View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3478_low_12 (Length: 339)

Name: NF3478_low_12
Description: NF3478
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3478_low_12
NF3478_low_12
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-328)||(4011836-4012164)
chr4 (1-212)||(4003357-4003568)
chr4 (1-207)||(3952844-3953048)
chr4 (1-219)||(3821621-3821839)
chr4 (1-197)||(4026593-4026789)
chr4 (1-219)||(3812048-3812266)
chr4 (1-219)||(3915785-3916006)
chr4 (1-219)||(3988246-3988464)
chr4 (6-163)||(3926838-3926995)
chr4 (1-208)||(4220859-4221066)
chr4 (1-83)||(3962360-3962442)
chr4 (15-82)||(3792737-3792804)
chr4 (15-105)||(4019647-4019737)
chr4 (15-80)||(3825890-3825955)
chr4 (255-304)||(4026853-4026902)
chr4 (5-58)||(4318238-4318291)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-219)||(13399198-13399416)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 4011836 - 4012164
Alignment:
Q  1 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4011836 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtgacatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagcgataaccaa 4011935  T
Q  101 atggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctaca 200  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4011936 atggccaaaaaatccgtggcggatgtcttcacctctaaagcttacaaaaacatcatcctttgattggggagaaatgtttgacggtgccttttctgctaca 4012035  T
Q  201 gccttcaatttaataacaacnnnnnnncttaggttcttcataaaaacttagatctctataacattaacaaaatacaacaacaatt-aaaaaatgttacta 299  Q
    |||||||||| ||||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||    
T  4012036 gccttcaattcaataagaacgaaaaaacttaggttcttcataaaaacttagatctctataacattaacaaaatacaacaacaattaaaaaaaatttacta 4012135  T
Q  300 cttaattatcaaaaagtgatgctattcat 328  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  4012136 cttaatcatcaaaaagtgattctattcat 4012164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 4003357 - 4003568
Alignment:
Q  1 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaa 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||    
T  4003357 cttcaattgcttctacaagtgcatgtgatatatcatctcccctcttaagtttttcgtcaacaaaggcatttatttgtttacgaggaaaagctttaatcaa 4003456  T
Q  101 atggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctaca 200  Q
    ||||| ||  ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||    
T  4003457 atggccaagaaatccgtgacggatgtcctcgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttaattggggagcatcgtttgacattgccttttctgctaca 4003556  T
Q  201 gccttcaattta 212  Q
     |||||||||||    
T  4003557 cccttcaattta 4003568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 3953048 - 3952844
Alignment:
Q  1 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaa 100  Q
    ||||||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  3953048 cttcaattgcttcaaaaattgaatg--atatgtcatctcccctcttaagtttgtcatcaacaaaggcatttatttgcttttgaggaaaagccttagccaa 3952951  T
Q  101 atggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctaca 200  Q
    ||| | ||  || || |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||  || |||||||||||||    
T  3952950 atgaccaagaaagccgtggcggatgtcctctcccctaaagcttacaaaaacatcatactttgattcgggagaattgtttgacattgtcttttctgctaca 3952851  T
Q  201 gccttca 207  Q
     ||||||    
T  3952850 cccttca 3952844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 3821621 - 3821839
Alignment:
Q  1 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaa 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3821621 cttcaattgcttcaaaaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcgtaagtgcgtcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaa 3821720  T
Q  101 atggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctaca 200  Q
    ||||| ||  || |  |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| | |||||| |  | || |||||||||||    
T  3821721 atggctaagaaagctgtggcggatatcctcgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttaattgaggagtattgtttggcatttccctttctgctaca 3821820  T
Q  201 gccttcaatttaataacaa 219  Q
     ||||||| ||| ||||||    
T  3821821 cccttcaacttattaacaa 3821839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 4026593 - 4026789
Alignment:
Q  1 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaa 100  Q
    |||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  4026593 cttctattgcttctacaagtgaattcgatatgtcatctcccctcttaagtttgtcatcaacaaaggcatttatttgctttcgagaaaaagccttagccaa 4026692  T
Q  101 atggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgct 197  Q
    ||||| ||  || || |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||| |||||| |||| |||  |||||||||||||    
T  4026693 atggccaagaaagccgtggcggatgtcctcacccctaaagtttacgaaaacatcatactttggttgaggagcattgttagacattgccttttctgct 4026789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 3812048 - 3812266
Alignment:
Q  1 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaa 100  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||    
T  3812048 cttccattgcttctacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaagaaaggcatttatttgctttcgagaaaaagcctcagccaa 3812147  T
Q  101 atggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctaca 200  Q
    ||||| ||  ||    | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||| |  | || |||||||||||    
T  3812148 atggctaagaaagaacttgcggatgtcctcgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttgattgaggagtattgtttggcatttccctttctgctaca 3812247  T
Q  201 gccttcaatttaataacaa 219  Q
     ||||||| ||| ||||||    
T  3812248 cccttcaacttattaacaa 3812266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 3916006 - 3915785
Alignment:
Q  1 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaa 100  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  3916006 cttcgattgcttcaccaagtgaatctgatatgtcatctcccctcttaagtttgtcatcaacaaaagcatttatttgcttttgacaaaaagccttaaccaa 3915907  T
Q  101 atggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgatt---ggggagcaatgtttgacggtgccttttctgct 197  Q
    ||||| ||  || ||    ||||| ||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||| |   | |||| | ||||||||  || |||||| ||     
T  3915906 atggctaagaaagccgctacggatttccttgccactaaagcttacaaaaacatcatactttgaatgaggaggagtattgtttgacattgtcttttccgca 3915807  T
Q  198 acagccttcaatttaataacaa 219  Q
    ||| ||||||||||| ||||||    
T  3915806 acacccttcaatttattaacaa 3915785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 3988246 - 3988464
Alignment:
Q  1 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||| | | |  || |||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  3988246 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtttgatttcatctcccctcttaattatgttgtctacaaagacatttattttcttttgacgaaaagccttaaccaa 3988345  T
Q  101 atggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctaca 200  Q
    ||||| ||  || || |  ||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||  || ||||||| |||||    
T  3988346 atggccaagaaagccgtctcggatgtccttgcccctaaagctcacaaaaacatcatattttgattggggagcgttggttgacattgacttttctcctaca 3988445  T
Q  201 gccttcaatttaataacaa 219  Q
     ||||||| ||| ||||||    
T  3988446 cccttcaacttattaacaa 3988464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 6 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 3926995 - 3926838
Alignment:
Q  6 attgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaaatggc 105  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  3926995 attgcttcaacaagtgaatctgatatgtcatctcccctgtgaagtttgtcatcaacaaaagcatttatttgcttttgaagaaaagccttaaccaaatggc 3926896  T
Q  106 aaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttga 163  Q
     ||  || |     || |||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3926895 taagaaagctgctacgaatgtccttgccactaaagcttacaaaaacatcatactttga 3926838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 4220859 - 4221066
Alignment:
Q  1 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaa 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||  ||||||||| ||||||  |||||||| |  |||    
T  4220859 cttcaattgcttcaccaagtgaatgtgatatgtcatctcctttcttaagtttgtaatcaacaaagatatttatttgttttcgaataaaagcctcatacaa 4220958  T
Q  101 atggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctaca 200  Q
     | || ||  || || | |||||  || |  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||| | ||||||||  ||| ||||||||| ||    
T  4220959 tttgccaagaaagccgtcgcggacatcatttcccctaaagcttacaaaaacatcaaactttgatttaggagtattgtttgacattgctttttctgctgca 4221058  T
Q  201 gccttcaa 208  Q
     |||||||    
T  4221059 cccttcaa 4221066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 3962442 - 3962360
Alignment:
Q  1 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcga 83  Q
    |||||||||||   |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||    
T  3962442 cttcaattgctctgacaagtgattgtggtatttcatctcccctcttaagtttatcatctacaaaggcttttattttctttcga 3962360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 82
Target Start/End: Original strand, 3792737 - 3792804
Alignment:
Q  15 acaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcg 82  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  3792737 acaagtgattgtggtatttcatctcccctcttaagttcatcatcaacaaaggcttttatttcctttcg 3792804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 105
Target Start/End: Original strand, 4019647 - 4019737
Alignment:
Q  15 acaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaaatggc 105  Q
    |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||| || ||||||||    
T  4019647 acaagtgattgtagtatttcatctcccctcttaagctcatcatcaacaaaggcttttattttctttcgacgtaaagcctcaatcaaatggc 4019737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 80
Target Start/End: Original strand, 3825890 - 3825955
Alignment:
Q  15 acaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgcttt 80  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  3825890 acaagtgattgtggtatttcatctcccctcttaagttcatcatcaacaaaggcttttatttccttt 3825955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 255 - 304
Target Start/End: Original strand, 4026853 - 4026902
Alignment:
Q  255 tctataacattaacaaaatacaacaacaattaaaaaatgttactacttaa 304  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||    
T  4026853 tctataacattaacaaaatacagcaaaatttaataaatgttactacttaa 4026902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 5 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 4318291 - 4318238
Alignment:
Q  5 aattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatc 58  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||    
T  4318291 aattgcttcaacaaatgaatgtgatatttcatcccccctcttaagcttgtcatc 4318238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 99; Significance: 8e-49; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 13399198 - 13399416
Alignment:
Q  1 cttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaa 100  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||    
T  13399198 cttcgattgcttcaaaaagtgaatgtgatatgtcatttcccctcttaagtttgtcgtcaacaaagacatttatttgcttttgagaaaaagccttaaacaa 13399297  T
Q  101 atggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctaca 200  Q
    ||||| ||  || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||| |  |||||  ||| ||||| |||| |    
T  13399298 atggccaagaaagccgtggtggatgtcctcacccctaaagcttacaaaaacatcgtatattgattggggagcatttcttgacactgctttttcagctata 13399397  T
Q  201 gccttcaatttaataacaa 219  Q
     ||||||| ||| ||||||    
T  13399398 cccttcaacttattaacaa 13399416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University