View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3447_low_12 (Length: 433)

Name: NF3447_low_12
Description: NF3447
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3447_low_12
NF3447_low_12
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (16-413)||(14014511-14014908)
chr6 (16-415)||(14109837-14110236)
chr6 (16-415)||(13875605-13876004)
chr6 (16-411)||(13473297-13473692)
chr6 (16-415)||(14084031-14084430)
chr6 (16-413)||(13863137-13863534)
chr6 (16-413)||(13893311-13893708)
chr6 (23-415)||(14024649-14025041)
chr6 (16-415)||(13931724-13932123)
chr6 (15-407)||(14046764-14047156)
chr6 (17-415)||(14022081-14022478)
chr6 (16-239)||(13911223-13911446)
chr6 (288-413)||(13911455-13911579)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (191-343)||(37164784-37164936)
chr5 (173-298)||(35142916-35143041)
chr5 (179-298)||(38749045-38749164)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (191-298)||(3022646-3022753)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 413
Target Start/End: Original strand, 14014511 - 14014908
Alignment:
Q  16 tggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgtgac 115  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14014511 tggtgctccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctcccgataattgattatgtgac 14014610  T
Q  116 aaatctaacacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaatcgaaccaagcaaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14014611 aaatctaacacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaattgaacaaagcaaattatttcttgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagct 14014710  T
Q  216 ttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14014711 ttccaatatttgaaggaattttccccgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctga 14014810  T
Q  316 gaagtgattgctggatagatctatgctttttagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaatt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14014811 gaagtgattgctggatagatctatgcttttcagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaatt 14014908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 16 - 415
Target Start/End: Original strand, 14109837 - 14110236
Alignment:
Q  16 tggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgtgac 115  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14109837 tggttgtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgagggattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgac 14109936  T
Q  116 aaatctaacacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaatcgaaccaagcaaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagct 215  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||| || || ||||| |  ||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  14109937 aaatctaacacacttagccggtctatgtgagagagactgggaggaattgaaccaaacaagttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttagat 14110036  T
Q  216 ttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||    
T  14110037 ttccaatatttgaaggaattttccctgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatctgcaatttcaggtggaatctcttctga 14110136  T
Q  316 gaagtgattgctggatagatctatgctttttagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattca 415  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14110137 gaagtgattgctggataggtctatgctttttagaagatacaagccattgttgttaaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcactcaattca 14110236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 16 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 13876004 - 13875605
Alignment:
Q  16 tggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgtgac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  13876004 tggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaatttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatctctccagataattggttatgtgac 13875905  T
Q  116 aaatctaacacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaatcgaaccaagcaaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagct 215  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13875904 aaatctaacacaccaagccggtctatttgagaaagactagaaggaattgaaccaatcaacttatttctagacaaatcaagaaagtcaagtgatgttagct 13875805  T
Q  216 ttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctga 315  Q
    |||||||  |||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||    
T  13875804 ttccaattcttgaaggaattttccctgtgaagttatttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaattagctatttcaggtggaatctcttgtga 13875705  T
Q  316 gaagtgattgctggatagatctatgctttttagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattca 415  Q
     ||||||||||| || |||||||  |||||||||||| ||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  13875704 aaagtgattgctcgagagatctacactttttagaagaaacaattgattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgttaagagtgcattcaattca 13875605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 16 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 13473692 - 13473297
Alignment:
Q  16 tggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgtgac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  13473692 tggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgacggattgaaactttgtagttgtgtgctcaatggaatctctccagataattgattatgtgac 13473593  T
Q  116 aaatctaacacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaatcgaaccaagcaaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagct 215  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||| |||| |    
T  13473592 aaatctaacacaccaagccgatctatttgggaaagactagaaggaattgaacctagcaacttatttcgtgccaagtcaagaaagtcaagtgatcttagtt 13473493  T
Q  216 ttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||    
T  13473492 ttccaatatttgaaggaattttccctgtaaaattgtttcttgataagttcaaagagaccaattgaatcaaatctgctatttcaagtggaatctcctctga 13473393  T
Q  316 gaagtgattgctggatagatctatgctttttagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaa 411  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||  || ||||||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  13473392 aaagtgattgcttgatagatctatgctttttaaaagaaacaatccattgttgttgaacagttcttctacacctttccaggtaaagaatgcactcaa 13473297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 16 - 415
Target Start/End: Original strand, 14084031 - 14084430
Alignment:
Q  16 tggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgtgac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14084031 tggtggtccacaaagatcaagattatctttgtaacgtgaggcatcaaaactttgaagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgcgac 14084130  T
Q  116 aaatctaacacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaatcgaaccaagcaaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagct 215  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |    
T  14084131 aaatctaacacactaagccggtctatttgagagagactatgaggaattgaaccaagcaacttatttcgtgaaaaatcaagaaagtcaagtgatgctagat 14084230  T
Q  216 ttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  14084231 ttccaatatttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataaattcaaagagaccaattgaatcaaatttgctatttcatgtggaatctctcctga 14084330  T
Q  316 gaagtgattgctggatagatctatgctttttagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattca 415  Q
     ||||||||||| || || |||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||    
T  14084331 aaagtgattgcttgagaggtctatgctttttagaagaaataatccattgtttttgaacatttgttctacacctttccaagtcaaatttgcattcaattca 14084430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 16 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 13863534 - 13863137
Alignment:
Q  16 tggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgtgac 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  13863534 tggtgggccacaaagatcaagattatcttcgtaaaatgaggcattgaaaccttgtagttgtgtactctttggaatttcaccagataattgattatgtgac 13863435  T
Q  116 aaatctaacacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaatcgaaccaagcaaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagct 215  Q
    | ||||||| |||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| |     
T  13863434 acatctaacccaccaagccgatctatttgggaaagactagaaggaattgaaccaaacaacttgttttgtgacaaatcaagaaattcaagtgatgttaacc 13863335  T
Q  216 ttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctga 315  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  13863334 ttccgatatttgaaggaattttccctgtcaagttgtttcttgataaatttagtgagaccaattgaatcaaatttgctatttcaggtggaatctcttccga 13863235  T
Q  316 gaagtgattgctggatagatctatgctttttagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaatt 413  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   || | ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13863234 aaagtgattgcttgatagatctatgctttttagaagaacaaatcgattgttgatgaacagttgttctacacctttccatgtcaacaatgcattcaatt 13863137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 16 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 13893708 - 13893311
Alignment:
Q  16 tggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgtgac 115  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  13893708 tggtgctccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagacaattgattatgtgac 13893609  T
Q  116 aaatctaacacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaatcgaaccaagcaaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagct 215  Q
    | |||||||||||||| ||| | |||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  |    
T  13893608 agatctaacacaccaatccgatctattttggaaagactagaaggaattgaaccaagcaacttattttgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaatt 13893509  T
Q  216 ttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctga 315  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |  ||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| | |||    
T  13893508 ttccgatatttgaaggaattttccctgtcaagttgtttcttgataaatttagtgagactaattgaaccaaagttgctatttcaggtggaatctcgtgtga 13893409  T
Q  316 gaagtgattgctggatagatctatgctttttagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaatt 413  Q
     ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  13893408 aaagtgattgcttgagagatctatactttttagaagaagcaatccattgttgttgaaaaattgttctacacctttccacatcaagaatgcattcaatt 13893311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 23 - 415
Target Start/End: Original strand, 14024649 - 14025041
Alignment:
Q  23 ccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgtgacaaatcta 122  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14024649 ccacaaaggtcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatcta 14024748  T
Q  123 acacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaatcgaaccaagcaaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaat 222  Q
     |||| |||| || | |||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  14024749 gcacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatattaactttccaat 14024848  T
Q  223 atttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctgagaagtga 322  Q
      |||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  14024849 tcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtctgaaaagtga 14024948  T
Q  323 ttgctggatagatctatgctttttagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattca 415  Q
    |||||||||| |||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14024949 ttgctggataaatctatgcttttcaggagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcagttca 14025041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 415
Target Start/End: Original strand, 13931724 - 13932123
Alignment:
Q  16 tggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgtgac 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  13931724 tggtggaccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgtggcgttgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatctctccagataattgattatgtgac 13931823  T
Q  116 aaatctaacacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaatcgaaccaagcaaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagct 215  Q
    | ||||||||||| ||||| || |||||| || |||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||| |    
T  13931824 agatctaacacactaagccagtctatttgagagagactaggaggaattgaaccaagcaacttatttcgagacaaatcaagagagtcaagtgaagttagat 13931923  T
Q  216 ttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctga 315  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  13931924 ttccaatatttgatggaattttccctgtgaagttgtttcttgataaattcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctga 13932023  T
Q  316 gaagtgattgctggatagatctatgctttttagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattca 415  Q
     || ||||| || || |||||||||  ||||| ||||  ||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13932024 aaaatgattacttgagagatctatgacttttaaaagaaccaatccattgttgttgaagacatgttctacacctttccatgtcaacaatgcattcaattca 13932123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 15 - 407
Target Start/End: Original strand, 14046764 - 14047156
Alignment:
Q  15 atggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgtga 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  || |||||||||||||||||    
T  14046764 atggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgagggattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatcttgccagataattgattatgtga 14046863  T
Q  115 caaatctaacacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaatcgaaccaagcaaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagc 214  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||     
T  14046864 cagatctaacacactaagccggtctatttgagatagactaggaggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagggagtcaagtgaggttaga 14046963  T
Q  215 tttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctg 314  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  |  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||    
T  14046964 tttccaatatttgatggaattttccctgcgaagttgtttcttgataaattcaatgagaccaattgaatcaaatctgcaatttcaggtggaatttcttctg 14047063  T
Q  315 agaagtgattgctggatagatctatgctttttagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcat 407  Q
    | || |||||||| || ||||||| |  ||||||||||  ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14047064 aaaaatgattgcttgaaagatctacgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaacacatgttctacacctttccatgtcaagaatgcat 14047156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 17 - 415
Target Start/End: Original strand, 14022081 - 14022478
Alignment:
Q  17 ggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgtgaca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  14022081 ggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacatgagggatcgaaactttgtagctgtgtacacgttggaatctctccatataattgattatgtgaca 14022180  T
Q  117 aatctaacacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaatcgaaccaagcaaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagctt 216  Q
     ||||||||||| ||| || |  ||||| ||||||||||| |||||  ||||| |||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14022181 catctaacacactaagtcgatcaatttgagaaagactagaaggaatt-aaccacgcaacttgttttgtgataaatcaagaaagtcaagtgatgttagctt 14022279  T
Q  217 tccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctgag 316  Q
    ||||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||     
T  14022280 tccaatatttgaaggaatttttcctgtgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaattcgctatttcaggtggaatctctcctgaa 14022379  T
Q  317 aagtgattgctggatagatctatgctttttagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattca 415  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  14022380 aagtgattgcttgagagatctatgctttttagaagcaacaattcattgttgttgaatacttggtctacacctttccatgttaagaatggatttaattca 14022478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 16 - 239
Target Start/End: Original strand, 13911223 - 13911446
Alignment:
Q  16 tggtggtccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgtgac 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  13911223 tggtggaccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgtggcgttgaaactttgtagttgtgtacttgttggaatctctccagataattgattatgtgac 13911322  T
Q  116 aaatctaacacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaatcgaaccaagcaaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagct 215  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||| || || |||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13911323 aaatctaacacactaagacggtctatgtgagagagactaggaggaattgaaccaagcaagttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaact 13911422  T
Q  216 ttccaatatttgaaggaattttcc 239  Q
    |||| | |||||||||||||||||    
T  13911423 ttccgaaatttgaaggaattttcc 13911446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 288 - 413
Target Start/End: Original strand, 13911455 - 13911579
Alignment:
Q  288 ttgctatttctggtggaatctcttctgagaagtgattgctggatagatctatgctttttagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacc 387  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||  ||| || ||||||||||||  ||||||||||||    
T  13911455 ttgctatttcaggtggaatctcttgtgaaaagtgattgcttgagagatctatactttttagaagaagcaatcc-ttgttgttgaacaattgttctacacc 13911553  T
Q  388 tttccatgtcaagaatgcattcaatt 413  Q
    ||||||  ||||||||||| ||||||    
T  13911554 tttccacatcaagaatgcactcaatt 13911579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 191 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 37164936 - 37164784
Alignment:
Q  191 tcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttg 290  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||| ||  ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||   ||||| |||     
T  37164936 tcaagaaattcaagtgatgttaactttccaatcattgaagtaatttcccctgtcaaattgttgcttgataaattcaatgacaccaatgctatcaagtttc 37164837  T
Q  291 ctatttctggtggaatctcttctgagaagtgattgctggatagatctatgctt 343  Q
    ||||||||  |||||  ||| |||  || |||||||| |||||||| ||||||    
T  37164836 ctatttcttctggaaggtctcctgtcaattgattgcttgatagatcaatgctt 37164784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 173 - 298
Target Start/End: Original strand, 35142916 - 35143041
Alignment:
Q  173 aaattatttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgaga 272  Q
    ||||| |||| ||| || |||||||| ||||||||||||| | ||||||| | ||||| ||||| ||  ||||| ||||| |||||||| ||||| || |    
T  35142916 aaattgtttcttgacaagtcaagaaattcaagtgatgttaaccttccaatctctgaagtaatttccccagtcaaattgttgcttgataaattcaatgaca 35143015  T
Q  273 ccaattgaatcaaatttgctatttct 298  Q
    |||||   ||||| ||| ||||||||    
T  35143016 ccaatgctatcaagtttcctatttct 35143041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 179 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 38749164 - 38749045
Alignment:
Q  179 tttcgtgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaatt 278  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||  |   |||| |||||  ||||||| |||||||| ||||| |    
T  38749164 tttcgtgacaagtcaagaaattcaagtgatgttaaccttccaatctttgaagtaatttctccattcaaattgttgtttgataaattcaacgacaccaact 38749065  T
Q  279 gaatcaaatttgctatttct 298  Q
      ||||| ||| ||||||||    
T  38749064 ctatcaagtttcctatttct 38749045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 298
Target Start/End: Original strand, 3022646 - 3022753
Alignment:
Q  191 tcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaatatttgaaggaattttcctcgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttg 290  Q
    |||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||| |   |||| |||||  ||||||| |||||||| ||||| |  ||||| |||     
T  3022646 tcaagaaattcaagtgatgttaaccttccaatctttgaagtaatttttccattcaaattgttgtttgataaattcaacgacaccaactccatcaagtttc 3022745  T
Q  291 ctatttct 298  Q
    ||||||||    
T  3022746 ctatttct 3022753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University