View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3434_low_2 (Length: 623)

Name: NF3434_low_2
Description: NF3434
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3434_low_2
NF3434_low_2
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (1-608)||(55705570-55706177)
chr4 (285-476)||(47293429-47293620)
chr4 (276-478)||(56208510-56208712)
chr4 (312-457)||(45876736-45876881)
chr4 (312-445)||(45858817-45858950)
chr4 (294-476)||(54304200-54304388)
chr4 (1-132)||(45878669-45878800)
chr4 (64-132)||(47293222-47293290)
chr4 (30-125)||(56208877-56208972)
chr4 (1-87)||(45860198-45860284)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (312-458)||(35854542-35854688)
chr5 (314-480)||(10521303-10521469)
chr5 (2-131)||(35802699-35802828)
chr5 (312-388)||(35802504-35802580)
chr5 (38-114)||(10521033-10521109)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (292-475)||(7972058-7972241)
chr8 (276-474)||(7961689-7961887)
chr8 (1-132)||(7972414-7972545)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (314-445)||(24357457-24357588)
chr2 (30-132)||(24354011-24354113)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 572; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 608
Target Start/End: Original strand, 55705570 - 55706177
Alignment:
Q  1 aaatcaggtctcttgctgcccaaaaacctgtcattgcttcaatgtatgacgtggcagcaagttcaggatagtacatggcaatgggagctggaataatagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55705570 aaatcaggtctcttgctgcccaaaaacctgtcattgcttcaatgtatgacgtggcagccagtgcaggatagtacatggcaatgggagctggaataatagt 55705669  T
Q  101 agcagaaaatcttacattaactggttcaattgaaggagcagtcactcaaaacgtaaatcttgagaatctttatgaaactattcctctgaaagaaattgta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  55705670 agcagaaaatcttacattaactggttcaattgaaggagcagtcactcaaaacgtaaatcttgagaatctttttgaaactattcctctgaaagaaattgta 55705769  T
Q  201 cggaggggtaaactctctactgatacgttggttgatgagctatttgccaagagagaagatcacgattatacattattcgagctaatgcggctctttccag 300  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  55705770 cggagcggtaaactctctactgatacgttggttgatgagctatttgccaagagagaagatcacgatcatacattatttgagctaacgcggctctttccag 55705869  T
Q  301 atctatgactatagacaagatggaagaggttgcgcatgggagggtttggaccggtaaagacgcagcatctcatggtttggttgatgctattggtgggata 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55705870 atctatgactatagacaagatggaagaggttgcgcatgggagggtttggaccggtaaagacgcagcatctcatggtttggttgatgctattggtgggata 55705969  T
Q  401 tcgcgtgctattgctattgcaaaattgaaagctaatatacctcaaaacagagaggttattgttgtggagctctcaagatctgatggacttagcacattct 500  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55705970 tcgcgtgctattgctattacaaaattgaaagctaatatacctcaaaacagagaggttattgttgtggagctctcaagatctgatggacttagcacattct 55706069  T
Q  501 gatggaccatgttttagaatttggatggatatccatctgcctacaccattccaggatctgtgaatgatcaactcgattctttgtagagggatattttctt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55706070 gatggaccatgttttagaatttggatggatatccatctgcctacaccattccaggatctgtgaatgatcaactcgattctttgtagagggatattttctt 55706169  T
Q  601 ggcataat 608  Q
    || |||||    
T  55706170 ggtataat 55706177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 285 - 476
Target Start/End: Original strand, 47293429 - 47293620
Alignment:
Q  285 atgcggctctttccagatctatgactatagacaagatggaagaggttgcgcatgggagggtttggaccggtaaagacgcagcatctcatggtttggttga 384  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  47293429 atgcggctctttccagatcaatgaccatagacaagatggaagaggttgcacagggaaggatttggaccagtaaggacgcagtatctcatggtttggttga 47293528  T
Q  385 tgctattggtgggatatcgcgtgctattgctattgcaaaattgaaagctaatatacctcaaaacagagaggttattgttgtggagctctcaa 476  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| | | ||||||||| |||||    
T  47293529 tgctattggtggactatcgcgcgctattgctatagcaaaattgaaggccaatatacctcaaaacagacaggtcactcttgtggagcgctcaa 47293620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 276 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 56208712 - 56208510
Alignment:
Q  276 ttcgagctaatgcggctctttccagatctatgactatagacaagatggaagaggttgcgcatgggagggtttggaccggtaaagacgcagcatctcatgg 375  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||  ||||| |||    
T  56208712 ttcgagataatgcggctctttccagatcaatgactatagatgagatggaagaggttgcacaggggagggtttagaccggtaaagatgcactatctcttgg 56208613  T
Q  376 tttggttgatgctattggtgggatatcgcgtgctattgctattgcaaaattgaaagctaatatacctcaaaacagagaggttattgttgtggagctctca 475  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||| ||| | | |||| |||||||||  |||||    
T  56208612 tttggttgatgctattggtgggctatctcgtgctattgctatagcaaaattgaaggctggtatacctcaagacaaacatgttactgttgtggacatctca 56208513  T
Q  476 aga 478  Q
    |||    
T  56208512 aga 56208510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 312 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 45876881 - 45876736
Alignment:
Q  312 tagacaagatggaagaggttgcgcatgggagggtttggaccggtaaagacgcagcatctcatggtttggttgatgctattggtgggatatcgcgtgctat 411  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  45876881 tagacaagatggaagaggttgcacaagggagggtttggaccggtaaggatgcagcatcccatggtttggttgatgctattggtgggctatctcgtgctat 45876782  T
Q  412 tgctattgcaaaattgaaagctaatatacctcaaaacagagaggtt 457  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  45876781 tgctatagcaaaattgaaagctaatatacctcaagacagacaggtt 45876736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 312 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 45858950 - 45858817
Alignment:
Q  312 tagacaagatggaagaggttgcgcatgggagggtttggaccggtaaagacgcagcatctcatggtttggttgatgctattggtgggatatcgcgtgctat 411  Q
    |||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  45858950 tagacaagatggaagaggctgcacaggagagggtttggaccggtaaggatgcagtatctcatggtctggttgatgctattggtgggctatcacgtgctat 45858851  T
Q  412 tgctattgcaaaattgaaagctaatatacctcaa 445  Q
    |||||| || |||||||| || ||||||||||||    
T  45858850 tgctatagccaaattgaaggccaatatacctcaa 45858817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 294 - 476
Target Start/End: Original strand, 54304200 - 54304388
Alignment:
Q  294 tttccagatctatgactatagacaagatggaagaggttgcgcatgggaggg------tttggaccggtaaagacgcagcatctcatggtttggttgatgc 387  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||| | || |||||||      ||||||| ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  54304200 tttccaaatcaatgacaatagacaaaatggaagaggttccacaggggagggggaaggtttggactggtaaggacgcaacatctctcggtttggttgatgc 54304299  T
Q  388 tattggtgggatatcgcgtgctattgctattgcaaaattgaaagctaatatacctcaaaacagagaggttattgttgtggagctctcaa 476  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||| | |||| || |||||||    
T  54304300 tattggcgggatgtctcgtgctattgctatagcaaaattgaaggccaatatacctcaaaatagtgaggttactcttgttgaactctcaa 54304388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 45878800 - 45878669
Alignment:
Q  1 aaatcaggtctcttgctgcccaaaaacctgtcattgcttcaatgtatgacgtggcagcaagttcaggatagtacatggcaatgggagctggaataatagt 100  Q
    ||||||||  ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||   || ||    
T  45878800 aaatcaggcttctggctgccaaaaaaccagtcattgcttcaatgtctgatgtggcagcaagtggaggatactacatggcaatgggagcaggagctattgt 45878701  T
Q  101 agcagaaaatcttacattaactggttcaattg 132  Q
     ||||||| ||| || ||||||||||||||||    
T  45878700 tgcagaaagtctaaccttaactggttcaattg 45878669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 64 - 132
Target Start/End: Original strand, 47293222 - 47293290
Alignment:
Q  64 caggatagtacatggcaatgggagctggaataatagtagcagaaaatcttacattaactggttcaattg 132  Q
    ||||||| ||| |||||||||| || ||| | || || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47293222 caggatactacgtggcaatgggcgcaggagttattgttgcagaaaatcttaccttaactggttcaattg 47293290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 56208972 - 56208877
Alignment:
Q  30 gtcattgcttcaatgtatgacgtggcagcaagttcaggatagtacatggcaatgggagctggaataatagtagcagaaaatcttacattaactggt 125  Q
    ||||||||||| |||| | |  || ||||||||  ||||||  |||||||||||||||| ||| | || || |||||||||||||| |||||||||    
T  56208972 gtcattgcttcgatgtctcatatgacagcaagtggaggataccacatggcaatgggagcaggagttattgttgcagaaaatcttaccttaactggt 56208877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 45860284 - 45860198
Alignment:
Q  1 aaatcaggtctcttgctgcccaaaaacctgtcattgcttcaatgtatgacgtggcagcaagttcaggatagtacatggcaatgggag 87  Q
    ||||||||  |||||| ||| |||||||  ||||||||||||||| ||| |||||||| |||  |||||| || ||||| |||||||    
T  45860284 aaatcaggcttcttgcagccaaaaaaccaatcattgcttcaatgtctgatgtggcagctagtggaggatactatatggcgatgggag 45860198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 312 - 458
Target Start/End: Original strand, 35854542 - 35854688
Alignment:
Q  312 tagacaagatggaagaggttgcgcatgggagggtttggaccggtaaagacgcagcatctcatggtttggttgatgctattggtgggatatcgcgtgctat 411  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35854542 tagacaagatgaaaaaggttgcacatgggaggatttggaccggtaaggacgcagcatctcatggtttggttgatgctattggtgggatatcgcgtgctat 35854641  T
Q  412 tgctattgcaaaattgaaagctaatatacctcaaaacagagaggtta 458  Q
    |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||    
T  35854642 tgctatagcaaaattgaaggccaatatacctcaaaacagacaggtta 35854688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 314 - 480
Target Start/End: Original strand, 10521303 - 10521469
Alignment:
Q  314 gacaagatggaagaggttgcgcatgggagggtttggaccggtaaagacgcagcatctcatggtttggttgatgctattggtgggatatcgcgtgctattg 413  Q
    ||||||||| ||||| || | ||| ||||| |||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10521303 gacaagatgaaagagattccacataggaggatttggatcgggaaggacgcagcatctcaaggtttggttgatgctattggtgggatatcgcgtgctattg 10521402  T
Q  414 ctattgcaaaattgaaagctaatatacctcaaaacagagaggttattgttgtggagctctcaagatc 480  Q
    |||| |||||||| || || |||||||||||||||| | |||||| | |||| ||||||||||||||    
T  10521403 ctatcgcaaaattcaaggccaatatacctcaaaacaaacaggttaatcttgtcgagctctcaagatc 10521469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 35802828 - 35802699
Alignment:
Q  2 aatcaggtctcttgctgcccaaaaacctgtcattgcttcaatgtatgacgtggcagcaagttcaggatagtacatggcaatgggagctggaataatagta 101  Q
    |||||| ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||| ||| | |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||   || |||    
T  35802828 aatcagatctcttgcttcaaaaaaacccgtcattgcttcaatgtctgatgcggcaacaagtgcaggatactacatggcaatgggagcaggagctatcgta 35802729  T
Q  102 gcagaaaatcttacattaactggttcaatt 131  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35802728 gcagaaaatcttactttaactggttcaatt 35802699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 312 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 35802580 - 35802504
Alignment:
Q  312 tagacaagatggaagaggttgcgcatgggagggtttggaccggtaaagacgcagcatctcatggtttggttgatgct 388  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35802580 tagacaagatgaaaaaggttgcacatgggaggatttggaccggtaaggacgcagcatctcatggtttggttgatgct 35802504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 114
Target Start/End: Original strand, 10521033 - 10521109
Alignment:
Q  38 ttcaatgtatgacgtggcagcaagttcaggatagtacatggcaatgggagctggaataatagtagcagaaaatctta 114  Q
    |||||||| ||| || ||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||   || ||||||||||||||||    
T  10521033 ttcaatgtctgatgtagcagcaagtgcaggatactacatggcaacgggagcaggagatatcgtagcagaaaatctta 10521109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 292 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 7972241 - 7972058
Alignment:
Q  292 tctttccagatctatgactatagacaagatggaagaggttgcgcatgggagggtttggaccggtaaagacgcagcatctcatggtttggttgatgctatt 391  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||||||     
T  7972241 tctttccagatcaatgactgtagacaagatggaagaggttgcacagaggaggatttggaccggtaaagatgcagtatctaatggtttggtcgatgctatc 7972142  T
Q  392 ggtgggatatcgcgtgctattgctattgcaaaattgaaagctaatatacctcaaaacagagaggttattgttgtggagctctca 475  Q
     ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| | |||||||||||| | |||| | ||||||||||||||    
T  7972141 agtggactatcgcgtgctattgctatagcaaaattgaaggccaatcttcctcaaaacagacatgttactattgtggagctctca 7972058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 276 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 7961887 - 7961689
Alignment:
Q  276 ttcgagctaatgcggctctttccagatctatgactatagacaagatggaagaggttgcgcatgggagggtttggaccggtaaagacgcagcatctcatgg 375  Q
    |||||| | ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||| |||||||| |||  |||| |||     
T  7961887 ttcgagatgatgcggctctttcaagattaatgactatagacaagatggaagaggttgcacaagggagaatttggactggtaaagatgcaatatctaatga 7961788  T
Q  376 tttggttgatgctattggtgggatatcgcgtgctattgctattgcaaaattgaaagctaatatacctcaaaacagagaggttattgttgtggagctctc 474  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||| | | |||| | |||||||| ||||    
T  7961787 tttggtcgatgctattggtggaatatcgcacgctattgctatagcaaaattgaaggccaatattcctcaaaacaaacatgttactattgtggagttctc 7961689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 7972545 - 7972414
Alignment:
Q  1 aaatcaggtctcttgctgcccaaaaacctgtcattgcttcaatgtatgacgtggcagcaagttcaggatagtacatggcaatgggagctggaataatagt 100  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||  |||| |||  |||||   ||  ||||||| |||||||||||||| || ||| | || ||    
T  7972545 aaatcaggtctcttgcttccaaaaaaccagttattgctttgatgtctgatctggcaatgagcgcaggatactacatggcaatgggcgcaggagttattgt 7972446  T
Q  101 agcagaaaatcttacattaactggttcaattg 132  Q
     |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  7972445 tgcagaaaaccttaccttaactggttcaattg 7972414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 314 - 445
Target Start/End: Original strand, 24357457 - 24357588
Alignment:
Q  314 gacaagatggaagaggttgcgcatgggagggtttggaccggtaaagacgcagcatctcatggtttggttgatgctattggtgggatatcgcgtgctattg 413  Q
    |||||||||||  |||| || || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | || || |||||||    
T  24357457 gacaagatggagaaggtagcacaggggagagtttggactggtaaagatgcagcatcacatggtttggttgatgctattggtggcctttcccgagctattg 24357556  T
Q  414 ctattgcaaaattgaaagctaatatacctcaa 445  Q
    | || ||||||||||| || ||||||||||||    
T  24357557 ccatagcaaaattgaaggccaatatacctcaa 24357588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 132
Target Start/End: Original strand, 24354011 - 24354113
Alignment:
Q  30 gtcattgcttcaatgtatgacgtggcagcaagttcaggatagtacatggcaatgggagctggaataatagtagcagaaaatcttacattaactggttcaa 129  Q
    ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||     || || ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  24354011 gtcattgcttcgatggctgatgtggcagcaagtggaggatactacatggcaatgggaactgatgctattgttgcagaaagtcttaccttaactggttcaa 24354110  T
Q  130 ttg 132  Q
    |||    
T  24354111 ttg 24354113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University