View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3445-Insertion-7 (Length: 696)

Name: NF3445-Insertion-7
Description: NF3445
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3445-Insertion-7
NF3445-Insertion-7
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-696)||(22035046-22035734)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 696
Target Start/End: Original strand, 22035046 - 22035734
Alignment:
Q  8 ataggttgggactgaatgtaacaagtccaggaaaccaagtgaacatgacaacaggtattgttaatgtcacagtcggtggcactgtttacaccgatcacca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22035046 ataggttgggactgaatgtaacaagttcaggaaaccaagtgaacatgacaacaggtattgttaatgtcacagtcggtggcactgtttacaccgatcacca 22035145  T
Q  108 gcttgcagtttaccaagtggacaaagtgctccttcctcgggatttctttgttgctaagcctcctgctccggctccagcaccggaaaagactaagtcgtct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22035146 gcttgcagtttaccaagtggacaaagtgctccttcctcgggatttctttgttgctaagcctcctgctccggctccagcaccggaaaagactaagtcgtct 22035245  T
Q  208 aagaagaaatcttctgatagcgatggtggagttgcaggagacgatgattctggtgctgttaatgtaaaacaaagacgtctgatgttggttcctgttgctg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22035246 aagaagaaatcttctgatagcgatggtggagttgcaggagacgatgattctggtgctgttaatgtaaaacaaagacgtctgatgttggttcctgttgctg 22035345  T
Q  308 ttgctacaatcatagtagcaatatattcatggtgaagaagatcatgtaccaaaaggttaaagatcatgcaactggggcggattaattgatctacattttg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22035346 ttgctacaatcatagtagcaatatattcatggtgaagaagatcatgtaccaaaaggttaaagatcatgcaactggggcggattaattgatctacattttg 22035445  T
Q  408 cagtcttatctagtgttttttcaaatatattgtcttgttaatttttctttatttcttatttctcacatgaatctaatcagtttgcatatgtaagctggtg 507  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22035446 cagtcttatatagtgttttttcaattatattgtcttgttaatttttctttatttcttatttctcacatgaatctaatcagtttgtatatgtaagctggtg 22035545  T
Q  508 ttaaaagaaaaatgaatctatgtgaaattgagaaagcttcctatgacaaaatcagttatcatggaaccttatgttattaggagaaatctcattgatgttg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  22035546 ttaaaagaaaaatgaatctatgtaaaattgagaaagcttcctatgacaaaatcagttatcatggaactttatgttattaggagaaatctcaatgattttg 22035645  T
Q  608 cacaagatcactactacagtatcataaaatttagatatatgagtgggggtgaattgattctaaggccatttttcttagactctgtatag 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22035646 cacaagatcactactacagtatcataaaatttagatatatgagtgggggtgaattgattctaaggccatttttcttagattctgtatag 22035734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University