View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3439_low_1 (Length: 885)
Name: NF3439_low_1
Description: NF3439
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3439_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 797; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 797; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 870
Target Start/End: Original strand, 5421342 - 5422194
Alignment:
| Q |
18 |
gttttgttgtcatcgttgtttgattcattagaacaaattgcagagagacagatgaagtatacaaacaactgctatttatttaacttaaattaagtagaga |
117 |
Q |
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| T |
5421342 |
gttttgttgtcatcgttgtttgattcattagaacaaattgcagagagacagatgaagtatacaaacaactactatttatttaacttaaattaagtagaga |
5421441 |
T |
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| Q |
118 |
tataagcacacactcaatttcagatagtgattattcattgctgaatctacaggtttcttaggcttcaaggataacaatatgacaagcaaaatagtcggat |
217 |
Q |
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| T |
5421442 |
tataagcacacactcgatttcagacagtgattattcattgctgaatctacaggtttcttaggcttcaaggataacaatatgacaagcaaaatagtcggat |
5421541 |
T |
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| Q |
218 |
taacgaggcaatgtgaacaagggaagaataaaaatgatgcatcgagactcaagatattatttgcttgcagccctggtgagattcttattaatgaacttcc |
317 |
Q |
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| T |
5421542 |
taaagaggcaatgtgaacaagggaagaataaaaatgatgcatcgagactcgagatattatttgcttgcagccctggtgagattcttattaatgaacttcc |
5421641 |
T |
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| Q |
318 |
atgtttccctgaagttacacgtatatatatgctaaccatcatttcacttggaacacttttctattcagacactaaaactttataatgaaaagagtaagtt |
417 |
Q |
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| T |
5421642 |
atgtttccctgaagttacacgtatgtatatgctaaccatcatttcacttggaacacttttctattcagacactaaaactttataatgaaaagagtaagta |
5421741 |
T |
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| Q |
418 |
attttcttacacttactgcctctcattagctgcttatagggccacgttcgaaaacatgccatgtaagtaagaacacaaggaccaaattaacactaaaaca |
517 |
Q |
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| T |
5421742 |
attttcttacacttgctgcctctcattagctgcttatagggccacgatcgaaaacatgccatgtaagtaagaacacaaggaccaaattaacactaaaaca |
5421841 |
T |
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| Q |
518 |
aaaatgataatgatagataactatgttttggttaatagcaatggttttctgaattttctccatgctgactttcttaacaattgtaagatcaataaatcag |
617 |
Q |
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| T |
5421842 |
aaaatgataatgaaagataactatgttttggttaatagcaacggttttctgaattttctccatgctgactttcttaacaattgtaagatcaataaatcag |
5421941 |
T |
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| Q |
618 |
tcataaaagaaaggattggtttggcattatttatttatattatttaaaatgtagctgatgaaacaaaaaagttcatgaaaaaatgtacctttcagtgtta |
717 |
Q |
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| T |
5421942 |
tcataaaagaaaggattggtttggcattatttatttatattatttaaaatgtagctgatgaaacaaaaaagttcatgaaaaaatgtacctttcagtgtta |
5422041 |
T |
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| Q |
718 |
tgatcagaagctttttgcatcaaatgacggtataaactggctaaagttgtcataaatataaatgggaaatgtgtaaacgagtatggttgttacgatacaa |
817 |
Q |
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| T |
5422042 |
tgatcagaagctttttgcatcaaatgacggtataaactgggtaaagttgtcataaatataaatgggaaatgtgtaaacgagtatggttgttcctatacaa |
5422141 |
T |
|
| Q |
818 |
ggagagagtacgcactccgatttgtaacagcacacaccgcacactgatctgtg |
870 |
Q |
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| T |
5422142 |
ggagagagtacgcactccgatttgtaacagcacacaccgcacactgatctgtg |
5422194 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 5380776 - 5380549
Alignment:
| Q |
19 |
ttttgttgtcatcgttgtttgattcattagaacaaattgcagagagacagatgaagtatacaaacaactgctatt---tatttaacttaaatta-agtag |
114 |
Q |
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| T |
5380776 |
ttttgctgtcatcattatttgactcataagaacaaattgcatagagaaagatgaagtatacaaacaacttctatttaatatagaacagaaattatagtag |
5380677 |
T |
|
| Q |
115 |
agatataagcacacactcaatttcagatagtgattattcattgctgaatctacaggtttcttaggcttcaaggataacaatatgacaagcaaaatagtcg |
214 |
Q |
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| T |
5380676 |
agatattagaacacactcaaataaaaatagtgattattattctctgaattgacaggctccttaggcttcatggatattaatgtgacaaacaaaatagtca |
5380577 |
T |
|
| Q |
215 |
gattaacgaggcaatgtgaacaagggaa |
242 |
Q |
| |
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| T |
5380576 |
gattaaagaggcgttgtaaacaagggaa |
5380549 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 20335438 - 20335025
Alignment:
| Q |
18 |
gttttgttgtcatcgttgtttgattcattagaacaaattgcagagagacagatgaagtatacaaacaactgctatttatttaacttaaattaagtagaga |
117 |
Q |
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| T |
20335438 |
gttttgttgtcatcgttgtctgattcattagaacaaattgcagagagacagatgaagtatacaaacaactgctatttatttaacttaaattaagtagaga |
20335339 |
T |
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| Q |
118 |
tataagcacacactcaatttcagatagtgattattcattgctgaatctacaggtttcttaggcttcaaggataacaatatgacaagcaaaatagtcggat |
217 |
Q |
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| T |
20335338 |
tataagcacacactcgatttcagatagtgattattcattgctgaatcaacaggtttcttaggcttcaaggataacaatatgacaagcaaaatagtcggat |
20335239 |
T |
|
| Q |
218 |
taacgaggcaatgtgaacaagggaagaataaaaatgatgcatcgagactcaagatattatttgcttgcagccctggtgagattcttattaatgaacttcc |
317 |
Q |
| |
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| T |
20335238 |
taacgaggcaatgtgaacaagggaagaataaaaatgatgcatcgagactcaagatattatttgcttgcagccctggtgagattcttattaatgaacttcc |
20335139 |
T |
|
| Q |
318 |
atgtttccctgaagttacacgtatatatatgctaaccatcatttcacttggaacacttttctattcagacactaaaactttataatgaaaagagtaagtt |
417 |
Q |
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| T |
20335138 |
atgtttccctgaagttacacgtatatatatgctaaccatcatttcacttggaacacttttctattcagacactaaaactttataatgaaaagagtaagtt |
20335039 |
T |
|
| Q |
418 |
attttcttacactt |
431 |
Q |
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| T |
20335038 |
attttcttacactt |
20335025 |
T |
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