View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3434_low_1 (Length: 656)

Name: NF3434_low_1
Description: NF3434
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3434_low_1
NF3434_low_1
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (18-648)||(6759817-6760446)
chr3 (18-648)||(6456401-6457031)
chr3 (327-648)||(49963483-49963805)
chr3 (96-204)||(407026-407136)
chr3 (96-204)||(416806-416916)
chr3 (592-634)||(42104063-42104105)
chr3 (289-327)||(49963835-49963873)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (18-544)||(39676052-39676564)
chr7 (597-634)||(22027189-22027226)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (327-645)||(42631914-42632233)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (327-648)||(38175175-38175496)
chr2 (359-648)||(15229056-15229346)
chr2 (145-209)||(7197006-7197070)
chr2 (237-267)||(15046237-15046267)
chr2 (289-330)||(38175107-38175148)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (88-253)||(7276656-7276818)
chr1 (132-245)||(4204022-4204135)
chr1 (96-204)||(24346389-24346499)
chr1 (96-204)||(24358661-24358771)
chr1 (88-139)||(4203684-4203735)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (96-204)||(24183509-24183619)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 6760446 - 6759817
Alignment:
Q  18 tatacaggtcttttatgtattgagagtacctcctctgttacatcttgtgcaggtggaagagttgataaatttgttgattcaaactaaaatgttgttactg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6760446 tatacaggtcttttatgtattgagagtacctcctctgttacatcttgtgcaggtggaagagttgataaatttgttgattcaaactaaaatgttgttactg 6760347  T
Q  118 tgaaggcttgtaattacatatatctattattggatgaggtagtacagattaggaagaggtaaaaacaaaggcggcttaggatttagaagcttcaacaaag 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6760346 tgaaggcttgtaattacatatatctattattggatgaggtagcacagattgggaagaggtaaaaataaaggcggcttaggatttagaggcttcaacaaag 6760247  T
Q  218 gcgaatttgatgttgttagtattgtgcaggatgtttcttcctttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggaaattctctaactggcttgtatgt 317  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  6760246 gcaaatttgatgttgttagtattgtgcaggatgtttcttcctttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggatattctccaactggcttgtatgt 6760147  T
Q  318 attacaaatggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctc 417  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |     
T  6760146 attacaaatggcaacgtgtggtggtgtcaattggctggtgctttgttggttctgttatggtgttggtaggcatgttgctactgttgtgttgtgggttttg 6760047  T
Q  418 tttcctgttaaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||| |       |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6760046 tttcctgttaaattgtgtaccgtatttttacggcgc-ttttttatcttctgtttgttttgtgaactttttagtgtgtcttgttgttctgaattttatcaa 6759948  T
Q  518 acctgcttctgttttgctctaaatacgnnnnnnnnacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaa 617  Q
    || |||||||||||||||| |||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||    
T  6759947 acatgcttctgttttgctcgaaatacgttttttttacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatgggatctgctaaaacagcaagtgtggtaa 6759848  T
Q  618 ggaatgagtgcaagcactgttggcctatgct 648  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6759847 ggaatgagtgcaagcactgctggcctatgct 6759817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 648
Target Start/End: Original strand, 6456401 - 6457031
Alignment:
Q  18 tatacaggtcttttatgtattgagagtacctcctctgttacatcttgtgcaggtggaagagttgataaatttgttgattcaaactaaaatgttgttactg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6456401 tatacaggtcttttatgtattgagagtacctcctctgttacatcttgtgcaggtggaagagttgataaatttgttgattcaaactaaaatgttgttactg 6456500  T
Q  118 tgaaggcttgtaattacatatatctattattggatgaggtagtacagattaggaagaggtaaaaacaaaggcggcttaggatttagaagcttcaa-caaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  6456501 tgaaggcttgtaattacatatatctattattggatgaggtagcacagattgggaagaggtaaaaacaaaggcggcttaggatttagaggcttcaaacaaa 6456600  T
Q  217 ggcgaatttgatgttgttagtattgtgcaggatgtttcttcctttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggaaattctctaactggcttgtatg 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  6456601 ggcaaatttgatgttgttagtattgtgcaggatgtttcttcctttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggatattctccaactggcttgtatg 6456700  T
Q  317 tattacaaatggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttct 416  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  6456701 tattacaaatggtaacgtgtggtggtgtcaattggctggtgctttgttggttctgttatggtgttggtaggcatgctgctactgttgtgttgtgggtttt 6456800  T
Q  417 ctttcctgttaaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatca 516  Q
     |||||||||||||||||| |  |||||||||||| |       |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6456801 gtttcctgttaaattgtgtgccgtatttttacggcgc-ttttttatcttctgtttgttttgtgaactttttagtgtgtcttgttgttctgaattttatca 6456899  T
Q  517 aacctgcttctgttttgctctaaatacgnnnnnnnnacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggta 616  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || | ||||||||||||||||||||    
T  6456900 aacatgcttctgttttgctctaaatacgttttttttacaggatattgattatggtcaacttctggtgttgatgggatctgctaaaacagcaagtgtggta 6456999  T
Q  617 aggaatgagtgcaagcactgttggcctatgct 648  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  6457000 aggaataagtgcaagcactgctggcctatgct 6457031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 327 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 49963805 - 49963483
Alignment:
Q  327 ggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgtt 426  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  49963805 ggtaacgcatggtggtgtcaattggccgacgttttgttggttatgttatggtgttggtaggcatgttgctactgttgtgctgtgggttctatttcctgtt 49963706  T
Q  427 aaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttc 526  Q
    ||||||||||   ||||||||||           |||||||||||||||||| ||  || ||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  49963705 aaattgtgtatcgtatttttacgaatttttttttatcttctgtttgttttgtaagaattttagtgtgccttgttgttctgaattttatcaaatatgcttc 49963606  T
Q  527 tgttttgctctaaatacg-nnnnnnnnacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgag 625  Q
    |||||| |||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  49963605 tgttttcctctaaatacgtttttcattacaggatattgattatggtcagcttctggtactgatgggatctgctaaaacaacgagtgtggtaaggaatgag 49963506  T
Q  626 tgcaagcactgttggcctatgct 648  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  49963505 tgcaagcactgctggcctatgct 49963483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 96 - 204
Target Start/End: Original strand, 407026 - 407136
Alignment:
Q  96 tcaaactaaaatgttgttactgtg--aaggcttgtaattacatatatctattattggatgaggtagtacagattaggaagaggtaaaaacaaaggcggct 193  Q
    ||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  407026 tcaaactgaaatattgttactgtgtgaaggcttgtaattacatatatgtattattggacgagctgggacagattgggaagaggtaaaaacaaaggtggct 407125  T
Q  194 taggatttaga 204  Q
    |||||||||||    
T  407126 taggatttaga 407136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 96 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 416916 - 416806
Alignment:
Q  96 tcaaactaaaatgttgttactgtg--aaggcttgtaattacatatatctattattggatgaggtagtacagattaggaagaggtaaaaacaaaggcggct 193  Q
    ||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  416916 tcaaactgaaatattgttactgtgtgaaggcttgtaattacatatatgtattattggacgagctgggacagattgggaagaggtaaaaacaaaggtggct 416817  T
Q  194 taggatttaga 204  Q
    |||||||||||    
T  416816 taggatttaga 416806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 592 - 634
Target Start/End: Original strand, 42104063 - 42104105
Alignment:
Q  592 attttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcac 634  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42104063 atttgctaaaacagaaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcac 42104105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 289 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 49963873 - 49963835
Alignment:
Q  289 attggaaattctctaactggcttgtatgtattacaaatg 327  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49963873 attggatattctccaactggcttgtatgtattacaaatg 49963835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 18 - 544
Target Start/End: Original strand, 39676052 - 39676564
Alignment:
Q  18 tatacaggtcttttatgtattgagagtacctcctctgttacatcttgtgcaggtggaagagttgataaatttgttgattcaaactaaaatgttgttactg 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39676052 tatacaagtcttttatgtattgagagtacctcctctgttacatcttgtgcatgtggaagagttgataaatttgctgattcaaactaaaatgttgttactg 39676151  T
Q  118 tgaaggcttgtaattacatatatctattattggatgaggtagtacagattaggaagaggtaaaaacaaaggcggcttaggatttagaagcttcaacaaag 217  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||              
T  39676152 tgaagtcttgtaattacatatatgtattattggatgaggtaggacagattgggaagaggtaaaaacaaaggcggcttaggatttagaggc---------- 39676241  T
Q  218 gcgaatttgatgttgttagtattgtgcaggatgtttcttcctttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggaaattctctaactggcttgtatgt 317  Q
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  39676242 ---------atgttgttagtattgtgcaggatgtttcttcctttgctgaaaatgtatccatgattcatatcattggatattctccaactggcttgtatgt 39676332  T
Q  318 attacaaatggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggc-----gctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtggg 412  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||     |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  39676333 attgcaaatggtaacgcgtggtggtgtcaactggccggcgctttgctttgttggttctgttatggtgttggtaggcctactgctactgttgtgttgtggg 39676432  T
Q  413 ttctctttcctgttaaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaatttt 512  Q
    |||| |||||| |||||||||||||  ||||| || ||| |       ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  39676433 ttctgtttcctattaaattgtgtaccgtatttctagggctctttttttatcttatgtttgttttgtgagctttttagtgtgtcttgttgttctgaatttt 39676532  T
Q  513 atcaaacctgcttctgttttgctctaaatacg 544  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  39676533 atcaaacttgcttcggttttgctctaaatacg 39676564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 597 - 634
Target Start/End: Original strand, 22027189 - 22027226
Alignment:
Q  597 ctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcac 634  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22027189 ctaaaacaaaaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcac 22027226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 327 - 645
Target Start/End: Original strand, 42631914 - 42632233
Alignment:
Q  327 ggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgtt 426  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |    
T  42631914 ggtaacgcatggtggtgtcaattggccggtgttttgttgggtcggttatggtgttggtaggcctgctgctacggttgtgttgtgggttctgtttcctgct 42632013  T
Q  427 aaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttc 526  Q
    |||||||||||  ||| |||| |||||       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42632014 aaattgtgtaccgtatctttatggccctttttgtatcttctgtttgttttgtgagctttttagtgtgtcttgttgttctgaattttatcaaacctgcttc 42632113  T
Q  527 tgttttgctctaaatacg-nnnnnnnnacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgag 625  Q
    | ||||||||||| ||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42632114 tattttgctctaagtacgtattttattacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatgggatctgctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgag 42632213  T
Q  626 tgcaagcactgttggcctat 645  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  42632214 tgcaagcactgctggcctat 42632233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 327 - 648
Target Start/End: Original strand, 38175175 - 38175496
Alignment:
Q  327 ggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgtt 426  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||  |||||| ||| |||||    
T  38175175 ggtaacgtgtggtggtgtcaattgaccgacgttttgttggttatgttatggtgttggtaggcctactgttattgttgtgttgcaggttctattttctgtt 38175274  T
Q  427 aaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttc 526  Q
    |||||||||||  |||||||||| |||       ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  38175275 aaattgtgtaccgtatttttacgaccctctttttatctt-tgtttgttttgtgagttttttagtgtgccttgttgttctgaattttatcaaatatgcttc 38175373  T
Q  527 tgttttgctctaaatacgnnnnnnnn-acaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgag 625  Q
    |||||| |||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  38175374 tgttttcctctaaatacgtttttcattacaggatattgattatggtcagcttctggtactgatgggatctgctaaaacatcgagtgtggtaaggaatgag 38175473  T
Q  626 tgcaagcactgttggcctatgct 648  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  38175474 tgcaagcactgctggcctatgct 38175496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 359 - 648
Target Start/End: Original strand, 15229056 - 15229346
Alignment:
Q  359 tttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgttaaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnn 458  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||| | ||| | ||||||||||||   ||||||||| |||         
T  15229056 tttgctggttatgttatggtgttggtaggcctgctgctactgttgtgttgcagattctatgtccagataaattgtgtaccgaatttttacgacccttttt 15229155  T
Q  459 nnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttctgttttgctctaaatacg-nnnnnnnnacagg 557  Q
      |||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||         |||||    
T  15229156 ttatcttcagtttgttttctgagctttttagtgtgccttgttgttctgaattttatcaaatatgcttctgttttgctcttaatacgttttttattacagg 15229255  T
Q  558 atattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcactgttggcctatgct 648  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  15229256 atattgattatggtcagcttttggtactgatggcatatgataaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcaatgcttgcctatgct 15229346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 145 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 7197070 - 7197006
Alignment:
Q  145 tattggatgaggtagtacagattaggaagaggtaaaaacaaaggcggcttaggatttagaagctt 209  Q
    ||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7197070 tattggatgagctgggacagattgggaagaggtaaaaacaaaggcggcttaggatttagaggctt 7197006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 237 - 267
Target Start/End: Original strand, 15046237 - 15046267
Alignment:
Q  237 tattgtgcaggatgtttcttcctttgctgaa 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15046237 tattgtgcaggatgtttcttcctttgctgaa 15046267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 289 - 330
Target Start/End: Original strand, 38175107 - 38175148
Alignment:
Q  289 attggaaattctctaactggcttgtatgtattacaaatggta 330  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38175107 attggatattctccaactgacttgtatgtattacaaatggta 38175148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 91; Significance: 9e-44; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 88 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 7276818 - 7276656
Alignment:
Q  88 ttgttgattcaaactaaaatgttgttactgtgaaggcttgtaattacatatatctattattggatgaggtagtacagattaggaagaggtaaaaacaaag 187  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||    
T  7276818 ttgttgattcaaactaaaatattgttactctgaaggcttgtaattacatatgtgt--tattggatgagctaat-cagatttggaagaggtaaaaacaaag 7276722  T
Q  188 gcggcttaggatttagaagcttcaacaaaggcgaatttgatgttgttagtattgtgcaggatgttt 253  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||||||    
T  7276721 gcggcttaggaattagaggctttaacaaaggccaatttgatgctgttagtattatgcaagatgttt 7276656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 132 - 245
Target Start/End: Original strand, 4204022 - 4204135
Alignment:
Q  132 tacatatatctattattggatgaggtagtacagattaggaagaggtaaaaacaaaggcggcttaggatttagaagcttcaacaaaggcgaatttgatgtt 231  Q
    ||||||||| | |||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  4204022 tacatatatgtgttattggatgagctaggacatatttggaagaggtaaaaacaaaggcagcttaggatttagaggcttcaacaaaggccaatttgatgtt 4204121  T
Q  232 gttagtattgtgca 245  Q
    ||||||||| ||||    
T  4204122 gttagtattatgca 4204135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 96 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 24346499 - 24346389
Alignment:
Q  96 tcaaactaaaatgttgttactgtg--aaggcttgtaattacatatatctattattggatgaggtagtacagattaggaagaggtaaaaacaaaggcggct 193  Q
    ||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  24346499 tcaaactgaaatattgttactgtgtgaaggcttgtaattacatatatgtattattggacgagctgggacagattgggaagaggtaaaaacaaaggtggct 24346400  T
Q  194 taggatttaga 204  Q
    |||||||||||    
T  24346399 taggatttaga 24346389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 96 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 24358771 - 24358661
Alignment:
Q  96 tcaaactaaaatgttgttactgtg--aaggcttgtaattacatatatctattattggatgaggtagtacagattaggaagaggtaaaaacaaaggcggct 193  Q
    ||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  24358771 tcaaactgaaatattgttactgtgtgaaggcttgtaattacatatatgtattattggacgagctgggacagattgggaagaggtaaaaacaaaggtggct 24358672  T
Q  194 taggatttaga 204  Q
    |||||||||||    
T  24358671 taggatttaga 24358661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 88 - 139
Target Start/End: Original strand, 4203684 - 4203735
Alignment:
Q  88 ttgttgattcaaactaaaatgttgttactgtgaaggcttgtaattacatata 139  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4203684 ttgttgattcaaattaaaatattgttactctgaaggcttgtaattacatata 4203735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 96 - 204
Target Start/End: Original strand, 24183509 - 24183619
Alignment:
Q  96 tcaaactaaaatgttgttactgtg--aaggcttgtaattacatatatctattattggatgaggtagtacagattaggaagaggtaaaaacaaaggcggct 193  Q
    ||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  24183509 tcaaactgaaatattgttactgtgtgaaggcttgtaattacatatatgtattattggacgagctgggacagattgggaagaggtaaaaacaaaggtggct 24183608  T
Q  194 taggatttaga 204  Q
    |||||||||||    
T  24183609 taggatttaga 24183619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University