View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3425_low_14 (Length: 444)

Name: NF3425_low_14
Description: NF3425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3425_low_14
NF3425_low_14
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (18-428)||(47298821-47299231)
chr7 (18-428)||(47292214-47292624)
chr7 (18-428)||(47267624-47268034)
chr7 (18-428)||(47283589-47283999)
chr7 (18-370)||(47278996-47279348)
chr7 (18-385)||(47242720-47243087)
chr7 (18-385)||(47256844-47257214)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-385)||(32731387-32731754)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (260-391)||(20519638-20519769)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 47299231 - 47298821
Alignment:
Q  18 gcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  47299231 gcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcgaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatactacg 47299132  T
Q  118 gtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47299131 gtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtggaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctga 47299032  T
Q  218 agttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgact 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47299031 agttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgact 47298932  T
Q  318 cgtgctaggttcttcgaagtgaatttcggatggggtgaaggggtgtatggtggagttgcaaaaggtggggctggaacatttcctggatcaacctatatcg 417  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||    
T  47298931 cgtgctaggctctcagaagtgaatttcggatggggtgaaggggtgtatggtggagttgcaaaaggtggggctggaccttttcctggagcaacctatatcg 47298832  T
Q  418 tcccatataag 428  Q
    |||||||||||    
T  47298831 tcccatataag 47298821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 47292624 - 47292214
Alignment:
Q  18 gcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatg 117  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || |    
T  47292624 gcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgtcgtcaatgcacgctcgaggtttaacattaacaattcgccacttgttggatattacg 47292525  T
Q  118 gtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctga 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292524 gtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctga 47292425  T
Q  218 agttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgact 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  47292424 agttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgact 47292325  T
Q  318 cgtgctaggttcttcgaagtgaatttcggatggggtgaaggggtgtatggtggagttgcaaaaggtggggctggaacatttcctggatcaacctatatcg 417  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292324 cgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggggtgtatggtggagttgcaaaaggtggggctggaacatttcctggatcaacctatatcg 47292225  T
Q  418 tcccatataag 428  Q
    |||||||||||    
T  47292224 tcccatataag 47292214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 428
Target Start/End: Original strand, 47267624 - 47268034
Alignment:
Q  18 gcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  47267624 gcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtattgtcaatgcacgttcgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatactacg 47267723  T
Q  118 gtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctga 217  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47267724 gtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaactcattaggttatgctgtggagttggtaagaaaattaaaagctga 47267823  T
Q  218 agttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgact 317  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| | |||    
T  47267824 agttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaagagcggtgtttatttacaactataaggtcttgtgttgtttcagatgtaact 47267923  T
Q  318 cgtgctaggttcttcgaagtgaatttcggatggggtgaaggggtgtatggtggagttgcaaaaggtggggctggaacatttcctggatcaacctatatcg 417  Q
    |||   | |||    |||||| |||| ||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||  | ||||||||| || ||||||||     
T  47267924 cgtataaagttaagagaagtggattttggatggggtgaggccgtgtatggtggagctgcaaaaagtggggctgggccttttcctggagcagcctatatca 47268023  T
Q  418 tcccatataag 428  Q
    ||||| |||||    
T  47268024 tcccacataag 47268034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 428
Target Start/End: Original strand, 47283589 - 47283999
Alignment:
Q  18 gcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatg 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||  | | || ||||||||||||||||||| ||||    
T  47283589 gcattgcagttagagccagatgaagaagtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttcaaggtttagggctgaccattcgccacttgttggatattatg 47283688  T
Q  118 gtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctga 217  Q
    ||||||||||||||| ||| || || |||||||| ||| |||||||||||| |||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||| |    
T  47283689 gtaactgttttgctttcccggctgctgtcaccaccgcagggaagctttgtggaaaccctttaggttatgcagtggaattgataagaaaagcaaaagctca 47283788  T
Q  218 agttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgact 317  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||| || | ||||| ||||||    
T  47283789 agttacagaagaatacatgcattctttggcagatcttatggttattaaggaacgatgtttatttacaacagtaagatcgtgtgttgtatcagacttgact 47283888  T
Q  318 cgtgctaggttcttcgaagtgaatttcggatggggtgaaggggtgtatggtggagttgcaaaaggtggggctggaacatttcctggatcaacctatatcg 417  Q
    ||||||| || |   ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||| | || |||||| |||| |||||      
T  47283889 cgtgctaagtacgcagaagtgaatttcggatggggtgaggcggtgtatggtggagtggtaaaaggtggggctggacctttacctggagcaacgtatataa 47283988  T
Q  418 tcccatataag 428  Q
    ||||| |||||    
T  47283989 tcccacataag 47283999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 370
Target Start/End: Original strand, 47278996 - 47279348
Alignment:
Q  18 gcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatg 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||  | | || ||||||||||||||||||| ||||    
T  47278996 gcattgcagttagagccagatgaagaagtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttcaaggtttagggctgaccattcgccacttgttggatattatg 47279095  T
Q  118 gtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctga 217  Q
    ||||||||||||||| ||| || || |||||||| ||| |||||||||||| ||| || || ||||||| |||||| ||| ||||||||  ||||||| |    
T  47279096 gtaactgttttgctttcccggctgctgtcaccaccgcagggaagctttgtggaaatcctttaggttatggagtggaattgataagaaaagcaaaagctca 47279195  T
Q  218 agttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgact 317  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||| || | ||||| ||||||    
T  47279196 agttacagaagaatacatgcattctttggcagatcttatggttattaaggaacgatgtttatttacaacaataagatcttgtgttgtatcagacttgact 47279295  T
Q  318 cgtgctaggttcttcgaagtgaatttcggatggggtgaaggggtgtatggtgg 370  Q
    ||||||| || |   ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  47279296 cgtgctaagtacgcagaagtgaattttggatggggtgaggcggtgtatggtgg 47279348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Original strand, 47242720 - 47243087
Alignment:
Q  18 gcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatg 117  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||| || ||||  |||     |||||||||| || |    
T  47242720 gcattgcagatagagccagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttccaggtttagtgctaacccttctttgtttgttggatattacg 47242819  T
Q  118 gtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctga 217  Q
    |||| ||  |||||| | | ||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||| || |    
T  47242820 gtaattgcattgctttctcggcggctgtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaaccaattaggttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaaactca 47242919  T
Q  218 agttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgact 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||||  | || |||| ||||    
T  47242920 agttacagaggaatacatgcattctttagcagattttatggttattaaggaacgatgtttatttacaactggaagaacttgtatagtgtcggattggact 47243019  T
Q  318 cgtgctaggttcttcgaagtgaatttcggatggggtgaaggggtgtatggtggagttgcaaaaggtgg 385  Q
    |||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||    | ||||||||||| | |||||||||    
T  47243020 cgtgctaatttctcagaagtgaatttcggatggggtgaaacaatatatggtggagtagtaaaaggtgg 47243087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Original strand, 47256844 - 47257214
Alignment:
Q  18 gcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaa---ttcgccacttgttggatact 114  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| || ||| ||   |||| | ||  ||||||| |    
T  47256844 gcattgcaggtagaaccagatgaagatgtgcgaatgatgtgcatcgttaatgcacgctcgaggtttagtgctaataaccgttcgtcgctcattggatatt 47256943  T
Q  115 atggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagc 214  Q
    |||| |||||| |||||| | | ||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||    
T  47256944 atggcaactgtattgctttctcggcggcagtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaaccaattaggttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaagc 47257043  T
Q  215 tgaagttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttg 314  Q
    | ||||||||||| | |||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||  | |||||  | ||||||| |    
T  47257044 tcaagttacagagaagtacatgcactcattggcagattttatggttattaaggaacgatgtttatttacaaagggaagaacatgtatggtgtcagattgg 47257143  T
Q  315 actcgtgctaggttcttcgaagtgaatttcggatggggtgaaggggtgtatggtggagttgcaaaaggtgg 385  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||    
T  47257144 actcgtgctaagttctcagaagtgaatttcggatggggtgaagctgtgtatggtggagcagcaaaaggtgg 47257214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Original strand, 32731387 - 32731754
Alignment:
Q  18 gcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatg 117  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||| || ||||  |||     || ||||||| || |    
T  32731387 gcattgcagatagagccagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttccaggtttagtgctaacccttctttgtttattggatattacg 32731486  T
Q  118 gtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctga 217  Q
    |||| ||| |||||| | | ||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||| || |    
T  32731487 gtaattgtattgctttctcggcggctgtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaaccaattaggttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaaactca 32731586  T
Q  218 agttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgact 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||  |||||||  | ||||||| ||||    
T  32731587 agttacagaggaatacatgcattctttagcagattgtatggttattaaggaacgatgtttatttacaaccggaagaacttgtatggtgtcagattggact 32731686  T
Q  318 cgtgctaggttcttcgaagtgaatttcggatggggtgaaggggtgtatggtggagttgcaaaaggtgg 385  Q
    |||||||  || |  ||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| | |||||||||    
T  32731687 cgtgctaatttatcagaagtgaatttcggatggggtgaaacaatgtatggtggagtagtaaaaggtgg 32731754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 64; Significance: 8e-28; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 260 - 391
Target Start/End: Original strand, 20519638 - 20519769
Alignment:
Q  260 tattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgactcgtgctaggttcttcgaagtgaatttcggatggggtgaaggg 359  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||   ||||||||||| ||||||||||| | |    
T  20519638 tattaaggaacgatgtttacttacaactgtaagttgttgtgttatgtcagatttgacacgtgctaagttcagagaagtgaattttggatggggtgaggcg 20519737  T
Q  360 gtgtatggtggagttgcaaaaggtggggctgg 391  Q
      |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20519738 aagtatggtggagttgcaaaagctggggctgg 20519769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University