View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3463_high_1 (Length: 1271)

Name: NF3463_high_1
Description: NF3463
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3463_high_1
NF3463_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-1254)||(29357027-29358265)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (965-1178)||(33046128-33046341)
chr4 (899-951)||(33046085-33046137)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1129; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1129; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1254
Target Start/End: Original strand, 29357027 - 29358265
Alignment:
Q  19 ttaagatcagggtaaagtactttgtggcttgtgctagctaatacttaaactaaaatgttttgtgagctttttgaaatttgtattttgcattttagcattt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29357027 ttaagatcagggtaaagtactttgtggcttgtgctagctaatacttaaactaaaatgttttgtgagctttttgaaatttgtattttgcattttagcattt 29357126  T
Q  119 aggttatgaaaattgatgtttatttcgttcgagtggtaatggacttcaccttgtgtggaaaaccttgttattcaatccctgacttgcatatggagataac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29357127 aggttatgaaaattgatgtttatttcgttcgagtggtaatggacttcaccttgtgtggaaaaccttgttattcaatccctgacttgcatatggagataac 29357226  T
Q  219 atgattgggtaaggagaatttacgccgtgtccaacaagttcttcgatatagattagtcattactaatcatgatcatgaaaaactcttcgaatcaaaaact 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29357227 atgattgggtaaggagaatttacgccatgtccaacaagttcttcgatatagattagtcattactaatcatgatcatgaaaaactcttcgaatcaaaaact 29357326  T
Q  319 ataccagttcacacaagaaaaaattgagatatcaatcaatgagtataacaggaattttcaaggcaattcttgataaacaagtaaaaatatatcaaataac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29357327 ataccagttcacacaagaaaaaattgagatatcaatcaatgagtataacaggaattttcaaggcaattcttgataaacaagtaaaaatatatcaaataac 29357426  T
Q  419 aactcattccaaaacgatatttattcaacttnnnnnnncttacagaaatcaaacacacttataaacaagacagatacaaagtgatgacacaaagaaacaa 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29357427 aactcattccaaaacgatatttattcaacttaaaaaaacttacagaaatcaaacactcttataaacaagacagatacaaagtgatgaaacaaagaaacaa 29357526  T
Q  519 acatgcaaatcccagaccatggacaaatccacagtcacttatttttagtcttaattcatatcaaaacacaatgacaataacaaccaaatacaaagcgatg 618  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29357527 acatgcaaatccc-gaccatggacaaatccacagtcactta-ttttagtcttaattcatatcaaaacacaatgac-ataacaaccaaatacaaagcgatg 29357623  T
Q  619 gtaacaagtaacaaccacatgacgcttcaacggaaaaatggatttggccaaaacccatttgggggattgacatttcccataggaggtgcctgatccccac 718  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29357624 gtaaaaagtaacaaccacatgacgcttcaacggaaaaatggatttggccaaaacccatttgggggattgacatttcccatgggaggtgcctgatccccac 29357723  T
Q  719 caccattattcatcaagttcatnnnnnnntgttgcttctgcataacatccatgttcatgtccaaaacatgttgaccgtgactcccttgtccattctcttc 818  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29357724 caccattattcatcaagttcataaaaaaatgttgcttctgcataacatccatgttcatgtccaaaacatgttgaccgtgactcccttgtccattctcttc 29357823  T
Q  819 aatcttaggtactggattagccaccattgttgatgctacca------tttgagtttgagtttgaccttgaccttgaccattcctgctcaacatttcaacc 912  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29357824 aatcttaggtactggattagccaccattgttgatgctaccatttgagtttgagtttgagtttgaccttgaccttgaccattcctgctcaacatttcaacc 29357923  T
Q  913 ctcctattgatatctttcaaatactgatcaatcaaccatgccatatcattcaaatcaaccatgcttatattgtgcataacttgatcagcactaaggtact 1012  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29357924 ctcctattgatatctttcaaatactgatcaatcaaccatgccatatcattcaaatcaaccatgcttatattgtgcataacttgatcagcactaaggtact 29358023  T
Q  1013 gaaacattaactgagtcatttctttttctctattatcctttctttgtttagtcaattgatctttcgccttttgaatccgctgcctcaaaaaactctcttg 1112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29358024 gaaacattaactgagtcatttctttttctctattatcctttctttgtttagtcaattgatctttcgccttttgaatccgctgcctcaaaaaactctcttg 29358123  T
Q  1113 gttcaccatctttttgctttgttccaattcaggcatttttcggaactttgaaagcaccctttggactcctaaaggagatggccaaacctcaggttgagga 1212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29358124 gttcaccatctttttgctttgttccaattcaggcatttttcggaactttgatagcaccctttggactcctaaaggagatggccaaacctcaggttgagga 29358223  T
Q  1213 tcgtatggactatagattatagcacaagcatcaataccacag 1254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29358224 tcgtatggactatagattatagcacaagcatcaataccacag 29358265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 86; Significance: 2e-40; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 965 - 1178
Target Start/End: Original strand, 33046128 - 33046341
Alignment:
Q  965 aatcaaccatgcttatattgtgcataacttgatcagcactaaggtactgaaacattaactgagtcatttctttttctctattatcctttctttgtttagt 1064  Q
    |||||||||| ||||| |||| ||||| || | | |||||||  || |||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||    
T  33046128 aatcaaccatacttatgttgtccataagtttacctgcactaatatattgaaacatgagatgagtcatttccttttctctattatctttcctttgttttgt 33046227  T
Q  1065 caattgatctttcgccttttgaatccgctgcctcaaaaaactctcttggttcaccatctttttgctttgttccaattcaggcatttttcggaactttgaa 1164  Q
    |||||| |||||||||||||| || |  || || | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||   |    
T  33046228 caattgctctttcgccttttggattctttgtcttagaaaactctcttgattcaccatctttttgctttgttccaattcaggcatttttcttaacttgtta 33046327  T
Q  1165 agcaccctttggac 1178  Q
    || |||||||||||    
T  33046328 aggaccctttggac 33046341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 899 - 951
Target Start/End: Original strand, 33046085 - 33046137
Alignment:
Q  899 tcaacatttcaaccctcctattgatatctttcaaatactgatcaatcaaccat 951  Q
    |||||||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||    
T  33046085 tcaacatttcaacccttctattaatctctttcaagtattgatcaatcaaccat 33046137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University