View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3425_high_9 (Length: 475)

Name: NF3425_high_9
Description: NF3425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3425_high_9
NF3425_high_9
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (62-440)||(29999422-29999800)
chr5 (86-433)||(29990725-29991072)
chr5 (86-440)||(30044940-30045294)
chr5 (85-440)||(30005860-30006215)
chr5 (86-440)||(29963113-29963467)
chr5 (86-440)||(30011331-30011685)
chr5 (107-422)||(30070791-30071106)
chr5 (86-440)||(29952008-29952362)
chr5 (86-405)||(29943922-29944241)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 62 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 29999800 - 29999422
Alignment:
Q  62 tagtagtaataaagagtacaaatgtacctgaaggtcaaaaatgcctagccaaggaacataatccgccagattaaaagctcccatcaaagttaatccatct 161  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29999800 tagtagtaataaatagtacaaatgtacctgaaggtcaaaaatgcctagccaaggaacataatcagccagattaaaagctcccatcaaagttaatccatct 29999701  T
Q  162 ttaatcatcttcttcaagtcaaattgctcatacttacccctacccaatatcatcttatgcacaatatcatcaataagattctctacaatctcactaacat 261  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29999700 ttaatcatcttcttcaagtcaaattgctcatacttacctctacccaatatcatcttatacacaatatcctcaataagattctcgacaatctcactaacat 29999601  T
Q  262 tcacaacctcaccttccaaagaagctttcttcaaagtgttaaccaaaacacccaactcctcttttctaataggacccgacttctcaacgtttgaagcact 361  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29999600 tcacaacctcacctaccaaagaagctttcttcaaagtgttaaccaaaacacccaactcctcttttctaataggacccgacttctcaacttttgaagcact 29999501  T
Q  362 aagaagtttcaaagtgcaaaatttcctcatactgcgccaataaggaccatactcagaaaaaggcaaccctttagaacca 440  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29999500 aagaagtttcaaagtgcaaaatttcctcatactgcgccaataaggaccatactcagaaaaaggcaaccctttagaacca 29999422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 86 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 29991072 - 29990725
Alignment:
Q  86 tacctgaaggtcaaaaatgcctagccaaggaacataatccgccagattaaaagctcccatcaaagttaatccatctttaatcatcttcttcaagtcaaat 185  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||| || || ||||||||| ||||||    
T  29991072 tacctgaaggtcaaaaattcctagccaaggaacataatcagccagattaaaagctccaatcaaagccaatccttcttgaaccaacttcttcaaatcaaat 29990973  T
Q  186 tgctcatacttacccctacccaatatcatcttatgcacaatatcatcaataagattctctacaatctcactaacattcacaacctcaccttccaaagaag 285  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  29990972 tgctcatacttacctctacccaatatcatcttatacacaatatcttcaataacattctctacaatctcactgacattcacaacctcacctaccaaagaag 29990873  T
Q  286 ctttcttcaaagtgttaaccaaaacacccaactcctcttttctaataggacccgacttctcaacgtttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaattt 385  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  29990872 cttttttcaaagtgttaaccaaaatacccaactcctctgttctaataggacccgacttctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcagagttt 29990773  T
Q  386 cctcatactgcgccaataaggaccatactcagaaaaaggcaacccttt 433  Q
    | | | ||| |||||||||||  | |||| |||||| | |||||||||    
T  29990772 ctttacactacgccaataagggtcgtacttagaaaacgccaacccttt 29990725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 86 - 440
Target Start/End: Original strand, 30044940 - 30045294
Alignment:
Q  86 tacctgaaggtcaaaaatgcctagccaaggaacataatccgccagattaaaagctcccatcaaagttaatccatctttaatcatcttcttcaagtcaaat 185  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||| || ||   ||||||||||||||    
T  30044940 tacctgaagatcaaaaattcctagccaaggaacataatcagccagattaaaagctccaatcaaagccaatccttcttgaaccaaactcttcaagtcaaat 30045039  T
Q  186 tgctcatacttacccctacccaatatcatcttatgcacaatatcatcaataagattctctacaatctcactaacattcacaacctcaccttccaaagaag 285  Q
    ||||||||||||| || ||| || |||| ||||| ||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  30045040 tgctcatacttactccgaccaaacatcaacttatacacaatatcttctattagattctctacaacctcactaacattcacaacctcaccaaccaaagcag 30045139  T
Q  286 ctttcttcaaagtgttaaccaaaacacccaactcctcttttctaataggacccgacttctcaacgtttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaattt 385  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045140 ctttcttcaaagtgttaaccaaaatactcaactcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaattt 30045239  T
Q  386 cctcatactgcgccaataaggaccatactcagaaaaaggcaaccctttagaacca 440  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||    
T  30045240 cctcacactacgccaataaggaccatactcacaaaaagccatccctttggaacca 30045294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 85 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 30006215 - 30005860
Alignment:
Q  85 gtacctgaaggtcaaaaatgcctagccaaggaacataatccgccagattaaaagctcccatcaaagttaatccatctttaatcatcttcttcaagtcaaa 184  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  | | | |||  ||  | ||| |||| ||||||    
T  30006215 gtacctgaaggtcaaaaacgcctagccaaggtacataatcagccagattaaaagctcccatcaaagccattgcttctagaactaacttattcatgtcaaa 30006116  T
Q  185 ttgctcatacttacccctacccaatatcatcttatgcacaatatcatcaataagattctctacaatctcactaacattcacaacctcaccttccaaagaa 284  Q
    |||||||||||||| || ||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  30006115 ttgctcatacttactccgaccaaacatcatcttatacacaatatcctcaataagattctctacaacctcactaacattcacaacctcaccctccaaggca 30006016  T
Q  285 gctttcttcaaagtgttaaccaaaacacccaactcctcttttctaataggacccgacttctcaacgtttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaatt 384  Q
    ||||||| |||||   ||||||||||| |||||| ||| || |||||||||||  || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30006015 gctttctccaaagatataaccaaaacatccaacttctccttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcactaaaaagtttcaaagtgcaaaatt 30005916  T
Q  385 tcctcatactgcgccaataaggaccatactcagaaaaaggcaaccctttagaacca 440  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  30005915 tcctcacactacgccaataaggaccatactcagaaaaagccatccctttggaacca 30005860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 86 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 29963467 - 29963113
Alignment:
Q  86 tacctgaaggtcaaaaatgcctagccaaggaacataatccgccagattaaaagctcccatcaaagttaatccatctttaatcatcttcttcaagtcaaat 185  Q
    ||||||||| ||||||   |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | || ||  | ||| |||| || || |||||| || ||||||    
T  29963467 tacctgaagatcaaaaggacctaaccaagaaacataatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaat 29963368  T
Q  186 tgctcatacttacccctacccaatatcatcttatgcacaatatcatcaataagattctctacaatctcactaacattcacaacctcaccttccaaagaag 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |     
T  29963367 tgctcatacttacccctacccaatatcatcttatacacaatatcttcaataagattctctacaatctcactaacattcacaacctcacctaccaaaacaa 29963268  T
Q  286 ctttcttcaaagtgttaaccaaaacacccaactcctcttttctaataggacccgacttctcaacgtttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaattt 385  Q
    ||||||  || |  |||||||||||| |||||||||  || |||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  29963267 ctttctctaatgacttaaccaaaacatccaactccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaagttt 29963168  T
Q  386 cctcatactgcgccaataaggaccatactcagaaaaaggcaaccctttagaacca 440  Q
    | | | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  29963167 ctttacactacgccaataaggaccatactcagaaaaagccaaccctttggaacca 29963113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 86 - 440
Target Start/End: Original strand, 30011331 - 30011685
Alignment:
Q  86 tacctgaaggtcaaaaatgcctagccaaggaacataatccgccagattaaaagctcccatcaaagttaatccatctttaatcatcttcttcaagtcaaat 185  Q
    ||||||||| ||||||   |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | || ||  | ||| |||| || || |||||| || ||||||    
T  30011331 tacctgaagatcaaaaggacctaaccaagaaacataatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaat 30011430  T
Q  186 tgctcatacttacccctacccaatatcatcttatgcacaatatcatcaataagattctctacaatctcactaacattcacaacctcaccttccaaagaag 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |     
T  30011431 tgctcatacttacccctacccaatatcatcttatacacaatatcttcaataagattctctacaatctcactaacattcacaacctcacctaccaaaacaa 30011530  T
Q  286 ctttcttcaaagtgttaaccaaaacacccaactcctcttttctaataggacccgacttctcaacgtttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaattt 385  Q
    ||||||  || |  |||||||||||| |||||||||  || |||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30011531 ctttctctaatgacttaaccaaaacatccaactccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaagttt 30011630  T
Q  386 cctcatactgcgccaataaggaccatactcagaaaaaggcaaccctttagaacca 440  Q
    | | | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  30011631 ctttacactacgccaataaggaccatactcagaaaaagccaaccctttggaacca 30011685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 107 - 422
Target Start/End: Original strand, 30070791 - 30071106
Alignment:
Q  107 tagccaaggaacataatccgccagattaaaagctcccatcaaagttaatccatctttaatcatcttcttcaagtcaaattgctcatacttacccctaccc 206  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||   ||| | | || || ||  || ||||||||||||||||||||||||| ||  ||     
T  30070791 tagccaaggaacataatcagccagattaaaagctccaatcaaaaccaattcttgttgaaccaaatttttcaagtcaaattgctcatacttactccgtcca 30070890  T
Q  207 aatatcatcttatgcacaatatcatcaataagattctctacaatctcactaacattcacaacctcaccttccaaagaagctttcttcaaagtgttaacca 306  Q
    || |||| ||||| ||||||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30070891 aacatcaacttatacacaatatcttctattagattctctactacctcactaacattcacaacctcaccaaccaaagcagctttcttcaaagtgttaacca 30070990  T
Q  307 aaacacccaactcctcttttctaataggacccgacttctcaacgtttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaatttcctcatactgcgccaataagg 406  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  30070991 aaatactcaactcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaatttcctcacactacgccaataagg 30071090  T
Q  407 accatactcagaaaaa 422  Q
    |||||| |||||||||    
T  30071091 accatagtcagaaaaa 30071106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 86 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 29952362 - 29952008
Alignment:
Q  86 tacctgaaggtcaaaaatgcctagccaaggaacataatccgccagattaaaagctcccatcaaagttaatccatctttaatcatcttcttcaagtcaaat 185  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||  ||| | |||| || || | |||| |||||||||    
T  29952362 tacctgaagatcaaatacacctagccaaggaacataatcagccagattaaaagctccaaccaaagccaatacgtcttgaaccaccctctttaagtcaaat 29952263  T
Q  186 tgctcatacttacccctacccaatatcatcttatgcacaatatcatcaataagattctctacaatctcactaacattcacaacctcaccttccaaagaag 285  Q
    || |||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||| ||    
T  29952262 tgatcatacttgctccgacccaatatcatcttatacacaatatcctcaataagattctctacaacctcactaacattcacaacctcactcaccaaagcag 29952163  T
Q  286 ctttcttcaaagtgttaaccaaaacacccaactcctcttttctaataggacccgacttctcaacgtttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaattt 385  Q
    |||||| ||| |  |||| ||||||| ||||||  || || ||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  29952162 ctttctccaatgacttaatcaaaacatccaacttttccttcctaatagaaccaaacatctcaacttttgaagcactaagaagttttaaagtgcaaagttt 29952063  T
Q  386 cctcatactgcgccaataaggaccatactcagaaaaaggcaaccctttagaacca 440  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  29952062 cctcacactacgccaataaggaccatacttagaaaaagccaaccctttggaacca 29952008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 86 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 29944241 - 29943922
Alignment:
Q  86 tacctgaaggtcaaaaatgcctagccaaggaacataatccgccagattaaaagctcccatcaaagttaatccatctttaatcatcttcttcaagtcaaat 185  Q
    ||||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||  | | | |||| || || | |||| | |||||      
T  29944241 tacctgaagatcaaatgtgcctaaccaaggaacataatcagccatattaaaagctccaatcaaagccattacgtcttgaaccaacctctttaggtcaata 29944142  T
Q  186 tgctcatacttacccctacccaatatcatcttatgcacaatatcatcaataagattctctacaatctcactaacattcacaacctcaccttccaaagaag 285  Q
    || |||||||||| || |||||| | |||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| || ||    
T  29944141 tgatcatacttactccgacccaacaccatcttatacacaatatcctctataacattctctacagcctcactaacattcacaacctcaccctccagagcag 29944042  T
Q  286 ctttcttcaaagtgttaaccaaaacacccaactcctcttttctaataggacccgacttctcaacgtttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaattt 385  Q
    |||||| |||||  |||||||||||| |||||| ||| || |||||||||||  || ||||||| || |||||||||||||||||  |||| |||| |||    
T  29944041 ctttctccaaagatttaaccaaaacatccaacttctccttcctaataggaccaaacatctcaactttcgaagcactaagaagttttgaagtacaaagttt 29943942  T
Q  386 cctcatactgcgccaataag 405  Q
     |||| ||| ||||||||||    
T  29943941 tctcacactacgccaataag 29943922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University