaaacaacta 30330283  T
Q  169 ttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtc 268  Q
    |||||| |||| || || ||||| ||||||||||||| ||||||          | ||||||||||| | ||||||||||||  | || |||||| |||     
T  30330284 ttgttcgattgatccacgatgatattagggtgagtggaaattttaatataataatttgggtttgtgtatatgagactttctctctcaataggattgtgtg 30330383  T
Q  269 ttctattatagaatctatcacattagagaagtg 301  Q
    ||||||||||||| |||||| |  |||||||||    
T  30330384 ttctattatagaacctatcataagagagaagtg 30330416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 17984083 - 17984021
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaag 63  Q
    |||| |||||| ||||||||||| || |  ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17984083 aagtggctgaatggcgccaaaccagccccgttattgctgaatcaaaagtgtttggacgagaag 17984021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 26708531 - 26708197
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |    |  |||| |||||| ||| ||| |||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26708531 aagtagctgaagggcgccaaaccagctccacccctcttgaaacaaaagcgttgggaagagacgatgataaagaaaagattgtcgagtttcttctcaccca 26708432  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
     |||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  26708431 tgcgaaggactctgacttcatttctgtctatcccattgttggcttaggtggtattggaaaaacaactcttgttcagttgatctacaacgatgttagggtg 26708332  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcacattagagaagt 300  Q
    |||| ||||||||         | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26708331 agtgacaattttgataaaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcagtcaagaggattttgtgttctattatagaatctatcacattagagaagt 26708232  T
Q  301 gtcctgactttgagtatgctgtaatggaaagaaag 335  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  26708231 gtcctgactttgagttagatgtaatggaaagaaag 26708197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 302
Target Start/End: Original strand, 25292854 - 25293155
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    |||||||||||  |||||||||  | || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||    
T  25292854 aagtagctgaatagcgccaaactagttctattattgccgaaccaaaagtatttggacgagaagatgataaagagaagactgtcgagtttcttcttaccca 25292953  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25292954 agcaagggactctgacttcctttccgtccatcccattgttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 25293053  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcacattagagaagt 300  Q
    ||| ||| ||||          | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||   ||||||||    
T  25293054 agtagcacttttaatacaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcggtcaagaggattttgtgttccattatagaatctatcactagagagaagt 25293153  T
Q  301 gt 302  Q
    ||    
T  25293154 gt 25293155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 187
Target Start/End: Original strand, 38939073 - 38939134
Alignment:
Q  126 gtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaa 187  Q
    |||||| |||| |||||| |||||||   |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  38939073 gtctattccattgttggtctaggtggatatggaaaaacaacacttgctcaattggtctacaa 38939134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 146; Significance: 7e-77; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Original strand, 20295489 - 20295801
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |    |  |||| ||||||  || ||| |||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  20295489 aagtagctgaagggcgccaaaccagctccacccctcttgaatcaaaagcattgggaagagacgatgataaaaaaaagattgtcgagtttcttctcaccca 20295588  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
     |||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | |||    
T  20295589 tgcgaaggactctgacttcatttctgtctatcccattgttggtttaggtggtattggaaaaacaactcttgttcaattagtctacaatgatgatcgcgtg 20295688  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctatcacattagagaagt 300  Q
    |||||||||||||         | ||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20295689 agtggcaattttgataaaagaatttgggtttgtgtttctgagactttctccttcgagaggattttgcgttctattatagaatctatcacattagagaagt 20295788  T
Q  301 gtcctgactttga 313  Q
    |||||||||||||    
T  20295789 gtcctgactttga 20295801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 52353155 - 52352873
Alignment:
Q  4 tagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaagc 103  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| ||| || ||||||| ||| | ||||||||  |||  |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||    
T  52353155 tagctgaatggcgccaaaccagctccatttttactgaaccgaaaatctttggacggaaagaagataaagagaagattgccgagtttcttctcacccaagc 52353056  T
Q  104 gagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagt 203  Q
    |||  ||| ||||||||||   || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52353055 gagtaagtttgacttccttgttgtgtatcctattgttggtttaggtggtgttggtaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagagtgagt 52352956  T
Q  204 ggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatctat 286  Q
       || |||          | ||||||||||||||||||  |||||| || || |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  52352955 aaaaaatttcatagaaaaatttgggtttgtgtttctgaggatttctctgtcaataggattttgtgttccattatagaatctat 52352873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 32 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 13617767 - 13617637
Alignment:
Q  32 tattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaagcgagggagtctgacttcctttccgtctat 131  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||| | ||||    
T  13617767 tattgctgaatcaaaggtgtttggacgataagataataaagagaagattgttaggtttcatctcacccaagtgagggcctctgactttctttctgactat 13617668  T
Q  132 cccatagttggtttaggtggtgttggaaaaa 162  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  13617667 cccattgttggtttaggtggtgttgcaaaaa 13617637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 136; Significance: 7e-71; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 283
Target Start/End: Original strand, 7580638 - 7580908
Alignment:
Q  13 ggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaagcgagggagtc 112  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7580638 ggcgccaaaccagctccattattgccgaaccaaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaggattgttgagtttcttctcacccaagcgagggactc 7580737  T
Q  113 tgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtggcaatttt 212  Q
     |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||     
T  7580738 ggacttcctttccgtctatccaattgttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgctcaattggtctacaacgatgatagggtgagtcacaatttc 7580837  T
Q  213 gnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatc 283  Q
              | |||||||||||||| |||   |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||    
T  7580838 aaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggtattctcggtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 7580908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 7100620 - 7100338
Alignment:
Q  1 aagtagctgaagggcgccaaaccggctcaattattgctgaaccaaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcaccca 100  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7100620 aagtggctgaatggcgccaaaccagctcctttattgctgaaccaaagatgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgagtttcttctcaccca 7100521  T
Q  101 agcgagggagtctgacttcctttccgtctatcccatagttggtttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtg 200  Q
    ||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||    
T  7100520 agcaaaggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtggtgttggaaaaacaactctttctcaattggtttacaatgatgatagggtg 7100421  T
Q  201 agtggcaattttgnnnnnnnnntctgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtcttctattatagaatc 283  Q
    |||| ||||||           | |||||||||||||| |||  |||||| || ||| ||||||||| ||| |||||||||||    
T  7100420 agtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 7100338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University