View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3445R-Insertion-7 (Length: 980)

Name: NF3445R-Insertion-7
Description: NF3445R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3445R-Insertion-7
NF3445R-Insertion-7
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (9-326)||(15285291-15285608)
chr8 (9-326)||(15465660-15465977)
chr8 (380-719)||(15285799-15286158)
chr8 (380-719)||(15466168-15466527)
chr8 (718-908)||(15286183-15286367)
chr8 (10-321)||(15314681-15314982)
chr8 (718-908)||(15466552-15466736)
chr8 (10-321)||(15495050-15495351)
chr8 (10-214)||(15303807-15304019)
chr8 (10-214)||(15484176-15484388)
chr8 (10-150)||(15447522-15447662)
chr8 (420-504)||(15447889-15447971)
chr8 (9-162)||(18064081-18064234)
chr8 (718-904)||(15272568-15272751)
chr8 (583-663)||(15452019-15452098)
chr8 (718-904)||(15452937-15453120)
chr8 (507-570)||(15451899-15451962)
chr8 (143-321)||(15298622-15298791)
chr8 (143-321)||(15478991-15479160)
chr8 (668-719)||(15272457-15272508)
chr8 (668-719)||(15452826-15452877)
chr8 (247-321)||(15447665-15447737)
chr8 (366-411)||(15447830-15447875)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 9 - 326
Target Start/End: Original strand, 15285291 - 15285608
Alignment:
Q  9 acaacatgcctaatgaatcagtgagtccatgtttaaaactgaggagtatttgtttgtcttttatgttgcaagaagcatttgtctgacatattattatatt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15285291 acaacatgcctaatgaatcagtgagtccatgtttaaaactgaggagtatttgtttgtcttttatgttgcaagaagcatttgtctgacatattattatatt 15285390  T
Q  109 taatatgattaaaactgaaaataatagagagaggggtgcattttgggaggagaaagatctcaccatgttatgagtagatacgaaggtttaagatattgta 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15285391 taatatgattaaaactgaaaataatagagagaggggtgcattttgggaggagaaagatctcaccatgttatgagtagatacgaaggtttaagatattgta 15285490  T
Q  209 attagttacgtaggatgcatgatatatagatagatacaggtggcgcatatggagtatcaattgggttataacgaccttggcttcatttctgggataccct 308  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||    
T  15285491 attagttacgttggatgcatgatatatagatagatacaggtggcacatatggagtatcaattgggttataacaaccttgggttcatttttgggataccct 15285590  T
Q  309 tatattattattagaaaa 326  Q
    ||||||||||||||||||    
T  15285591 tatattattattagaaaa 15285608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 9 - 326
Target Start/End: Original strand, 15465660 - 15465977
Alignment:
Q  9 acaacatgcctaatgaatcagtgagtccatgtttaaaactgaggagtatttgtttgtcttttatgttgcaagaagcatttgtctgacatattattatatt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15465660 acaacatgcctaatgaatcagtgagtccatgtttaaaactgaggagtatttgtttgtcttttatgttgcaagaagcatttgtctgacatattattatatt 15465759  T
Q  109 taatatgattaaaactgaaaataatagagagaggggtgcattttgggaggagaaagatctcaccatgttatgagtagatacgaaggtttaagatattgta 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15465760 taatatgattaaaactgaaaataatagagagaggggtgcattttgggaggagaaagatctcaccatgttatgagtagatacgaaggtttaagatattgta 15465859  T
Q  209 attagttacgtaggatgcatgatatatagatagatacaggtggcgcatatggagtatcaattgggttataacgaccttggcttcatttctgggataccct 308  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||    
T  15465860 attagttacgttggatgcatgatatatagatagatacaggtggcacatatggagtatcaattgggttataacaaccttgggttcatttttgggataccct 15465959  T
Q  309 tatattattattagaaaa 326  Q
    ||||||||||||||||||    
T  15465960 tatattattattagaaaa 15465977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 380 - 719
Target Start/End: Original strand, 15285799 - 15286158
Alignment:
Q  380 tgtttagtgttaacccttgtaggaattccctgnnnnnnnngtgtagtaattattgttgttagttttatgatgggaagagtgataaaccaattttgaaaaa 479  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15285799 tgtttagtcttaaccctcgtaggaattccctgaaaaaaa-gtgtagtaattattgttgttagttttatgatgggaagagtgataaaccaattttgaaaaa 15285897  T
Q  480 gttcttgcctgtacattcattcttacaacactccttaccccatttcacgtgaaacacatcg------------------gtcaaaattgaatggaaattg 561  Q
    |||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||    
T  15285898 gttcttgcctgtacattccttctt---acactccttaccccatttcacgtgaaacacatcggtcaaaattgatgtcttcgtcaaaattgaatggaaattg 15285994  T
Q  562 ctttgcactgtgtctgtactatttttacacctaattccattttaaatttgccactactacaaatttattagcctaataaatggtcatcatgtttcgcatg 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  15285995 ctttgcactgtgtctgtactatttttacacttaattccattttaaatttgccactactacaaatttattagcttaataaattgtcatcatgtttcgcatg 15286094  T
Q  662 tgc------ggacttgagttgagctaaaattggtaaattgatgcatacaaaatctttccattta 719  Q
    |||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15286095 tgcatgaagggacttgagttgagctaaaattggtaaattgatgcatacaaaatctttccattta 15286158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 380 - 719
Target Start/End: Original strand, 15466168 - 15466527
Alignment:
Q  380 tgtttagtgttaacccttgtaggaattccctgnnnnnnnngtgtagtaattattgttgttagttttatgatgggaagagtgataaaccaattttgaaaaa 479  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15466168 tgtttagtcttaaccctcgtaggaattccctgaaaaaaa-gtgtagtaattattgttgttagttttatgatgggaagagtgataaaccaattttgaaaaa 15466266  T
Q  480 gttcttgcctgtacattcattcttacaacactccttaccccatttcacgtgaaacacatcg------------------gtcaaaattgaatggaaattg 561  Q
    |||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||    
T  15466267 gttcttgcctgtacattccttctt---acactccttaccccatttcacgtgaaacacatcggtcaaaattgatgtcttcgtcaaaattgaatggaaattg 15466363  T
Q  562 ctttgcactgtgtctgtactatttttacacctaattccattttaaatttgccactactacaaatttattagcctaataaatggtcatcatgtttcgcatg 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  15466364 ctttgcactgtgtctgtactatttttacacttaattccattttaaatttgccactactacaaatttattagcttaataaattgtcatcatgtttcgcatg 15466463  T
Q  662 tgc------ggacttgagttgagctaaaattggtaaattgatgcatacaaaatctttccattta 719  Q
    |||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15466464 tgcatgaagggacttgagttgagctaaaattggtaaattgatgcatacaaaatctttccattta 15466527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 718 - 908
Target Start/End: Original strand, 15286183 - 15286367
Alignment:
Q  718 tatatggtatgcgattccatatgaaaggttcaaaactaaacatctcaatgaatttcacatgtactccacacgtttctgattacaagtcaatattattatt 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15286183 tatatggtatgcgattccatatgaaaggttcaaaactaa-catctcaatgaatttcacatgtactccacacgtttcggattacaagtcaatattattatt 15286281  T
Q  818 tcttgtaatttgcctttcaaatggtaataagaaaaacattgaatagttattatttcctttgtttccttgttagtatatgttataattgtaa 908  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15286282 tcttgtaa-ttgcc-ttcaaatggtaataa-caaaacattgaatagttattatt--ccttgtttccttgttagtatatgttataattgtaa 15286367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 321
Target Start/End: Original strand, 15314681 - 15314982
Alignment:
Q  10 caacatgcctaatgaatcagtgagtccatgtttaaaactgaggagtatttgtttgtcttttatgttgcaagaagcatttgtctgacatattattatattt 109  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  15314681 caacatgcctaatggatcaatgagtccatgtttaaaacaaaggagtatttgtttgtctttttggttgcaagaagcatttgtctcacatattactatattt 15314780  T
Q  110 aatatgattaaaactgaaaataatagagagaggggtgcattttgggaggagaaagatctcaccatgttatgagtagatacgaaggtttaagatattgtaa 209  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||    
T  15314781 aatattattataaatgaaaataatagagagaatggtgcattttgggaggagataaatctcaccatgttatcactagatataaaggtttaagatattgtaa 15314880  T
Q  210 ttagt-tacgtaggatgcatgatatatagatagatacaggtggcgcatatggagtatcaattgggttataacgaccttggcttcatttct-gggataccc 307  Q
    ||||| ||| | |||||| | ||||||          ||||||| |||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||| ||| | |||| ||||    
T  15314881 ttagtctaccttggatgccttatatat----------aggtggcacatatggagtgtcagttgggt--taacgaccttggcttcttttttggggagaccc 15314968  T
Q  308 ttatattattatta 321  Q
    ||||||||||||||    
T  15314969 ttatattattatta 15314982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 718 - 908
Target Start/End: Original strand, 15466552 - 15466736
Alignment:
Q  718 tatatggtatgcgattccatatgaaaggttcaaaactaaacatctcaatgaatttcacatgtactccacacgtttctgattacaagtcaatattattatt 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15466552 tatatggtatgcgattccatatgaaaggttcaaaactaa-catctcaatgaatttcacatgtactccacacgtttcggattacaagtcaatattattatt 15466650  T
Q  818 tcttgtaatttgcctttcaaatggtaataagaaaaacattgaatagttattatttcctttgtttccttgttagtatatgttataattgtaa 908  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15466651 tcttgtaa-ttgcc-ttcaaatggtaataa-caaaacattgaatagttattatt--ccttgtttccttgttagtatatgttataattgtaa 15466736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 321
Target Start/End: Original strand, 15495050 - 15495351
Alignment:
Q  10 caacatgcctaatgaatcagtgagtccatgtttaaaactgaggagtatttgtttgtcttttatgttgcaagaagcatttgtctgacatattattatattt 109  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  15495050 caacatgcctaatggatcaatgagtccatgtttaaaacaaaggagtatttgtttgtctttttggttgcaagaagcatttgtctcacatattactatattt 15495149  T
Q  110 aatatgattaaaactgaaaataatagagagaggggtgcattttgggaggagaaagatctcaccatgttatgagtagatacgaaggtttaagatattgtaa 209  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||    
T  15495150 aatattattataaatgaaaataatagagagaatggtgcattttgggaggagataaatctcaccatgttatcactagatataaaggtttaagatattgtaa 15495249  T
Q  210 ttagt-tacgtaggatgcatgatatatagatagatacaggtggcgcatatggagtatcaattgggttataacgaccttggcttcatttct-gggataccc 307  Q
    ||||| ||| | |||||| | ||||||          ||||||| |||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||| ||| | |||| ||||    
T  15495250 ttagtctaccttggatgccttatatat----------aggtggcacatatggagtgtcagttgggt--taacgaccttggcttcttttttggggagaccc 15495337  T
Q  308 ttatattattatta 321  Q
    ||||||||||||||    
T  15495338 ttatattattatta 15495351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Original strand, 15303807 - 15304019
Alignment:
Q  10 caacatgcctaatgaatcagtgagtccatgtttaaaactgaggagtatttgtttgtcttttatgttgcaagaagcatttgtctgacatatta------tt 103  Q
    |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||      ||    
T  15303807 caacatgcctaatggatcaatgattccatgtttaaaacagagaagtatttgtttgtctttttggttgcaagaagtatttgtctcacatattactatattt 15303906  T
Q  104 atatttaatatgattaaaactgaaaataatagagagaggggtgcattttgggaggagaaagatctcaccatgt--tatgagtagatacgaaggtttaaga 201  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||  ||| | |||||| ||||||||| ||    
T  15303907 atatttaatatgattacaaatgaaaacaatagagagaggggtgcattttgagaggagataaatctcaccatgttatatcactagatatgaaggtttatga 15304006  T
Q  202 tattgtaattagt 214  Q
    |||||||||||||    
T  15304007 tattgtaattagt 15304019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Original strand, 15484176 - 15484388
Alignment:
Q  10 caacatgcctaatgaatcagtgagtccatgtttaaaactgaggagtatttgtttgtcttttatgttgcaagaagcatttgtctgacatatta------tt 103  Q
    |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||      ||    
T  15484176 caacatgcctaatggatcaatgattccatgtttaaaacagagaagtatttgtttgtctttttggttgcaagaagtatttgtctcacatattactatattt 15484275  T
Q  104 atatttaatatgattaaaactgaaaataatagagagaggggtgcattttgggaggagaaagatctcaccatgt--tatgagtagatacgaaggtttaaga 201  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||  ||| | |||||| ||||||||| ||    
T  15484276 atatttaatatgattacaaatgaaaacaatagagagaggggtgcattttgagaggagataaatctcaccatgttatatcactagatatgaaggtttatga 15484375  T
Q  202 tattgtaattagt 214  Q
    |||||||||||||    
T  15484376 tattgtaattagt 15484388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 150
Target Start/End: Original strand, 15447522 - 15447662
Alignment:
Q  10 caacatgcctaatgaatcagtgagtccatgtttaaaactgaggagtatttgtttgtcttttatgttgcaagaagcatttgtctgacatattattatattt 109  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||     
T  15447522 caacatgcctaatggatcaatgagtccatgtgtaaaagagaggagtatttgtttgtctttttggttgcaagaagcatttatctcacatattactatatta 15447621  T
Q  110 aatatgattaaaactgaaaataatagagagaggggtgcatt 150  Q
     |||||| || || ||| | ||||||||| || ||||||||    
T  15447622 tatatgaatacaaatgatagtaatagagaaagtggtgcatt 15447662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 420 - 504
Target Start/End: Original strand, 15447889 - 15447971
Alignment:
Q  420 gtgtagtaattattgttgttagttttatgatgggaagagtgataaaccaattttgaaaaagttcttgcctgtacattcattctta 504  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||  ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  15447889 gtgtagaaattattgttgttagttttatgacagg--gagtgaaaaaccaattttgaaaaagttcttgcatgtacattccttctta 15447971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 9 - 162
Target Start/End: Original strand, 18064081 - 18064234
Alignment:
Q  9 acaacatgcctaatgaatcagtgagtccatgtttaaaactgaggagtatttgtttgtcttttatgttgcaagaagcatttgtctgacatattattatatt 108  Q
    |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||  || ||||||  ||| ||    
T  18064081 acaacatgtctaatgagtcggtgagtccatgtttaaaacaaaggagtatttgtttgtccttttggttgcaagaagcatttgcatggcatattgctatttt 18064180  T
Q  109 taatatgattaaaactgaaaataatagagagaggggtgcattttgggaggagaa 162  Q
      |||  |||| || ||| ||||||||| | || |||||| ||||||| |||||    
T  18064181 gcatacaattataaatgacaataatagaaaaagtggtgcactttgggaagagaa 18064234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 718 - 904
Target Start/End: Original strand, 15272568 - 15272751
Alignment:
Q  718 tatatggtatgcgattccatatgaaaggttcaaaactaaacatctcaatgaatttcacatgtactccacacgtttctgat---tacaagtcaatattatt 814  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |    || | |    | ||||    
T  15272568 tatatggcatgtgattccatatgaaaggtttaaaactaa-catctcaatgaatttcacattcactccacacgtttttggtctagactaattgtcaatatt 15272666  T
Q  815 atttcttgtaatttgcctttcaaatggtaataagaaaaacattgaatagttattatttcctttgtttccttgttagtatatgttataatt 904  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15272667 atttcttttaa-ttgcc-ttcaaatcttaataa-caaaacattgaatacttattatt--ccttgtttccttgttagtatatgttataatt 15272751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 583 - 663
Target Start/End: Original strand, 15452019 - 15452098
Alignment:
Q  583 tttttacacctaattccattttaaatttgccactactacaaatttattagcctaataaatggtcatcatgtttcgcatgtg 663  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  15452019 tttttacacctaat-caattttaaatttgccactactacaaattcataagcctaataaatggccatcatgtctcgtatgtg 15452098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 718 - 904
Target Start/End: Original strand, 15452937 - 15453120
Alignment:
Q  718 tatatggtatgcgattccatatgaaaggttcaaaactaaacatctcaatgaatttcacatgtactccacacgtttctgat---tacaagtcaatattatt 814  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |    || | |    | ||||    
T  15452937 tatatggcatgtgattccatatgaaaggtttaaaactaa-catctcaatgaatttcacattcactccacacgtttttggtctagactaattgtcaatatt 15453035  T
Q  815 atttcttgtaatttgcctttcaaatggtaataagaaaaacattgaatagttattatttcctttgtttccttgttagtatatgttataatt 904  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15453036 atttcttttaa-ttgcc-ttcaaatcttaataa-caaaacattgaatacttattatt--ccttgtttccttgttagtatatgttataatt 15453120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 507 - 570
Target Start/End: Original strand, 15451899 - 15451962
Alignment:
Q  507 acactccttaccccatttcacgtgaaacacatcggtcaaaattgaatggaaattgctttgcact 570  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  15451899 acactccgtaccccatttcacgtgaaacacatcggtcaaaattgtatagaaattgctttccact 15451962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 321
Target Start/End: Original strand, 15298622 - 15298791
Alignment:
Q  143 ggtgcattttgggaggagaaagatctcacca-tgttatgagtagatacgaaggtttaagatattgtaattagt-tacgtaggatgcatgatatatagata 240  Q
    |||||||||||| |||||| | |||| |||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||| ||||||         
T  15298622 ggtgcattttggaaggagataaatctgaccaatgttatcactagatatgaaggtttaagatattgtaattagtctaccttgaatgcattatatat----- 15298716  T
Q  241 gatacaggtggcgcatatggagtatcaattgggttataacgaccttggcttcatttct-gggatacccttatattattatta 321  Q
         ||||||| |||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||    
T  15298717 -----aggtggcacatatggagtgtcagttgggt--taacgaccttggcttcttttttggggagacccttatattattatta 15298791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 321
Target Start/End: Original strand, 15478991 - 15479160
Alignment:
Q  143 ggtgcattttgggaggagaaagatctcacca-tgttatgagtagatacgaaggtttaagatattgtaattagt-tacgtaggatgcatgatatatagata 240  Q
    |||||||||||| |||||| | |||| |||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||| ||||||         
T  15478991 ggtgcattttggaaggagataaatctgaccaatgttatcactagatatgaaggtttaagatattgtaattagtctaccttgaatgcattatatat----- 15479085  T
Q  241 gatacaggtggcgcatatggagtatcaattgggttataacgaccttggcttcatttct-gggatacccttatattattatta 321  Q
         ||||||| |||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||    
T  15479086 -----aggtggcacatatggagtgtcagttgggt--taacgaccttggcttcttttttggggagacccttatattattatta 15479160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 668 - 719
Target Start/End: Original strand, 15272457 - 15272508
Alignment:
Q  668 cttgagttgagctaaaattggtaaattgatgcatacaaaatctttccattta 719  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15272457 cttgatttgagttaaaattggtatattgatgaatacaaaatctttccattta 15272508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 668 - 719
Target Start/End: Original strand, 15452826 - 15452877
Alignment:
Q  668 cttgagttgagctaaaattggtaaattgatgcatacaaaatctttccattta 719  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15452826 cttgatttgagttaaaattggtatattgatgaatacaaaatctttccattta 15452877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 247 - 321
Target Start/End: Original strand, 15447665 - 15447737
Alignment:
Q  247 ggtggcgcatatggagtatcaattgggttataacgaccttggcttcatttctgggatacccttatattattatta 321  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||| ||| |||||||  |||| ||||| ||||||||||||    
T  15447665 ggtggcacatatggagtatcaattgggt--taacaaccctgggttcattttggggagaccctaatattattatta 15447737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 366 - 411
Target Start/End: Original strand, 15447830 - 15447875
Alignment:
Q  366 aaggtaaaatagactgtttagtgttaacccttgtaggaattccctg 411  Q
    ||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15447830 aaggtaaaagatagtgtttggtgttaacccttgtaggaattccctg 15447875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University