View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3484_low_1 (Length: 552)

Name: NF3484_low_1
Description: NF3484
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3484_low_1
NF3484_low_1
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-552)||(48911853-48912404)
chr4 (145-552)||(48958264-48958671)
chr4 (111-549)||(48965452-48965887)
chr4 (126-336)||(48962627-48962837)
chr4 (398-552)||(48961413-48961567)
chr4 (176-504)||(48951399-48951727)
[»] scaffold0536 (2 HSPs)
scaffold0536 (1-552)||(6019-6570)
scaffold0536 (1-546)||(10003-10546)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (111-552)||(12589787-12590231)
chr6 (168-506)||(12483139-12483477)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (144-506)||(13440363-13440725)
chr2 (145-552)||(13448483-13448887)
chr2 (145-262)||(13455241-13455358)
chr2 (416-503)||(13455000-13455087)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (134-520)||(28385483-28385869)
chr5 (134-506)||(12540848-12541220)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (132-506)||(12641120-12641494)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (297-520)||(3417334-3417557)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 552
Target Start/End: Original strand, 48911853 - 48912404
Alignment:
Q  1 ttatgaatctgcttcatttgtaattcctggtcttcctcattctattgccatgaatgcagctccgccgaagcagatgagtgacttattggaagcgcttttg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |     
T  48911853 ttatgaatctgcttcttttgtaattcctcatcttcctcattctattgccatgaatgcagcaccaccgaagcagctgagtaaattattggaagcgcttctt 48911952  T
Q  101 gagacggttttcaaaagcaacggaatcattgttaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaag 200  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  48911953 gagacagttttcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaag 48912052  T
Q  201 cttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttg 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| || ||  |||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912053 cttggcatcttggtccagcttctcttattcgcagaactattcaagagaaggctgagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttg 48912152  T
Q  301 gcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912153 gcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccaatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaa 48912252  T
Q  401 gcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912253 gcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagaatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaag 48912352  T
Q  501 agagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 552  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912353 agagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 48912404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 145 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 48958671 - 48958264
Alignment:
Q  145 tgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaa 244  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||   |||  |||||    
T  48958671 tgaacttgatggtgaagagtgcatcgaacactacaagaaaatcacgggtcacaaggtttggcatcttggtcctgcttctcttattcgccaaaccattcaa 48958572  T
Q  245 gaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 344  Q
    || ||| || |||||||| |  | | |||||| |||||||| |  ||| |||||||||| |||| |||   | ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  48958571 gagaaatcagagaggggaaatgagaatgttgttagtgtgcatggttgtctgagttggctcaacttgaagagacataactcagtgttgtacatatgctttg 48958472  T
Q  345 gaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacg 444  Q
    |||||  |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |    
T  48958471 gaagcatatgttatttatctgataaacaactttatgagattgcgtgtgggatagaagcatcaggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaagaaagg 48958372  T
Q  445 gacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgg 544  Q
    ||  ||  | || | |||||||||||||| ||| |||||||| || || || ||||||||||  || ||||||||||| | | |||| |||| ||| |||    
T  48958371 gaaagaagacgagagtgaagaggagaaaggaaagtggttgccgaaaggattcgaagagagaaacattggaaagaagaaaggtttgatcattagggggtgg 48958272  T
Q  545 gctccaca 552  Q
    || |||||    
T  48958271 gccccaca 48958264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 111 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 48965887 - 48965452
Alignment:
Q  111 tcaaaagcaacggaatcattgttaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaagcttggcatct 210  Q
    ||||||| || ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||  || | || | ||  |  |||||||| || |||||||||||    
T  48965887 tcaaaagtaatggactcattgtcaacaatttcgctgagcttgacggggaagagtacattaaatattatgtgagtagcacgggtcataaggcttggcatct 48965788  T
Q  211 tggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcg 310  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||     
T  48965787 tggtccagcttctcttattcgtaaaactgttcaagagaaagcagagaggggacaagagagtgcagtgagcgtgcaagagtgtttgagttggctcaattcc 48965688  T
Q  311 aaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtc 410  Q
    || | | ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||  |||| || |  ||||||||| ||||||||||||||||| |  || ||||||||| |||    
T  48965687 aagcgacataactcagtgttgtacataagctttggaagcctctgtcgttatcaggataaacagctttatgagattgcgtgtgcaatagaagcatcgggtc 48965588  T
Q  411 acgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattat 510  Q
    | || || ||||||||| ||||    || ||  |||  ||| |||| | ||||||||||||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||    
T  48965587 atgattttatatgggttattccccttaataacgggaaagaggatgagagtgaagaggagaagcaaaagtggttaccaaagggattcgaagagagaaacat 48965488  T
Q  511 cggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctcc 549  Q
     |||   ||||||| | ||||||||| ||||||||||||    
T  48965487 tgga---aagaagggtttgattattaggggttgggctcc 48965452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 126 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 48962837 - 48962627
Alignment:
Q  126 tcattgttaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctct 225  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||    
T  48962837 tcattgtcaacaacttcgctgaacttgacggtgaagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctct 48962738  T
Q  226 tattcgtagaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcg 325  Q
    |||||| | | | |||||||| |||||| | ||||||||  | ||||||||| | || || |||||| || | |||||||| || || | | |||||||     
T  48962737 tattcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtggtggcttaattcaaagcgacataactca 48962638  T
Q  326 gtggtgtacat 336  Q
    ||| |||||||    
T  48962637 gtgttgtacat 48962627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 398 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 48961567 - 48961413
Alignment:
Q  398 gaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttg 497  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || ||| |||  | | |||| |  |||||||||||||| || |||||||| || || ||||    
T  48961567 gaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaaaaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttgccgaaaggatttg 48961468  T
Q  498 aagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 552  Q
    |||||||||  || | ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| |||||    
T  48961467 aagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccaca 48961413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 176 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 48951727 - 48951399
Alignment:
Q  176 tacgagaaaactacgggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttg 275  Q
    ||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||  |||||| || ||| | || |||    |||| |       
T  48951727 tacgagaaaaccatcggtcacaaggcttggcatcttggtccggcctctcttgttcgcaaaactactcaagagaaggcaaatagaggaggggaaagcgaaa 48951628  T
Q  276 tgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaact 375  Q
    |||| |||||  ||| ||||| |||| | |||||||| ||||||||||| ||| | |||||  |||||||||     ||| | ||  | ||||| ||| |    
T  48951627 tgagcgtgcaaaagtatttgaattggttgaactcgaagcaagataactcagtgctttacattagctttggaacaatttgttacttcccagataagcaatt 48951528  T
Q  376 ttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaa 475  Q
     |||||||||||  ||| ||| |||| |||  || | ||||||||||||||||| || ||||||||  ||| |||| | || | ||| |||||||| |||    
T  48951527 gtatgagattgcaagcgcgatagaagaatcaggttatgaattcatatgggttgtcccagaaaagaaggggaaggagaacgagagtgatgaggagaaggaa 48951428  T
Q  476 aaatggttgccaaaggggtttgaagagag 504  Q
    |||||||| || | || ||||||||||||    
T  48951427 aaatggttacccagggagtttgaagagag 48951399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 404; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 552
Target Start/End: Original strand, 6019 - 6570
Alignment:
Q  1 ttatgaatctgcttcatttgtaattcctggtcttcctcattctattgccatgaatgcagctccgccgaagcagatgagtgacttattggaagcgcttttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6019 ttatgaatctgcttcatttgtaattcctggtcttcctcattctattgccatgaatgcagctccgccgaagcagatgagtgacttattggaagcgcttttg 6118  T
Q  101 gagacggttttcaaaagcaacggaatcattgttaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6119 gagacggttttcaaaagcaacggaatcattgttaacaatttttctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacaggtcacaaag 6218  T
Q  201 cttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  6219 cttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttg 6318  T
Q  301 gcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaa 400  Q
    |||  ||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| | |||  |||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||    
T  6319 gctagactcgaagccagataactcagtgttgtacatatgctttggaagcttatgccttttcccggataaacaactttacgagattgcatgtgggatagaa 6418  T
Q  401 gcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaag 500  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||  |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||    
T  6419 gcatcgggtcacaaattcatatgggttgttcctgagaagaaagggaaagaagatgagagtgaagaggagaaaggaaaatggttgccaaagggattcgaag 6518  T
Q  501 agagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 552  Q
    |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  6519 agagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccaca 6570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 546
Target Start/End: Original strand, 10003 - 10546
Alignment:
Q  1 ttatgaatctgcttcatttgtaattcctggtcttcctcattctattgccatgaatgcagctccgccgaagcagatgagtgacttattggaagcgcttttg 100  Q
    ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||||  | |||| || || ||||    
T  10003 ttatggatatgcttcttttgtaattcctggtcttcctcattctattgtcatgaatgcaacaccgcctaagcagatgagtgaaatcttgggagagcgtttg 10102  T
Q  101 gagacggttttcaaaagcaacggaatcattgttaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaag 200  Q
    |||| ||||||||||||  | || ||| |||| || |||||||  |||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  10103 gagatggttttcaaaagtcaagggatccttgtcaataattttgtagaacttgacggtaaatagcacatcgaacactacaagaaaactacgggtcagaaag 10202  T
Q  201 cttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttg 300  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||| || |||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  10203 cttggcatcttagtccagcttatcttgttcgtagaactgttcaagagaaaacagagagaggagaacagagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttg 10302  T
Q  301 gcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaa 400  Q
    |||||||| ||| | |||||  || ||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | |||    
T  10303 gcttaacttgaagcgagata--tcagtgttgtacatttgctttggaagcctatgttatttttcagataaacaactttatgagattgcgtgcagggtagaa 10400  T
Q  401 gcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaag 500  Q
    |||||| || |||||||  |||| ||||||||||| |||||| |||  ||| |||| | | |||||||||||||||||||| | || || || |||||||    
T  10401 gcatcgggttacgaatttgtatgagttgttcctgagaagaaagggaaagagaatgagagtcaagaggagaaagaaaaatggctaccgaaaggatttgaag 10500  T
Q  501 agagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggc 546  Q
    | ||| |||| | ||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  10501 aaagagttattgcaaagaagaagggtttgattattaagggttgggc 10546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 127; Significance: 3e-65; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 111 - 552
Target Start/End: Original strand, 12589787 - 12590231
Alignment:
Q  111 tcaaaagcaacggaatcattgttaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaagcttggcatct 210  Q
    ||||||| || ||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||  ||||||   || ||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  12589787 tcaaaagtaatggactcattgttaacaacttcgctgaacttgatggccaagagtgtgtcaaacactatgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatct 12589886  T
Q  211 tggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcg 310  Q
    |||||| |||||||||||||  | |||||||||||| |||||| | |||||| |  | ||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  12589887 tggtccagcttctcttattcacaaaactgttcaagagaaagcagataggggaaatgagagtgttgtgaacgtgcaagagtgtctgagttggctaaactcg 12589986  T
Q  311 aaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtc 410  Q
    || | ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||  |||  |||| || ||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||  | |    
T  12589987 aagcgagataactctgtgttgtacatatgctttgggagcatatgctatttctcagataaacaactttatgagatttcgtgtggcatagaagcatcaggcc 12590086  T
Q  411 acgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattat 510  Q
    |||||||| |||||||| |||| || || ||| ||| |||  |||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||| |  || |||||||||||||  ||    
T  12590087 acgaattcgtatgggttattcccgagaaaaaagggaaggaagatgagagtgatgaggataaacaaaaatggttgcctagtggatttgaagagagaaacat 12590186  T
Q  511 cg---gaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 552  Q
     |   |||||||||||| | |||| |||| ||||||||| |||||    
T  12590187 tgggagaaagaagaagggtttgatcattaggggttgggccccaca 12590231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 168 - 506
Target Start/End: Original strand, 12483139 - 12483477
Alignment:
Q  168 tcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaaca 267  Q
    ||||||||||||| ||||  | ||||||||| ||||||||| | |||||   ||| |||||| ||  ||||||||||||||| ||| |||||||| |  |    
T  12483139 tcgaacactacgaaaaaatcatgggtcacaaggcttggcatttaggtccacattcacttatttgtgaaactgttcaagaaaaggcagagaggggaaacga 12483238  T
Q  268 aagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggat 367  Q
     ||||||||||| ||||| ||||||   |||||||| ||||| || ||||| || || ||| |||||||||||||||| |||| |||  |||| || |||    
T  12483239 gagtgttgtgagcgtgcatgagtgtcaaagttggctaaactcaaagcaagaaaattcagtgttgtacatatgctttgggagcctatgcaatttctctgat 12483338  T
Q  368 aaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagagg 467  Q
    ||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||| || |  |||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||  |||| |  || ||||    
T  12483339 aaacagctttacgaaatttcatgcggaatagaagcatcgggtaaaaaattcatatgggttgttcctgagaaaaaagggaaggaagatgagagcgatgagg 12483438  T
Q  468 agaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 506  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  12483439 agaaagaaaagtggttgccgaagggatttgaggagagaa 12483477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 144 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 13440725 - 13440363
Alignment:
Q  144 ctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttca 243  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||  ||||    
T  13440725 ctgaacttgacggagaagagtgcatccaacactatgagaaaaccacgggtcacaaggtttggcatctcggtccaacttctcttattcgtaaaaccattca 13440626  T
Q  244 agaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgcttt 343  Q
    ||| |||||| |||||||| |  |  ||| |||||   ||||||| ||  ||||||||||  ||||  |  ||| |||||||||| |||||||||| |||    
T  13440625 agagaaagcagagaggggaaaggagggtgatgtgaacatgcacgaatgcatgagttggctcgactcagagaaagttaactcggtgttgtacatatgtttt 13440526  T
Q  344 ggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaac 443  Q
    ||||||       |||| || ||||||||||| |||||||| |||||||  || |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||     
T  13440525 ggaagcatcaactatttctctgataaacaactatatgagatggcgtgcgcaatagaagcatctagtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaag 13440426  T
Q  444 ggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 506  Q
    |||  ||  |||| | ||| || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  13440425 ggaaagaagatgagagtgaggaagagaaagaaaagtggttgccaaagggattcgaagagagaa 13440363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 145 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 13448887 - 13448483
Alignment:
Q  145 tgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaa 244  Q
    ||||||||| || ||||||| |||  |||||||||||||| | ||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||| | ||||| ||||    
T  13448887 tgaacttgatggagaagagtgcatacaacactacgagaaagccacgggtcacaaggtttggcatcttggtccaacttctcttattcgcaaaactgctcaa 13448788  T
Q  245 gaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 344  Q
    || ||| || |||||||| |  |  ||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||  | ||  |   || |||||| ||| |||||||||| ||||    
T  13448787 gagaaatcagagaggggaaatgagggtgctgtgaatgtgcacgagagcctgagttggctcgattcagagagagttaactcagtgttgtacatatgttttg 13448688  T
Q  345 gaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacg 444  Q
    |||||       ||||||| ||||||||||| || ||||| || || | ||| ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  13448687 gaagcatcaactatttttctgataaacaactatacgagatggcatgtgcgatagaagcatccggtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaagg 13448588  T
Q  445 gacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgg 544  Q
    ||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||   |||||||| | |||| |||| |||||||    
T  13448587 gaaagaagatgagagcgaagaagagaaagaaaagtggttaccgaagggatttgaagagagaaatatcgg---gaagaagggtttgatcattaggggttgg 13448491  T
Q  545 gctccaca 552  Q
    || |||||    
T  13448490 gccccaca 13448483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 145 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 13455358 - 13455241
Alignment:
Q  145 tgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaa 244  Q
    |||| |||| || ||||||| |||| |||||||||| ||||| || |||||||| | ||||||| |||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||    
T  13455358 tgaatttgatggagaagagtgcatccaacactacgaaaaaacaacaggtcacaaggtttggcatattggtccaacttctcttatttgcagaaccgttcaa 13455259  T
Q  245 gaaaaagcacagagggga 262  Q
    |||||| || ||||||||    
T  13455258 gaaaaatcagagagggga 13455241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 416 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 13455087 - 13455000
Alignment:
Q  416 ttcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagaga 503  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||  ||  |||| |  |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  13455087 ttcatatgggttgttccggagaagaaagggaaagaagatgagagcgaagaggagaaacaaaagtggttgccgaagggatttgaagaga 13455000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 96; Significance: 8e-47; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 134 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 28385869 - 28385483
Alignment:
Q  134 aacaattttgctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgta 233  Q
    ||||| |||| ||||||||| || |||||||   || |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  |||||||||    
T  28385869 aacaactttgttgaacttgatggagaagagtgtgtcaaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcctttattcgta 28385770  T
Q  234 gaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaa-agtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgt 332  Q
     |||||||||||| |||||| ||| |||| ||||| |||| |||||| | |||||||||  |||  ||||| || ||  | | || |||||| || ||||    
T  28385769 aaactgttcaagagaaagcagagaaggga-aacaagagtgatgtgagcgagcacgagtgcctgaactggctcaaatcacagcgagttaactcagttgtgt 28385671  T
Q  333 acatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcc 432  Q
    ||||||| |||||||||  |   ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||   | ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||    
T  28385670 acatatgttttggaagcataaaccatttctctgataaacaactatatgagattgcatgcgcagtagaagcatcaggtcacccattcatatgggttgttcc 28385571  T
Q  433 tgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaag 520  Q
    ||| |||||| |||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||  || |||||||||    
T  28385570 tgagaagaaagggaaagaagatgagatcgaagaagagaaagaaaagtggctgccaaagggatttgaggagagaaacattggaaagaag 28385483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 134 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 12541220 - 12540848
Alignment:
Q  134 aacaattttgctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgta 233  Q
    ||||| |||| ||||||||| || |||||||   || |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||  |    
T  12541220 aacaactttgttgaacttgatggagaagagtgtgtccaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcttttattcaga 12541121  T
Q  234 gaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgta 333  Q
     ||   ||||||| ||||||  ||||||| |  |  ||| || ||| | ||||||||   | || ||||| |||||  | |||| |||||| ||||||||    
T  12541120 aaaacattcaagagaaagcagggaggggaaatgagggtgctgcgagcgagcacgagtcccttagctggctcaactcacagcaagttaactcagtggtgta 12541021  T
Q  334 catatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcct 433  Q
    |||||| |||||||||  |  |||||| |  || |||||||| ||||||||||| || |   | |||| |  | |||||  |||||||||||||||||||    
T  12541020 catatgttttggaagcataaatcatttctttgacaaacaactatatgagattgcatgtgcagtagaaggaatgggtcacccattcatatgggttgttcct 12540921  T
Q  434 gaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 506  Q
    || |||| | |||  ||  |||| | |||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||    
T  12540920 gagaagagagggaaagaagatgagactgaagaagagaaagaaaagtggatgccgaagggatttgaggagagaa 12540848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 132 - 506
Target Start/End: Original strand, 12641120 - 12641494
Alignment:
Q  132 ttaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacgggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcg 231  Q
    ||||||| |||| ||||||||| |||||||| | |||| ||||||| |||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  12641120 ttaacaactttgttgaacttgatggtgaagattgcatcaaacactatgagaaaaccatgggttacaaggcttggcatcttggtccaacttgtcttattcg 12641219  T
Q  232 tagaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtg 331  Q
     | |||| || |||| ||| |   ||||||  |  | ||||| || || | |||  ||||| |  ||||||| || || || |||||||| || ||| |     
T  12641220 caaaacttttgaagagaaatctatgaggggcaatgagagtgtggttagcgcgcataagtgtctaggttggctcaattcaaagcaagataattcagtgtta 12641319  T
Q  332 tacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttc 431  Q
    |||||||| ||||| |||   | | |||| || |||||||||||||| ||||||||| |||| || |||   ||  ||||||||||  ||||||||||||    
T  12641320 tacatatgttttgggagcatctcttatttctctgataaacaactttacgagattgcgagcggaatagaaaattcaggtcacgaatttgtatgggttgttc 12641419  T
Q  432 ctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 506  Q
    |||| |||||| |||   |  |||| | |||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||    
T  12641420 ctgagaagaaagggaaaaaagatgagagtgaagaggagaaagaaaagtggttgcctaaaggattcgaagagagaa 12641494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 6e-23; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 297 - 520
Target Start/End: Original strand, 3417334 - 3417557
Alignment:
Q  297 gttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggat 396  Q
    ||||||| |||||  |||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||  |    |||| || ||||||||||| ||||||||||| | ||  ||    
T  3417334 gttggctcaactcacaacaagttaactcagtgttgtacatatgttttggaagcttaaactatttctctgataaacaactatatgagattgcatacgcaat 3417433  T
Q  397 tgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggttt 496  Q
     ||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||| |||||| | |  ||  |||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  3417434 agaagcatcgggtcacccattcatatgggttgttcttgagaagaaaggaaaagaagatgagaacgaagaagagaaagaaaagtggttgccgaagggattt 3417533  T
Q  497 gaagagagaattatcggaaagaag 520  Q
    || |||||||  || |||||||||    
T  3417534 gaggagagaaacattggaaagaag 3417557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University