View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3441_low_14 (Length: 215)

Name: NF3441_low_14
Description: NF3441
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3441_low_14
NF3441_low_14
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (13-200)||(49190777-49190964)
chr3 (13-200)||(49202066-49202253)
chr3 (20-200)||(49207021-49207201)
chr3 (13-200)||(49187086-49187273)
chr3 (13-200)||(49211595-49211782)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (13-200)||(32593321-32593508)
chr1 (13-200)||(31526893-31527080)
chr1 (13-200)||(51823783-51823970)
chr1 (13-200)||(37030232-37030419)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-200)||(26756064-26756251)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 184; Significance: 1e-100; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 13 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 49190964 - 49190777
Alignment:
Q  13 agcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagccgctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgaca 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49190964 agcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagcagctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgaca 49190865  T
Q  113 cttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggatttcttgatgataa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49190864 cttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggatttcttgatgataa 49190777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 49202253 - 49202066
Alignment:
Q  13 agcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagccgctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgaca 112  Q
    |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| ||| |||||  || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  49202253 agcacagaaagcgtcagcagatgcaacattttatgcttgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgaca 49202154  T
Q  113 cttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggatttcttgatgataa 200  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  49202153 cttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctgaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataa 49202066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 49207201 - 49207021
Alignment:
Q  20 aaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagccgctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacacttggga 119  Q
    |||||||| |||||  | |||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  49207201 aaagcattggcagattccacattttatgctcgcaagcaagaagctgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattatgacacttggga 49207102  T
Q  120 atgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggatttcttgatgataa 200  Q
    |||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  49207101 atgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataa 49207021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 13 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 49187273 - 49187086
Alignment:
Q  13 agcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagccgctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgaca 112  Q
    |||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49187273 agcacagaaagcgtcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgaca 49187174  T
Q  113 cttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggatttcttgatgataa 200  Q
    |||||  | |||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  49187173 cttggacaagctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctgtaagggattacttgatgataa 49187086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 49211782 - 49211595
Alignment:
Q  13 agcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagccgctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgaca 112  Q
    |||||| |||||||| |||||  | |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  49211782 agcacaaaaagcattggcagattccacattttatgctcgcaagcaagaagctgaagcagagctgtacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgaca 49211683  T
Q  113 cttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggatttcttgatgataa 200  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||    
T  49211682 cttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctgaatgcacttggaaacaactatacagcagtaagggattacttgatgataa 49211595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 124; Significance: 6e-64; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 13 - 200
Target Start/End: Original strand, 32593321 - 32593508
Alignment:
Q  13 agcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagccgctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgaca 112  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  32593321 agcacagaaagcattggcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagctgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaagggattgtgaca 32593420  T
Q  113 cttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggatttcttgatgataa 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  32593421 cttgggaatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataa 32593508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 31527080 - 31526893
Alignment:
Q  13 agcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagccgctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgaca 112  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||||||||||| |||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  31527080 agcacagaaagcattgtcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgaca 31526981  T
Q  113 cttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggatttcttgatgataa 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  31526980 cttgggaatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataa 31526893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 13 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 51823970 - 51823783
Alignment:
Q  13 agcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagccgctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgaca 112  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  51823970 agcacagaaagcattggcagatgcaacattttatgcgtgcaagcaagcagctgaagcagatctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgaca 51823871  T
Q  113 cttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggatttcttgatgataa 200  Q
    ||||| ||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  51823870 cttggaaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataa 51823783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 37030419 - 37030232
Alignment:
Q  13 agcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagccgctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgaca 112  Q
    ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030419 agcacagaaagcatcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgaca 37030320  T
Q  113 cttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggatttcttgatgataa 200  Q
     ||||  | ||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  37030319 gttggacaagctcaaggggtgtatgtaagtaaacttcttaatgcacttggaaacgactacacagctgtgagggattacttgatgataa 37030232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 13 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 26756251 - 26756064
Alignment:
Q  13 agcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagccgctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgaca 112  Q
    |||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||| |  ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||    
T  26756251 agcacagatagcattggcaaatgcaacattttatgctcgtaaacaagcagccgaagcagagctatatgcaaagaagaaggaggcggaggggatcgtgaca 26756152  T
Q  113 cttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggatttcttgatgataa 200  Q
    |||||||||| ||||||||||| | ||||| | |||||||| |||||||||    | || || ||||||||||| | |||||||||||    
T  26756151 cttgggaatggtcaaggggtgtgtgtaagtacccttctcaacgcacttggaggtgattatacagctgtaagggactacttgatgataa 26756064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University