View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3425_low_13 (Length: 447)
Name: NF3425_low_13
Description: NF3425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3425_low_13 |
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| [»] scaffold0564 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0564 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0564
Description:
Target: scaffold0564; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 10904 - 10485
Alignment:
| Q |
20 |
ttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttagcatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgcttgagacc |
119 |
Q |
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| T |
10904 |
ttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttaccatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgcttgagacc |
10805 |
T |
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| Q |
120 |
aaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatgacatagttcctgaattgaagcatattaactgttagtct--gttacatca |
217 |
Q |
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| T |
10804 |
aaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatggcatagttcctgaattgaagcatattaactgttacattaagttt-atca |
10706 |
T |
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| Q |
218 |
agtttatgtagcagttagtttgatattaacgtaagttaaaactcatgtccttcaataaaagcttgtttgttacaaagttctggaatgcaatgttaatagt |
317 |
Q |
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| T |
10705 |
agtttatgtagcaattagtttgatattaacgtaagttgaaactcatgtccttcaataaaagcttgtt----acaaggttctggaatgcaatgttaatagt |
10610 |
T |
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| Q |
318 |
taaacaacatagtgtgatgatgacatgtgcagagaagtcagtattgtatctcctaactcctattattctgtttgactattatgatactaagatattgtga |
417 |
Q |
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| T |
10609 |
taaacagcatagtgtgatgatgacatgtgcagagaagtcagtactgtatctcctaactcctattattctgtttgactattatgatactaagatattgtga |
10510 |
T |
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| Q |
418 |
attgttccggctagcctatgcttct |
442 |
Q |
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| T |
10509 |
attgttccggctagcctatggttct |
10485 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 39490114 - 39489697
Alignment:
| Q |
20 |
ttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttagcatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgcttgagacc |
119 |
Q |
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| T |
39490114 |
ttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttaccatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgcttgagacc |
39490015 |
T |
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| Q |
120 |
aaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatgacatagttcctgaattgaagcatattaactgttagtct--gttacatca |
217 |
Q |
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| T |
39490014 |
aaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatggcatagttcctgaattgaagcatattaactgttacattaagttt-atca |
39489916 |
T |
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| Q |
218 |
agtttatgtagcagttagtttgatattaacgtaagttaaaactcatgtccttcaataaaagcttgtttgttacaaagttctggaatgcaatgttaatagt |
317 |
Q |
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| T |
39489915 |
agtttatgtagcaattagtttgatattaacgtaagttgaaactcatgtccttcaataaaagcttgtt----acaaagttctggaatgcaatgt--atagt |
39489822 |
T |
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| Q |
318 |
taaacaacatagtgtgatgatgacatgtgcagagaagtcagtattgtatctcctaactcctattattctgtttgactattatgatactaagatattgtga |
417 |
Q |
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| T |
39489821 |
taaacagcatagtgtgatgatgacatgtgcaaagaagtcagtactgtatctcctaactcctattattctgtttgactattatgatactaagatattgtga |
39489722 |
T |
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| Q |
418 |
attgttccggctagcctatgcttct |
442 |
Q |
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| T |
39489721 |
attgttccggctagcctatggttct |
39489697 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 442
Target Start/End: Original strand, 12748923 - 12749340
Alignment:
| Q |
20 |
ttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttagcatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgcttgagacc |
119 |
Q |
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| T |
12748923 |
ttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttaccatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgcttgagacc |
12749022 |
T |
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| Q |
120 |
aaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatgacatagttcctgaattgaagcatattaactgtt--agtctgttacatca |
217 |
Q |
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| T |
12749023 |
aaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatggcatagttcctgaattgaagcatattaactgttacattaagtt-tatca |
12749121 |
T |
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| Q |
218 |
agtttatgtagcagttagtttgatattaacgtaagttaaaactcatgtccttcaataaaagcttgtttgttacaaagttctggaatgcaatgttaatagt |
317 |
Q |
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| T |
12749122 |
agtttatgtagcaattagtttgatattaacgtaagttgaaactcatgtccttcaataaaagc----ttgttacaaagttctggaatgcaatgt--atagt |
12749215 |
T |
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| Q |
318 |
taaacaacatagtgtgatgatgacatgtgcagagaagtcagtattgtatctcctaactcctattattctgtttgactattatgatactaagatattgtga |
417 |
Q |
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| T |
12749216 |
taaacagcatagtgtgatgatgacatgtgcaaagaagtcagtactgtatctcctaactcctattattctgtttgactattatgatactaagatattgtga |
12749315 |
T |
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| Q |
418 |
attgttccggctagcctatgcttct |
442 |
Q |
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| T |
12749316 |
attgttccggctagcctatggttct |
12749340 |
T |
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