View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3472_high_1 (Length: 808)

Name: NF3472_high_1
Description: NF3472
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3472_high_1
NF3472_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-800)||(10312410-10313197)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 756; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 756; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 800
Target Start/End: Original strand, 10312410 - 10313197
Alignment:
Q  16 caaagaagcaaaagctatgtgaagagaaaacatctcttaaggagcagcatcacttcaactgtattcatggctgtgacacaaaaatggacatggaaacaag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10312410 caaagaagcaaaagctatgtgaagagaaaacatctcttaaggagcagcatcacttcaactgtattcatggctgtgacacaaaaatggacatggaaacaag 10312509  T
Q  116 ggttaataaagaaaggttgtggcttgacgattcgagttatcaacatgcttttgcagaagaaaaacagtttatttctgaaacaattgagtttgaagagaaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10312510 ggttaataaagaaaggttgtggcttgacgattcgagttatcaacatgcttttgcagaagaaaaacagtttatttctgaaacaattgagtttgaagagaaa 10312609  T
Q  216 tggtattcttgtccagaagtgctcaatgaggaagcttgtacattttcatcaaatgtttatagccttggagttcttctttttgaggtcagcaaatttttaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10312610 tggtattcttgtccagaagtgctcaatgaggaagcttgtacattttcatcaaatgtttatagccttggagttcttctttttgaggtcagcaaatttttaa 10312709  T
Q  316 cacatttttattactttcataaacctttatcctgcataatttcctctcgata----gccaaaaatattttgttaagtttcactaattaaaataaccacag 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10312710 cacatttttattactttcataaacctttatcctgcataatttcctctcgatatatagccaaaa-tattttgttaagtttcactaattaaaataaccacag 10312808  T
Q  412 ggctgttatgcacaatttaatctaaccttaggaaatgaaattgatacatatatgttttgacttacaagttttattccaacttcttggattaattatgcta 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10312809 ggctgttatgcacaatttaatctaaccttaggaaatgaaattgatacatatatgttttgacttacaagttttattccaacttcttggattaattatgcta 10312908  T
Q  512 tcatttttaactattgagttgcttctcagtttttagatcatcaccctataattattcataacctattttgttaacattttagtggatgcttctcacagtt 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10312909 tcatttttaactattgagttgcttctcagtttttagatcatcaccctataattattcataacctattttgttaacattttagtggatgcttctcacagtt 10313008  T
Q  612 gctgtgcaatattgagtcattggaagcacattcaactgtgatgtttgatatgcgtcatagaatcttaccgccaaaatttctatcacaaaatgcaaaggac 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10313009 gctgtgcaatattgagtcattggaagcacattcaactgtgatgtttgatatgcgtcatagaatcttaccgccaaaatttctatcacaaaatgcaaaggac 10313108  T
Q  712 gctggtttttgtctgtggcttctacaccctgaaccgtcttctcgtcccaataccaggtaaagcattatgctgctgttcttatgatgatg 800  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10313109 gctggtttttgtctatggcttctgcaccctgaaccgtcttctcgtcccaataccaggtaaagcattatgctgctgttcttatgatgatg 10313197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University