View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3447-Insertion-15 (Length: 462)

Name: NF3447-Insertion-15
Description: NF3447
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3447-Insertion-15
NF3447-Insertion-15
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (9-462)||(4260485-4260938)
chr7 (9-462)||(4289239-4289692)
chr7 (9-462)||(4266031-4266484)
chr7 (9-462)||(4297834-4298276)
chr7 (13-462)||(4284544-4284993)
chr7 (13-387)||(4255539-4255912)
chr7 (9-198)||(4257799-4257989)
chr7 (197-266)||(4258319-4258388)
chr7 (178-257)||(4259465-4259551)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 4260938 - 4260485
Alignment:
Q  9 actccatcttttaaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacagccacaattagtccattttctccaaataactcatttgttttaacaattgcaagtc 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4260938 actccatcttttatagtttccaaagcttcacttaacatttcaacagccacaattaatccattttctccaaataactcacttgttttaacaattgcaagtc 4260839  T
Q  109 ttactccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtaggtggttttaaacgattcctgcaatcgatggtcaaacccatcacaacatttttgttctcaag 208  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4260838 ttgctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtcgttggttctaaacgattcctgcaatcgatattcaaacccatcacaacatttttgttctcaat 4260739  T
Q  209 tttttctgctttcattctacataccaatgcataagcaatagataccacaaatgttgacaagtgaagatttttattctcattcctagtacccttttgtttt 308  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4260738 tttctctgctttcattctacataccaatgcataagcaatagataccacaaatgttgacaagtgaagatttttattctcagtcctagtacccttttgtttt 4260639  T
Q  309 gacactacaaattccttaagcttttcaatatccaaacgagataattgaaataatcctctaaatgaatcttctggaacttcaagatcccaaaccattaaac 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4260638 gacactacaaattccttaagcttttcgatatccaaacgagataattgaaataaccctctaaatgaatcttctggaacttcaagatcccaaaccattaaac 4260539  T
Q  409 ttctattgttggttccaccttgctttaaccaatcacttaaatattttgcctcta 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  4260538 ttctattgttggttccaccttgctttaaccaatcactcaaatatttagcctcta 4260485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 9 - 462
Target Start/End: Original strand, 4289239 - 4289692
Alignment:
Q  9 actccatcttttaaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacagccacaattagtccattttctccaaataactcatttgttttaacaattgcaagtc 108  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4289239 actccatcttttatagtttccaaagcttcactcaacacttcaacagccacaattagtccatcttcccccaataactcatttgttttaacaattgcaagtc 4289338  T
Q  109 ttactccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtaggtggttttaaacgattcctgcaatcgatggtcaaacccatcacaacatttttgttctcaag 208  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | | ||||||||| |  ||||| ||  ||||| |||||| | |||||||||||||||     
T  4289339 ttgctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggaatcggctgatctaaacgattacgacaatcaatattcaaaaccatcatagcatttttgttctcaat 4289438  T
Q  209 tttttctgctttcattctacataccaatgcataagcaatagataccacaaatgttgacaagtgaagatttttattctcattcctagtacccttttgtttt 308  Q
    || ||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||    
T  4289439 ttcttctgctttcactctgcatacccatgcataagctatagatacaacaaaagttgacaggtgaagattttttttctcgttcctattacccttttgtttt 4289538  T
Q  309 gacactacaaattccttaagcttttcaatatccaaacgagataattgaaataatcctctaaatgaatcttctggaacttcaagatcccaaaccattaaac 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4289539 gacactacaaattccttaagcttttcgatatccaaacgagataattgaaataatcctctaaatgaatcttctggaacttgaagatcccaaaccattaaac 4289638  T
Q  409 ttctattgttggttccaccttgctttaaccaatcacttaaatattttgcctcta 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4289639 ttctattgttggttccaccttgctttaaccaatcacttaaatattttgcctcta 4289692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 9 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 4266484 - 4266031
Alignment:
Q  9 actccatcttttaaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacagccacaattagtccattttctccaaataactcatttgttttaacaattgcaagtc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4266484 actccatcttttaaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacagccacaattagtccatcttcccccaataactcatttgttttaacaattgcaagtt 4266385  T
Q  109 ttactccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtaggtggttttaaacgattcctgcaatcgatggtcaaacccatcacaacatttttgttctcaag 208  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | | ||||||||| |  ||||| ||  ||||| |||||| | |||||||||||||||     
T  4266384 ttcctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggaatcggctgatctaaacgattacgacaatcaatattcaaaaccatcatagcatttttgttctcaat 4266285  T
Q  209 tttttctgctttcattctacataccaatgcataagcaatagataccacaaatgttgacaagtgaagatttttattctcattcctagtacccttttgtttt 308  Q
    || ||||| ||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4266284 ttcttctgttttcactctgcatacccatgcataagctatagatacaacaaaagttgacaggtgaagatttttattctcattcctagtacccttttgtttt 4266185  T
Q  309 gacactacaaattccttaagcttttcaatatccaaacgagataattgaaataatcctctaaatgaatcttctggaacttcaagatcccaaaccattaaac 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  4266184 gacactacaaattccttaagcttttcgatattcgaacgagataattgaaataaccctctaaatgaatcttctgggacttgaagatcccagaccattaaac 4266085  T
Q  409 ttctattgttggttccaccttgctttaaccaatcacttaaatattttgcctcta 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  4266084 ttctattgttggttccaccttgctttaaccaatcactcaaatatttcgcctcta 4266031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 9 - 462
Target Start/End: Original strand, 4297834 - 4298276
Alignment:
Q  9 actccatcttttaaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacagccacaattagtccattttctccaaataactcatttgttttaacaattgcaagtc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4297834 actccatcttttaaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacaactacaattagtccattttctccaaataactcacttgttttaacaattgcaagtc 4297933  T
Q  109 ttactccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtaggtggttttaaacgattcctgcaatcgatggtcaaacccatcacaacatttttgttctcaag 208  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | | ||||||| |||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4297934 ttcctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggaattggctgatctaaacgagtccgacaatcgatattcaaacccatcacaacatttttgttctcaat 4298033  T
Q  209 tttttctgctttcattctacataccaatgcataagcaatagataccacaaatgttgacaagtgaagatttttattctcattcctagtacccttttgtttt 308  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||           |||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  4298034 tttctcggctttcattctacataccaat-----------agatagtacaaatgttgacaaatgaagacttttattctcgttcctagtaccctcttgtttt 4298122  T
Q  309 gacactacaaattccttaagcttttcaatatccaaacgagataattgaaataatcctctaaatgaatcttctggaacttcaagatcccaaaccattaaac 408  Q
     ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  4298123 aacactacaaattccttaagctttttgatatccgaacgagataattgaaataaccctctaaatgaatcttctggaacttgaagatcccaaaccattaagc 4298222  T
Q  409 ttctattgttggttccaccttgctttaaccaatcacttaaatattttgcctcta 462  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4298223 ttttattgttggttccaccttgctttaaccaatcacttaaatatttttcctcta 4298276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 13 - 462
Target Start/End: Original strand, 4284544 - 4284993
Alignment:
Q  13 catcttttaaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacagccacaattagtccattttctccaaataactcatttgttttaacaattgcaagtcttac 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||| ||||| |||| ||  || ||||||||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  4284544 catcttttaaagtttccaaagcttcacctagcacttcaaccgccacgattagcccatctttccccaataactcacttgtttcaacaattgcaagtcttcc 4284643  T
Q  113 tccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtaggtggttttaaacgattcctgcaatcgatggtcaaacccatcacaacatttttgttctcaagtttt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||  ||||| ||  ||||| |||||| | ||||||||||||||| || |    
T  4284644 tccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtcggtggttctaaacaattccgacaatcaatattcaaagccatcagagcatttttgttctcaatttct 4284743  T
Q  213 tctgctttcattctacataccaatgcataagcaatagataccacaaatgttgacaagtgaagatttttattctcattcctagtacccttttgttttgaca 312  Q
    |  |||||||||||  ||||| | |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4284744 ttagctttcattctgtatacccaggcataagctatggatacaacaaaagttgacaagtgaaggtattttttctcattcctagtagccttttgttttgaca 4284843  T
Q  313 ctacaaattccttaagcttttcaatatccaaacgagataattgaaataatcctctaaatgaatcttctggaacttcaagatcccaaaccattaaacttct 412  Q
    ||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  4284844 ctaaaaattccttaagctatacgatatccaaacgagatcattgaaataaccctctaaatgaatcttctggaacttgaagatcccaaaccattaagcttct 4284943  T
Q  413 attgttggttccaccttgctttaaccaatcacttaaatattttgcctcta 462  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  4284944 attgttggttccaccttgctttgaccaatccctcaaatattttgcctcta 4284993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 387
Target Start/End: Original strand, 4255539 - 4255912
Alignment:
Q  13 catcttttaaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacagccacaattagtccattttctccaaataactcatttgttttaacaattgcaagtcttac 112  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| || |||||||||  ||||||||||||| |||||| |      
T  4255539 catcttttaatgtttccaaagtttcactcaacacttcaacggccaccattagtccatcttcccccaataactcacctgttttaacaatttcaagtcatgt 4255638  T
Q  113 tccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtaggtggttttaaacgattcctgcaatcgatggtcaaacccatcacaacatttttgttctcaagtttt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||  | |||||||||| | |||| |||||||||| |||     
T  4255639 tccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtaggtgctcctaaacgattcctgcaatcgatatttaaacccatcaaagcattcttgttctcaattttc 4255738  T
Q  213 tctgctttcattctacataccaatgcataagcaatagataccacaaatgttgacaagtgaagatttttattctcattcctagtacccttttgttttgaca 312  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4255739 tcggctttcattctacataccaatgcataagcaatagatgccacaaatgttgacaattgaagatttttattctcattcctagtacccttttgttttgaca 4255838  T
Q  313 ctacaaattccttaagcttttcaatatccaaacgagataattgaaataatcctctaaatgaatcttctggaactt 387  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  4255839 ctacaaattccttaagc-tttcgatatccgaacgagatatttcaaataaccctctaaatgaatcttcaggaactt 4255912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 9 - 198
Target Start/End: Original strand, 4257799 - 4257989
Alignment:
Q  9 actccatcttttaaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacagccacaattagtccattttctccaaataactcatttgttttaacaattgcaagtc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4257799 actccatcttttaaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacaaccacaattagtccattttctccaaataactcatttgttttaacaattgcaagtc 4257898  T
Q  109 ttactccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtaggtggttttaaacga-ttcctgcaatcgatggtcaaacccatcacaacatttt 198  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4257899 ttgctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtcggttgttctaaacgatttcctgcaatcgatagtcaaacccatcacaacatttt 4257989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 197 - 266
Target Start/End: Original strand, 4258319 - 4258388
Alignment:
Q  197 tttgttctcaagtttttctgctttcattctacataccaatgcataagcaatagataccacaaatgttgac 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4258319 tttgttctcaagtttttctgctttcagtctacataccaatgcataagcaatagataccacaaatgttgac 4258388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 4259551 - 4259465
Alignment:
Q  178 tcaaacccatcacaacatttttgttctcaagtttttctgctttcattc-------tacataccaatgcataagcaatagataccaca 257  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4259551 tcaaacccgacacaacttttttgttctcaattttctctgctttcattctaaatagtaaataccaatgcataagcaatagataccaca 4259465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University