View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3478_high_1 (Length: 703)

Name: NF3478_high_1
Description: NF3478
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3478_high_1
NF3478_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-678)||(45126934-45127611)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 562; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 678
Target Start/End: Original strand, 45126934 - 45127611
Alignment:
Q  11 caaaggcatgtcataggatgtagtgtgtccatgttcaaatccaccaagagcagtggcagagtaagcagaatatagccacgcagctagagcaggacaacat 110  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45126934 caaaggcatgtcatatgatgtagtgtgtccatgttcaaatccaccaagagcagtggcagagtaagcagaatatagccacgcagctagagcaggacaacat 45127033  T
Q  111 cggctacggtgaagttcatcatcagcagcatcatgtttgttggatttggaactgcatgcgttttttattccattcaagtgttcatctgagagacttaaag 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45127034 cggctacggtgaagttcatcatcagcagcatcatgtttgttggatttggaactgcatgcgtttttgattccattcaagtgttcatctgagagacttaaag 45127133  T
Q  211 ggcatcttgcaacatcagcttgttcaggaaaggcagggattgttccttttgaagatgaagatggatttggtgtgagtggttgaactgttgctgcatcagg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45127134 ggcatcttgcaacatcagcttgttcaggaaaggcagggattgttccttgtaaagatgaagatggatttggtgtgagtggttgaactgttgctgcatcagg 45127233  T
Q  311 gatagggatagtgataggtagagacagatagcaaggaatgaataagatgagaagaagggtattgaaagatggtagtgtcagtgtcatgatgtataataag 410  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45127234 gatagggatagggataggtagagacagatagcaaggaatgaataagatgagaagaagggtattgaaagatggtagtgtcagtgtcatgatgtataataag 45127333  T
Q  411 agagaagagtgtgagtgaa------------gtgaatgtgaatgtgaatgtggttttcttcttcaatgaaaggnnnnnnnnnnnnnnnngagatatgggt 498  Q
    |||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||    
T  45127334 agagaagagtgtgagtgaagtgaatgtgaatgtgaatgtgaatgtgaatgtggttttcttcttcaatgaaagg--aaaaaagaaaagaagagatatgggt 45127431  T
Q  499 gtggtagccccctgtattgggacagaactcacaagcaaaggaaagggaaagggaaaataaaggtggtgtgggtgtggggttctgcaaagtttggcaccat 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  45127432 gtggtagccccctgtattgggacagaactcacaagcaaaggaaagggaaagggaaaataaaggtggtgtgggtgtggggttctgcaaagtttggcactat 45127531  T
Q  599 gctatgatatgctatgctaccaccactgtaaatcaaagttatttattaatagtaattagttatgcggaagaaaagaattt 678  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45127532 gctatgatatgctatgctaccaccactgtaaatcaaagttatttattaatagtaattagttatgcggaagaaaagaattt 45127611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University