View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3455_low_4 (Length: 1027)

Name: NF3455_low_4
Description: NF3455
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3455_low_4
NF3455_low_4
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (7-1011)||(4350347-4351346)
chr4 (7-467)||(4126322-4126782)
chr4 (7-436)||(4342630-4343059)
chr4 (6-435)||(4358099-4358528)
chr4 (7-435)||(4322987-4323415)
chr4 (7-474)||(4333202-4333669)
chr4 (73-544)||(4330067-4330540)
chr4 (208-443)||(4135630-4135865)
chr4 (849-988)||(4332803-4332942)
chr4 (169-295)||(25567832-25567956)
chr4 (303-442)||(25567605-25567744)
chr4 (323-436)||(6535840-6535953)
chr4 (156-293)||(6713620-6713757)
chr4 (849-897)||(4323642-4323690)
chr4 (367-436)||(6713477-6713546)
[»] chr6 (23 HSPs)
chr6 (7-444)||(5148844-5149284)
chr6 (7-442)||(5341376-5341811)
chr6 (7-435)||(5075616-5076044)
chr6 (7-435)||(5183837-5184265)
chr6 (7-435)||(5356501-5356935)
chr6 (7-402)||(5133790-5134191)
chr6 (28-435)||(5368143-5368556)
chr6 (10-435)||(5423436-5423867)
chr6 (7-435)||(5104757-5105191)
chr6 (28-435)||(5174555-5174962)
chr6 (157-435)||(5069106-5069390)
chr6 (7-435)||(5394732-5395160)
chr6 (120-441)||(5093724-5094045)
chr6 (157-435)||(5159536-5159814)
chr6 (7-296)||(5691996-5692285)
chr6 (7-435)||(5348094-5348528)
chr6 (7-435)||(5444775-5445200)
chr6 (7-416)||(5431115-5431524)
chr6 (7-435)||(5262028-5262453)
chr6 (7-297)||(5286008-5286298)
chr6 (184-435)||(5276394-5276645)
chr6 (316-437)||(5692419-5692540)
chr6 (860-909)||(5076905-5076954)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (217-409)||(10760-10952)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (314-435)||(48015497-48015618)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (152-294)||(22586345-22586487)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (10-147)||(36215780-36215917)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 791; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 791; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1011
Target Start/End: Complemental strand, 4351346 - 4350347
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4351346 acatcgtcaagtacaaggagaactctt--atgacagagtctttcctttaatatagattttcccgactcaatgttttgtatctttgttgttgtttctttga 4351249  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  4351248 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgctgttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatatttgcaagaaaactcctaccttcaaaattgcg 4351149  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4351148 gccaattttattgtaaatggcttttgcaacggtggatttgccgattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcttttgattggtgagtgtct 4351049  T
Q  307 agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaa 406  Q
    ||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  4351048 agaagtttaatcatatcttgcacctgagattcgactcccacaggattatcaacaatgaataagtctatcttgtcaaacaaacgtgtaatattttcaacaa 4350949  T
Q  407 tatccttgataacctcactttcattcctattaaaaaacaaagaaagggtaaatttacatatacacacagcatatgggtttatgtatatttatgtgtttat 506  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4350948 tacccttgataacctcactttcattcctattaaaaaacaaagaaagggtaaatttacatata--cacaacatatgggtttatgtatatttatgtgtttat 4350851  T
Q  507 gtataagtaattacctatgtatgcctgtgtcaaaagtacagggggaattcgagtaaaaaa-ttattgtttgattgtgtgtgtaaagctgaatcattacaa 605  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4350850 gtataagtaattacctatgtatgcatgtgtcaaaagtatagggggaatccgaggaaaaaatttattgttggattgtgtgtgtaaagctgaatcattataa 4350751  T
Q  606 aaaggcgcaattagattgaaagtgatgaccaaataagcaaagtgtacgtgcgaattaagttgattatcctaacagggggctgagagtcaattagtcctaa 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  4350750 aaaggcgcaattagattgaaagtgatgaccaaagaagcaaactgtacgtgcaaattaagttgattatcctaaca-ggggccgagagtcaattagtcctaa 4350652  T
Q  706 aattggaaaccactgacagtctaacaaaaaataatctttaaattacaaggttaactaaatgggataaatcgaaatttgttcaaatggcatgtgaaaagtg 805  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  4350651 aattggaaaccac-gacagtctaacaaaaaataatctttaaattacaaggttaactaaatgggataaatcgaaatttgtttaaatggcatgggaaaagtg 4350553  T
Q  806 tatttaactcnnnnnnnttaattaacaaagcataataagctagacctggaattcaggacaacaaatcctgcaaggccagcagcatcacgaagtgcgtctc 905  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4350552 tatttaactcaaaaaaattaattaacaaagcataataagctagacctggaattcaggacaacaaatcctgcaaggccagcagcatcacgaagtgcgtctc 4350453  T
Q  906 tccactttggtaccatgaattcatctccttttaaaactttgttcaatactttttgaaaagcttcaccaaactcacctgtttgatgacgaacatcggatgg 1005  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4350452 tccactttggtaccatgaattcatctccttttaaaactttgttcaatgctttttgaaaagcttcaccaaactcacctgtttgatgacgaacatcggatgg 4350353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 467
Target Start/End: Original strand, 4126322 - 4126782
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  4126322 acatcgtcaagtacaagaagaactcttttatgacaaagtcgttcctttaatatagatttccctgattcaatattttgaatcttggttgtggtttctttga 4126421  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  4126422 aaatatcatacataagttgttcttgtaaatacacttgtccagaaacttgctcccaaacctcccttatatttgcaagaaagctcctaccttcaaaattccg 4126521  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  4126522 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggttttaccaattccacccatcccccacatccccagcagtagaacatcatttgactgttgagtgtct 4126621  T
Q  307 agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaa 406  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  4126622 agaagttgaatcatatcttgcactcgagattcgactccgacaggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaatttgtaacattttcaacaa 4126721  T
Q  407 tatccttgataacctcactttcattcctattaaaaaacaaagaaagggtaaatttacatat 467  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  4126722 tatccttgataacctcacattcgttcctatgaaaatacaaagaaatggtaaatttgcatat 4126782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 7 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 4343059 - 4342630
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |  | ||||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  4343059 acatcgtcaagtacaagaagaactcttttatgacagagcctttcctttaatataggtttttccaattcaatgttttgtatcttggtagttgtttctttga 4342960  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||    
T  4342959 aaatatcatgcataagttgttcttgtaaatacacttgtcctgaaacttgctcccaaacctccctaatatttgcaagaaagctcctggcttcaaaattgcg 4342860  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct 306  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4342859 accaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggttttccccattccacccatcccccacatccctagtagtagaacatcatttgattgttgagtgtct 4342760  T
Q  307 agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaa 406  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4342759 ataagttgaatcatatcttgcactcgagaatcgactccgaccggataatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtataacattttcaacaa 4342660  T
Q  407 tatccttgataacctcactttcattcctat 436  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4342659 tatctttgataacctcactttcattcctat 4342630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 6 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 4358528 - 4358099
Alignment:
Q  6 gacatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttg 105  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||     
T  4358528 gacatcgtcaagtacaataagtactcttttatgacacagtctttcctttaatatagattttcctgattcaatgctttgtatcttggttgtggtgtctttc 4358429  T
Q  106 aaaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgc 205  Q
    ||||||||||  |||||| ||| |||||||| || |||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  4358428 aaaatatcattcataagtcgttcttgtaaatacaattgtccagaggcttgctcccaaacctccctaatattttcaagaaagctcctaccttcaaaattgc 4358329  T
Q  206 ggccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtc 305  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||||| ||    
T  4358328 gaccaattttattgtaaatggattttgcaatggtggtttttccgattccacccatcccccacatccctagtagtagagcatcgtttgattgttgagtttc 4358229  T
Q  306 tagaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaaca 405  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4358228 taggagttgaatcatatcttgcactcgagaatcgactcctactggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgagtaacattttcaaca 4358129  T
Q  406 atatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4358128 atatccctgataacctcactttcattccta 4358099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 7 - 435
Target Start/End: Original strand, 4322987 - 4323415
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  4322987 acatcgtcaagtacaagaagtactcttttatgacagagtcttccatttaatatagatattcctgattcaacgttctgtatcttggttgtggtttctttaa 4323086  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||| || |||||| ||| || ||| | ||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  4323087 aaatatcatacataagttgttcttgtagattcacttgaccacaatctttcccccaaacctccctaatatttgcaataaagctcctaccttcaaaattgcg 4323186  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct 306  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  4323187 accaattttattgtaaatggcctttgcaacggtggtttttccaattccacccatcccccacatccctagtagtagaacatcatttgtttgttgagtgtct 4323286  T
Q  307 agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaa 406  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  4323287 agaagttgaatcatatcttgcactcgagaatcgatacccacaggattatcagcaacgaacaagtctgtcttgtccagtaaacgtgtaacattttcaacaa 4323386  T
Q  407 tatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4323387 tatccttgataacctcactttcgttccta 4323415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 7 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 4333669 - 4333202
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  4333669 acatcgtcaagtacaataagaactcttttatgacatagtctgtcctttaatatatattttcctgcttctatgttttgtatcttggatgtggtttctttga 4333570  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||| || |||||| ||| || ||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  4333569 aaatatcatacataagttgttcttgtagattcacttgaccataatctttctcccaaacctccctaatatttgcaagaaagctcctaccttgaaatttgcg 4333470  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct 306  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||| | ||||||| | |||||||||    
T  4333469 gccaattttattgtaaatggccttcgcaattgtggttttcccaatcccacccatcccccacattcctagcagtagaactttatttgatagttgagtgtct 4333370  T
Q  307 agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaa 406  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4333369 agaagttgaatcatatcttgtactcgagattcgactcctaccggatgatcagcaatgaacaagtcagtcttgtcaagcaaacgtgcaacattttcaacaa 4333270  T
Q  407 tatccttgataacctcactttcattcctattaaaaaacaaagaaagggtaaatttacatatacacaca 474  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || | ||||||| | |||||||    
T  4333269 tatccttgatgacctcactttcgttcctatgaaaaaacaaagaaatggaacatttacacacacacaca 4333202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 73 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 4330540 - 4330067
Alignment:
Q  73 tcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttgaaaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaa 172  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  4330540 tcaatgttttgtatcttggttgtgatttctttgaaaatatcatacataagttgttcttgtaaatagacttgtctagaaacttgctcccaaacctccctaa 4330441  T
Q  173 tgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcggccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccc 272  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||| |    
T  4330440 tatttgcaagaaagctcctaccttcaaaattgcggccaattttattataaatggcctttgcaatggtgattttgccgattccacccgtcccccacatctc 4330341  T
Q  273 tattagtagaacatcatttga---ttggtgagtgtctagaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaag 369  Q
    ||  |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||  | | |||||||||||||||||||||| |||    
T  4330340 taagagtagaacatcatttgattgttgatgagtgtctagaagttgaatcatctcttacactcgagatttaatttccaccggattatcagcaatgaataag 4330241  T
Q  370 tctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaatatccttgataacctcactttcattcctatta--aaaaacaaagaaagggtaaatttacatat 467  Q
    ||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| |  ||||||||||| | |||| |||||||| |    
T  4330240 tctatcttatcaagaaaaagtgtaacattttcaacaatattcttgataacttctctttcattcctataaagaaaaacaaagagatggtacatttacattt 4330141  T
Q  468 acacacagcatatgggtttatgtatatttatgtgtttatgtataagtaattacctatgtatgcctgtgtcaaaagta 544  Q
    |||    |   ||   | |||| |||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  4330140 aca---tgtccatacatatatggatatctatgtgtttacatataagtaatgacctatgtatgcatgtgtcaaaagta 4330067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 208 - 443
Target Start/End: Original strand, 4135630 - 4135865
Alignment:
Q  208 ccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtcta 307  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||| || | ||| ||||| ||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||     ||||||| |    
T  4135630 ccaactttattgtaaacggattttgcaatagttgttttaccaataccttccataccccacatccctagtagtagaacatcatttgaaaatggagtgtcca 4135729  T
Q  308 gaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaat 407  Q
    | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  4135730 gtagttgaatcatatctagcactcgagattcgactctaactggatggtcagcaatgaacaggtctgtcttgtcaagcaaatgtgtaactttttcaacaat 4135829  T
Q  408 atccttgataacctcactttcattcctattaaaaaa 443  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  4135830 atccttgatatcctcactttcgttcctatgaaaaaa 4135865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 849 - 988
Target Start/End: Complemental strand, 4332942 - 4332803
Alignment:
Q  849 acctggaattcaggacaacaaatcctgcaaggccagcagcatcacgaagtgcgtctctccactttggtaccatgaattcatctccttttaaaactttgtt 948  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  4332942 acctggaatttagaacaacaaatcctgcaatgccagcagcattacgaagcgcgtctctccactttggcaccatgaattcatccacttttaaaactctgtt 4332843  T
Q  949 caatactttttgaaaagcttcaccaaactcacctgtttga 988  Q
    ||| |  ||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  4332842 caaaagattttgaaaagctttaccaaagtcacctgtttga 4332803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 169 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 25567956 - 25567832
Alignment:
Q  169 ctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcggccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccaca 268  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||    
T  25567956 ctaatatttgccaaaaagctcctacattcataattg--gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggttttgccaatccctcccataccccaca 25567859  T
Q  269 tccctattagtagaacatcatttgatt 295  Q
    ||||||  ||||||||||| |||||||    
T  25567858 tccctagaagtagaacatcttttgatt 25567832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 303 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 25567744 - 25567605
Alignment:
Q  303 gtctagaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttca 402  Q
    |||||| ||| ||||||||| || |||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||  | ||||| ||||||||| ||||||||    |  ||||||    
T  25567744 gtctagcagttgaatcatattttccactcgaggttcaactcccactggattattagcaacaagcaagtgtgtcttgtctagcaaacgcacgattttttca 25567645  T
Q  403 acaatatccttgataacctcactttcattcctattaaaaa 442  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  25567644 acaatatccttgatagcctcactttcattcctgttaaaaa 25567605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 323 - 436
Target Start/End: Original strand, 6535840 - 6535953
Alignment:
Q  323 cttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaatatccttgataacctc 422  Q
    ||||||| |||||||| | |||||| ||||  |||||||  || || ||| || | || |||||||| ||||||| |||||||| || ||||||| | ||    
T  6535840 cttgcacacgagattcaattcccactggatgttcagcaacaaataactctttcctatctagcaaacgagtaacatgttcaacaacattcttgatatcatc 6535939  T
Q  423 actttcattcctat 436  Q
    ||||||||||||||    
T  6535940 actttcattcctat 6535953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 156 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 6713757 - 6713620
Alignment:
Q  156 ctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcggccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattcca 255  Q
    ||||| ||| ||||||||||||   ||||||||||| || ||||| |||   ||||||| ||| ||||||||||| |||| ||| | |||||| |  ||     
T  6713757 ctcccaaacttccctaatgtttagaagaaagctccttccctcaaatttgataccaatttgattataaatggctttggcaagggttgttttgcccaagccc 6713658  T
Q  256 cccatcccccacatccctattagtagaacatcatttga 293  Q
    ||||| ||||| |||||||  |||| ||||||||||||    
T  6713657 cccattccccagatccctaaaagtaaaacatcatttga 6713620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 849 - 897
Target Start/End: Original strand, 4323642 - 4323690
Alignment:
Q  849 acctggaattcaggacaacaaatcctgcaaggccagcagcatcacgaag 897  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  4323642 acctggaatttaggacaacaaatccagcaaggccagccgcaacacgaag 4323690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 367 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 6713546 - 6713477
Alignment:
Q  367 aagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaatatccttgataacctcactttcattcctat 436  Q
    ||||||||||| || |||||||| || |||| |||||| |||| ||||||| |  |||||||||||||||    
T  6713546 aagtctgtcttatctagcaaacgggtgacatgttcaactatattcttgatatctgcactttcattcctat 6713477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 159; Significance: 4e-84; HSPs: 23)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 7 - 444
Target Start/End: Original strand, 5148844 - 5149284
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggt---ttctt 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||| ||  |||||||| |||||||  ||||||| | ||||| ||   ||| |    
T  5148844 acatcatcaagtacaagaagtactcttttaccacagagtctatcctttaatgtatgttttcctgcctcaatgcattgtatcatggttgtcgtcgtttcct 5148943  T
Q  104 tgaaaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaatt 203  Q
    || ||||||||   | |||||||| |||||||  ||| ||||||  |  || | ||| |||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| |||||    
T  5148944 tgcaaatatcaaagagaagttgttgttgtaaagacacatgtccatcatttttcgcccaaacctccctaatatttcctagaaaactcctaccttcgaaatt 5149043  T
Q  204 gcggccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtg 303  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| || ||| |||||||||||||  ||  ||    
T  5149044 gcggccaattttattgtagatggcttttgcaatggtggatttgccaattccccccataccccacattcctagtaatagtacatcatttgatttttggatg 5149143  T
Q  304 tctagaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaa 403  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||| || ||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||  | ||||| |||||||    
T  5149144 tctagcagttgaatcatatcttgtactcgagtttcaactccgactggattatgagcaacgaacaagtcggtcttgtctagcaagtgagtaactttttcaa 5149243  T
Q  404 caatatccttgataacctcactttcattcctattaaaaaac 444  Q
    |||||| | |||| | ||||||||| |||||||| ||||||    
T  5149244 caatattcctgatgatctcactttcgttcctatttaaaaac 5149284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 7 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 5341811 - 5341376
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    |||||||| ||||||||||| | | | |||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  5341811 acatcatctagtacaagaagtattttcttatgacagagtctatcctttaatataacttttcccgactcaatgttttgtatctttgttgttgtttctttgc 5341712  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    | |||||    | |||| ||| |||||||||||  ||||||     |||||||| ||| |||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||| |    
T  5341711 agatatcgaaaagaagtcgttcttgtaaatgcaactgtccatccggttgctcccaaacttccctaatatttgcaaggaaactcctaccttcaaagttgtg 5341612  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct 306  Q
    ||||| |||||| |||||||||||  ||||||| |  || |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||  | ||     
T  5341611 gccaagtttattataaatggctttcacaatggtagtcttaccaattcctcccataccccacatccctaatagtagaatatcatttgattgttggatatca 5341512  T
Q  307 agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaa 406  Q
    || ||| ||||||||||||||| ||| ||||| || ||| | ||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||| || |    
T  5341511 agcagttgaatcatatcttgcaatcgggattcaacccccgctggattatcaacaacaaacaagtctgtcttgttaagcaagcgcgtaactttttcgacga 5341412  T
Q  407 tatccttgataacctcactttcattcctattaaaaa 442  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||    
T  5341411 tatccttgatagcctcgctttcattcctataaaaaa 5341376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 7 - 435
Target Start/End: Original strand, 5075616 - 5076044
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||  || ||||||| ||| | || ||||||     
T  5075616 acatcatcaagtacaataagaattcttttatgacatagtctatccattaatatagtttttcccgactcaatacttcgtatcttagttttcgtatctttgc 5075715  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    ||||||||   | |||||||| |||||||   ||  |||||  |  |||||||| ||| ||||| || ||||| || |||||||||||| |||| || ||    
T  5075716 aaatatcaaaaagaagttgttcttgtaaacaaaccggtccatcattttgctcccaaacttccctgatatttgcaaggaagctcctacctgcaaatttacg 5075815  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct 306  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||| |   ||||| | ||| ||  ||| |    
T  5075816 accaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggttttaccaatcccacccataccccaaatccctagtagtacattttcattggtttgttggatgttt 5075915  T
Q  307 agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaa 406  Q
    |   || ||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| || |    
T  5075916 aaccgttgaatcatatcttctactcgagattcgactcccactggattatcagcaatgaacaaatctgtcttgtcaagcaaacgtgaaatattttccacta 5076015  T
Q  407 tatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
    |||| | |||  | |||||||||||||||    
T  5076016 tatcgtcgattgcttcactttcattccta 5076044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 7 - 435
Target Start/End: Original strand, 5183837 - 5184265
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| ||||||| ||||  ||| |||||||||| |||||||||| | ||| | ||||| |||     
T  5183837 acatcatcaagtaccagaagtactcttttatggaagagtctatcctttagtatacttttccctgactcaacgttttgtatcctagttttcgtttcattgc 5183936  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    | ||||||   | || ||||||||||||||  | | |||||  |  |||||||| ||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  5183937 atatatcaaagagaatttgtttttgtaaatatattggtccaacattttgctcccaaacttccctaatatttgcaaggaagctcctaccctcaaaattgcg 5184036  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct 306  Q
     ||||||| ||||||||||| ||| || |  || | ||| ||||| || ||||| ||||| ||||||| ||||| |||| |||||||| | ||  |||||    
T  5184037 accaatttcattgtaaatggatttggctaacgttgttttaccaatacctcccataccccagatccctagtagtataacaccatttgatcgttggatgtct 5184136  T
Q  307 agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaa 406  Q
    || | | |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  5184137 agcaattgaatcacatctcgtactcgagattcgactcccaccggattatccgcaatgaacaaatctgtcttgcctagcaaatgtgtaacattttcaacaa 5184236  T
Q  407 tatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
    | || |||||  |||||||||||||||||    
T  5184237 tgtctttgattgcctcactttcattccta 5184265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 435
Target Start/End: Original strand, 5356501 - 5356935
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||| |||||||||||   ||||||    |||||| ||||||| || ||||| || ||||||     
T  5356501 acatcatcaagtacaattagtactcttttatgacaaagtctatcctttaatatgatttttccattttcaatgctttgtattttggttgtcgtgtctttgc 5356600  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    | ||||||   | |||||||| |||||||| |||||| ||||    || ||||| ||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||| |||    
T  5356601 agatatcagagagaagttgttcttgtaaattcacttggccagctttttcctcccaaacttccctaatatttgcaaggaagcttctaccatcaaaatcgcg 5356700  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagt---- 302  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||| | |||||||| ||| ||||| |||||||||||||  || | ||||||||||||||| ||  |        
T  5356701 gccaattttattgtaaatagcttttccgatggttgttttgccaactcctcccataccccacatccctagaaggaaaacatcatttgattgttggatatct 5356800  T
Q  303 --gtctagaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacatttt 400  Q
       ||||| ||   ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||  || |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5356801 tgttctagcagcttaatcatatcttgcacacgagattcaactcccaccggattattagcaacaaataagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaatatttt 5356900  T
Q  401 caacaatatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
     |||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  5356901 taacaatatccttgatagcttcactttcattccta 5356935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 402
Target Start/End: Original strand, 5133790 - 5134191
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    ||||||||||||||||  |  ||||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||     
T  5133790 acatcatcaagtacaattaatactcttttatgccagagtctatcctttaaaatattttttcctgactcaatgttttgtatcttagttgtcatttctttgt 5133889  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
      ||||||   | |||||||| |||||| | |||||| ||| ||  | |||||| ||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||    
T  5133890 tgatatcaaacagaagttgttcttgtaattccacttgaccaaaatttcgctcccaaacttccctaatatttgcaaggaagctcctaccttcaaaatcgcg 5133989  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtga------ 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||  || ||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||| | |          
T  5133990 gccaattttattgtaaatggctttcgcaatggttgttttaccaacgcctcccataccccacatccctagaagtataacatcatttgattgttcaatatct 5134089  T
Q  301 gtgtctagaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacatttt 400  Q
     ||||||| | | ||||||||||| |||  |||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  5134090 ttgtctagcaattgaatcatatctagcatacgagattcaactcccactggattattagcaataaacaaatctattttgtcaagcaaacgcgtaacatttt 5134189  T
Q  401 ca 402  Q
    ||    
T  5134190 ca 5134191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 28 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 5368556 - 5368143
Alignment:
Q  28 actcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttgaaaatatcatctataagttgtt 127  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||   ||||||  | |||||| |||| || || ||||   | |||||| | ||||||   | ||||||||    
T  5368556 actcttttatggcagagtctatcctttaatatgatttttccgcattcaatgctttgaattttggttgccatatctttgcagatatcaaagagaagttgtt 5368457  T
Q  128 tttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcggccaattttattgtaaatggc 227  Q
     |||||||| ||||| ||||| |  || ||||| ||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5368456 cttgtaaattcacttttccagcattttcctcccaaacttccctaatatttgcaaggaagcttctaccttcaaaattgcggccaattttattgtaaatagc 5368357  T
Q  228 ttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct------agaagtggaatcata 321  Q
    ||| |||||||| | ||| |||| ||| ||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||  | |||      |  ||| ||||||||    
T  5368356 tttggcaatggttgttttaccaactccccccataccccacatccccagtagaagaacatcatttgattgttggatatcttgctccattagttgaatcata 5368257  T
Q  322 tcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaatatccttgataacct 421  Q
     |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  5368256 ccttgcactcgagattcaactcccactggattatcagcaataaacaattctgtcttgtcaagcttacgcgtaacattttcaacaatatcctggatagcct 5368157  T
Q  422 cactttcattccta 435  Q
     |||||||||||||    
T  5368156 tactttcattccta 5368143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 5423867 - 5423436
Alignment:
Q  10 tcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttgaaaa 109  Q
    |||||||||| ||  || |||||||| || |||||||| ||||| |||| |  ||||||  | |||||| ||||||| || |||||  | |||||| | |    
T  5423867 tcatcaagtaaaattagtactcttttgtggcagagtctatccttcaatacaagttttccgaattcaatgctttgtattttggttgtcatatctttgcata 5423768  T
Q  110 tatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcggcc 209  Q
    |||||   | |||||||| |||||||| ||||| ||||| |  || ||||| ||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  5423767 tatcaaagagaagttgttcttgtaaattcacttttccagcattttcctcccaaacttccctaatatttgcaaggaagcttctaccttcaaaattgcgacc 5423668  T
Q  210 aattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct--- 306  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||| |||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| || |||||| |   | |||       
T  5423667 aattttattgtaaatagctttggcaatggttgttttaccaactccccccataccccacatccctagtagaagaacattatctgattgttttatatcttgg 5423568  T
Q  307 ---agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaa 403  Q
       || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||||    
T  5423567 tccagcagttgaatcatatcttgcactcgagattcaactcccacaggattattagcaataaacaaatctgtcttgtcaagcttacgcgtaacattttcaa 5423468  T
Q  404 caatatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  5423467 caatatccttaatagcctcactttcattccta 5423436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 7 - 435
Target Start/End: Original strand, 5104757 - 5105191
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    ||||||||||||||||  |  ||||||||||| |||||||| |||||||||||   ||||||    ||||   ||||||| ||| ||||  ||||||||     
T  5104757 acatcatcaagtacaatcaatactcttttatggcagagtctatcctttaatatgttttttccgttttcaacactttgtatttttattgtcatttctttgc 5104856  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    | ||||||   | ||||| || |||||||| |||  | |||  |  |||||||| ||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||  |    
T  5104857 agatatcaaagagaagtttttcttgtaaattcacccggccaacattttgctcccaaacttccctaatatttgcaaggaagcttctaccatcaaaattatg 5104956  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagt---- 302  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||| |||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||  |        
T  5104957 gccaattttattgtaaatagctttggcaatggttgttttaccaactcctcccataccccacatccctagtaggagaacatcatttgattgttggatatct 5105056  T
Q  303 --gtctagaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacatttt 400  Q
      |||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| | || ||||| |    
T  5105057 tggtctagcagttgaatcatatcttgaactcgagattcaactcccaccggattattagcaataaacaaatctgtcttgtcaagcaaatgcgttacattgt 5105156  T
Q  401 caacaatatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5105157 taacaatatccttgataacctcactttcattccta 5105191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 28 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 5174962 - 5174555
Alignment:
Q  28 actcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttgaaaatatcatctataagttgtt 127  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||    ||||||||| |||||  |||||||||| || |  ||| |||| || ||||||  || ||||||||    
T  5174962 actctcttatgacaaagtctatcctttaataatacttttcctgaatcaatactttgtatcttggtcgacgttcctttaaagatatcagatagaagttgtt 5174863  T
Q  128 tttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcggccaattttattgtaaatggc 227  Q
     |||||||| ||||||||||| |  |||| ||| ||| |||||||| || |  |  |||||||||||||||||||| || || ||||| ||| ||||  |    
T  5174862 gttgtaaatccacttgtccagcaggttgcccccaaacttccctaatattgggaatgaagctcctaccttcaaaattacgaccgattttgttgaaaatatc 5174763  T
Q  228 ttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtctagaagtggaatcatatcttgc 327  Q
    ||| || | ||| | ||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||  ||||||| | | ||||||||||||||    
T  5174762 tttggctaaggtagttttaccaatacctcccataccccacatccctatcagtagaacatcattagattgttggatgtctagcaattgaatcatatcttgc 5174663  T
Q  328 actcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaatatccttgataacctcacttt 427  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||| ||| || |||||||||| ||| ||  | |||||||    
T  5174662 actcgagattcgagtcccaccggattatcagcaacaaacaagtctgtcttgtcaataaaacgtgaaactttgtcaacaatattcttaatcgcttcacttt 5174563  T
Q  428 cattccta 435  Q
    ||||||||    
T  5174562 cattccta 5174555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 157 - 435
Target Start/End: Original strand, 5069106 - 5069390
Alignment:
Q  157 tccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcggccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccac 256  Q
    |||| ||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||| |||| ||| |    
T  5069106 tcccaaacttccctaatatttgcaaggaagcttctaccttcaaaattgcggccaattttattgtaaatagctttggcaatggtcgttttaccaactcctc 5069205  T
Q  257 ccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct------agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccgg 350  Q
    |||| |||||||||||||  || ||||||||||||||| | ||  | |||      || ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||    
T  5069206 ccataccccacatccctagaaggagaacatcatttgatagttggatatcttggtccagcagttgaatcatatcctgcactcgagattcaactcccactgg 5069305  T
Q  351 attatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaatatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||    
T  5069306 attattagcaataaacaagtctgccttgtcaagcttacgcgtaacattttcaacaatatcctctataacatcactttcattccta 5069390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 5395160 - 5394732
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||||||  ||| |||  |||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||     
T  5395160 acatcatcaagtattagaagtactcttttatggaagaatctaccctttagtatacttttccctgactcaatgttttgtatcttagtcttcgtttctttgc 5395061  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    ||||||||   | ||||||||||||||| |  ||  |||||  |  ||||||||  || |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  5395060 aaatatcaaagagaagttgtttttgtaagtcaaccggtccaacattttgctcccacacttccctaatatttgcaaggaagctcctaccctcaaaattgcg 5394961  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct 306  Q
     |||||| | ||||| |||||||| || | ||||| ||| ||||| || ||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||| | | | ||  |||||    
T  5394960 accaattctgttgtatatggctttggctaaggtggttttaccaatacctcccataccccatatccctagtagtacaacatcattgggtcgctgtatgtct 5394861  T
Q  307 agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaa 406  Q
    || |   |||||| |||| | || |||||||| || ||||| |||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||    
T  5394860 agcaactgaatcacatctcgtacccgagattccacgcccactggataattagcaataaacaagtctgttttgtcaagcaaacgtgaaatattttcaacaa 5394761  T
Q  407 tatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
    | || |||||  | |||||||||||||||    
T  5394760 tgtcattgattgcgtcactttcattccta 5394732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 120 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5094045 - 5093724
Alignment:
Q  120 aagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcggccaattttattg 219  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||| |   |  |||| ||| |||||||  ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| |||     
T  5094045 aagttgttcttgtaaattcacttttccagcattctcatcccaaacttccctaacatttgcaaggaagctcctaccttcaaaattacggccaatttcatta 5093946  T
Q  220 taaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtctagaagtggaatca 319  Q
    || || |||||||||||||| | ||| ||||| || ||||| ||||||||||| | ||| || |||||||||||||| ||  ||||||  |||  ||| |    
T  5093945 tagatagcttttgcaatggttgttttaccaatcccccccataccccacatcccaagtagcagtacatcatttgattgttggatgtctaacagttcaataa 5093846  T
Q  320 tatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaatatccttgataac 419  Q
     |||||||||||||||  | |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||  |    
T  5093845 catcttgcactcgagaaccaactcccacaggtttatcagcaatgaacaaatctgtcttatcaagcaaatgagtaattttttcaacaatatccttgatggc 5093746  T
Q  420 ctcactttcattcctattaaaa 441  Q
    || | |||||||||||||||||    
T  5093745 cttattttcattcctattaaaa 5093724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 103; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 157 - 435
Target Start/End: Original strand, 5159536 - 5159814
Alignment:
Q  157 tccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcggccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccac 256  Q
    |||| ||| |||||||  ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || || |||||||||||||| | ||||||||| || |    
T  5159536 tcccaaacttccctaacatttgcaaggaagctcctaccttcaaaattacggccaatttcattatagatagcttttgcaatggttgttttgccaatccccc 5159635  T
Q  257 ccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtctagaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatc 356  Q
    |||| ||||||||||| | ||| || |||||||| || || ||  ||||||| |||  ||| | |||||||||||||||  | |||||||| ||||||||    
T  5159636 ccataccccacatcccaagtagcagtacatcattggagtgttggatgtctagcagttcaataacatcttgcactcgagaaccaactcccacaggattatc 5159735  T
Q  357 agcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaatatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||    
T  5159736 agcaatgaacaaatctgtcttatcaagcaaatgagtaattttttcaacaatatccttgatgaccttattttgattccta 5159814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 7 - 296
Target Start/End: Original strand, 5691996 - 5692285
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||  ||||||| |||||||| ||| ||||| ||  ||||||||  |||||||||||||| || || || |||||||||     
T  5691996 acatcatccagtacaataagtacctttttatggcagagtctatccattaatgtattttttcctgcatcaatgttttgtatattggtcgttgtttctttgc 5692095  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    |||||||    | ||||||||  ||||||   |||||||||  |  ||||  || ||| ||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  5692096 aaatatcggagagaagttgttgctgtaaagatacttgtccaacattttgcatccaaacttcccttatatttgcaaggaagctccttccttcaaaattgcg 5692195  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattg 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||    
T  5692196 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggttttgccaattcctcccatgccccacatccctattagtcgaacattattagattg 5692285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 7 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 5348528 - 5348094
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    ||||||||||| ||||  || ||||||||||| |||||||| |||||||||||   ||||||    |||||| ||||||| || |||||  | ||||||     
T  5348528 acatcatcaagaacaattagtactcttttatggcagagtctatcctttaatatgatttttccgctttcaatgctttgtatattggttgtcatatctttgc 5348429  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    | || |||   | ||||||||||||||||| ||||| | ||| |   |  |||| ||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  5348428 agatgtcaaacagaagttgtttttgtaaattcactttttcagtagtctcatcccaaacttccctaatatttgcaaggaagcttctaccttcaaaattgcg 5348329  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagt---- 302  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||| |||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||  |        
T  5348328 gccaattttattgtaaatagctttggcaatggtcgttttaccaactcctcccataccccacatccctagtaggagaacatcatttgattgttgtatatct 5348229  T
Q  303 --gtctagaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacatttt 400  Q
      ||| || ||| |||||||||| |||| || |||||| |||||||| ||||||| |||||| || || |||| ||||| ||||  | |  |||||||||    
T  5348228 tggtccagtagttgaatcatatcctgcaatctagattcaactcccactggattattagcaataaataaatctgccttgttaagcctatgcataacatttt 5348129  T
Q  401 caacaatatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
    ||||||||| || |||| ||| ||||||| |||||    
T  5348128 caacaatattctggatatccttactttcagtccta 5348094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 7 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 5445200 - 5444775
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||| |||| | |||| | || ||||| ||   ||||||| ||||||||||| |||||||  ||||  ||||||||     
T  5445200 acatcatcaagtacaacaagtactcttgtatggctgagtttatcttttaacatgctttttcctaactcaatgtttggtatcttgattgttctttctttgc 5445101  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    | ||||||  || |||||||| |||||||  ||   |||||| |  || ||  |||   |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5445100 agatatcaaataaaagttgttcttgtaaacccatgagtccagcatttttctttccattttccctaatatttgcgaggaagctcctgccttcaaaattgcg 5445001  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct 306  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||| || | ||| || || || ||||| ||||||||||||||||| |||||  | |||| ||||    ||| |    
T  5445000 gccagtcttattgtaaatggcttttgcaattgttgtttttccgatcccccccatgccccacatccctattagcagaaccccctttggttgg---atgtgt 5444904  T
Q  307 agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaa 406  Q
    ||  || |||||| ||||| |||||||||||| | |||||| |||||||  ||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| ||  || |||||||    
T  5444903 agctgttgaatcacatctttcactcgagattcaattcccactggattattcgcaataaacaagtctgttttgttaagcaaatgtgaaatgttgtcaacaa 5444804  T
Q  407 tatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
    || | |||| | |||||||||||||||||    
T  5444803 tacctttgacatcctcactttcattccta 5444775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 7 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 5431524 - 5431115
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    ||||| |||||||||| ||| | |||||||||||| || || ||||||||||||  ||| || || |||||  |||||||||| || || ||| || |||    
T  5431524 acatcgtcaagtacaataagtattcttttatgacaaagcctgtcctttaatataattttcccagaatcaatactttgtatcttggtcgtcgttcctctga 5431425  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    | ||||||  || |||||||| ||||||||  ||||||   | |  |||||||| ||| |||||||  ||||| || || ||||| |||||||| |||||    
T  5431424 agatatcagatagaagttgttcttgtaaatctacttgtttggtaggttgctcccaaacttccctaacatttgcaaggaaactcctcccttcaaacttgcg 5431325  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct 306  Q
    ||| |||| ||| ||||| ||||||||||| || | ||| || ||||| ||||| ||||||||||| | |||||  ||| |||||||||| ||  |||||    
T  5431324 gccgatttcattataaattgcttttgcaatagttgtttttccgattccccccataccccacatcccaagtagtattacaccatttgattgttggatgtct 5431225  T
Q  307 agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaa 406  Q
    ||  || |||| | |||||||| |||||| || | |||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||  ||||||  ||    
T  5431224 agccgttgaataacatcttgcattcgagaatcaattcccactggcttatcagcaatgaacatgtctttcttgtcaagcaaatgagtaattttttcagtaa 5431125  T
Q  407 tatccttgat 416  Q
    ||||||||||    
T  5431124 tatccttgat 5431115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 7 - 435
Target Start/End: Original strand, 5262028 - 5262453
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||| | |||||||||||   ||||||| |||||||||||  ||| ||  ||||  |||||||      
T  5262028 acatcatcaagtacaataagtactcttttatggcaaagtttgtcctttaatatgttttttcctaactcaatgtttgatattttgattgttctttctttac 5262127  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    ||||||||  || |||||||| |||||    ||||||||||| || ||   ||||| | ||||| || ||||| || |||||||| || |||||||||||    
T  5262128 aaatatcaaataaaagttgttcttgtaggcacacttgtccagcaatttttaccccatcttcccttatatttgcaaggaagctccttccatcaaaattgcg 5262227  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtct 306  Q
    |||||| ||||||||||||||||| | |||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||     ||||    
T  5262228 gccaatcttattgtaaatggctttcgtaatggttgttttgccaattccccccataccccacatccctaatagttgaacaccctttgattgg---aagtct 5262324  T
Q  307 agaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaa 406  Q
    ||| |   ||||| ||||||||| ||| |||| | |||||| || ||||  | ||| |||||||||||||| |  | |||  ||| ||   | | |||||    
T  5262325 agacgattaatcacatcttgcacccgatattcaattcccacagggttatttgaaataaacaagtctgtcttatttaacaactgtgaaatgctgttaacaa 5262424  T
Q  407 tatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5262425 tatccttgatatcctcactttcattccta 5262453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 83; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 7 - 297
Target Start/End: Original strand, 5286008 - 5286298
Alignment:
Q  7 acatcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttga 106  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||| | ||||||||| |   ||||||| ||||| ||||| |||| ||  ||||  |||||||      
T  5286008 acatcatcaagtacaataagtactcttttatggcaaagtttgtcctttaatgtgttttttcctaactcagtgtttggtattttgattgttctttctttac 5286107  T
Q  107 aaatatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtccagaaacttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcg 206  Q
    | ||||||  || |||||||| ||||| |  ||| ||||||| || ||   ||||| | ||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  5286108 agatatcaaataaaagttgttcttgtagacccacctgtccagcaatttttgccccatcttcccttatatttgcaaggaagctcctaccatcaaaattgcg 5286207  T
Q  207 gccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattgg 297  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||    
T  5286208 gccaatcttattgtaaatggcttttgtaatggttgtttttccaattccccccataccccacatccctagtagttgaacaccctttgattgg 5286298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 184 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 5276645 - 5276394
Alignment:
Q  184 aagctcctaccttcaaaattgcggccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaa 283  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||| ||| ||||  |||| || | ||| | ||| ||||| |  ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  5276645 aagctcctaccttcaaaattacgaccgattttgttgaaaatatctttggctaaggtagttttaccaatacgtcccataccccacatccctaccagtagaa 5276546  T
Q  284 catcatttgattggtgagtgtctagaagtggaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaag 383  Q
    ||||||| ||||| ||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||  ||||||  |||||||||||     
T  5276545 catcattagattgttggatgtctagcaatggaatcatatcttgcactcgagatttgagtcccactggattatcagcaacaaacaagcatgtcttgtcaat 5276446  T
Q  384 caaacgtgtaacattttcaacaatatccttgataacctcactttcattccta 435  Q
     |||| || ||| || |||||||||| ||| ||  | |||||||||||||||    
T  5276445 aaaacatgaaactttgtcaacaatattcttaatcgcttcactttcattccta 5276394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 316 - 437
Target Start/End: Original strand, 5692419 - 5692540
Alignment:
Q  316 atcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaatatccttga 415  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||| | || || |||||  ||||||||| ||||||| ||||||||   ||| ||||  |||||||| || |    
T  5692419 atcatatcttgcactcgaggttcaactcccactgaatgattagcaacaaacaagtctttcttgtctagcaaacgcacaacttttttgacaatatctttta 5692518  T
Q  416 taacctcactttcattcctatt 437  Q
    || |||||||||| ||||||||    
T  5692519 tagcctcactttcgttcctatt 5692540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 860 - 909
Target Start/End: Original strand, 5076905 - 5076954
Alignment:
Q  860 aggacaacaaatcctgcaaggccagcagcatcacgaagtgcgtctctcca 909  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  5076905 aggaccacaaatcctgaaaggccagcagcttcacgaagtacatctctcca 5076954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 77; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 217 - 409
Target Start/End: Original strand, 10760 - 10952
Alignment:
Q  217 ttgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaattccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgattggtgagtgtctagaagtggaa 316  Q
    |||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| | | ||| |  ||||    
T  10760 ttgtaaattgcttttgcaatggttgttttaccaattccccccataccccaaatccctagtagcagaacatcatttgattgttgaatttttagcaacggaa 10859  T
Q  317 tcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaatat 409  Q
    || | |  | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||    
T  10860 tcgttttgtccactcgagatttgactcccaccggattatcaacaacgaataagtctgtcttgtcaagcaaaatagtaactttttcaacaatat 10952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 66; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 314 - 435
Target Start/End: Original strand, 48015497 - 48015618
Alignment:
Q  314 gaatcatatcttgcactcgagattcgactcccaccggattatcagcaatgaacaagtctgtcttgtcaagcaaacgtgtaacattttcaacaatatcctt 413  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||    
T  48015497 gaatcatatctcgcactcaagattcaatccccactgaattattagcaataaacaagtctgtcttgtcaagcaatcgtgtaatattttcaacaatatcttt 48015596  T
Q  414 gataacctcactttcattccta 435  Q
     |||||||| ||||||||||||    
T  48015597 aataacctcgctttcattccta 48015618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 63; Significance: 7e-27; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 152 - 294
Target Start/End: Original strand, 22586345 - 22586487
Alignment:
Q  152 cttgctccccaacctccctaatgtttgcgagaaagctcctaccttcaaaattgcggccaattttattgtaaatggcttttgcaatggtggatttgccaat 251  Q
    |||||| || ||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||     
T  22586345 cttgcttccaaacttccctaatatttgcaaggaagctcctaccttcaaactcgcggccaatcttattgtaaacagcttttgcaatggttgttttgccaaa 22586444  T
Q  252 tccacccatcccccacatccctattagtagaacatcatttgat 294  Q
    ||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||| | ||||||    
T  22586445 tccccccataccccacatccctactagttgaacaccgtttgat 22586487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 50; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 10 - 147
Target Start/End: Original strand, 36215780 - 36215917
Alignment:
Q  10 tcatcaagtacaagaagaactcttttatgacagagtctttcctttaatatagattttcctgactcaatgttttgtatctttgttgtggtttctttgaaaa 109  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||||| || |||||||||  |||||||| ||||||  ||||||| || ||||| ||||||||| |||    
T  36215780 tcatcaagtacaagaagtactcttttaccacatagtctatcttttaatataatttttcctgcctcaatactttgtattttggttgtcgtttctttgcaaa 36215879  T
Q  110 tatcatctataagttgtttttgtaaatgcacttgtcca 147  Q
    |||||   | |||||||| |||||||  ||||||||||    
T  36215880 tatcaaagagaagttgttgttgtaaagacacttgtcca 36215917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University