View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3436R-Insertion-1 (Length: 1000)

Name: NF3436R-Insertion-1
Description: NF3436R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3436R-Insertion-1
NF3436R-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-954)||(31349039-31349984)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 832; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 832; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 954
Target Start/End: Original strand, 31349039 - 31349984
Alignment:
Q  7 cattatggaacttctcatagatgctctaatgaccacaagcatcttcatatatagtcttcagcacaaagactttggtggttggagagggaaatgctatagc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31349039 cattatggaacttctcatagatgctctaatgaccacaagcatcttcatatatagtcttcagcacaaagactttggtggttggagagggaaatgctataac 31349138  T
Q  107 ataagaatgtagacaaaaaacagacgtattttacattttgttgatgttgaaaataattgttcaatgattattgatcttggatattgtcaatttattcgca 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31349139 ataagaatgtagacaaaaaacagacgtattttacattttgttgatgttgaaaataattgttcaatgattattgatcttggatattgtcaatttattcgca 31349238  T
Q  207 ggtcggtggtttaaaaacacaacaagagatctatataaaaatagaggtaagagtgttagactaaactatgaccttagtgggattttgtattatggtctag 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31349239 ggtcggtggtttaaaaacacaacaagagatctatataaaaatagaggtcagagtgttagactatactatgaccttagtgggattttgtattatggtctag 31349338  T
Q  307 aatatagcagaaattaaaaaccgaaaatcaaaaggtggttagttagttacattaaacttatgtgatgctnnnnnnnn-tattctctccattttttaagag 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||         ||||||||||||||||||||||    
T  31349339 aatatagcagaaattaaaaaccgaaaatcaaaaggtggttagttagttacattaaactta-gtgatgctgaaaaaaaatattctctccattttttaagag 31349437  T
Q  406 agaataagaaaatagagaatttcaatattaaaagttttgtctacatttctaaaatgattccataagtcaatcataaaacatttatatgtttataaatttt 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31349438 agaataagaaaatagagaatttcaatattaaaagttttgtctacatttctaaaatgattccataagtcaatcataaaacatttatatgtttataaatttc 31349537  T
Q  506 gtaatataattcgactaaattttcaatttgtcctgtaaaatcgtaaaggatggatatatattttaacactttgaatttgctaatagataaagaaaattct 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31349538 gtaatataattcgactaaattttcaatttgtcctgtaaaatcgtaaaggatggatatatattttaacactttgaatttgctaatagataaagaaaattct 31349637  T
Q  606 aattttaaatgtcgtcgatcacacggttcttctgttaacttgtgtcgttaagggtgtgatgttaattttaattgtttatgtaacaagagtgccactaagc 705  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31349638 aattttaaatgacgtcgatcacacggttcttctgttaacttgtgtcgttaagggcgtgatgttaattttaattgtttatgtaacaagagtgccactaagc 31349737  T
Q  706 aaaatcaatgccacgtaattaataaagactaatttgcttgatggatgaaagaaattgaaaacaaattttgctcttcaatggtaacattttcttcaatata 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31349738 aaaatcaatgccacgtaattaataaagactaatttgcttgatggatgaaagaaattgaaaacaaattttgctcttcaatggtaacattttcttcaatata 31349837  T
Q  806 gtgatgttttcatcctgttcaacgatgtcttccttatctttaatagtgttcaatatatataagat-atatgatggggtggaggattttttatttgctaaa 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |   ||||| |||||||||||||||    
T  31349838 gtgatgttttcatcctgttcaacgatgtcttccttatctttaatagtgttcaatatatataagataatatgatgag--tgagga-tttttatttgctaaa 31349934  T
Q  905 agtagaacaaatcaaagc-acaagaagttattcttcttcccccacggatga 954  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31349935 agtag-acaaatcaaagcaacaagaagttattcttcttcctccacggatga 31349984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University