View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3445-Insertion-3 (Length: 897)
Name: NF3445-Insertion-3
Description: NF3445
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3445-Insertion-3 |
 | |
|
| [»] chr6 (2 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 763; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 763; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 897
Target Start/End: Original strand, 22851140 - 22852033
Alignment:
| Q |
8 |
tatttgtccactatgatacaagcgcaaagcatttattggctatcgata-catcatctcgaatagataaattacttgatcacctataattgagtcttccct |
106 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22851140 |
tatttatccactatgatacaagtgcaaagcatttattggctatcgataacatcatctcgaatagataaattacttgatcacctataattgagtcttccct |
22851239 |
T |
|
| Q |
107 |
ttcgaccacattccttcacaagattcgaacagaataactttcatatgatattcaagttgagttacaatcaaacaaacataagttttaataacttttctct |
206 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22851240 |
ttcgaccacattccttcacaagattcgaacaggataactttcatatgatattcaagttgagttacaatcaaacaaacataagttttaataacttttctct |
22851339 |
T |
|
| Q |
207 |
ttctaataggaaagcctacatacgagttaaataaaataataaatggtcggtaataagaatgaattctaattatgagtagtattcttaattctaaggtcaa |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22851340 |
ttctaataggaaagcctacatacgagttaaataaaataataaatggtcggtaataagaatgaattctaattataagtagtattcttaattctaaggtcaa |
22851439 |
T |
|
| Q |
307 |
gtgatgaattagatgaggtaaatcataaatggacaaacatcatacatcaatatacttaagagacatttactattgatcctaattttaatgaagggtttct |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22851440 |
gtgatgaattagatgaggtaaatcataaatggacaaacatcatacatcaatatacttaagagacatttactattgatcctaattttaatgaagggtttct |
22851539 |
T |
|
| Q |
407 |
tgtaataaagtaagtattaaacaatacttaattaattaagatacattgcacgaagttattttgttagtataaagttatcacacaattttctaattgttac |
506 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
22851540 |
tgtaataaagtaagtattaaacaatacttaattaattaagatacattgcacgaagttattttgttagtataaagttatcacacaattttctaattgttgc |
22851639 |
T |
|
| Q |
507 |
atgcatgggtaagcaaaaatgaaagaaattcttaagnnnnnnnacactatgatactctttgtttccctatttattgttgtaatcaatgttggtggtaagc |
606 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22851640 |
atgcatgggtaagcaaaaatgaaagaaattcttaagtttttttacactatgatactctttgtttccctatttattgttgtaatcaatgttggtggtaagc |
22851739 |
T |
|
| Q |
607 |
ttactttcatgtttttattgttttgatttatcannnnnnnnaaggaatgttttgatttaccatatttaagtaatatttttgtattcttatctctcattgc |
706 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22851740 |
ttactttcatgtttttattg-tttgatttatcattttttttaaggaatgttttgatttaccatatttaagtaatatttttgtattcttatctctcattgc |
22851838 |
T |
|
| Q |
707 |
aggaaagtgtatatctcacatgcattgtatatatctttcctgtggttttcctcaattaacatattgccttcaaaatcaatgttactgccttaacatgtaa |
806 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22851839 |
aggaaagtgtatatctcacatgcattgtatatatctttcctgtggttttcctcaattaacatattgccttcaaaatcaatgttactgccttaacatgtaa |
22851938 |
T |
|
| Q |
807 |
gttaaaaaatattttctattatgtctaa-ccttttgatannnnnnnc---ctcataatgttgctacttttatgattattctcacattaattccca |
897 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22851939 |
gttaaaaaatagtttctattatgtctaagccttttgatttttttttctttctcataatgttgctacttttatgattattctcacattaattccca |
22852033 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 402 - 897
Target Start/End: Original strand, 18105078 - 18105573
Alignment:
| Q |
402 |
tttcttgtaataaagtaagtattaaacaatacttaattaattaagatacattgcacgaagttattttgttagtataaagttatcacacaattttctaatt |
501 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
18105078 |
tttcttgtaataaagtaagtattaaacaatacttaattaa----gatacattgcacgaagttattttgttagtataaagttatcacacaattttctaact |
18105173 |
T |
|
| Q |
502 |
gttacatgcatgggtaagcaaaaatgaaagaaattcttaagnnnnnnnacactatgatactctttgtttccctatttatt----gttgtaatcaatgttg |
597 |
Q |
| |
|
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
18105174 |
gatatatgcatgggtaagcaaaaatgaaagaaattcttaagtttttttactctatgatactttttgtttccctatttatttattgttgtaatcaatgttt |
18105273 |
T |
|
| Q |
598 |
gtggtaagcttactttcatgtttttattgttttgatttatcannnnnnnnaaggaatgttttgatttaccatatttaagtaatatttttgtattcttatc |
697 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
18105274 |
gtggtaagtttactttcatgtttttattgttttgatttatcattttttttaaggaatgttttgatttaccatatttaagtaatatttctgtattcttatt |
18105373 |
T |
|
| Q |
698 |
tctcattgcaggaaagtgtatatctcacatgcattgtatatatctttcctgtggttttcctcaattaacatattgccttcaaaatcaatgttactgcctt |
797 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
18105374 |
tcttattgcaggaaagtgtatatctcacatgcattgtatatatctttcctgtggttttcctcaattaacatattgccttcaaaatgaatgttactgcctt |
18105473 |
T |
|
| Q |
798 |
aacatgtaagttaaaaaatattttctattatgtctaa-ccttttgatannnnnnncctcataatgttgctacttttatgattattctcacattaattccc |
896 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
18105474 |
aacatgtaagttaaaaaatagtttctattatgtctaagccttttgat-tttttttgctcataatgttgctacttgtatgattattctcaccttaattccc |
18105572 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 552 - 613
Target Start/End: Original strand, 23098577 - 23098638
Alignment:
| Q |
552 |
actatgatactctttgtttccctatttattgttgtaatcaatgttggtggtaagcttacttt |
613 |
Q |
| |
|
|||||||| || ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
23098577 |
actatgatcctttttgtttccatatttatcattgtagtcaatgttggtggtaagattacttt |
23098638 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University