View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3482_low_17 (Length: 472)

Name: NF3482_low_17
Description: NF3482
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3482_low_17
NF3482_low_17
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (19-453)||(20707189-20707625)
chr7 (19-453)||(20875233-20875669)
chr7 (87-401)||(41594420-41594734)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (87-401)||(43523027-43523341)
chr2 (95-301)||(5086489-5086695)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (89-401)||(22511700-22512012)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (87-401)||(23123110-23123424)
chr5 (87-401)||(14007281-14007585)
chr5 (95-163)||(7348331-7348399)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (235-386)||(12869189-12869340)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (21-71)||(50413725-50413775)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 20707625 - 20707189
Alignment:
Q  19 atacactggttccgtaagacttaaagatgtagtgtttgtaacatatctgatatnnnnnnntgcagcaccctttgaaggtgaatattctagccatgaaaga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20707625 atacactggttccgtaagacttaaagatgtagtgtttgtaacatatctgatattaaaaaatgcagcatccgttgaaggtaaatattctagccatgaaaga 20707526  T
Q  119 aatttgctaaaccaagtgtcttgaaaccgtcttggatgtttctctccaccagacaaaggatattcttctatatataattaatatgaaccccaattcaaat 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  20707525 aatatgctaaaccaagtgtcttgaaaccgtcttggatgtttctctccaccagacaaaagatattcttctatacatatttaatatgaaccccaattcgaat 20707426  T
Q  219 aagctcttcgtattttatcaacttgatttggtggatatgtccatatttgggaacgctttccaggatcacgttctaaagtattcacaaaataagcttggtt 318  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20707425 aagctcttcgtattttat-aacatgatttagtggatatgtccatatttgggaacgctttccaggatcacgttttaaagtattcacaaaataagcttggtt 20707327  T
Q  319 atgcacttcttcaattcctagaacttgaacaagttgatgtgtaggag---ttatctcttcttcaattcttggtacttcaacaggttaagcgccatctgtt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20707326 atgcacttcttcaattcctagaacttgaacaagttgatgtgtaagagttattatctcttcttgaattcttggtacttcaacaggttatgcgccatctgtt 20707227  T
Q  416 atcttttgctacttcttcaaataaaacgggttctctgc 453  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  20707226 atcttttccttcttcttcaaataaaatgggttctctgc 20707189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 20875669 - 20875233
Alignment:
Q  19 atacactggttccgtaagacttaaagatgtagtgtttgtaacatatctgatatnnnnnnntgcagcaccctttgaaggtgaatattctagccatgaaaga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20875669 atacactggttccgtaagacttaaagatgtagtgtttgtaacatatctgatattaaaaaatgcagcatccgttgaaggtaaatattctagccatgaaaga 20875570  T
Q  119 aatttgctaaaccaagtgtcttgaaaccgtcttggatgtttctctccaccagacaaaggatattcttctatatataattaatatgaaccccaattcaaat 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  20875569 aatatgctaaaccaagtgtcttgaaaccgtcttggatgtttctctccaccagacaaaagatattcttctatacatatttaatatgaaccccaattcgaat 20875470  T
Q  219 aagctcttcgtattttatcaacttgatttggtggatatgtccatatttgggaacgctttccaggatcacgttctaaagtattcacaaaataagcttggtt 318  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20875469 aagctcttcgtattttat-aacatgatttagtggatatgtccatatttgggaacgctttccaggatcacgttttaaagtattcacaaaataagcttggtt 20875371  T
Q  319 atgcacttcttcaattcctagaacttgaacaagttgatgtgtaggag---ttatctcttcttcaattcttggtacttcaacaggttaagcgccatctgtt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20875370 atgcacttcttcaattcctagaacttgaacaagttgatgtgtaagagttattatctcttcttgaattcttggtacttcaacaggttatgcgccatctgtt 20875271  T
Q  416 atcttttgctacttcttcaaataaaacgggttctctgc 453  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  20875270 atcttttccttcttcttcaaataaaatgggttctctgc 20875233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 87 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 41594734 - 41594420
Alignment:
Q  87 cctttgaaggtgaatattctagccatgaaagaaatttgctaaaccaagtgtcttgaaaccgtcttggatgtttctctccaccagacaaaggatattcttc 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |   ||  |||||||||||||||||||||    
T  41594734 cctttgaaggtgaatattctagccatgaatgaaataagctaaaccaagtgtctttaaaccgtcttggatgatctcctgtaccagacaaaggatattcttc 41594635  T
Q  187 tatatataattaatatgaaccccaattcaaataagctcttcgtattttatcaacttgatttggtggatatgtccatatttgggaacgctttccaggatca 286  Q
    || ||  | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41594634 taaatggatttgatatggaccccaattcagataagctcttcgtatttcatccacatgatttgctggaaatgtccatattggggaacgctttccaggatca 41594535  T
Q  287 cgttctaaagtattcacaaaataagcttggttatgcacttcttcaattcctagaacttgaacaagttgatgtgtaggagttatctcttcttcaattcttg 386  Q
    |||||||||| ||||| ||||| | |   |||||||| ||||||||||| | |||| | |||| |||||    || ||||||| ||||||||||||||||    
T  41594534 cgttctaaagaattcaaaaaatcacccgcgttatgcaattcttcaattctttgaacatcaacaggttgagtcatatgagttatgtcttcttcaattcttg 41594435  T
Q  387 gtacttcaacaggtt 401  Q
    | |||| || |||||    
T  41594434 gaactttaataggtt 41594420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 131; Significance: 9e-68; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 87 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 43523341 - 43523027
Alignment:
Q  87 cctttgaaggtgaatattctagccatgaaagaaatttgctaaaccaagtgtcttgaaaccgtcttggatgtttctctccaccagacaaaggatattcttc 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||| |||| ||||||||||||||| |   ||  |||||||||||||||||||||    
T  43523341 cctttgaaggtgaatattctagccatgaatgaaataagttaaaccaagtatctttaaaccgtcttggatgatctcctgtaccagacaaaggatattcttc 43523242  T
Q  187 tatatataattaatatgaaccccaattcaaataagctcttcgtattttatcaacttgatttggtggatatgtccatatttgggaacgctttccaggatca 286  Q
    || ||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43523241 taaatggatttgatatggaccccaattcaaataagctcttcgtatttcatccacatgatttgctggaaatgtccatattggggaacgctttccaggatca 43523142  T
Q  287 cgttctaaagtattcacaaaataagcttggttatgcacttcttcaattcctagaacttgaacaagttgatgtgtaggagttatctcttcttcaattcttg 386  Q
    |||||||||| ||||| ||||| | |   |||||||| ||||||||||| | |||| | |||| |||||    || ||||||| ||||||||||||||||    
T  43523141 cgttctaaagaattcaaaaaatcacccgcgttatgcaattcttcaattctttgaacatcaacaggttgagtcatatgagttatgtcttcttcaattcttg 43523042  T
Q  387 gtacttcaacaggtt 401  Q
    | |||| || |||||    
T  43523041 gaactttaataggtt 43523027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 95 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 5086695 - 5086489
Alignment:
Q  95 ggtgaatattctagccatgaaagaaatttgctaaaccaagtgtcttgaaaccgtcttggatgtttctctccaccagacaaaggatattcttctatatata 194  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||   ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||| ||||| | |||||  |       
T  5086695 ggtgaatattctagccatgaaggaaacaagctgaaccaagtgtcttgaaaccgccttggatgtttctgctcaccagacaagggatagttttctaatttcg 5086596  T
Q  195 attaatatgaaccccaattcaaataagctcttcgtattttatcaacttgatttggtggatatgtccatatttgggaacgctttccaggatcacgttctaa 294  Q
     || ||| | |||||| || | ||| ||||||||||||  |||   |||||| |||||||||  ||| ||| |   ||||||| ||||||||||||||||    
T  5086595 tttgataaggaccccattttagatacgctcttcgtattgcatccttttgattcggtggatattgccaaattggaatacgcttttcaggatcacgttctaa 5086496  T
Q  295 agtattc 301  Q
    || ||||    
T  5086495 agaattc 5086489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 89 - 401
Target Start/End: Original strand, 22511700 - 22512012
Alignment:
Q  89 tttgaaggtgaatattctagccatgaaagaaatttgctaaaccaagtgtcttgaaaccgtcttggatgtttctctccaccagacaaaggatattcttcta 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||  |||||||||| ||||||||||||    
T  22511700 tttgaaggtgaatattctagccatgaatgaaataagctaaaccaagtgtctttaaaccgtcttggatgatcccctttaccagacaaatgatattcttcta 22511799  T
Q  189 tatataattaatatgaaccccaattcaaataagctcttcgtattttatcaacttgatttggtggatatgtccatatttgggaacgctttccaggatcacg 288  Q
     ||  | || ||||  ||||||||| | ||||||||||| ||||| ||| || ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22511800 aatggatttgatatagaccccaatttagataagctcttcatatttcatccacatgatttgctggaaatgtccatattggggaacgctttccaggatcacg 22511899  T
Q  289 ttctaaagtattcacaaaataagcttggttatgcacttcttcaattcctagaacttgaacaagttgatgtgtaggagttatctcttcttcaattcttggt 388  Q
    |||||||| ||||| ||||| | |   |||||||| ||||||||||| | | || | |||| |||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  22511900 ttctaaagaattcaaaaaatcacccgcgttatgcaattcttcaattctttgtacatcaacaggttgagttgtatgagttatgtcttcttcaattcttgga 22511999  T
Q  389 acttcaacaggtt 401  Q
    || ||||||||||    
T  22512000 acatcaacaggtt 22512012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 87 - 401
Target Start/End: Original strand, 23123110 - 23123424
Alignment:
Q  87 cctttgaaggtgaatattctagccatgaaagaaatttgctaaaccaagtgtcttgaaaccgtcttggatgtttctctccaccagacaaaggatattcttc 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||  ||||||| |||||||||||||    
T  23123110 cctttgaaggtgaatattctagccatgaataaaacaagctaaaccaagtgtctttaaaccgtcttggatgatcccctttaccagacgaaggatattcttc 23123209  T
Q  187 tatatataattaatatgaaccccaattcaaataagctcttcgtattttatcaacttgatttggtggatatgtccatatttgggaacgctttccaggatca 286  Q
    || ||  | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  23123210 taaatggatttgatatggaccccaattcagataagctcttcgtatttcatccacatgatttgctggaaatgtccatattggggaacgcttttcaagatca 23123309  T
Q  287 cgttctaaagtattcacaaaataagcttggttatgcacttcttcaattcctagaacttgaacaagttgatgtgtaggagttatctcttcttcaattcttg 386  Q
    |||||||||  ||||| ||||| | |   |||||||| ||||||||||  | |||| | |||| |||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  23123310 cgttctaaataattcaaaaaatcacccgcgttatgcaattcttcaattttttgaacatcaacatgttgagttgtatgagttatgtcttcttcaattcttg 23123409  T
Q  387 gtacttcaacaggtt 401  Q
    | || ||||||||||    
T  23123410 gaacatcaacaggtt 23123424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 87 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 14007585 - 14007281
Alignment:
Q  87 cctttgaaggtgaatattctagccatgaaagaaatttgctaaaccaagtgtcttgaaaccgtcttggatgtttctctccaccagacaaaggatattcttc 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |   ||  ||||||||||||||||||||     
T  14007585 cctttgaaggtgaatattctagccatgaatgaaataagctaaaccaagtgtctttaaaccgtcttggatgatctcctgtaccagacaaaggatattctt- 14007487  T
Q  187 tatatataattaatatgaaccccaattcaaataagctcttcgtattttatcaacttgatttggtggatatgtccatatttgggaacgctttccaggatca 286  Q
             || ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14007486 ---------ttgatatggaccccaatttagataagctcttcgtatttcatccacatgatttgctggaaatgtccatattggggaacgctttccaggatca 14007396  T
Q  287 cgttctaaagtattcacaaaataagcttggttatgcacttcttcaattcctagaacttgaacaagttgatgtgtaggagttatctcttcttcaattcttg 386  Q
    |||||||||| ||||| ||||| | |   |||||||| ||||||||||| | |||| | |||| |||||    || ||||||| ||||||||||||||||    
T  14007395 cgttctaaagaattcaaaaaatcacccgcgttatgcaattcttcaattctttgaacatcaacaggttgagtcatatgagttatgtcttcttcaattcttg 14007296  T
Q  387 gtacttcaacaggtt 401  Q
    | |||| || |||||    
T  14007295 gaactttaataggtt 14007281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 95 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 7348399 - 7348331
Alignment:
Q  95 ggtgaatattctagccatgaaagaaatttgctaaaccaagtgtcttgaaaccgtcttggatgtttctct 163  Q
    |||||||||||||||||  || ||||  ||| ||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||    
T  7348399 ggtgaatattctagccacaaaggaaacatgccaaaccaagtgtgttgaaaccaccttggatgattctct 7348331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 235 - 386
Target Start/End: Original strand, 12869189 - 12869340
Alignment:
Q  235 atcaacttgatttggtggatatgtccatatttgggaacgctttccaggatcacgttctaaagtattcacaaaataagcttggttatgcacttcttcaatt 334  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |   |||||||| ||||||||||    
T  12869189 atcaacatgatttgctggaaatgtccgtattggggaacgctttccaggatcacgttctaaagaattcaaaaaatcacccgcgttatgcaattcttcaatt 12869288  T
Q  335 cctagaacttgaacaagttgatgtgtaggagttatctcttcttcaattcttg 386  Q
    | | |||| | |||| |||||    || ||||||| ||||||||||||||||    
T  12869289 ctttgaacatcaacaggttgagtcatatgagttatgtcttcttcaattcttg 12869340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 50413775 - 50413725
Alignment:
Q  21 acactggttccgtaagacttaaagatgtagtgtttgtaacatatctgatat 71  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  50413775 acactgcttccttaagagttaaagatgtagtgtttgtaacatatctcatat 50413725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University