View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3447-Insertion-1 (Length: 1135)

Name: NF3447-Insertion-1
Description: NF3447
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3447-Insertion-1
NF3447-Insertion-1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (8-1052)||(21196311-21197356)
chr4 (8-679)||(27252529-27253198)
chr4 (679-1050)||(27252055-27252428)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 974; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 974; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1052
Target Start/End: Complemental strand, 21197356 - 21196311
Alignment:
Q  8 gaggagagggagagctcagttttacaggatcgcaagtcttctcagcggttttgtttcaattgttaaactaattgaggagattcacagttggaagaattca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21197356 gaggagagggagagctcagttttacaggatcgcaagtcttctcagcggttttgtttcaattgttaaactaattgaggagattcacagttggaagaattca 21197257  T
Q  108 gttacaacgataggtggttattcaatcttttgctttttcaattacaagccgggagctattttgccgctaacatttaccttcttactccttaatgggattt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21197256 gttacaacgataggtggttattcaatcttttgctttttcaattacaagccgggagctattttgccgctaacatttaccttcttactcctcaatgggattt 21197157  T
Q  208 ggcaataccgaataaggccaagatatccttctcatatggatattaaattgtctcatgctgatacagctactactgaagaacttgaagaagagtttgatcc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21197156 ggcaataccgaataaggccaagatatccttctcatatggatattaaattgtctcatgctgatacagctactactgaagaacttgaagaagagtttgatcc 21197057  T
Q  308 ttttccaactaaatttagtggtggtaatctgcaaaaaaggtatgatagattgagaggcatttcaggtagagtgcttgctgtgatgggtgatttggcaact 407  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21197056 ttttccaactaaatttagcggtggtaatctgcataaaaggtatgatagattgagaggcatttcagggagagtgcttgttgtgatgggtgatttggcaact 21196957  T
Q  408 caaggagagagggtgcagtctcttatcagctggagggatccaagagcaacggctttgttcctaattttctgtttgattgctgccattttgacttatttca 507  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21196956 caaggagagagggtgcattctcttatcagctggagggatccaagagcaatggctttgttcctaattttctgtttgattgctgccattttgacttatttca 21196857  T
Q  508 ttccttttcgatatatactcttcatttcggtcacttatgtgttaagacctccaaggcttcgcttcgatatgcctgcatttccaaaaaatttcctcaggag 607  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21196856 ttctttttcgatatatactcttcatttcggtcacttatgtgttaagacctccaaggcttcgcttcgatatgcctgcatttccacaaaatttcctcaggag 21196757  T
Q  608 gatgcctgcaaaatcagatggcatgttctgagttgatttgtcttcattttctgctactgtttggttgttgttaattttgctttgtgcatttcagaaatga 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21196756 gatgcctgcaaaatcagatggcatgttatgagttaatttgtcttcattttttgctactgtttggttgttgttaattttgctttgtgcatttcagaaatga 21196657  T
Q  708 cattgtctttcaattttatttgttttgttttatctagattaatcaatggaatggagcactttcaagagaactatgataccaatgtctttttattgtttta 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21196656 cattgtctttcaattttatttgttttgttttatctagattaatcaatggaatggagcactttcaagagaactatgataccaatgtctttttattgtttta 21196557  T
Q  808 tttttatatgagtttgctaatttagtatctagttcaaattatgtaacatgtgtaggactaagttcagcaggaaaaaattagatcatgctgctacattcct 907  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21196556 tttttatatgagtttgctaagttagtatctagttcaaattatgtaacatgtgtaggactaagttcagcaggaaaaaattagatcatgctgctacattcct 21196457  T
Q  908 tccatggatcatcatctatgaggacaacttcgagtaaatggctatgagttttggtctctccttttaatt-ggtttatgttgagacatgattaggtacaaa 1006  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  21196456 tccatggatcatcatcaatgaggacaacttcgagtaaatggctatgagttttggtctctccttttaattgggtttatgctgagacatgattaagtacaaa 21196357  T
Q  1007 ctcatagcaaaagattttattgaagtcgtaaagtgcatgtaatata 1052  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21196356 ctcatagcaaaagattttattgaagtcgtaaagtgcatgtaatata 21196311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 27253198 - 27252529
Alignment:
Q  8 gaggagagggagagctcagttttacaggatcgcaagtcttctcagcggttttgtttcaattgttaaactaattgaggagattcacagttggaagaattca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27253198 gaggagagggagagctcagttttacaggatcacaagtcttctcagaggttttgtttcaattgttaaactaattgaggaaattcacagttggaagaattca 27253099  T
Q  108 gttacaacgataggtggttattcaatcttttgctttttcaattacaagccgggagctattttgccgctaacatttaccttcttactccttaatgggattt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27253098 gttacaacgataggtggttattcaatcttttgctttttcaattacaagccgggagctattttgccgctaacatttaccttcttactcctcaatgggattt 27252999  T
Q  208 ggcaataccgaataaggccaagatatccttctcatatggatattaaattgtctcatgctgatacagctactactgaagaacttgaagaagagtttgatcc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27252998 ggcaataccgaataaggccaagatatccttctcat--ggatattaaattgtctcatgctgatacagctactactgaagaacttgaagaagagtttgatcc 27252901  T
Q  308 ttttccaactaaatttagtggtggtaatctgcaaaaaaggtatgatagattgagaggcatttcaggtagagtgcttgctgtgatgggtgatttggcaact 407  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27252900 ttttccaactaaatttagcggtggtaatctgcagaaaaggtatgatagattgagaggcatttcagggagagtgcttgttgtgatgggtgatttggcaact 27252801  T
Q  408 caaggagagagggtgcagtctcttatcagctggagggatccaagagcaacggctttgttcctaattttctgtttgattgctgccattttgacttatttca 507  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27252800 caaggagagagggtgcaatctcttatcagctggagggatccaagagcaaaggctttgttcctaattttctgtttgattgctgccattttgacttatttca 27252701  T
Q  508 ttccttttcgatatatactcttcatttcggtcacttatgtgttaagacctccaaggcttcgcttcgatatgcctgcatttccaaaaaatttcctcaggag 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27252700 ttccttttcgatatatactcttcatttcagtcacttatgtgttaagacctccaaggcttcgcttcgatatgcctgcatttccacaaaatttcctcaggag 27252601  T
Q  608 gatgcctgcaaaatcagatggcatgttctgagttgatttgtcttcattttctgctactgtttggttgttgtt 679  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27252600 gatgcctgcaaaatcagatggcatgttatgagttgatttgtcttcattttctgctattgtttggttgttgtt 27252529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 679 - 1050
Target Start/End: Complemental strand, 27252428 - 27252055
Alignment:
Q  679 taattttgctttgtgcatttcagaaatgacattgtctttcaattttatttgttttgttttatctagattaatcaatggaatggagcactttcaagagaac 778  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27252428 taattttgctttgtgtatttcagaaatgacattgtctttcaattttatttgttttgttttatctagattaatcaaaggaatggagcactttcaagagaac 27252329  T
Q  779 tatgataccaatgtctttttattgttttatttttatatgagtttgctaatttagtatctagttcaaattatgtaacatgtgtaggactaagttcagcagg 878  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27252328 tatgataccaatgtctttttattgttttatttttatatgagtttgctaatttagtatctagttcagattatgtaacatgtgtaggactaagttcagcagg 27252229  T
Q  879 aaaaaattagatcatgctgctacattccttccatggatcatcatctatgaggacaacttcgagtaaatggctatgagttttggtctctccttttaatt-g 977  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  27252228 aaaaaattagatcatgctgctacattccttccatgtatcatcatctatgaggacaatttcgagtaaatggctatgagtttttgtctctccttttaattgg 27252129  T
Q  978 gtttatgttgagacatgattaggtacaaactcatagcaaaagattttattgaagtcgtaaa-gtgcatgtaata 1050  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27252128 gtgtatgttgagacatgattaagtacaaactcatagcaaaagattttattgaagtcgtaaaggtgcatgtaata 27252055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University